MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM500

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017944	GGAT	2	8	1983	1990	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017944	GATA	2	8	1996	2003	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017944	GAGT	2	8	3751	3758	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017944	GAGT	2	8	4003	4010	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017944	GTTG	2	8	5324	5331	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017944	TCGT	2	8	7412	7419	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017944	CTAT	2	8	7975	7982	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017944	TTCG	2	8	11040	11047	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017944	AGTC	2	8	11349	11356	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017944	GGGT	2	8	12364	12371	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017944	GGCA	2	8	14256	14263	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017944	TTGT	2	8	16749	16756	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017944	TGCC	2	8	16765	16772	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017944	AGTG	2	8	19296	19303	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017944	TGAG	2	8	21397	21404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017944	TCTG	2	8	21441	21448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017944	ACGG	2	8	21501	21508	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017944	TTTC	2	8	22800	22807	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017944	CGAA	2	8	24450	24457	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017944	AGCG	2	8	24524	24531	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017944	ACTC	2	8	24602	24609	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017944	ACCT	2	8	24632	24639	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017944	CGGC	2	8	24706	24713	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_017944	AGTG	2	8	25042	25049	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017944	ACTC	2	8	25540	25547	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017944	GATG	2	8	25659	25666	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017944	CCAA	2	8	31315	31322	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017944	CGAG	2	8	32578	32585	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017944	ACCG	2	8	32665	32672	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017944	TCGG	2	8	32691	32698	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017944	ACAG	2	8	32718	32725	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017944	TCGC	2	8	32783	32790	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017944	GGCA	2	8	34819	34826	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017944	ACGA	2	8	38213	38220	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017944	TGCT	2	8	46798	46805	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017944	CATG	2	8	46970	46977	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017944	AGCC	2	8	47175	47182	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017944	CGGT	2	8	49025	49032	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017944	TAGT	2	8	51240	51247	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017944	GTGG	2	8	51340	51347	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017944	GTTC	2	8	51739	51746	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017944	TTCC	2	8	51800	51807	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017944	GATT	2	8	51924	51931	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017944	GGTG	2	8	54503	54510	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017944	TCAG	2	8	54588	54595	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017944	GGGA	2	8	56547	56554	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017944	TTTC	2	8	56937	56944	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017944	TCTG	2	8	58125	58132	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017944	CGGA	2	8	58267	58274	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017944	CGTT	2	8	60949	60956	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017944	CCTT	2	8	63566	63573	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017944	GCAC	2	8	67009	67016	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017944	CTCA	2	8	67531	67538	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017944	CTCA	2	8	67549	67556	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017944	CTCA	2	8	67567	67574	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017944	TGCC	2	8	68740	68747	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017944	GAGT	2	8	70571	70578	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017944	GAAC	2	8	70660	70667	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017944	TGAG	2	8	71167	71174	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017944	AACG	2	8	71802	71809	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017944	CAGT	2	8	72077	72084	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017944	GCTT	2	8	72299	72306	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017944	GTTA	2	8	72565	72572	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017944	GTTG	2	8	72811	72818	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017944	ATTA	2	8	73101	73108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017944	CCTG	2	8	73995	74002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017944	CAAA	2	8	74412	74419	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017944	GTCG	2	8	74476	74483	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017944	TCGA	2	8	85458	85465	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017944	GGTC	2	8	85761	85768	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017944	ACTG	2	8	87276	87283	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017944	CGTT	2	8	87794	87801	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017944	ACTC	2	8	88084	88091	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017944	GAAA	2	8	88667	88674	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017944	ATCT	2	8	91701	91708	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017944	GATG	2	8	91798	91805	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017944	AGAT	2	8	95799	95806	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017944	TTAT	2	8	95813	95820	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017944	CGAA	2	8	95939	95946	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017944	AGTG	2	8	97918	97925	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017944	AAGG	2	8	98627	98634	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017944	AGGT	2	8	100608	100615	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017944	AACG	2	8	100836	100843	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017944	GGCA	2	8	100954	100961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017944	GCCC	2	8	104530	104537	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_017944	ACGG	2	8	104560	104567	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017944	GAAC	2	8	105981	105988	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017944	CGAA	2	8	110081	110088	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017944	GAAC	2	8	110559	110566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017944	TCCA	2	8	110836	110843	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017944	ACCG	2	8	111201	111208	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017944	ACCA	2	8	111537	111544	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017944	TCGC	2	8	117386	117393	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017944	AATC	2	8	117926	117933	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017944	TCTG	2	8	117936	117943	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017944	GACG	2	8	117980	117987	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017944	CGAC	2	8	119840	119847	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017944	TGAC	2	8	119968	119975	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017944	CTAT	2	8	123839	123846	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017944	CTAC	2	8	126832	126839	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_017944	ACTC	2	8	127721	127728	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017944	ACAG	2	8	127771	127778	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017944	AGTT	2	8	127895	127902	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017944	CAAA	2	8	128815	128822	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017944	TATG	2	8	128841	128848	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017944	AAAC	2	8	128958	128965	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017944	CTCA	2	8	129194	129201	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017944	TACG	2	8	129306	129313	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017944	CAAA	2	8	129379	129386	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017944	CTTG	2	8	129423	129430	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017944	GGTC	2	8	129786	129793	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017944	GACA	2	8	129808	129815	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017944	TACT	2	8	129865	129872	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017944	AGGT	2	8	131081	131088	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017944	AGTC	2	8	136330	136337	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017944	TAAT	2	8	136369	136376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017944	GACG	2	8	136877	136884	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017944	CTTT	2	8	136972	136979	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017944	ACTC	2	8	137342	137349	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_017944	TTTC	2	8	143787	143794	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017944	TGGT	2	8	152257	152264	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017944	TACA	2	8	157896	157903	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017944	ACCC	2	8	159471	159478	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
124	NC_017944	CGAA	2	8	159500	159507	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017944	CACC	2	8	163975	163982	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_017944	GGTG	2	8	166609	166616	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017944	AAAT	2	8	167541	167548	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017944	AACT	2	8	170864	170871	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017944	ATGA	2	8	170910	170917	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017944	CTGA	2	8	171681	171688	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017944	AAGT	2	8	172940	172947	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017944	TAGT	2	8	173131	173138	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017944	GATA	2	8	174140	174147	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017944	AGTC	2	8	183090	183097	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017944	TGCC	2	8	184719	184726	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_017944	AGAA	2	8	187440	187447	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017944	GGCC	2	8	190610	190617	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017944	AGAA	2	8	192668	192675	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017944	CAAC	2	8	192753	192760	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_017944	TCAC	2	8	196112	196119	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017944	AGCA	2	8	200173	200180	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017944	CGAG	2	8	201326	201333	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017944	ACGT	2	8	203167	203174	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017944	TCCG	2	8	203244	203251	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017944	AGTG	2	8	204834	204841	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017944	GATT	2	8	204965	204972	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017944	ACCG	2	8	205053	205060	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_017944	GATA	2	8	206184	206191	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017944	AGAC	2	8	206236	206243	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017944	GGAG	2	8	206348	206355	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017944	AGGC	2	8	212188	212195	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_017944	TTCG	2	8	219327	219334	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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154	NC_017944	TAGT	2	8	233890	233897	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_017944	TAAT	2	8	242593	242600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017944	ATTA	2	8	244403	244410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017944	TAGT	2	8	244457	244464	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_017944	CATT	2	8	265250	265257	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
171	NC_017944	ATCG	2	8	265413	265420	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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300	NC_017944	GATG	2	8	452271	452278	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
301	NC_017944	TTGT	2	8	452402	452409	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017944	CTTG	2	8	452970	452977	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
303	NC_017944	TGGA	2	8	453033	453040	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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305	NC_017944	CGGT	2	8	454052	454059	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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329	NC_017944	GTCG	2	8	485980	485987	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
330	NC_017944	GCCG	2	8	487221	487228	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
331	NC_017944	GTCG	2	8	490965	490972	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
332	NC_017944	ACTC	2	8	491444	491451	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
333	NC_017944	TCGG	2	8	491560	491567	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
334	NC_017944	AATT	2	8	498887	498894	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_017944	GGAG	2	8	499165	499172	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
336	NC_017944	ACAA	2	8	503475	503482	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
337	NC_017944	GGAG	2	8	503596	503603	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
338	NC_017944	CAAT	2	8	504472	504479	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.