MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM100

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017942	CCCT	2	8	1483	1490	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_017942	ACTG	2	8	3152	3159	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017942	AACA	2	8	3464	3471	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017942	ACTC	2	8	7664	7671	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017942	ACAG	2	8	11502	11509	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017942	CACG	2	8	12623	12630	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017942	GATG	2	8	12824	12831	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017942	GGTC	2	8	15966	15973	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017942	CAGG	2	8	23225	23232	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017942	GAGC	2	8	24758	24765	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017942	CCTT	2	8	24775	24782	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017942	CGCC	2	8	26344	26351	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_017942	CAGC	2	8	28349	28356	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017942	CGAC	2	8	28796	28803	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017942	TGGA	2	8	28859	28866	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017942	CTTC	2	8	30402	30409	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017942	AGGG	2	8	30532	30539	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017942	GACA	2	8	32068	32075	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017942	TCGC	2	8	33595	33602	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017942	ATTC	2	8	34674	34681	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017942	CTAC	2	8	34791	34798	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017942	AACA	2	8	35670	35677	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017942	AGTC	2	8	35998	36005	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017942	ACTA	2	8	36110	36117	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017942	ACTC	2	8	36806	36813	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017942	TCAA	2	8	37090	37097	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017942	TCAT	2	8	37429	37436	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017942	TGAG	2	8	37856	37863	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017942	AGTA	2	8	38865	38872	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017942	ACCG	2	8	38882	38889	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017942	GTGA	2	8	39231	39238	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017942	GAAT	2	8	50389	50396	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017942	TAGC	2	8	53022	53029	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017942	CGCA	2	8	53055	53062	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017942	GTAG	2	8	53543	53550	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017942	ATTA	2	8	54625	54632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017942	GTGG	2	8	57871	57878	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017942	TAGT	2	8	58251	58258	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017942	CGTC	2	8	58278	58285	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017942	CCCA	2	8	58361	58368	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_017942	CGAC	2	8	60630	60637	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017942	ACCA	2	8	63378	63385	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017942	ACTA	2	8	65415	65422	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017942	AATA	2	8	65468	65475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017942	AGTG	2	8	65690	65697	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017942	CGAG	2	8	67843	67850	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017942	TCAA	2	8	67856	67863	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017942	CAAG	2	8	68434	68441	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017942	AGCC	2	8	68442	68449	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_017942	GTTG	2	8	68657	68664	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017942	ACTT	2	8	68692	68699	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017942	GAAT	2	8	69155	69162	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017942	CTCG	2	8	69764	69771	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017942	CACC	2	8	70040	70047	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
55	NC_017942	AACG	2	8	70096	70103	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017942	ACAG	2	8	70127	70134	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017942	AGAC	2	8	70267	70274	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017942	TCCA	2	8	70674	70681	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017942	TATC	2	8	74676	74683	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017942	AGCG	2	8	74847	74854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017942	GACA	2	8	75367	75374	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017942	GAAA	2	8	75465	75472	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017942	AGTT	2	8	77822	77829	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017942	ACGC	2	8	80332	80339	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017942	TCGT	2	8	85320	85327	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017942	GCAC	2	8	86980	86987	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017942	TCGG	2	8	87100	87107	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017942	TAAC	2	8	90662	90669	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017942	GGAT	2	8	90769	90776	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017942	TGCC	2	8	91015	91022	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017942	TTCG	2	8	91118	91125	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017942	TAAA	2	8	91161	91168	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017942	TTGT	2	8	97398	97405	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017942	ATGT	2	8	97507	97514	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017942	TGTC	2	8	97640	97647	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017942	GAGC	2	8	98921	98928	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017942	GGTC	2	8	98959	98966	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017942	TCGC	2	8	100013	100020	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_017942	GCGA	2	8	100045	100052	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017942	CCCG	2	8	100096	100103	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
81	NC_017942	GAGC	2	8	100104	100111	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017942	GGTC	2	8	100342	100349	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017942	GCGA	2	8	100350	100357	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017942	ACGA	2	8	100610	100617	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017942	GGGT	2	8	101933	101940	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017942	GTTT	2	8	102818	102825	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017942	ACTC	2	8	106269	106276	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017942	GGTG	2	8	106289	106296	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017942	GTCG	2	8	107763	107770	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017942	CGAA	2	8	112686	112693	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017942	CGGT	2	8	112726	112733	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017942	CGGC	2	8	115602	115609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017942	ACTC	2	8	115619	115626	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017942	GTTC	2	8	116761	116768	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017942	AATG	2	8	122302	122309	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017942	GTAG	2	8	122460	122467	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017942	GGTT	2	8	122679	122686	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017942	CAAT	2	8	124023	124030	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017942	CGCT	2	8	124388	124395	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017942	AATC	2	8	124695	124702	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017942	CTCG	2	8	125185	125192	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017942	CAGC	2	8	125431	125438	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017942	AGTC	2	8	127403	127410	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017942	ACAA	2	8	127580	127587	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017942	CAGG	2	8	127952	127959	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017942	GGTT	2	8	128139	128146	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017942	AGAA	2	8	128612	128619	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017942	CCGT	2	8	129039	129046	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.