MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SW3

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017952	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	389858572
2	NC_017952	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389858572
3	NC_017952	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858576
4	NC_017952	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858582
5	NC_017952	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858582
6	NC_017952	GTTCCT	2	12	19980	19991	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389858588
7	NC_017952	CTTTTT	2	12	22134	22145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389858590
8	NC_017952	GTGAGG	2	12	26064	26075	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	389858591
9	NC_017952	GGATTT	2	12	36541	36552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858603
10	NC_017952	AATTAG	2	12	37962	37973	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389858604
11	NC_017952	TTCCTG	2	12	38261	38272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389858604
12	NC_017952	TTTTGA	2	12	45568	45579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389858611
13	NC_017952	TGAACG	2	12	53025	53036	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858618
14	NC_017952	GTGATT	2	12	53044	53055	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858618
15	NC_017952	GATCTG	2	12	55683	55694	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389858620
16	NC_017952	GGTTCA	2	12	55820	55831	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389858620
17	NC_017952	AGTTGT	2	12	58361	58372	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858622
18	NC_017952	TTGTTC	2	12	59281	59292	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389858622
19	NC_017952	TCCTAA	2	12	60091	60102	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389858623
20	NC_017952	GTTCTT	2	12	64005	64016	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389858625
21	NC_017952	CTATTT	2	12	72327	72338	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389858632
22	NC_017952	ACTCTT	2	12	73456	73467	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389858633
23	NC_017952	TTTCTG	2	12	74006	74017	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389858634
24	NC_017952	GATCAT	2	12	74136	74147	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858634
25	NC_017952	TAGTAC	2	12	77130	77141	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858635
26	NC_017952	GGTTTA	2	12	80781	80792	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858638
27	NC_017952	GTCTGT	2	12	83825	83836	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389858641
28	NC_017952	TTCTGA	2	12	89439	89450	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858645
29	NC_017952	AAAAGA	2	12	94502	94513	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389858651
30	NC_017952	AGCTGT	2	12	96596	96607	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389858652
31	NC_017952	TCTTTT	2	12	97255	97266	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389858654
32	NC_017952	GGGGCT	2	12	98203	98214	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389858654
33	NC_017952	TTTGAG	2	12	100407	100418	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858656
34	NC_017952	TCAGAA	2	12	107048	107059	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858661
35	NC_017952	CATAAC	2	12	110092	110103	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389858664
36	NC_017952	TGTTCT	2	12	112856	112867	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389858666
37	NC_017952	ACTTCG	2	12	116140	116151	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858668
38	NC_017952	TTGCCA	2	12	119679	119690	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858672
39	NC_017952	TTGGTA	2	12	121219	121230	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858674
40	NC_017952	AGGATC	2	12	121598	121609	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858674
41	NC_017952	AAGGGT	2	12	123405	123416	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389858675
42	NC_017952	GGGTTT	2	12	124368	124379	0 %	50 %	50 %	0 %	389858676
43	NC_017952	TTGCAT	2	12	124650	124661	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858676
44	NC_017952	AAGAGA	2	12	125019	125030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	389858676
45	NC_017952	TTAAAA	2	12	133956	133967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	389858682
46	NC_017952	AGGTTG	2	12	135198	135209	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389858683
47	NC_017952	GAGTTA	2	12	140249	140260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389858692
48	NC_017952	TGGAAT	2	12	143677	143688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389858696
49	NC_017952	ATGGTT	2	12	143921	143932	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858696
50	NC_017952	TGCTCT	2	12	146112	146123	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389858699
51	NC_017952	GAAAGG	2	12	149850	149861	50 %	0 %	50 %	0 %	389858701
52	NC_017952	GCTTTG	2	12	150093	150104	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389858701
53	NC_017952	TGTGCG	2	12	154218	154229	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389858705
54	NC_017952	CCTCAT	2	12	155516	155527	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858706
55	NC_017952	TGGAGA	2	12	156974	156985	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389858708
56	NC_017952	CTCCAT	2	12	158343	158354	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858709
57	NC_017952	TCCTTG	2	12	158939	158950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389858710
58	NC_017952	AACAGC	2	12	161575	161586	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389858713
59	NC_017952	AAAAAG	2	12	174165	174176	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389858720
60	NC_017952	ACTTCT	2	12	189900	189911	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389858732
61	NC_017952	ATTTGC	2	12	192593	192604	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858733
62	NC_017952	AAACAT	2	12	193683	193694	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389858735
63	NC_017952	AGCAAC	2	12	194018	194029	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389858735
64	NC_017952	TCTGGA	2	12	200288	200299	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389858742
65	NC_017952	CTGGAT	2	12	215881	215892	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389858755
66	NC_017952	GAAATA	2	12	216204	216215	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389858755
67	NC_017952	ACTCCA	2	12	223950	223961	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389858763
68	NC_017952	CTGCTT	2	12	224182	224193	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389858763
69	NC_017952	ATTGCT	2	12	227491	227502	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858766
70	NC_017952	TCCTAG	2	12	227781	227792	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858766
71	NC_017952	GCAACG	2	12	228269	228280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389858767
72	NC_017952	CTTAGC	2	12	230898	230909	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858769
73	NC_017952	TTCCTT	2	12	237730	237741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389858774
74	NC_017952	TCTCCT	2	12	240611	240622	0 %	50 %	0 %	50 %	389858775
75	NC_017952	AAACCA	2	12	241186	241197	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389858776
76	NC_017952	CCTGCA	2	12	256575	256586	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858795
77	NC_017952	ACCTTT	2	12	261770	261781	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389858800
78	NC_017952	TCATAA	2	12	269614	269625	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389858807
79	NC_017952	AAGTGT	2	12	270340	270351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389858807
80	NC_017952	ATCTAA	2	12	273618	273629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389858810
81	NC_017952	TGGAAT	2	12	275816	275827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389858812
82	NC_017952	GGAACA	2	12	279703	279714	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389858814
83	NC_017952	CACGCG	2	12	282076	282087	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389858816
84	NC_017952	TTTCTT	2	12	282255	282266	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389858816
85	NC_017952	CTCCTA	2	12	286417	286428	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858819
86	NC_017952	GCAATG	2	12	292536	292547	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858825
87	NC_017952	CGACAT	2	12	293211	293222	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389858826
88	NC_017952	CCCTTA	2	12	294665	294676	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858828
89	NC_017952	AAAATA	2	12	296763	296774	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	389858830
90	NC_017952	ACCACT	2	12	299118	299129	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389858832
91	NC_017952	CATTGC	2	12	302364	302375	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858835
92	NC_017952	CCAAAA	2	12	303543	303554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389858836
93	NC_017952	TCTTTT	2	12	305428	305439	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389858838
94	NC_017952	CAAGAC	2	12	306519	306530	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389858839
95	NC_017952	AGCTTA	2	12	307800	307811	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858841
96	NC_017952	CAAAGA	2	12	313185	313196	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389858846
97	NC_017952	ATGGCT	2	12	313801	313812	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389858847
98	NC_017952	TACAAA	2	12	317991	318002	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389858850
99	NC_017952	TTAATT	2	12	319670	319681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389858852
100	NC_017952	AAAACA	2	12	323155	323166	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	389858854
101	NC_017952	CAGAAC	2	12	345140	345151	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389858873
102	NC_017952	ATTCAA	2	12	350118	350129	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389858878
103	NC_017952	TTCTTA	2	12	362095	362106	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389858886
104	NC_017952	CAGCCT	2	12	374157	374168	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858898
105	NC_017952	AGCTGA	2	12	374207	374218	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858898
106	NC_017952	ATGCTA	2	12	378074	378085	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858900
107	NC_017952	CAATAG	2	12	384680	384691	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858903
108	NC_017952	ACTGAA	2	12	384821	384832	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858903
109	NC_017952	CTGCAC	2	12	385014	385025	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858903
110	NC_017952	TCCATA	2	12	395373	395384	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389858912
111	NC_017952	TTAGGT	2	12	396731	396742	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858914
112	NC_017952	AGGGAA	2	12	398057	398068	50 %	0 %	50 %	0 %	389858915
113	NC_017952	CTGAAG	2	12	398892	398903	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858916
114	NC_017952	TAATCT	2	12	404309	404320	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	389858919
115	NC_017952	GAACAA	2	12	404811	404822	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389858920
116	NC_017952	CTAAAG	2	12	405194	405205	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858921
117	NC_017952	CCTTTC	2	12	406358	406369	0 %	50 %	0 %	50 %	389858922
118	NC_017952	ACATGC	2	12	415899	415910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389858931
119	NC_017952	GGCTCT	2	12	416634	416645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389858932
120	NC_017952	ATCTTG	2	12	418228	418239	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858933
121	NC_017952	CCCCCA	2	12	419563	419574	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	389858934
122	NC_017952	TTCCTC	2	12	423628	423639	0 %	50 %	0 %	50 %	389858938
123	NC_017952	CTCTAC	2	12	426876	426887	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858940
124	NC_017952	ACATCA	2	12	427521	427532	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389858941
125	NC_017952	CGGAAT	2	12	427783	427794	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858942
126	NC_017952	AGCTAA	2	12	432062	432073	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858946
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128	NC_017952	ATGAAG	2	12	453154	453165	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389858965
129	NC_017952	TAACTC	2	12	453671	453682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389858965
130	NC_017952	ATCCGC	2	12	454596	454607	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858965
131	NC_017952	CTGTAT	2	12	455946	455957	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858966
132	NC_017952	CTAAAG	2	12	457014	457025	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858966
133	NC_017952	CCAATA	2	12	461999	462010	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389858970
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135	NC_017952	TATTGG	2	12	468439	468450	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858978
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146	NC_017952	GGTTGT	2	12	511753	511764	0 %	50 %	50 %	0 %	389859012
147	NC_017952	TCTCTA	2	12	517612	517623	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389859018
148	NC_017952	TGAACT	2	12	518120	518131	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389859018
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219	NC_017952	TAGCTG	2	12	780074	780085	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389859252
220	NC_017952	ATGAAG	2	12	784721	784732	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389859253
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229	NC_017952	GCTGAG	2	12	805013	805024	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389859271
230	NC_017952	TAGCCT	2	12	807960	807971	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859272
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232	NC_017952	GAAAGG	2	12	833278	833289	50 %	0 %	50 %	0 %	389859291
233	NC_017952	AGCTTC	2	12	834732	834743	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389859292
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.