MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW5

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017953	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	389859449
2	NC_017953	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859453
3	NC_017953	CAAAAA	2	12	6850	6861	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017953	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859459
5	NC_017953	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859459
6	NC_017953	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389859460
7	NC_017953	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389859466
8	NC_017953	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389859468
9	NC_017953	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	389859469
10	NC_017953	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859481
11	NC_017953	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389859482
12	NC_017953	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389859482
13	NC_017953	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389859489
14	NC_017953	TGAACG	2	12	52930	52941	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389859496
15	NC_017953	GTGATT	2	12	52949	52960	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859496
16	NC_017953	AAAATT	2	12	54681	54692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017953	GATCTG	2	12	55588	55599	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389859498
18	NC_017953	GGTTCA	2	12	55725	55736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389859498
19	NC_017953	AGTTGT	2	12	58266	58277	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859500
20	NC_017953	TTGTTC	2	12	59186	59197	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389859500
21	NC_017953	TCCTAA	2	12	59996	60007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389859501
22	NC_017953	AAAAAT	2	12	61491	61502	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017953	GTTCTT	2	12	63910	63921	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389859503
24	NC_017953	CTATTT	2	12	72232	72243	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389859510
25	NC_017953	ACTCTT	2	12	73361	73372	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389859511
26	NC_017953	TTTCTG	2	12	73911	73922	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389859512
27	NC_017953	GATCAT	2	12	74041	74052	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389859512
28	NC_017953	TAGTAC	2	12	77035	77046	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389859513
29	NC_017953	ATCTAG	2	12	77214	77225	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017953	GTCTGT	2	12	83730	83741	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389859519
31	NC_017953	TTCTGA	2	12	89344	89355	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389859523
32	NC_017953	AAAAGA	2	12	94407	94418	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389859529
33	NC_017953	AGCTGT	2	12	96508	96519	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017953	TCTTTT	2	12	97173	97184	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389859531
35	NC_017953	GGGGCT	2	12	98121	98132	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389859531
36	NC_017953	TTTGAG	2	12	100325	100336	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859533
37	NC_017953	TCAGAA	2	12	106966	106977	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859538
38	NC_017953	CATAAC	2	12	110010	110021	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389859541
39	NC_017953	TGTTCT	2	12	112774	112785	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389859543
40	NC_017953	ACTTCG	2	12	116058	116069	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859545
41	NC_017953	TTTTAG	2	12	116493	116504	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017953	TTGCCA	2	12	119597	119608	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859549
43	NC_017953	TAAAAA	2	12	121089	121100	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017953	TTGGTA	2	12	121137	121148	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859551
45	NC_017953	AGGATC	2	12	121516	121527	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389859551
46	NC_017953	AAGGGT	2	12	123323	123334	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389859552
47	NC_017953	GGGTTT	2	12	124286	124297	0 %	50 %	50 %	0 %	389859553
48	NC_017953	TTGCAT	2	12	124568	124579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389859553
49	NC_017953	AAGAGA	2	12	124937	124948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	389859553
50	NC_017953	TTAAAA	2	12	133873	133884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	389859559
51	NC_017953	AGGTTG	2	12	135115	135126	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389859560
52	NC_017953	GAGTTA	2	12	140166	140177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389859569
53	NC_017953	TGGAAT	2	12	143594	143605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389859573
54	NC_017953	ATGGTT	2	12	143838	143849	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859573
55	NC_017953	TGCTCT	2	12	146029	146040	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389859576
56	NC_017953	GAAAGG	2	12	149767	149778	50 %	0 %	50 %	0 %	389859578
57	NC_017953	GCTTTG	2	12	150010	150021	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389859578
58	NC_017953	TGTGCG	2	12	154132	154143	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389859582
59	NC_017953	CCTCAT	2	12	155430	155441	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389859583
60	NC_017953	TGGAGA	2	12	156888	156899	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389859585
61	NC_017953	CTCCAT	2	12	158257	158268	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389859586
62	NC_017953	TCCTTG	2	12	158853	158864	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389859587
63	NC_017953	AACAGC	2	12	161489	161500	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389859590
64	NC_017953	AAAAAG	2	12	174079	174090	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389859597
65	NC_017953	AGAAAA	2	12	182705	182716	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017953	ACTTCT	2	12	189765	189776	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389859609
67	NC_017953	ATTTGC	2	12	192458	192469	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389859610
68	NC_017953	AAACAT	2	12	193548	193559	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389859612
69	NC_017953	AGCAAC	2	12	193883	193894	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389859612
70	NC_017953	TATGAA	2	12	195477	195488	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017953	TTGCCT	2	12	196595	196606	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017953	TCTGGA	2	12	199845	199856	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389859618
73	NC_017953	CTGGAT	2	12	215436	215447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389859631
74	NC_017953	GAAATA	2	12	215759	215770	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389859631
75	NC_017953	TTTTAC	2	12	221452	221463	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017953	ACTCCA	2	12	223505	223516	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389859639
77	NC_017953	CTGCTT	2	12	223737	223748	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389859639
78	NC_017953	ATTGCT	2	12	227046	227057	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389859642
79	NC_017953	TCCTAG	2	12	227336	227347	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859642
80	NC_017953	GCAACG	2	12	227824	227835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389859643
81	NC_017953	CTTAGC	2	12	230453	230464	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859645
82	NC_017953	TTCCTT	2	12	237285	237296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389859650
83	NC_017953	TCTCCT	2	12	240166	240177	0 %	50 %	0 %	50 %	389859651
84	NC_017953	AAACCA	2	12	240741	240752	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389859652
85	NC_017953	AACCCT	2	12	255165	255176	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017953	ATTTTT	2	12	255969	255980	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017953	CCTGCA	2	12	256130	256141	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389859671
88	NC_017953	ACCTTT	2	12	261325	261336	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389859676
89	NC_017953	TCATAA	2	12	269169	269180	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389859683
90	NC_017953	AAGTGT	2	12	269895	269906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389859683
91	NC_017953	AGGAGA	2	12	271068	271079	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017953	ATCTAA	2	12	273173	273184	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389859686
93	NC_017953	TGGAAT	2	12	275371	275382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389859688
94	NC_017953	GGAACA	2	12	279258	279269	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389859690
95	NC_017953	ATATTA	2	12	279966	279977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017953	CACGCG	2	12	281631	281642	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389859692
97	NC_017953	TTTCTT	2	12	281810	281821	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389859692
98	NC_017953	CTCCTA	2	12	285972	285983	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389859695
99	NC_017953	GCAATG	2	12	292091	292102	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389859701
100	NC_017953	CGACAT	2	12	292766	292777	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389859702
101	NC_017953	CCCTTA	2	12	294220	294231	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389859704
102	NC_017953	AAAATA	2	12	296318	296329	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	389859706
103	NC_017953	ACCACT	2	12	298673	298684	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389859708
104	NC_017953	CATTGC	2	12	301919	301930	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859711
105	NC_017953	CCAAAA	2	12	303098	303109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389859712
106	NC_017953	TCTTTT	2	12	304983	304994	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389859714
107	NC_017953	CAAGAC	2	12	306074	306085	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389859715
108	NC_017953	AGCTTA	2	12	307355	307366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389859717
109	NC_017953	CAAAGA	2	12	312740	312751	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389859722
110	NC_017953	ATGGCT	2	12	313356	313367	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389859723
111	NC_017953	TACAAA	2	12	317546	317557	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389859726
112	NC_017953	TTAATT	2	12	319225	319236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389859728
113	NC_017953	AAAAAT	2	12	322318	322329	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017953	AAAACA	2	12	322710	322721	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	389859730
115	NC_017953	AAAAAG	2	12	324136	324147	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017953	CAGAAC	2	12	344706	344717	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389859749
117	NC_017953	ATTCAA	2	12	349683	349694	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389859754
118	NC_017953	AGAATA	2	12	361640	361651	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017953	TTCTTA	2	12	361660	361671	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389859762
120	NC_017953	CAGCCT	2	12	373721	373732	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389859774
121	NC_017953	AGCTGA	2	12	373771	373782	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389859774
122	NC_017953	ATGCTA	2	12	377638	377649	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389859776
123	NC_017953	CAATAG	2	12	384244	384255	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859779
124	NC_017953	ACTGAA	2	12	384385	384396	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859779
125	NC_017953	CTGCAC	2	12	384578	384589	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389859779
126	NC_017953	TCCATA	2	12	394937	394948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389859788
127	NC_017953	TTAGGT	2	12	396295	396306	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389859790
128	NC_017953	AGGGAA	2	12	397621	397632	50 %	0 %	50 %	0 %	389859791
129	NC_017953	CTGAAG	2	12	398456	398467	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389859792
130	NC_017953	TAATCT	2	12	403873	403884	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	389859795
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134	NC_017953	TTTTAA	2	12	409786	409797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017953	ACATGC	2	12	415463	415474	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389859807
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139	NC_017953	TTCCTC	2	12	423191	423202	0 %	50 %	0 %	50 %	389859814
140	NC_017953	CTCTAC	2	12	426440	426451	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389859816
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142	NC_017953	CGGAAT	2	12	427347	427358	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389859818
143	NC_017953	TGATAA	2	12	429252	429263	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389859819
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145	NC_017953	TTCTCC	2	12	443662	443673	0 %	50 %	0 %	50 %	389859833
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150	NC_017953	CTAAAG	2	12	456569	456580	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859842
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161	NC_017953	AAACTG	2	12	499831	499842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389859876
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163	NC_017953	AAGAAA	2	12	503367	503378	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017953	GGTAAT	2	12	508169	508180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389859884
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169	NC_017953	TCTCTA	2	12	517165	517176	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389859894
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210	NC_017953	TCTTTT	2	12	618231	618242	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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221	NC_017953	TTATTT	2	12	649443	649454	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
222	NC_017953	GCTTCT	2	12	650796	650807	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389860026
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230	NC_017953	CCGCAA	2	12	698996	699007	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389860064
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232	NC_017953	AAATGC	2	12	704953	704964	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389860066
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235	NC_017953	TATCCA	2	12	722362	722373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389860080
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319	NC_017953	ACCATC	2	12	1037091	1037102	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389860322
320	NC_017953	TAAAAT	2	12	1042700	1042711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.