MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM300

Total Repeats: 214

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017943	CTCGC	2	10	349	358	0 %	20 %	20 %	60 %	389848588
2	NC_017943	TTTAC	2	10	1657	1666	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017943	CGATG	2	10	2420	2429	20 %	20 %	40 %	20 %	389848590
4	NC_017943	TTTGG	2	10	2430	2439	0 %	60 %	40 %	0 %	389848590
5	NC_017943	CCCGG	2	10	5797	5806	0 %	0 %	40 %	60 %	389848592
6	NC_017943	TTCGA	2	10	6105	6114	20 %	40 %	20 %	20 %	389848592
7	NC_017943	GAACG	2	10	9950	9959	40 %	0 %	40 %	20 %	389848596
8	NC_017943	CCGAA	2	10	10674	10683	40 %	0 %	20 %	40 %	389848597
9	NC_017943	ATCGA	2	10	11043	11052	40 %	20 %	20 %	20 %	389848597
10	NC_017943	GGCCG	2	10	12820	12829	0 %	0 %	60 %	40 %	389848600
11	NC_017943	CTCCA	2	10	13509	13518	20 %	20 %	0 %	60 %	389848600
12	NC_017943	CGAGG	2	10	13984	13993	20 %	0 %	60 %	20 %	389848600
13	NC_017943	CCTTC	2	10	14490	14499	0 %	40 %	0 %	60 %	389848601
14	NC_017943	TTGTG	2	10	15374	15383	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017943	TCGAG	2	10	16960	16969	20 %	20 %	40 %	20 %	389848602
16	NC_017943	GTCGA	2	10	17579	17588	20 %	20 %	40 %	20 %	389848603
17	NC_017943	TTAAT	2	10	20812	20821	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017943	CTGTT	2	10	22023	22032	0 %	60 %	20 %	20 %	389848607
19	NC_017943	AACTC	2	10	22840	22849	40 %	20 %	0 %	40 %	389848608
20	NC_017943	GAACA	2	10	23316	23325	60 %	0 %	20 %	20 %	389848608
21	NC_017943	GAAAC	2	10	23987	23996	60 %	0 %	20 %	20 %	389848608
22	NC_017943	CCGTC	2	10	24258	24267	0 %	20 %	20 %	60 %	389848608
23	NC_017943	GGATT	2	10	24608	24617	20 %	40 %	40 %	0 %	389848609
24	NC_017943	TACGG	2	10	25472	25481	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017943	AGTGT	2	10	25985	25994	20 %	40 %	40 %	0 %	389848612
26	NC_017943	GCGAC	2	10	31086	31095	20 %	0 %	40 %	40 %	389848616
27	NC_017943	TCGTC	2	10	33371	33380	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017943	TCGAA	2	10	35064	35073	40 %	20 %	20 %	20 %	389848620
29	NC_017943	AAACG	2	10	36405	36414	60 %	0 %	20 %	20 %	389848621
30	NC_017943	GCCGC	2	10	38905	38914	0 %	0 %	40 %	60 %	389848623
31	NC_017943	GTTCG	2	10	42093	42102	0 %	40 %	40 %	20 %	389848625
32	NC_017943	CTCGG	2	10	44617	44626	0 %	20 %	40 %	40 %	389848626
33	NC_017943	CAGCT	2	10	45338	45347	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017943	TCCCG	2	10	47958	47967	0 %	20 %	20 %	60 %	389848628
35	NC_017943	CCGTA	2	10	49215	49224	20 %	20 %	20 %	40 %	389848629
36	NC_017943	TCGAG	2	10	49398	49407	20 %	20 %	40 %	20 %	389848629
37	NC_017943	CAATC	2	10	49916	49925	40 %	20 %	0 %	40 %	389848630
38	NC_017943	CCGAA	2	10	50124	50133	40 %	0 %	20 %	40 %	389848630
39	NC_017943	TCGCT	2	10	55332	55341	0 %	40 %	20 %	40 %	389848633
40	NC_017943	TCGAG	2	10	56395	56404	20 %	20 %	40 %	20 %	389848634
41	NC_017943	TCTAT	2	10	57000	57009	20 %	60 %	0 %	20 %	389848635
42	NC_017943	GTACT	2	10	59453	59462	20 %	40 %	20 %	20 %	389848637
43	NC_017943	TGTGG	2	10	59578	59587	0 %	40 %	60 %	0 %	389848637
44	NC_017943	TTCGA	2	10	62891	62900	20 %	40 %	20 %	20 %	389848641
45	NC_017943	GCGGG	2	10	68921	68930	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017943	GCCGC	2	10	70780	70789	0 %	0 %	40 %	60 %	389848645
47	NC_017943	GAGCC	2	10	71280	71289	20 %	0 %	40 %	40 %	389848645
48	NC_017943	TCGTC	2	10	71830	71839	0 %	40 %	20 %	40 %	389848646
49	NC_017943	TTCGA	2	10	73155	73164	20 %	40 %	20 %	20 %	389848648
50	NC_017943	TTCGG	2	10	73262	73271	0 %	40 %	40 %	20 %	389848648
51	NC_017943	CGACG	2	10	74416	74425	20 %	0 %	40 %	40 %	389848649
52	NC_017943	GCGCC	2	10	76060	76069	0 %	0 %	40 %	60 %	389848651
53	NC_017943	CGATT	2	10	76669	76678	20 %	40 %	20 %	20 %	389848652
54	NC_017943	AGTTC	2	10	82041	82050	20 %	40 %	20 %	20 %	389848659
55	NC_017943	GACCG	2	10	82899	82908	20 %	0 %	40 %	40 %	389848661
56	NC_017943	ACCCG	2	10	84293	84302	20 %	0 %	20 %	60 %	389848662
57	NC_017943	GGCGA	2	10	86983	86992	20 %	0 %	60 %	20 %	389848665
58	NC_017943	GAAAA	2	10	90118	90127	80 %	0 %	20 %	0 %	389848668
59	NC_017943	TCATA	2	10	90813	90822	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017943	TTTGC	2	10	92654	92663	0 %	60 %	20 %	20 %	389848670
61	NC_017943	GACTG	2	10	93873	93882	20 %	20 %	40 %	20 %	389848673
62	NC_017943	TCGAT	2	10	94299	94308	20 %	40 %	20 %	20 %	389848673
63	NC_017943	GCGTC	2	10	95381	95390	0 %	20 %	40 %	40 %	389848674
64	NC_017943	GTTCC	2	10	95662	95671	0 %	40 %	20 %	40 %	389848674
65	NC_017943	TTCCA	2	10	97234	97243	20 %	40 %	0 %	40 %	389848676
66	NC_017943	AGATG	2	10	99599	99608	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017943	AGCGA	2	10	102085	102094	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017943	CACGC	2	10	103667	103676	20 %	0 %	20 %	60 %	389848683
69	NC_017943	TCGGT	2	10	106492	106501	0 %	40 %	40 %	20 %	389848686
70	NC_017943	GTCGA	2	10	106606	106615	20 %	20 %	40 %	20 %	389848686
71	NC_017943	GTAGC	2	10	106688	106697	20 %	20 %	40 %	20 %	389848686
72	NC_017943	GGGCC	2	10	106925	106934	0 %	0 %	60 %	40 %	389848687
73	NC_017943	GAGTT	2	10	107063	107072	20 %	40 %	40 %	0 %	389848687
74	NC_017943	TCGAG	2	10	110710	110719	20 %	20 %	40 %	20 %	389848689
75	NC_017943	GTGAA	2	10	112359	112368	40 %	20 %	40 %	0 %	389848691
76	NC_017943	AAACA	2	10	113385	113394	80 %	0 %	0 %	20 %	389848691
77	NC_017943	GTGCA	2	10	114711	114720	20 %	20 %	40 %	20 %	389848693
78	NC_017943	CCGAG	2	10	114850	114859	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017943	TACGA	2	10	115274	115283	40 %	20 %	20 %	20 %	389848694
80	NC_017943	AACTA	2	10	116994	117003	60 %	20 %	0 %	20 %	389848695
81	NC_017943	CCGTT	2	10	117083	117092	0 %	40 %	20 %	40 %	389848695
82	NC_017943	TCGAA	2	10	122352	122361	40 %	20 %	20 %	20 %	389848698
83	NC_017943	GAACT	2	10	123673	123682	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017943	GTGAA	2	10	126757	126766	40 %	20 %	40 %	0 %	389848701
85	NC_017943	TCCAT	2	10	126851	126860	20 %	40 %	0 %	40 %	389848701
86	NC_017943	TAACA	2	10	128720	128729	60 %	20 %	0 %	20 %	389848702
87	NC_017943	TCCAA	2	10	129373	129382	40 %	20 %	0 %	40 %	389848703
88	NC_017943	GTCGA	2	10	133053	133062	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017943	CGACA	2	10	135200	135209	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017943	TTTAC	2	10	137098	137107	20 %	60 %	0 %	20 %	389848708
91	NC_017943	CGAGC	2	10	138457	138466	20 %	0 %	40 %	40 %	389848711
92	NC_017943	ACGTG	2	10	141284	141293	20 %	20 %	40 %	20 %	389848713
93	NC_017943	GCACG	2	10	141550	141559	20 %	0 %	40 %	40 %	389848713
94	NC_017943	GCGAC	2	10	144076	144085	20 %	0 %	40 %	40 %	389848714
95	NC_017943	CGAAG	2	10	146456	146465	40 %	0 %	40 %	20 %	389848715
96	NC_017943	CATCG	2	10	148698	148707	20 %	20 %	20 %	40 %	389848718
97	NC_017943	CACGT	2	10	148900	148909	20 %	20 %	20 %	40 %	389848718
98	NC_017943	GTGCT	2	10	151162	151171	0 %	40 %	40 %	20 %	389848721
99	NC_017943	GAGTT	2	10	152487	152496	20 %	40 %	40 %	0 %	389848722
100	NC_017943	TGAGT	2	10	153680	153689	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017943	TGGAA	2	10	154737	154746	40 %	20 %	40 %	0 %	389848723
102	NC_017943	GGCCC	2	10	155417	155426	0 %	0 %	40 %	60 %	389848723
103	NC_017943	TACGA	2	10	155437	155446	40 %	20 %	20 %	20 %	389848723
104	NC_017943	GGACG	2	10	155454	155463	20 %	0 %	60 %	20 %	389848723
105	NC_017943	CGAAG	2	10	157198	157207	40 %	0 %	40 %	20 %	389848726
106	NC_017943	GAATC	2	10	158360	158369	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017943	GTCGG	2	10	160808	160817	0 %	20 %	60 %	20 %	389848729
108	NC_017943	ACAGC	2	10	162100	162109	40 %	0 %	20 %	40 %	389848730
109	NC_017943	CCGAC	2	10	163340	163349	20 %	0 %	20 %	60 %	389848731
110	NC_017943	GTCGT	2	10	164461	164470	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017943	AGCAC	2	10	164725	164734	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017943	AATCG	2	10	167765	167774	40 %	20 %	20 %	20 %	389848735
113	NC_017943	ACGGT	2	10	175454	175463	20 %	20 %	40 %	20 %	389848745
114	NC_017943	CCGTG	2	10	176668	176677	0 %	20 %	40 %	40 %	389848746
115	NC_017943	TCGGG	2	10	178279	178288	0 %	20 %	60 %	20 %	389848747
116	NC_017943	TGCGA	2	10	180719	180728	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017943	ATCAT	2	10	183734	183743	40 %	40 %	0 %	20 %	389848751
118	NC_017943	CTGCC	2	10	185818	185827	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_017943	GACGG	2	10	187847	187856	20 %	0 %	60 %	20 %	389848755
120	NC_017943	ACCGA	2	10	188082	188091	40 %	0 %	20 %	40 %	389848755
121	NC_017943	TCGCT	2	10	193925	193934	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017943	TCGAT	2	10	196254	196263	20 %	40 %	20 %	20 %	389848763
123	NC_017943	CCGGC	2	10	200638	200647	0 %	0 %	40 %	60 %	389848765
124	NC_017943	CGGAC	2	10	201246	201255	20 %	0 %	40 %	40 %	389848766
125	NC_017943	CTGGG	2	10	202604	202613	0 %	20 %	60 %	20 %	389848767
126	NC_017943	GTATT	2	10	203405	203414	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017943	GATTC	2	10	203419	203428	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017943	TGTTT	2	10	204096	204105	0 %	80 %	20 %	0 %	389848770
129	NC_017943	CGCCA	2	10	205221	205230	20 %	0 %	20 %	60 %	389848771
130	NC_017943	CGACC	2	10	207066	207075	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_017943	CTCGT	2	10	208615	208624	0 %	40 %	20 %	40 %	389848774
132	NC_017943	GCCCG	2	10	209886	209895	0 %	0 %	40 %	60 %	389848775
133	NC_017943	TTCGA	2	10	212055	212064	20 %	40 %	20 %	20 %	389848776
134	NC_017943	TCGCG	2	10	212947	212956	0 %	20 %	40 %	40 %	389848776
135	NC_017943	GAACG	2	10	214199	214208	40 %	0 %	40 %	20 %	389848777
136	NC_017943	GGTCG	2	10	217825	217834	0 %	20 %	60 %	20 %	389848780
137	NC_017943	GGATG	2	10	218077	218086	20 %	20 %	60 %	0 %	389848780
138	NC_017943	GCGAC	2	10	218118	218127	20 %	0 %	40 %	40 %	389848780
139	NC_017943	CCCGG	2	10	220418	220427	0 %	0 %	40 %	60 %	389848782
140	NC_017943	ACCGA	2	10	220448	220457	40 %	0 %	20 %	40 %	389848782
141	NC_017943	ACGCG	2	10	220543	220552	20 %	0 %	40 %	40 %	389848782
142	NC_017943	CACAT	2	10	221390	221399	40 %	20 %	0 %	40 %	389848782
143	NC_017943	GAACG	2	10	222126	222135	40 %	0 %	40 %	20 %	389848783
144	NC_017943	CGCAC	2	10	222477	222486	20 %	0 %	20 %	60 %	389848783
145	NC_017943	CGTTC	2	10	224848	224857	0 %	40 %	20 %	40 %	389848786
146	NC_017943	ACGTT	2	10	227634	227643	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017943	GACTG	2	10	230195	230204	20 %	20 %	40 %	20 %	389848794
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149	NC_017943	CGTCT	2	10	231507	231516	0 %	40 %	20 %	40 %	389848795
150	NC_017943	GAATC	2	10	233976	233985	40 %	20 %	20 %	20 %	389848796
151	NC_017943	TCACG	2	10	234420	234429	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_017943	ATCTT	2	10	234873	234882	20 %	60 %	0 %	20 %	389848798
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154	NC_017943	AGACC	2	10	239881	239890	40 %	0 %	20 %	40 %	389848804
155	NC_017943	ACCAA	2	10	241719	241728	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017943	CATCA	2	10	242038	242047	40 %	20 %	0 %	40 %	389848808
157	NC_017943	CGACC	2	10	243024	243033	20 %	0 %	20 %	60 %	389848809
158	NC_017943	ACCAG	2	10	243434	243443	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_017943	CCCGT	2	10	244959	244968	0 %	20 %	20 %	60 %	389848812
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165	NC_017943	CATGG	2	10	256593	256602	20 %	20 %	40 %	20 %	389848824
166	NC_017943	ACGCC	2	10	258505	258514	20 %	0 %	20 %	60 %	389848826
167	NC_017943	GATTG	2	10	260446	260455	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017943	GCGAG	2	10	262561	262570	20 %	0 %	60 %	20 %	389848830
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171	NC_017943	GGTCG	2	10	265371	265380	0 %	20 %	60 %	20 %	389848832
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175	NC_017943	ACCCG	2	10	270563	270572	20 %	0 %	20 %	60 %	389848833
176	NC_017943	CGACG	2	10	270716	270725	20 %	0 %	40 %	40 %	389848833
177	NC_017943	GGCGC	2	10	271916	271925	0 %	0 %	60 %	40 %	389848833
178	NC_017943	ACCGC	2	10	271941	271950	20 %	0 %	20 %	60 %	389848833
179	NC_017943	CCGGA	2	10	272329	272338	20 %	0 %	40 %	40 %	389848833
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193	NC_017943	AACCA	2	10	287813	287822	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
194	NC_017943	AGAGC	2	10	288688	288697	40 %	0 %	40 %	20 %	389848848
195	NC_017943	GCGAA	2	10	289138	289147	40 %	0 %	40 %	20 %	389848848
196	NC_017943	GAACG	2	10	289245	289254	40 %	0 %	40 %	20 %	389848848
197	NC_017943	CGTCG	2	10	289895	289904	0 %	20 %	40 %	40 %	389848849
198	NC_017943	TCGGG	2	10	290128	290137	0 %	20 %	60 %	20 %	389848849
199	NC_017943	ACGTG	2	10	293828	293837	20 %	20 %	40 %	20 %	389848853
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202	NC_017943	GGGCT	2	10	300372	300381	0 %	20 %	60 %	20 %	389848859
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207	NC_017943	ACACA	2	10	309951	309960	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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209	NC_017943	TGGGT	2	10	311372	311381	0 %	40 %	60 %	0 %	389848870
210	NC_017943	ACCGG	2	10	312930	312939	20 %	0 %	40 %	40 %	389848871
211	NC_017943	GCGTC	2	10	319772	319781	0 %	20 %	40 %	40 %	389848877
212	NC_017943	ATCGA	2	10	320134	320143	40 %	20 %	20 %	20 %	389848877
213	NC_017943	ACTAT	2	10	321312	321321	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
214	NC_017943	TATGT	2	10	321384	321393	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.