MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM500

Total Repeats: 362

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017944	GATGT	2	10	892	901	20 %	40 %	40 %	0 %	389848880
2	NC_017944	CGTTT	2	10	2410	2419	0 %	60 %	20 %	20 %	389848881
3	NC_017944	CGGTC	2	10	4028	4037	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017944	CAGTG	2	10	4202	4211	20 %	20 %	40 %	20 %	389848883
5	NC_017944	CGGAG	2	10	7607	7616	20 %	0 %	60 %	20 %	389848886
6	NC_017944	GGATG	2	10	9956	9965	20 %	20 %	60 %	0 %	389848888
7	NC_017944	AGTCC	2	10	10687	10696	20 %	20 %	20 %	40 %	389848889
8	NC_017944	CCGTC	2	10	10985	10994	0 %	20 %	20 %	60 %	389848889
9	NC_017944	GAGTG	2	10	12342	12351	20 %	20 %	60 %	0 %	389848891
10	NC_017944	GACAA	2	10	12488	12497	60 %	0 %	20 %	20 %	389848892
11	NC_017944	GTGGC	2	10	12836	12845	0 %	20 %	60 %	20 %	389848892
12	NC_017944	GCGGT	2	10	16017	16026	0 %	20 %	60 %	20 %	389848894
13	NC_017944	GTCTC	2	10	18124	18133	0 %	40 %	20 %	40 %	389848897
14	NC_017944	ACGGT	2	10	19509	19518	20 %	20 %	40 %	20 %	389848899
15	NC_017944	TTCGA	2	10	20707	20716	20 %	40 %	20 %	20 %	389848900
16	NC_017944	ACACC	2	10	22397	22406	40 %	0 %	0 %	60 %	389848902
17	NC_017944	AGAAC	2	10	28807	28816	60 %	0 %	20 %	20 %	389848907
18	NC_017944	AACAA	2	10	28878	28887	80 %	0 %	0 %	20 %	389848907
19	NC_017944	GCGAG	2	10	35632	35641	20 %	0 %	60 %	20 %	389848910
20	NC_017944	AACGA	2	10	35907	35916	60 %	0 %	20 %	20 %	389848910
21	NC_017944	TGGGC	2	10	36760	36769	0 %	20 %	60 %	20 %	389848910
22	NC_017944	CGATT	2	10	36944	36953	20 %	40 %	20 %	20 %	389848910
23	NC_017944	GCGAC	2	10	37410	37419	20 %	0 %	40 %	40 %	389848911
24	NC_017944	ACGTC	2	10	40517	40526	20 %	20 %	20 %	40 %	389848914
25	NC_017944	GCACG	2	10	42891	42900	20 %	0 %	40 %	40 %	389848916
26	NC_017944	GAAGC	2	10	43041	43050	40 %	0 %	40 %	20 %	389848916
27	NC_017944	ATCGA	2	10	44041	44050	40 %	20 %	20 %	20 %	389848917
28	NC_017944	ATTCG	2	10	47999	48008	20 %	40 %	20 %	20 %	389848919
29	NC_017944	GAGCC	2	10	52513	52522	20 %	0 %	40 %	40 %	389848923
30	NC_017944	CCGGC	2	10	54527	54536	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
31	NC_017944	AGTCG	2	10	58600	58609	20 %	20 %	40 %	20 %	389848929
32	NC_017944	CGGGG	2	10	59408	59417	0 %	0 %	80 %	20 %	389848929
33	NC_017944	TCGCT	2	10	62124	62133	0 %	40 %	20 %	40 %	389848932
34	NC_017944	GTTCG	2	10	62189	62198	0 %	40 %	40 %	20 %	389848932
35	NC_017944	CCCTC	2	10	63799	63808	0 %	20 %	0 %	80 %	389848934
36	NC_017944	CTCGA	2	10	65220	65229	20 %	20 %	20 %	40 %	389848934
37	NC_017944	GGTTC	2	10	65462	65471	0 %	40 %	40 %	20 %	389848934
38	NC_017944	CGTCG	2	10	67412	67421	0 %	20 %	40 %	40 %	389848937
39	NC_017944	GTCCG	2	10	67795	67804	0 %	20 %	40 %	40 %	389848938
40	NC_017944	GTTCT	2	10	70303	70312	0 %	60 %	20 %	20 %	389848940
41	NC_017944	CCCAC	2	10	71255	71264	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
42	NC_017944	GATTC	2	10	72431	72440	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017944	ATTTA	2	10	72842	72851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017944	ATTTG	2	10	73050	73059	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017944	TTCGA	2	10	73774	73783	20 %	40 %	20 %	20 %	389848941
46	NC_017944	ATCAC	2	10	74592	74601	40 %	20 %	0 %	40 %	389848942
47	NC_017944	GTCGG	2	10	74606	74615	0 %	20 %	60 %	20 %	389848942
48	NC_017944	GCGAT	2	10	74900	74909	20 %	20 %	40 %	20 %	389848942
49	NC_017944	GCTCC	2	10	75575	75584	0 %	20 %	20 %	60 %	389848942
50	NC_017944	AGCGG	2	10	75636	75645	20 %	0 %	60 %	20 %	389848942
51	NC_017944	ACGCC	2	10	75872	75881	20 %	0 %	20 %	60 %	389848942
52	NC_017944	CCCGT	2	10	76182	76191	0 %	20 %	20 %	60 %	389848942
53	NC_017944	GCGAC	2	10	78335	78344	20 %	0 %	40 %	40 %	389848942
54	NC_017944	TCGAC	2	10	78636	78645	20 %	20 %	20 %	40 %	389848942
55	NC_017944	GACGG	2	10	78700	78709	20 %	0 %	60 %	20 %	389848942
56	NC_017944	GACCG	2	10	80409	80418	20 %	0 %	40 %	40 %	389848943
57	NC_017944	CGTTG	2	10	81599	81608	0 %	40 %	40 %	20 %	389848943
58	NC_017944	GGCGT	2	10	88702	88711	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017944	ACGTG	2	10	89622	89631	20 %	20 %	40 %	20 %	389848953
60	NC_017944	ACGTC	2	10	91994	92003	20 %	20 %	20 %	40 %	389848955
61	NC_017944	GTGCG	2	10	93900	93909	0 %	20 %	60 %	20 %	389848957
62	NC_017944	AACGT	2	10	93956	93965	40 %	20 %	20 %	20 %	389848957
63	NC_017944	CCAAC	2	10	95148	95157	40 %	0 %	0 %	60 %	389848958
64	NC_017944	AAACC	2	10	97592	97601	60 %	0 %	0 %	40 %	389848959
65	NC_017944	ACCCC	2	10	98826	98835	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_017944	GAGCC	2	10	98930	98939	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017944	TATTG	2	10	100527	100536	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017944	GACGC	2	10	100823	100832	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017944	TCGTA	2	10	101436	101445	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017944	GGTTT	2	10	101455	101464	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017944	ACGTC	2	10	101629	101638	20 %	20 %	20 %	40 %	389848963
72	NC_017944	TCGAA	2	10	102609	102618	40 %	20 %	20 %	20 %	389848963
73	NC_017944	GAAGC	2	10	105894	105903	40 %	0 %	40 %	20 %	389848968
74	NC_017944	AATCC	2	10	106581	106590	40 %	20 %	0 %	40 %	389848969
75	NC_017944	CCTGT	2	10	109116	109125	0 %	40 %	20 %	40 %	389848972
76	NC_017944	ATGGC	2	10	110915	110924	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017944	GTGAC	2	10	116086	116095	20 %	20 %	40 %	20 %	389848982
78	NC_017944	GGCGA	2	10	116303	116312	20 %	0 %	60 %	20 %	389848982
79	NC_017944	CGGCT	2	10	117801	117810	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017944	GGCTC	2	10	120728	120737	0 %	20 %	40 %	40 %	389848986
81	NC_017944	GTCGC	2	10	123102	123111	0 %	20 %	40 %	40 %	389848990
82	NC_017944	TTTTG	2	10	124708	124717	0 %	80 %	20 %	0 %	389848992
83	NC_017944	GTCGA	2	10	126554	126563	20 %	20 %	40 %	20 %	389848994
84	NC_017944	CGACC	2	10	126794	126803	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017944	TGTTC	2	10	129594	129603	0 %	60 %	20 %	20 %	389848997
86	NC_017944	TCAAA	2	10	130148	130157	60 %	20 %	0 %	20 %	389848998
87	NC_017944	ATTCA	2	10	131171	131180	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017944	GGTCG	2	10	132359	132368	0 %	20 %	60 %	20 %	389848999
89	NC_017944	TCACG	2	10	133100	133109	20 %	20 %	20 %	40 %	389848999
90	NC_017944	GCGAC	2	10	133492	133501	20 %	0 %	40 %	40 %	389848999
91	NC_017944	GACCC	2	10	133749	133758	20 %	0 %	20 %	60 %	389848999
92	NC_017944	CCCAC	2	10	134426	134435	20 %	0 %	0 %	80 %	389848999
93	NC_017944	CCGAC	2	10	134575	134584	20 %	0 %	20 %	60 %	389848999
94	NC_017944	AGTCG	2	10	135291	135300	20 %	20 %	40 %	20 %	389849000
95	NC_017944	TGTCG	2	10	135809	135818	0 %	40 %	40 %	20 %	389849000
96	NC_017944	CGACA	2	10	137129	137138	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017944	TAATT	2	10	137178	137187	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017944	TCCCC	2	10	137207	137216	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
99	NC_017944	CTGAA	2	10	137321	137330	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017944	ACGGC	2	10	139817	139826	20 %	0 %	40 %	40 %	389849003
101	NC_017944	GTCCC	2	10	143579	143588	0 %	20 %	20 %	60 %	389849005
102	NC_017944	GATGA	2	10	146060	146069	40 %	20 %	40 %	0 %	389849006
103	NC_017944	CTTCG	2	10	148245	148254	0 %	40 %	20 %	40 %	389849008
104	NC_017944	TCACG	2	10	150269	150278	20 %	20 %	20 %	40 %	389849010
105	NC_017944	CCGAG	2	10	153473	153482	20 %	0 %	40 %	40 %	389849012
106	NC_017944	ATTAT	3	15	154236	154250	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017944	ATGCG	2	10	154291	154300	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017944	GACAG	2	10	154448	154457	40 %	0 %	40 %	20 %	389849014
109	NC_017944	TCGGA	2	10	156303	156312	20 %	20 %	40 %	20 %	389849015
110	NC_017944	GAACG	2	10	158657	158666	40 %	0 %	40 %	20 %	389849017
111	NC_017944	GTTCG	2	10	158707	158716	0 %	40 %	40 %	20 %	389849017
112	NC_017944	TCGAA	2	10	158822	158831	40 %	20 %	20 %	20 %	389849017
113	NC_017944	CTCGC	2	10	165048	165057	0 %	20 %	20 %	60 %	389849021
114	NC_017944	GTCTC	2	10	165762	165771	0 %	40 %	20 %	40 %	389849022
115	NC_017944	CGGTT	2	10	166281	166290	0 %	40 %	40 %	20 %	389849022
116	NC_017944	CGCTC	2	10	166643	166652	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_017944	TGCAG	2	10	166894	166903	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017944	CGAGA	2	10	170344	170353	40 %	0 %	40 %	20 %	389849026
119	NC_017944	GATGG	2	10	170356	170365	20 %	20 %	60 %	0 %	389849026
120	NC_017944	TCGAC	2	10	170420	170429	20 %	20 %	20 %	40 %	389849026
121	NC_017944	CGCGA	2	10	175661	175670	20 %	0 %	40 %	40 %	389849031
122	NC_017944	TGGTC	2	10	175970	175979	0 %	40 %	40 %	20 %	389849031
123	NC_017944	CTTCG	2	10	176043	176052	0 %	40 %	20 %	40 %	389849031
124	NC_017944	GACGA	2	10	179662	179671	40 %	0 %	40 %	20 %	389849034
125	NC_017944	CGCGG	2	10	180235	180244	0 %	0 %	60 %	40 %	389849035
126	NC_017944	ATCGC	2	10	181442	181451	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017944	GACGG	2	10	181706	181715	20 %	0 %	60 %	20 %	389849036
128	NC_017944	GAGCG	2	10	183077	183086	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017944	TATCA	2	10	186438	186447	40 %	40 %	0 %	20 %	389849040
130	NC_017944	AACAG	2	10	186564	186573	60 %	0 %	20 %	20 %	389849040
131	NC_017944	TCTGC	2	10	188236	188245	0 %	40 %	20 %	40 %	389849041
132	NC_017944	GGTTG	2	10	190421	190430	0 %	40 %	60 %	0 %	389849042
133	NC_017944	GACGG	2	10	195531	195540	20 %	0 %	60 %	20 %	389849046
134	NC_017944	ACTGG	2	10	196864	196873	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017944	GGAAC	2	10	197887	197896	40 %	0 %	40 %	20 %	389849049
136	NC_017944	GGAGC	2	10	203455	203464	20 %	0 %	60 %	20 %	389849053
137	NC_017944	CGACT	2	10	205590	205599	20 %	20 %	20 %	40 %	389849056
138	NC_017944	TCGTA	2	10	205690	205699	20 %	40 %	20 %	20 %	389849056
139	NC_017944	ATACA	2	10	206090	206099	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017944	CGCGA	2	10	206705	206714	20 %	0 %	40 %	40 %	389849057
141	NC_017944	CCGCG	2	10	209637	209646	0 %	0 %	40 %	60 %	389849060
142	NC_017944	GAACG	2	10	209994	210003	40 %	0 %	40 %	20 %	389849061
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145	NC_017944	CCTCG	2	10	218004	218013	0 %	20 %	20 %	60 %	389849069
146	NC_017944	GGTTG	2	10	220459	220468	0 %	40 %	60 %	0 %	389849072
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148	NC_017944	TCGGT	2	10	221735	221744	0 %	40 %	40 %	20 %	389849072
149	NC_017944	GTTTC	2	10	221823	221832	0 %	60 %	20 %	20 %	389849072
150	NC_017944	GTGTC	2	10	221922	221931	0 %	40 %	40 %	20 %	389849072
151	NC_017944	GCTCC	2	10	222529	222538	0 %	20 %	20 %	60 %	389849073
152	NC_017944	CGGCG	2	10	223623	223632	0 %	0 %	60 %	40 %	389849073
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154	NC_017944	TCGGT	2	10	225077	225086	0 %	40 %	40 %	20 %	389849074
155	NC_017944	CGAGA	2	10	226923	226932	40 %	0 %	40 %	20 %	389849075
156	NC_017944	CGTTG	2	10	229729	229738	0 %	40 %	40 %	20 %	389849080
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162	NC_017944	CGCAA	2	10	239594	239603	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
163	NC_017944	CGCCT	2	10	240221	240230	0 %	20 %	20 %	60 %	389849091
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165	NC_017944	GTCGA	2	10	241308	241317	20 %	20 %	40 %	20 %	389849091
166	NC_017944	ACCGA	2	10	241949	241958	40 %	0 %	20 %	40 %	389849091
167	NC_017944	CGACG	2	10	242159	242168	20 %	0 %	40 %	40 %	389849091
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169	NC_017944	GCGAG	2	10	243887	243896	20 %	0 %	60 %	20 %	389849092
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171	NC_017944	GTGAC	2	10	245564	245573	20 %	20 %	40 %	20 %	389849093
172	NC_017944	AGTGA	2	10	248477	248486	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017944	ACGTC	2	10	250006	250015	20 %	20 %	20 %	40 %	389849097
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175	NC_017944	CCGTT	2	10	250543	250552	0 %	40 %	20 %	40 %	389849097
176	NC_017944	TGGAC	2	10	250631	250640	20 %	20 %	40 %	20 %	389849097
177	NC_017944	AGATG	2	10	250952	250961	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017944	CGATG	2	10	251365	251374	20 %	20 %	40 %	20 %	389849098
179	NC_017944	GACAG	2	10	253367	253376	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_017944	TCTCG	2	10	253800	253809	0 %	40 %	20 %	40 %	389849100
181	NC_017944	TCGAC	2	10	254310	254319	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_017944	CGGAC	2	10	255773	255782	20 %	0 %	40 %	40 %	389849102
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191	NC_017944	AGTCG	2	10	269949	269958	20 %	20 %	40 %	20 %	389849119
192	NC_017944	AGTAC	2	10	272191	272200	40 %	20 %	20 %	20 %	389849123
193	NC_017944	CCGAG	2	10	272725	272734	20 %	0 %	40 %	40 %	389849123
194	NC_017944	CTGTT	2	10	273154	273163	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
195	NC_017944	CTAAT	2	10	273305	273314	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017944	ATCGA	2	10	275396	275405	40 %	20 %	20 %	20 %	389849126
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199	NC_017944	ATTCG	2	10	280272	280281	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
200	NC_017944	CGTCC	2	10	282343	282352	0 %	20 %	20 %	60 %	389849134
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204	NC_017944	GCGTC	2	10	287513	287522	0 %	20 %	40 %	40 %	389849140
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206	NC_017944	GAACT	2	10	290768	290777	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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220	NC_017944	TTGGA	2	10	311848	311857	20 %	40 %	40 %	0 %	389849164
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231	NC_017944	GCCGA	2	10	320882	320891	20 %	0 %	40 %	40 %	389849173
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233	NC_017944	ATTTT	2	10	323037	323046	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
234	NC_017944	GAAGC	2	10	323709	323718	40 %	0 %	40 %	20 %	389849176
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237	NC_017944	GTTCT	2	10	328244	328253	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
238	NC_017944	GTACT	2	10	328919	328928	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
239	NC_017944	CGAGT	2	10	330094	330103	20 %	20 %	40 %	20 %	389849184
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241	NC_017944	CCGCC	2	10	330763	330772	0 %	0 %	20 %	80 %	389849185
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243	NC_017944	GACCG	2	10	332673	332682	20 %	0 %	40 %	40 %	389849186
244	NC_017944	ATTTG	2	10	334602	334611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
245	NC_017944	AGGGC	2	10	334750	334759	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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247	NC_017944	TCGCT	2	10	336102	336111	0 %	40 %	20 %	40 %	389849188
248	NC_017944	TCGAG	2	10	338873	338882	20 %	20 %	40 %	20 %	389849189
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251	NC_017944	ACCAC	2	10	342556	342565	40 %	0 %	0 %	60 %	389849191
252	NC_017944	CGACA	2	10	344881	344890	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
253	NC_017944	GGCCG	2	10	347315	347324	0 %	0 %	60 %	40 %	389849197
254	NC_017944	TGTAG	2	10	348919	348928	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
255	NC_017944	GGCGT	2	10	350160	350169	0 %	20 %	60 %	20 %	389849201
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257	NC_017944	CTGAC	2	10	352751	352760	20 %	20 %	20 %	40 %	389849203
258	NC_017944	CTCGC	2	10	354587	354596	0 %	20 %	20 %	60 %	389849204
259	NC_017944	TCGAC	2	10	355224	355233	20 %	20 %	20 %	40 %	389849204
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261	NC_017944	TGCTT	2	10	357498	357507	0 %	60 %	20 %	20 %	389849207
262	NC_017944	GTCGA	2	10	357980	357989	20 %	20 %	40 %	20 %	389849207
263	NC_017944	TGGTA	2	10	358236	358245	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
264	NC_017944	TTTAT	2	10	358477	358486	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_017944	TGCAG	2	10	358843	358852	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
266	NC_017944	GTCTG	2	10	360761	360770	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
267	NC_017944	TCGTC	2	10	362045	362054	0 %	40 %	20 %	40 %	389849211
268	NC_017944	CTGGA	2	10	363089	363098	20 %	20 %	40 %	20 %	389849212
269	NC_017944	CGAAG	2	10	363361	363370	40 %	0 %	40 %	20 %	389849212
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275	NC_017944	CGTCG	2	10	370110	370119	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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360	NC_017944	TAAGG	2	10	499030	499039	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.