MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SW3

Total Repeats: 369

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017952	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017952	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017952	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017952	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017952	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017952	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017952	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017952	AATG	2	8	12131	12138	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017952	ATTT	2	8	12908	12915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017952	AAGG	2	8	14028	14035	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017952	CAAA	2	8	16662	16669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017952	TGCG	2	8	19116	19123	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017952	CGCT	2	8	21858	21865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017952	TTAA	2	8	21879	21886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017952	GTTA	2	8	21916	21923	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017952	GATC	2	8	21971	21978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017952	ATTG	2	8	28528	28535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017952	TGTT	2	8	44405	44412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017952	AATA	2	8	44644	44651	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017952	AAGT	2	8	48567	48574	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017952	TATT	2	8	52876	52883	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017952	GTTT	2	8	54736	54743	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017952	TGTT	2	8	54744	54751	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017952	TAAT	2	8	54788	54795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017952	CAGA	2	8	61409	61416	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017952	ACAA	2	8	68053	68060	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017952	AAGG	2	8	68151	68158	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017952	GATA	2	8	72632	72639	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017952	TCTA	2	8	77291	77298	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017952	GTTT	2	8	80065	80072	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017952	ATTC	2	8	80268	80275	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017952	GGTT	2	8	80418	80425	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017952	GTTT	2	8	88725	88732	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017952	TTTA	2	8	88748	88755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017952	GTTT	2	8	88760	88767	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017952	GTTT	2	8	88811	88818	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017952	AAAT	2	8	94355	94362	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017952	TATT	2	8	98380	98387	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017952	AAGA	2	8	107367	107374	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017952	CTGG	2	8	121067	121074	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017952	GTTT	2	8	135569	135576	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017952	ATCT	2	8	152288	152295	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017952	GCTG	2	8	152327	152334	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017952	TGTT	2	8	157906	157913	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017952	AAAG	2	8	158748	158755	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017952	TTTA	2	8	158757	158764	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017952	TAAT	2	8	158874	158881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017952	TAAT	2	8	159709	159716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017952	GCTT	2	8	162345	162352	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017952	CTTC	2	8	166416	166423	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017952	TTAG	2	8	170825	170832	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017952	AAAC	2	8	172572	172579	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017952	GTAT	2	8	173754	173761	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017952	GGAA	2	8	178942	178949	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017952	TTCC	2	8	181347	181354	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017952	AAAC	2	8	181450	181457	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017952	AAAG	2	8	182737	182744	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017952	AAGA	2	8	182755	182762	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017952	AAAG	2	8	182935	182942	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017952	GATG	2	8	182967	182974	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017952	CCAG	2	8	183365	183372	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017952	TCGC	2	8	183627	183634	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017952	GTTG	2	8	184274	184281	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017952	GGAC	2	8	188554	188561	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017952	ATGC	2	8	193369	193376	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017952	CTTT	2	8	193510	193517	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017952	ACGA	2	8	203383	203390	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017952	GAAA	2	8	203668	203675	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017952	TAAA	2	8	204469	204476	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017952	CCTT	2	8	216805	216812	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017952	CTAT	2	8	220495	220502	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017952	GCAA	2	8	220739	220746	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017952	AATT	2	8	222075	222082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017952	CTTG	2	8	222424	222431	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017952	AAAC	2	8	226154	226161	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017952	AAAT	2	8	244390	244397	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017952	AAGA	2	8	244409	244416	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017952	TTTC	2	8	247010	247017	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017952	TAAA	2	8	247844	247851	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017952	AATA	2	8	251502	251509	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017952	GAAA	2	8	253121	253128	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017952	GCAG	2	8	253170	253177	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017952	AGAA	2	8	253203	253210	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017952	CCAA	2	8	255086	255093	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017952	AAAC	2	8	255693	255700	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017952	TAAA	2	8	265098	265105	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017952	CAAA	2	8	268033	268040	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017952	TCTA	2	8	274400	274407	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017952	ATTT	2	8	274546	274553	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017952	GTTT	2	8	280388	280395	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017952	AAAG	2	8	280423	280430	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017952	TGCC	2	8	280911	280918	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017952	GGGA	2	8	284759	284766	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017952	CAAA	2	8	284804	284811	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017952	TAAA	2	8	285901	285908	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017952	GATA	2	8	287562	287569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017952	AATC	2	8	292687	292694	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017952	ACAA	2	8	298456	298463	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017952	GCTT	2	8	299786	299793	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017952	CCCT	2	8	300353	300360	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_017952	TAAA	2	8	302825	302832	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017952	TCCA	2	8	305984	305991	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017952	TCCC	2	8	306186	306193	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_017952	ATTG	2	8	307371	307378	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017952	AATA	2	8	318760	318767	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017952	TAAA	2	8	318781	318788	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017952	CAGA	2	8	318789	318796	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017952	AATA	2	8	318856	318863	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017952	CAAT	2	8	328485	328492	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017952	GCTA	2	8	329175	329182	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017952	TTAA	2	8	334518	334525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017952	CAGT	2	8	334864	334871	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017952	CAAG	2	8	341044	341051	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017952	GCAA	2	8	359851	359858	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017952	TTTA	2	8	364552	364559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017952	CAAA	2	8	364846	364853	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017952	TAGT	2	8	365159	365166	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017952	AGGC	2	8	367148	367155	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017952	TCCA	2	8	367204	367211	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_017952	ACCA	2	8	367281	367288	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_017952	GCAT	2	8	367745	367752	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017952	TGAG	2	8	367778	367785	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017952	TATG	2	8	368519	368526	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017952	GCTT	2	8	369192	369199	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017952	TAAA	2	8	369470	369477	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017952	AAAT	2	8	370388	370395	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017952	CCTT	2	8	370410	370417	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017952	ATCT	2	8	370443	370450	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017952	ACAA	2	8	370452	370459	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017952	TAAA	2	8	382226	382233	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017952	TTTA	2	8	392194	392201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017952	GATT	2	8	392953	392960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017952	AATT	2	8	393002	393009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017952	TTAT	2	8	396395	396402	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017952	GCAA	2	8	396448	396455	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017952	TCAT	2	8	405742	405749	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017952	CAAA	2	8	407878	407885	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017952	ATGC	2	8	412414	412421	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017952	ATTT	2	8	417295	417302	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017952	AGAA	2	8	417305	417312	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017952	ATTA	2	8	419094	419101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017952	ACTG	2	8	425588	425595	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017952	CTTT	2	8	425607	425614	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017952	TTCT	2	8	429152	429159	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017952	AACT	2	8	431384	431391	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017952	CAAA	2	8	431732	431739	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017952	ACTC	2	8	436424	436431	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_017952	AAAC	2	8	441464	441471	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017952	AAAT	2	8	441606	441613	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017952	TAAC	2	8	444172	444179	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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152	NC_017952	AAAC	2	8	449045	449052	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.