MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM100

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017942	GGTGAG	2	12	3759	3770	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017942	CACTCC	2	12	6124	6135	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	389848452
3	NC_017942	TCCCAT	2	12	11172	11183	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389848457
4	NC_017942	GACCCC	2	12	12298	12309	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	389848459
5	NC_017942	GCCGAC	2	12	13082	13093	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389848460
6	NC_017942	CGCGGA	2	12	14389	14400	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848460
7	NC_017942	GAACTG	2	12	15221	15232	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017942	CGTCGG	2	12	16699	16710	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848462
9	NC_017942	TACAGC	2	12	16900	16911	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848462
10	NC_017942	CAGCGT	2	12	17772	17783	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017942	TCGACG	2	12	19746	19757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848465
12	NC_017942	CCAGTC	2	12	21240	21251	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389848466
13	NC_017942	CGTGGT	2	12	21999	22010	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389848467
14	NC_017942	TGTCGA	2	12	26184	26195	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848469
15	NC_017942	GCTTCG	2	12	28313	28324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017942	TCATTC	2	12	31058	31069	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017942	CGGCAG	2	12	31221	31232	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848478
18	NC_017942	CCAGGA	2	12	33893	33904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848482
19	NC_017942	CCTTAT	2	12	36082	36093	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017942	AGCGTG	2	12	41741	41752	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848490
21	NC_017942	GCGCTC	2	12	41945	41956	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848490
22	NC_017942	TCGGCG	2	12	43064	43075	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848491
23	NC_017942	TCGCCG	2	12	45751	45762	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848494
24	NC_017942	GAATCG	2	12	46517	46528	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389848495
25	NC_017942	CGAAGA	2	12	46586	46597	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389848495
26	NC_017942	CATCGG	2	12	47445	47456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848495
27	NC_017942	CTCGAC	2	12	51531	51542	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389848499
28	NC_017942	TGTTCG	2	12	52864	52875	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389848500
29	NC_017942	CCACGA	2	12	53501	53512	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848501
30	NC_017942	CCCCGT	2	12	55281	55292	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	389848503
31	NC_017942	ATCTGC	2	12	56011	56022	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389848503
32	NC_017942	CGTCCG	2	12	58829	58840	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848504
33	NC_017942	TACGAT	2	12	59725	59736	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017942	TGCTCG	2	12	63060	63071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848510
35	NC_017942	AAATAA	2	12	63519	63530	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017942	CGTGGC	2	12	65039	65050	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848512
37	NC_017942	GAATCA	2	12	67962	67973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017942	GTCCGT	2	12	70347	70358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848516
39	NC_017942	GCCTCG	2	12	72381	72392	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848517
40	NC_017942	GAGCGT	2	12	72832	72843	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848518
41	NC_017942	ACACGT	2	12	73259	73270	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848519
42	NC_017942	GTTCTG	2	12	76514	76525	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389848521
43	NC_017942	TTAGCG	2	12	77030	77041	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848523
44	NC_017942	CGAAGC	2	12	78066	78077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017942	AGGACG	2	12	84711	84722	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	389848536
46	NC_017942	CTTTCG	2	12	88159	88170	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389848538
47	NC_017942	GGATTC	2	12	95103	95114	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848545
48	NC_017942	AGGGCG	2	12	100458	100469	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017942	CATCCA	2	12	104775	104786	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389848557
50	NC_017942	ATCGTC	2	12	105236	105247	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389848557
51	NC_017942	TCTCGA	2	12	105879	105890	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389848558
52	NC_017942	GCGTCG	2	12	105902	105913	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848558
53	NC_017942	CGTTGA	2	12	106455	106466	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848560
54	NC_017942	CTGTGA	2	12	110860	110871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848566
55	NC_017942	GGCGAC	2	12	112283	112294	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848569
56	NC_017942	GTCGGC	2	12	113728	113739	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848571
57	NC_017942	CGAAGC	2	12	119057	119068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848580
58	NC_017942	TCGGCG	2	12	119792	119803	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848581
59	NC_017942	CCACTC	2	12	120570	120581	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	389848581
60	NC_017942	GTCCTT	2	12	128092	128103	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017942	GGTGTG	2	12	128889	128900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.