MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW4

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017951	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	389857698
2	NC_017951	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857702
3	NC_017951	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857708
4	NC_017951	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857708
5	NC_017951	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857709
6	NC_017951	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857715
7	NC_017951	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857717
8	NC_017951	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	389857718
9	NC_017951	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857730
10	NC_017951	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389857731
11	NC_017951	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857731
12	NC_017951	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389857738
13	NC_017951	TGAACG	2	12	52931	52942	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857745
14	NC_017951	GTGATT	2	12	52950	52961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857745
15	NC_017951	GATCTG	2	12	55589	55600	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857747
16	NC_017951	GGTTCA	2	12	55726	55737	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857747
17	NC_017951	AGTTGT	2	12	58267	58278	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857749
18	NC_017951	TTGTTC	2	12	59187	59198	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857749
19	NC_017951	TCCTAA	2	12	59997	60008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389857750
20	NC_017951	GTTCTT	2	12	63911	63922	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857752
21	NC_017951	CTATTT	2	12	72233	72244	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389857759
22	NC_017951	ACTCTT	2	12	73362	73373	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857760
23	NC_017951	TTTCTG	2	12	73912	73923	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857761
24	NC_017951	GATCAT	2	12	74042	74053	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857761
25	NC_017951	TAGTAC	2	12	77036	77047	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857762
26	NC_017951	GTCTGT	2	12	83731	83742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389857768
27	NC_017951	TTCTGA	2	12	89345	89356	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857772
28	NC_017951	AAAAGA	2	12	94408	94419	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389857778
29	NC_017951	AGCTGT	2	12	96502	96513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857779
30	NC_017951	TCTTTT	2	12	97167	97178	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857781
31	NC_017951	GGGGCT	2	12	98115	98126	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389857781
32	NC_017951	TTTGAG	2	12	100319	100330	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857783
33	NC_017951	TCAGAA	2	12	106960	106971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857788
34	NC_017951	CATAAC	2	12	110004	110015	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389857791
35	NC_017951	TGTTCT	2	12	112768	112779	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857793
36	NC_017951	ACTTCG	2	12	116052	116063	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857795
37	NC_017951	TTGCCA	2	12	119591	119602	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857799
38	NC_017951	TTGGTA	2	12	121131	121142	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857801
39	NC_017951	AGGATC	2	12	121510	121521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857801
40	NC_017951	AAGGGT	2	12	123317	123328	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389857802
41	NC_017951	GGGTTT	2	12	124280	124291	0 %	50 %	50 %	0 %	389857803
42	NC_017951	TTGCAT	2	12	124562	124573	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857803
43	NC_017951	AAGAGA	2	12	124931	124942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	389857803
44	NC_017951	TTAAAA	2	12	133867	133878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	389857809
45	NC_017951	AGGTTG	2	12	135109	135120	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389857810
46	NC_017951	GAGTTA	2	12	140160	140171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857819
47	NC_017951	TGGAAT	2	12	143588	143599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857823
48	NC_017951	ATGGTT	2	12	143832	143843	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857823
49	NC_017951	TGCTCT	2	12	146023	146034	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857826
50	NC_017951	GAAAGG	2	12	149761	149772	50 %	0 %	50 %	0 %	389857828
51	NC_017951	GCTTTG	2	12	150004	150015	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389857828
52	NC_017951	TGTGCG	2	12	154127	154138	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389857831
53	NC_017951	CCTCAT	2	12	155425	155436	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857832
54	NC_017951	TGGAGA	2	12	156883	156894	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389857834
55	NC_017951	CTCCAT	2	12	158252	158263	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857835
56	NC_017951	TCCTTG	2	12	158848	158859	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857836
57	NC_017951	AACAGC	2	12	161484	161495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857839
58	NC_017951	AAAAAG	2	12	174074	174085	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389857846
59	NC_017951	ACTTCT	2	12	189761	189772	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857857
60	NC_017951	ATTTGC	2	12	192454	192465	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857858
61	NC_017951	AAACAT	2	12	193544	193555	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389857860
62	NC_017951	AGCAAC	2	12	193879	193890	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857860
63	NC_017951	TCTGGA	2	12	199841	199852	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857866
64	NC_017951	CTGGAT	2	12	215432	215443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857879
65	NC_017951	GAAATA	2	12	215755	215766	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389857879
66	NC_017951	ACTCCA	2	12	223501	223512	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389857887
67	NC_017951	CTGCTT	2	12	223733	223744	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857887
68	NC_017951	ATTGCT	2	12	227042	227053	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857890
69	NC_017951	TCCTAG	2	12	227332	227343	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857890
70	NC_017951	GCAACG	2	12	227820	227831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389857891
71	NC_017951	CTTAGC	2	12	230449	230460	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857893
72	NC_017951	TTCCTT	2	12	237281	237292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389857898
73	NC_017951	TCTCCT	2	12	240162	240173	0 %	50 %	0 %	50 %	389857899
74	NC_017951	AAACCA	2	12	240737	240748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389857900
75	NC_017951	CCTGCA	2	12	256126	256137	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389857919
76	NC_017951	ACCTTT	2	12	261321	261332	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857924
77	NC_017951	TCATAA	2	12	269165	269176	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389857931
78	NC_017951	AAGTGT	2	12	269891	269902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857931
79	NC_017951	ATCTAA	2	12	273169	273180	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389857934
80	NC_017951	TGGAAT	2	12	275367	275378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857936
81	NC_017951	GGAACA	2	12	279254	279265	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389857938
82	NC_017951	CACGCG	2	12	281627	281638	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389857940
83	NC_017951	TTTCTT	2	12	281806	281817	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857940
84	NC_017951	CTCCTA	2	12	285968	285979	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857943
85	NC_017951	GCAATG	2	12	292087	292098	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857949
86	NC_017951	CGACAT	2	12	292760	292771	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389857950
87	NC_017951	CCCTTA	2	12	294214	294225	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857952
88	NC_017951	AAAATA	2	12	296312	296323	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	389857954
89	NC_017951	ACCACT	2	12	298667	298678	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389857956
90	NC_017951	CATTGC	2	12	301913	301924	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857959
91	NC_017951	CCAAAA	2	12	303092	303103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389857960
92	NC_017951	TCTTTT	2	12	304977	304988	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857962
93	NC_017951	CAAGAC	2	12	306068	306079	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857963
94	NC_017951	AGCTTA	2	12	307349	307360	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857965
95	NC_017951	CAAAGA	2	12	312734	312745	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389857970
96	NC_017951	ATGGCT	2	12	313350	313361	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857971
97	NC_017951	TACAAA	2	12	317540	317551	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389857974
98	NC_017951	TTAATT	2	12	319219	319230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389857976
99	NC_017951	AAAACA	2	12	322704	322715	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	389857978
100	NC_017951	CAGAAC	2	12	344700	344711	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857997
101	NC_017951	ATTCAA	2	12	349677	349688	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389858002
102	NC_017951	TTCTTA	2	12	361654	361665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389858010
103	NC_017951	CAGCCT	2	12	373715	373726	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858022
104	NC_017951	AGCTGA	2	12	373765	373776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858022
105	NC_017951	ATGCTA	2	12	377632	377643	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858024
106	NC_017951	CAATAG	2	12	384238	384249	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858027
107	NC_017951	ACTGAA	2	12	384379	384390	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858027
108	NC_017951	CTGCAC	2	12	384572	384583	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858027
109	NC_017951	TCCATA	2	12	394931	394942	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389858036
110	NC_017951	TTAGGT	2	12	396289	396300	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858038
111	NC_017951	AGGGAA	2	12	397615	397626	50 %	0 %	50 %	0 %	389858039
112	NC_017951	CTGAAG	2	12	398450	398461	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858040
113	NC_017951	TAATCT	2	12	403867	403878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	389858043
114	NC_017951	GAACAA	2	12	404369	404380	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389858044
115	NC_017951	CTAAAG	2	12	404752	404763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858045
116	NC_017951	CCTTTC	2	12	405916	405927	0 %	50 %	0 %	50 %	389858046
117	NC_017951	ACATGC	2	12	415457	415468	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389858055
118	NC_017951	GGCTCT	2	12	416192	416203	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389858056
119	NC_017951	ATCTTG	2	12	417786	417797	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858057
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122	NC_017951	CTCTAC	2	12	426434	426445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858064
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226	NC_017951	AGAAAT	2	12	802562	802573	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389858393
227	NC_017951	GAAATT	2	12	804175	804186	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389858395
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229	NC_017951	TAGCCT	2	12	807804	807815	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858396
230	NC_017951	AAGAGG	2	12	828245	828256	50 %	0 %	50 %	0 %	389858410
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232	NC_017951	AGCTTC	2	12	834576	834587	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389858416
233	NC_017951	ATCACA	2	12	838681	838692	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389858421
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.