MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM100

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017942	GGTCT	2	10	2120	2129	0 %	40 %	40 %	20 %	389848447
2	NC_017942	CGCGT	2	10	2612	2621	0 %	20 %	40 %	40 %	389848448
3	NC_017942	ATCTT	2	10	3388	3397	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017942	GCTGT	2	10	4210	4219	0 %	40 %	40 %	20 %	389848450
5	NC_017942	TCGAT	2	10	9874	9883	20 %	40 %	20 %	20 %	389848456
6	NC_017942	CCCGA	2	10	13233	13242	20 %	0 %	20 %	60 %	389848460
7	NC_017942	GACGG	2	10	13645	13654	20 %	0 %	60 %	20 %	389848460
8	NC_017942	CGACC	2	10	14248	14257	20 %	0 %	20 %	60 %	389848460
9	NC_017942	GCTGT	2	10	15313	15322	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017942	GTCCG	2	10	17457	17466	0 %	20 %	40 %	40 %	389848463
11	NC_017942	CCCGA	2	10	18411	18420	20 %	0 %	20 %	60 %	389848464
12	NC_017942	CCGTC	2	10	18879	18888	0 %	20 %	20 %	60 %	389848464
13	NC_017942	TGGAT	2	10	19995	20004	20 %	40 %	40 %	0 %	389848465
14	NC_017942	CTCGC	2	10	24063	24072	0 %	20 %	20 %	60 %	389848468
15	NC_017942	AGGCG	2	10	25134	25143	20 %	0 %	60 %	20 %	389848469
16	NC_017942	GAGAG	2	10	25514	25523	40 %	0 %	60 %	0 %	389848469
17	NC_017942	TCCGC	2	10	26462	26471	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_017942	CAAGA	2	10	27716	27725	60 %	0 %	20 %	20 %	389848472
19	NC_017942	CTGAA	2	10	27783	27792	40 %	20 %	20 %	20 %	389848472
20	NC_017942	GCTCT	2	10	28519	28528	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017942	TTTTG	2	10	31126	31135	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017942	CTCGC	2	10	33685	33694	0 %	20 %	20 %	60 %	389848481
23	NC_017942	GAATG	2	10	34237	34246	40 %	20 %	40 %	0 %	389848483
24	NC_017942	TTGAA	2	10	35135	35144	40 %	40 %	20 %	0 %	389848484
25	NC_017942	TCGAA	2	10	36260	36269	40 %	20 %	20 %	20 %	389848485
26	NC_017942	TAGTG	2	10	37369	37378	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017942	CGACC	2	10	40460	40469	20 %	0 %	20 %	60 %	389848489
28	NC_017942	AGACG	2	10	41099	41108	40 %	0 %	40 %	20 %	389848489
29	NC_017942	ACGCG	2	10	41715	41724	20 %	0 %	40 %	40 %	389848490
30	NC_017942	CGGCT	2	10	41825	41834	0 %	20 %	40 %	40 %	389848490
31	NC_017942	GACGG	2	10	43482	43491	20 %	0 %	60 %	20 %	389848492
32	NC_017942	GGCGA	2	10	46053	46062	20 %	0 %	60 %	20 %	389848494
33	NC_017942	GGCGA	2	10	46188	46197	20 %	0 %	60 %	20 %	389848494
34	NC_017942	GCGTC	2	10	47120	47129	0 %	20 %	40 %	40 %	389848495
35	NC_017942	CGCGG	2	10	47281	47290	0 %	0 %	60 %	40 %	389848495
36	NC_017942	CGGCG	2	10	48905	48914	0 %	0 %	60 %	40 %	389848496
37	NC_017942	GGCGC	2	10	50379	50388	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017942	AGTCA	2	10	51690	51699	40 %	20 %	20 %	20 %	389848499
39	NC_017942	CCGGT	2	10	52668	52677	0 %	20 %	40 %	40 %	389848500
40	NC_017942	CCCGT	2	10	56212	56221	0 %	20 %	20 %	60 %	389848503
41	NC_017942	TGTAT	2	10	58103	58112	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017942	TGGTT	2	10	58645	58654	0 %	60 %	40 %	0 %	389848504
43	NC_017942	GTGGC	2	10	59692	59701	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017942	CTGTT	2	10	63822	63831	0 %	60 %	20 %	20 %	389848511
45	NC_017942	CTGTT	2	10	66022	66031	0 %	60 %	20 %	20 %	389848513
46	NC_017942	TAAGT	2	10	67450	67459	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017942	GTCGC	2	10	71619	71628	0 %	20 %	40 %	40 %	389848517
48	NC_017942	TCGTC	2	10	72220	72229	0 %	40 %	20 %	40 %	389848517
49	NC_017942	TCTCG	2	10	74088	74097	0 %	40 %	20 %	40 %	389848519
50	NC_017942	CGTCT	2	10	80752	80761	0 %	40 %	20 %	40 %	389848530
51	NC_017942	GCTCA	2	10	80809	80818	20 %	20 %	20 %	40 %	389848530
52	NC_017942	CAATC	2	10	83601	83610	40 %	20 %	0 %	40 %	389848534
53	NC_017942	GACGT	2	10	83856	83865	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017942	GTCGA	2	10	84854	84863	20 %	20 %	40 %	20 %	389848536
55	NC_017942	GACGG	2	10	86519	86528	20 %	0 %	60 %	20 %	389848537
56	NC_017942	GCGTC	2	10	87230	87239	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017942	CGCAC	2	10	88093	88102	20 %	0 %	20 %	60 %	389848538
58	NC_017942	TCGTT	2	10	89069	89078	0 %	60 %	20 %	20 %	389848540
59	NC_017942	AAAAT	2	10	95962	95971	80 %	20 %	0 %	0 %	389848545
60	NC_017942	TCAAA	2	10	96166	96175	60 %	20 %	0 %	20 %	389848545
61	NC_017942	GCGCA	2	10	97824	97833	20 %	0 %	40 %	40 %	389848547
62	NC_017942	GTGAT	2	10	97913	97922	20 %	40 %	40 %	0 %	389848547
63	NC_017942	CGGAG	2	10	98930	98939	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017942	GACCT	2	10	99236	99245	20 %	20 %	20 %	40 %	389848548
65	NC_017942	ATCGA	2	10	100787	100796	40 %	20 %	20 %	20 %	389848549
66	NC_017942	TCGCC	2	10	101196	101205	0 %	20 %	20 %	60 %	389848549
67	NC_017942	AGTGG	2	10	101996	102005	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017942	CGAAC	2	10	102281	102290	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017942	CGGTT	2	10	102291	102300	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017942	AGCTG	2	10	104608	104617	20 %	20 %	40 %	20 %	389848556
71	NC_017942	CATCG	2	10	104729	104738	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017942	GATCT	2	10	110388	110397	20 %	40 %	20 %	20 %	389848565
73	NC_017942	GACGA	2	10	110481	110490	40 %	0 %	40 %	20 %	389848565
74	NC_017942	CCGCG	2	10	110894	110903	0 %	0 %	40 %	60 %	389848566
75	NC_017942	ACTGG	2	10	110971	110980	20 %	20 %	40 %	20 %	389848566
76	NC_017942	GCCGC	2	10	112753	112762	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_017942	CACAT	2	10	114109	114118	40 %	20 %	0 %	40 %	389848572
78	NC_017942	CGAGC	2	10	114314	114323	20 %	0 %	40 %	40 %	389848572
79	NC_017942	GTACT	2	10	116191	116200	20 %	40 %	20 %	20 %	389848577
80	NC_017942	CGAGT	2	10	118174	118183	20 %	20 %	40 %	20 %	389848579
81	NC_017942	ATCGA	2	10	118455	118464	40 %	20 %	20 %	20 %	389848579
82	NC_017942	AAACA	2	10	118955	118964	80 %	0 %	0 %	20 %	389848580
83	NC_017942	TCACC	2	10	119984	119993	20 %	20 %	0 %	60 %	389848581
84	NC_017942	GACGA	2	10	123169	123178	40 %	0 %	40 %	20 %	389848583
85	NC_017942	TGAAC	2	10	125701	125710	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017942	TGAGA	2	10	125766	125775	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017942	ATATA	2	10	126973	126982	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017942	CCCAC	2	10	127432	127441	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_017942	CACTT	2	10	128203	128212	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017942	TGTGG	2	10	128949	128958	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.