MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM500

Total Repeats: 74

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017944	CGGTC	2	10	4028	4037	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_017944	CCGGC	2	10	54527	54536	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_017944	CCCAC	2	10	71255	71264	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_017944	GATTC	2	10	72431	72440	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017944	ATTTA	2	10	72842	72851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017944	ATTTG	2	10	73050	73059	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017944	GGCGT	2	10	88702	88711	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017944	ACCCC	2	10	98826	98835	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
9	NC_017944	GAGCC	2	10	98930	98939	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017944	TATTG	2	10	100527	100536	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017944	GACGC	2	10	100823	100832	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017944	TCGTA	2	10	101436	101445	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017944	GGTTT	2	10	101455	101464	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017944	ATGGC	2	10	110915	110924	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017944	CGGCT	2	10	117801	117810	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017944	CGACC	2	10	126794	126803	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_017944	ATTCA	2	10	131171	131180	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017944	CGACA	2	10	137129	137138	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017944	TAATT	2	10	137178	137187	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017944	TCCCC	2	10	137207	137216	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
21	NC_017944	CTGAA	2	10	137321	137330	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017944	ATTAT	3	15	154236	154250	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017944	ATGCG	2	10	154291	154300	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017944	CGCTC	2	10	166643	166652	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_017944	TGCAG	2	10	166894	166903	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017944	ATCGC	2	10	181442	181451	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017944	GAGCG	2	10	183077	183086	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017944	ACTGG	2	10	196864	196873	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017944	ATACA	2	10	206090	206099	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017944	CGCAA	2	10	239594	239603	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017944	ACTCC	2	10	244364	244373	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_017944	AGTGA	2	10	248477	248486	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017944	AGATG	2	10	250952	250961	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017944	GACAG	2	10	253367	253376	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017944	TCGAC	2	10	254310	254319	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017944	CTGTT	2	10	273154	273163	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017944	CTAAT	2	10	273305	273314	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017944	ATTCG	2	10	280272	280281	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017944	GTTCT	2	10	288920	288929	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017944	GAACT	2	10	290768	290777	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017944	GGGTC	2	10	310963	310972	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017944	TCTCC	2	10	315818	315827	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_017944	TGTAT	2	10	321272	321281	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017944	ATTTT	2	10	323037	323046	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017944	GTTCT	2	10	328244	328253	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017944	GTACT	2	10	328919	328928	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017944	ATTTG	2	10	334602	334611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017944	AGGGC	2	10	334750	334759	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017944	CGACA	2	10	344881	344890	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017944	TGTAG	2	10	348919	348928	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017944	TTTTC	2	10	355567	355576	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017944	TGGTA	2	10	358236	358245	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017944	TTTAT	2	10	358477	358486	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017944	TGCAG	2	10	358843	358852	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017944	GTCTG	2	10	360761	360770	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017944	TGTGT	2	10	368467	368476	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017944	CGTCG	2	10	370110	370119	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017944	GAGTG	2	10	372302	372311	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017944	CGTGT	2	10	396229	396238	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017944	ATCTC	2	10	398242	398251	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017944	GGAAC	2	10	401331	401340	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017944	CACCT	2	10	402866	402875	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_017944	TCGTG	2	10	403995	404004	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017944	CCCTC	2	10	405367	405376	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
65	NC_017944	AATTC	2	10	411242	411251	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017944	CGTCA	2	10	413248	413257	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017944	GTTTT	2	10	434089	434098	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017944	ACGGG	2	10	434296	434305	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017944	CAATC	2	10	446160	446169	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017944	CGTGT	2	10	450436	450445	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017944	TAGTC	2	10	452354	452363	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017944	GTATC	2	10	462848	462857	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017944	GTTTT	2	10	469197	469206	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017944	TAAGG	2	10	499030	499039	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.