MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptococcus suis ST1 chromosome

Total Repeats: 655

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017950	CCTAAC	2	12	8487	8498	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389855718
2	NC_017950	TGCCTA	2	12	8961	8972	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389855718
3	NC_017950	TAAAGC	2	12	14132	14143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389855725
4	NC_017950	CTTGGC	2	12	30412	30423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389855733
5	NC_017950	TGACAG	2	12	31049	31060	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389855734
6	NC_017950	TGGAAG	2	12	34316	34327	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389855738
7	NC_017950	GTGGAT	2	12	34663	34674	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389855738
8	NC_017950	ATTTTG	2	12	43154	43165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389855744
9	NC_017950	CGTGGC	2	12	45858	45869	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389855747
10	NC_017950	CCTAGA	2	12	46551	46562	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389855748
11	NC_017950	TAGAAA	2	12	49699	49710	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389855749
12	NC_017950	AATATG	2	12	54454	54465	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389855755
13	NC_017950	GCGGAC	2	12	61880	61891	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389855765
14	NC_017950	CTCAAT	2	12	64537	64548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389855768
15	NC_017950	CGAATA	2	12	66659	66670	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389855771
16	NC_017950	ATGGCA	2	12	68709	68720	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389855774
17	NC_017950	CAGGGA	2	12	70708	70719	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	389855776
18	NC_017950	GAGAAT	2	12	77561	77572	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389855784
19	NC_017950	AGCTAA	2	12	80736	80747	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389855788
20	NC_017950	TAAAGG	2	12	80865	80876	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389855788
21	NC_017950	TGCAAC	2	12	81705	81716	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389855789
22	NC_017950	CGCAAT	2	12	83459	83470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389855793
23	NC_017950	TCAACA	2	12	83859	83870	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389855794
24	NC_017950	ATCGAA	2	12	83871	83882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389855794
25	NC_017950	ACATCA	2	12	84007	84018	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389855794
26	NC_017950	AGTTAA	2	12	84746	84757	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389855795
27	NC_017950	ATCGTT	2	12	86649	86660	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389855800
28	NC_017950	CAAATT	2	12	86848	86859	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389855801
29	NC_017950	CCAACA	2	12	88503	88514	50 %	0 %	0 %	50 %	389855804
30	NC_017950	AAAGGT	2	12	88599	88610	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389855804
31	NC_017950	ACTTGG	2	12	89710	89721	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389855807
32	NC_017950	GCGGTG	2	12	90078	90089	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389855808
33	NC_017950	ATGGTA	2	12	90937	90948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389855809
34	NC_017950	ATTGAA	2	12	92593	92604	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389855811
35	NC_017950	GTAAAG	2	12	93279	93290	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389855812
36	NC_017950	GTTAAA	2	12	94653	94664	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389855814
37	NC_017950	GATTTC	2	12	107468	107479	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389855821
38	NC_017950	TTGAAA	2	12	116353	116364	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389855833
39	NC_017950	TGGAAT	2	12	122166	122177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389855838
40	NC_017950	GTGAAG	2	12	127260	127271	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389855839
41	NC_017950	GGCGAA	2	12	128729	128740	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	389855839
42	NC_017950	TCCATT	2	12	137681	137692	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389855850
43	NC_017950	GAAAAA	2	12	141055	141066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389855853
44	NC_017950	TTGAGT	2	12	141747	141758	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389855855
45	NC_017950	TCGGCA	2	12	144054	144065	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389855857
46	NC_017950	TAAGAT	2	12	148378	148389	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389855863
47	NC_017950	GCAAGA	2	12	148856	148867	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389855864
48	NC_017950	TATCAC	2	12	148874	148885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389855864
49	NC_017950	TTCGAG	2	12	150255	150266	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389855864
50	NC_017950	ATACTC	2	12	150846	150857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389855865
51	NC_017950	GTTCCA	2	12	155247	155258	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389855867
52	NC_017950	CCAGAA	2	12	160464	160475	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389855871
53	NC_017950	TTGAAG	2	12	160615	160626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389855871
54	NC_017950	AGCACC	2	12	161171	161182	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389855871
55	NC_017950	GTGGCG	2	12	164163	164174	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389855874
56	NC_017950	GGCTGT	2	12	165284	165295	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389855876
57	NC_017950	GGAGTT	2	12	165431	165442	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389855876
58	NC_017950	CCAAGA	2	12	165808	165819	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389855876
59	NC_017950	ATTTTA	2	12	171546	171557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389855883
60	NC_017950	TTTTGA	2	12	173787	173798	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389855885
61	NC_017950	AGCGGT	2	12	178867	178878	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389855891
62	NC_017950	GATTTG	2	12	183123	183134	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389855895
63	NC_017950	CAGCAA	2	12	184855	184866	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389855896
64	NC_017950	GATTGA	2	12	187478	187489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389855898
65	NC_017950	ATTGCT	2	12	188709	188720	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389855900
66	NC_017950	AAGTCT	2	12	188991	189002	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389855900
67	NC_017950	CTATAC	2	12	190158	190169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389855901
68	NC_017950	CATTGC	2	12	192042	192053	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389855903
69	NC_017950	TTGATT	2	12	192322	192333	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389855903
70	NC_017950	CTCCAA	2	12	197239	197250	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389855906
71	NC_017950	TAAGCG	2	12	202085	202096	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389855909
72	NC_017950	GTCAAG	2	12	209847	209858	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389855917
73	NC_017950	TCCACG	2	12	219919	219930	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389855926
74	NC_017950	AAAGTC	2	12	220179	220190	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389855926
75	NC_017950	TGGCTA	2	12	226737	226748	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389855931
76	NC_017950	TGAGTT	2	12	227479	227490	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389855931
77	NC_017950	GATGAA	2	12	228888	228899	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389855932
78	NC_017950	AACAGA	2	12	233092	233103	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389855936
79	NC_017950	TTATGG	2	12	235732	235743	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389855937
80	NC_017950	AATTTC	2	12	236137	236148	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	389855937
81	NC_017950	TTTTAT	2	12	240583	240594	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	389855942
82	NC_017950	ACCAGA	2	12	242694	242705	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389855944
83	NC_017950	TAGGGT	2	12	254485	254496	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389855956
84	NC_017950	AAAGAT	2	12	258139	258150	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389855961
85	NC_017950	AGGTGT	2	12	260709	260720	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389855963
86	NC_017950	TCTGTT	2	12	262718	262729	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389855966
87	NC_017950	CAAAAA	2	12	264694	264705	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	389855966
88	NC_017950	CGACAA	2	12	270041	270052	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389855971
89	NC_017950	GGCGAC	2	12	273974	273985	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389855973
90	NC_017950	CCATGA	2	12	276309	276320	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389855974
91	NC_017950	GTTGCA	2	12	283225	283236	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389855979
92	NC_017950	AAAAAG	2	12	284034	284045	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389855980
93	NC_017950	CTTGCA	2	12	284180	284191	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389855980
94	NC_017950	CATAGA	2	12	290750	290761	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389855986
95	NC_017950	TTCTTG	2	12	291447	291458	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389855986
96	NC_017950	TCGACA	2	12	298096	298107	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389855992
97	NC_017950	AAGCCC	2	12	298450	298461	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389855992
98	NC_017950	AGGATG	2	12	301323	301334	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389855995
99	NC_017950	GTCCCA	2	12	301455	301466	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389855995
100	NC_017950	AGCTGA	2	12	304569	304580	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389855999
101	NC_017950	CTTTGA	2	12	304713	304724	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389855999
102	NC_017950	CCTGCC	2	12	305292	305303	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	389855999
103	NC_017950	CTATCC	2	12	309491	309502	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389856003
104	NC_017950	GAAGAG	2	12	310486	310497	50 %	0 %	50 %	0 %	389856005
105	NC_017950	GAAGAT	2	12	312657	312668	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389856006
106	NC_017950	GATTTG	2	12	314127	314138	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389856008
107	NC_017950	CAACTG	2	12	315297	315308	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389856010
108	NC_017950	ATTACC	2	12	316319	316330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389856012
109	NC_017950	CTTGGG	2	12	322928	322939	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389856020
110	NC_017950	ACTTGG	2	12	328295	328306	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389856025
111	NC_017950	CTATCT	2	12	332170	332181	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389856029
112	NC_017950	ATCACT	2	12	334476	334487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389856029
113	NC_017950	CATCGT	2	12	337202	337213	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389856031
114	NC_017950	GCAAAA	2	12	338376	338387	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389856032
115	NC_017950	CTTGAC	2	12	338589	338600	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389856032
116	NC_017950	TAAGGC	2	12	345927	345938	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856035
117	NC_017950	CATGCG	2	12	351503	351514	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389856041
118	NC_017950	CTGAAG	2	12	356050	356061	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856046
119	NC_017950	GATTGA	2	12	358119	358130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389856048
120	NC_017950	CAAGCT	2	12	361478	361489	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389856051
121	NC_017950	GATGCA	2	12	361490	361501	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856051
122	NC_017950	GCTACT	2	12	362972	362983	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389856051
123	NC_017950	ATAAAG	2	12	363054	363065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389856051
124	NC_017950	CCGAGT	2	12	367808	367819	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389856057
125	NC_017950	CATCCA	2	12	368693	368704	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389856057
126	NC_017950	TTTTTG	2	12	369333	369344	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	389856058
127	NC_017950	GGATGA	2	12	371207	371218	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389856060
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129	NC_017950	GAGCAT	2	12	376907	376918	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856069
130	NC_017950	TCTGGC	2	12	377598	377609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389856070
131	NC_017950	TTATTT	2	12	382224	382235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	389856073
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133	NC_017950	GAACCA	2	12	387504	387515	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389856076
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135	NC_017950	CATCAC	2	12	395278	395289	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389856082
136	NC_017950	TGTGAT	2	12	401795	401806	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389856091
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139	NC_017950	ACCCAG	2	12	416758	416769	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389856107
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141	NC_017950	CGGGCT	2	12	418516	418527	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389856108
142	NC_017950	CTACCA	2	12	419490	419501	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389856108
143	NC_017950	AGCGAC	2	12	423981	423992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389856112
144	NC_017950	AACCAG	2	12	424698	424709	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389856112
145	NC_017950	CAAGTA	2	12	424736	424747	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389856112
146	NC_017950	AACGGA	2	12	426136	426147	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389856114
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150	NC_017950	ACTTGA	2	12	442357	442368	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389856125
151	NC_017950	CCTTAT	2	12	446197	446208	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389856130
152	NC_017950	CTCTAT	2	12	448324	448335	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389856131
153	NC_017950	TTAGTA	2	12	450746	450757	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	389856135
154	NC_017950	AGGCTG	2	12	452821	452832	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389856138
155	NC_017950	GTTGCG	2	12	455148	455159	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389856141
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161	NC_017950	TTGCGG	2	12	464014	464025	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389856144
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168	NC_017950	TGGTCA	2	12	490256	490267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389856166
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201	NC_017950	CGACAG	2	12	595213	595224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389856252
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211	NC_017950	AGAGGA	2	12	635384	635395	50 %	0 %	50 %	0 %	389856289
212	NC_017950	GCAGAT	2	12	636801	636812	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856289
213	NC_017950	TTCTTT	2	12	637930	637941	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389856291
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215	NC_017950	CAGCTA	2	12	639414	639425	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389856293
216	NC_017950	TTATGA	2	12	641402	641413	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	389856296
217	NC_017950	AAAGAA	2	12	644053	644064	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389856298
218	NC_017950	GAGCAG	2	12	654483	654494	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	389856309
219	NC_017950	GCGATA	2	12	657252	657263	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856313
220	NC_017950	AGACAG	2	12	661523	661534	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389856314
221	NC_017950	TTATAT	2	12	661683	661694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389856314
222	NC_017950	AGAATT	2	12	664338	664349	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389856315
223	NC_017950	CTCAAT	2	12	665947	665958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389856316
224	NC_017950	TGAAAT	2	12	669437	669448	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389856321
225	NC_017950	AGGGGC	2	12	670914	670925	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	389856323
226	NC_017950	GCATTT	2	12	672693	672704	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389856326
227	NC_017950	CATGAA	2	12	675015	675026	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389856329
228	NC_017950	CATTAC	2	12	677784	677795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389856332
229	NC_017950	TCGGAT	2	12	683959	683970	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389856336
230	NC_017950	ATTTTT	2	12	684564	684575	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	389856336
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342	NC_017950	CCGAAA	2	12	1038775	1038786	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389856687
343	NC_017950	CTTTCA	2	12	1045439	1045450	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389856693
344	NC_017950	TTGAAA	2	12	1047687	1047698	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389856696
345	NC_017950	AATGGA	2	12	1047865	1047876	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389856696
346	NC_017950	GAACTG	2	12	1049516	1049527	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389856700
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349	NC_017950	CACGGT	2	12	1051749	1051760	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389856701
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444	NC_017950	TCAATC	2	12	1351915	1351926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389857000
445	NC_017950	GGTTTA	2	12	1352913	1352924	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857001
446	NC_017950	CAATGG	2	12	1357596	1357607	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857007
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448	NC_017950	ATCAAA	2	12	1360190	1360201	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389857010
449	NC_017950	CACTTT	2	12	1362111	1362122	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857011
450	NC_017950	ACCTAG	2	12	1365062	1365073	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389857015
451	NC_017950	GAATCA	2	12	1370266	1370277	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857018
452	NC_017950	AGCAGG	2	12	1372570	1372581	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	389857020
453	NC_017950	TTTGAT	2	12	1373719	1373730	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389857021
454	NC_017950	CCCAAA	2	12	1373966	1373977	50 %	0 %	0 %	50 %	389857021
455	NC_017950	TCTTCA	2	12	1375326	1375337	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857023
456	NC_017950	TTTTCA	2	12	1377959	1377970	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389857026
457	NC_017950	CGCCTT	2	12	1379913	1379924	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	389857029
458	NC_017950	ACCAAG	2	12	1380523	1380534	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857029
459	NC_017950	ACTTCA	2	12	1380638	1380649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389857029
460	NC_017950	TCTAAC	2	12	1383898	1383909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389857034
461	NC_017950	TAGAGA	2	12	1391744	1391755	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389857040
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481	NC_017950	ATTGAC	2	12	1453402	1453413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857118
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500	NC_017950	CCTCAA	2	12	1520016	1520027	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389857185

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