MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM100

Total Repeats: 283

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017942	CGGA	2	8	183	190	25 %	0 %	50 %	25 %	389848446
2	NC_017942	TTCG	2	8	732	739	0 %	50 %	25 %	25 %	389848446
3	NC_017942	ACGA	2	8	1221	1228	50 %	0 %	25 %	25 %	389848446
4	NC_017942	GCAA	2	8	1349	1356	50 %	0 %	25 %	25 %	389848446
5	NC_017942	TGGT	2	8	2153	2160	0 %	50 %	50 %	0 %	389848447
6	NC_017942	ACGT	2	8	2350	2357	25 %	25 %	25 %	25 %	389848448
7	NC_017942	TCCA	2	8	2378	2385	25 %	25 %	0 %	50 %	389848448
8	NC_017942	AATC	2	8	2436	2443	50 %	25 %	0 %	25 %	389848448
9	NC_017942	GGGT	2	8	2656	2663	0 %	25 %	75 %	0 %	389848448
10	NC_017942	GCCT	2	8	2695	2702	0 %	25 %	25 %	50 %	389848448
11	NC_017942	ATGA	2	8	3088	3095	50 %	25 %	25 %	0 %	389848448
12	NC_017942	GACT	2	8	4445	4452	25 %	25 %	25 %	25 %	389848450
13	NC_017942	CGAT	2	8	4473	4480	25 %	25 %	25 %	25 %	389848450
14	NC_017942	CTGT	2	8	4939	4946	0 %	50 %	25 %	25 %	389848451
15	NC_017942	ACGC	2	8	5235	5242	25 %	0 %	25 %	50 %	389848451
16	NC_017942	TCGG	2	8	5364	5371	0 %	25 %	50 %	25 %	389848451
17	NC_017942	TCGT	2	8	6015	6022	0 %	50 %	25 %	25 %	389848452
18	NC_017942	TGGG	2	8	6110	6117	0 %	25 %	75 %	0 %	389848452
19	NC_017942	TGGA	2	8	7050	7057	25 %	25 %	50 %	0 %	389848452
20	NC_017942	CGGT	2	8	7119	7126	0 %	25 %	50 %	25 %	389848452
21	NC_017942	ACTC	2	8	7908	7915	25 %	25 %	0 %	50 %	389848453
22	NC_017942	CGTC	2	8	8101	8108	0 %	25 %	25 %	50 %	389848453
23	NC_017942	CGCC	2	8	8588	8595	0 %	0 %	25 %	75 %	389848454
24	NC_017942	TTTC	2	8	9015	9022	0 %	75 %	0 %	25 %	389848454
25	NC_017942	CGGA	2	8	9374	9381	25 %	0 %	50 %	25 %	389848455
26	NC_017942	GTCC	2	8	9497	9504	0 %	25 %	25 %	50 %	389848456
27	NC_017942	ACGC	2	8	9543	9550	25 %	0 %	25 %	50 %	389848456
28	NC_017942	AGCG	2	8	9612	9619	25 %	0 %	50 %	25 %	389848456
29	NC_017942	CCGG	2	8	9635	9642	0 %	0 %	50 %	50 %	389848456
30	NC_017942	CGAA	2	8	9906	9913	50 %	0 %	25 %	25 %	389848456
31	NC_017942	TGGC	2	8	10006	10013	0 %	25 %	50 %	25 %	389848456
32	NC_017942	CGGA	2	8	10138	10145	25 %	0 %	50 %	25 %	389848456
33	NC_017942	CTCG	2	8	10194	10201	0 %	25 %	25 %	50 %	389848457
34	NC_017942	ATCG	2	8	10456	10463	25 %	25 %	25 %	25 %	389848457
35	NC_017942	CGTC	2	8	11051	11058	0 %	25 %	25 %	50 %	389848457
36	NC_017942	TCCG	2	8	11614	11621	0 %	25 %	25 %	50 %	389848459
37	NC_017942	ACGG	2	8	12075	12082	25 %	0 %	50 %	25 %	389848459
38	NC_017942	CGGG	2	8	14436	14443	0 %	0 %	75 %	25 %	389848460
39	NC_017942	CCGA	2	8	14564	14571	25 %	0 %	25 %	50 %	389848460
40	NC_017942	CGTC	2	8	15869	15876	0 %	25 %	25 %	50 %	389848461
41	NC_017942	CGAG	2	8	16378	16385	25 %	0 %	50 %	25 %	389848462
42	NC_017942	CGTT	2	8	16795	16802	0 %	50 %	25 %	25 %	389848462
43	NC_017942	GGTT	2	8	18595	18602	0 %	50 %	50 %	0 %	389848464
44	NC_017942	CGAC	2	8	19352	19359	25 %	0 %	25 %	50 %	389848464
45	NC_017942	TCCA	2	8	19838	19845	25 %	25 %	0 %	50 %	389848465
46	NC_017942	GCTC	2	8	20140	20147	0 %	25 %	25 %	50 %	389848465
47	NC_017942	CTGA	2	8	20898	20905	25 %	25 %	25 %	25 %	389848466
48	NC_017942	CGGT	2	8	21330	21337	0 %	25 %	50 %	25 %	389848466
49	NC_017942	GACT	2	8	21339	21346	25 %	25 %	25 %	25 %	389848466
50	NC_017942	CGCT	2	8	21779	21786	0 %	25 %	25 %	50 %	389848467
51	NC_017942	TCGC	2	8	21896	21903	0 %	25 %	25 %	50 %	389848467
52	NC_017942	CGAG	2	8	22992	22999	25 %	0 %	50 %	25 %	389848467
53	NC_017942	CGAC	2	8	24082	24089	25 %	0 %	25 %	50 %	389848468
54	NC_017942	TCGC	2	8	24226	24233	0 %	25 %	25 %	50 %	389848468
55	NC_017942	TTCG	2	8	24985	24992	0 %	50 %	25 %	25 %	389848469
56	NC_017942	GCCG	2	8	25842	25849	0 %	0 %	50 %	50 %	389848469
57	NC_017942	CGTG	2	8	25986	25993	0 %	25 %	50 %	25 %	389848469
58	NC_017942	ACCG	2	8	26200	26207	25 %	0 %	25 %	50 %	389848469
59	NC_017942	CTGA	2	8	26570	26577	25 %	25 %	25 %	25 %	389848470
60	NC_017942	CGAC	2	8	27158	27165	25 %	0 %	25 %	50 %	389848471
61	NC_017942	TGGA	2	8	27173	27180	25 %	25 %	50 %	0 %	389848471
62	NC_017942	GTCG	2	8	27322	27329	0 %	25 %	50 %	25 %	389848471
63	NC_017942	GTCG	2	8	27385	27392	0 %	25 %	50 %	25 %	389848471
64	NC_017942	CCAT	2	8	27550	27557	25 %	25 %	0 %	50 %	389848471
65	NC_017942	GAAG	2	8	27853	27860	50 %	0 %	50 %	0 %	389848472
66	NC_017942	TGGA	2	8	27941	27948	25 %	25 %	50 %	0 %	389848472
67	NC_017942	TTCG	2	8	28055	28062	0 %	50 %	25 %	25 %	389848473
68	NC_017942	CAGA	2	8	29663	29670	50 %	0 %	25 %	25 %	389848476
69	NC_017942	AGCG	2	8	29712	29719	25 %	0 %	50 %	25 %	389848476
70	NC_017942	CGGT	2	8	31587	31594	0 %	25 %	50 %	25 %	389848478
71	NC_017942	TCGC	2	8	31811	31818	0 %	25 %	25 %	50 %	389848478
72	NC_017942	GGAC	2	8	31819	31826	25 %	0 %	50 %	25 %	389848478
73	NC_017942	TGGT	2	8	32108	32115	0 %	50 %	50 %	0 %	389848479
74	NC_017942	CGCT	2	8	32179	32186	0 %	25 %	25 %	50 %	389848479
75	NC_017942	CGCC	2	8	32210	32217	0 %	0 %	25 %	75 %	389848479
76	NC_017942	GCGA	2	8	33140	33147	25 %	0 %	50 %	25 %	389848480
77	NC_017942	ACCG	2	8	33795	33802	25 %	0 %	25 %	50 %	389848481
78	NC_017942	TGGG	2	8	38601	38608	0 %	25 %	75 %	0 %	389848487
79	NC_017942	GCTG	2	8	39714	39721	0 %	25 %	50 %	25 %	389848489
80	NC_017942	AGGG	2	8	40023	40030	25 %	0 %	75 %	0 %	389848489
81	NC_017942	GGCA	2	8	40366	40373	25 %	0 %	50 %	25 %	389848489
82	NC_017942	CGCT	2	8	40473	40480	0 %	25 %	25 %	50 %	389848489
83	NC_017942	ACCG	2	8	40622	40629	25 %	0 %	25 %	50 %	389848489
84	NC_017942	TCGC	2	8	41957	41964	0 %	25 %	25 %	50 %	389848490
85	NC_017942	GACC	2	8	42591	42598	25 %	0 %	25 %	50 %	389848491
86	NC_017942	CGAC	2	8	42755	42762	25 %	0 %	25 %	50 %	389848491
87	NC_017942	CGCC	2	8	42873	42880	0 %	0 %	25 %	75 %	389848491
88	NC_017942	AGCG	2	8	42901	42908	25 %	0 %	50 %	25 %	389848491
89	NC_017942	CCGA	2	8	44022	44029	25 %	0 %	25 %	50 %	389848492
90	NC_017942	GCCC	2	8	44208	44215	0 %	0 %	25 %	75 %	389848492
91	NC_017942	TGAC	2	8	44351	44358	25 %	25 %	25 %	25 %	389848492
92	NC_017942	GACG	2	8	44607	44614	25 %	0 %	50 %	25 %	389848493
93	NC_017942	TCGC	2	8	44701	44708	0 %	25 %	25 %	50 %	389848493
94	NC_017942	CGCT	2	8	44857	44864	0 %	25 %	25 %	50 %	389848493
95	NC_017942	CGAC	2	8	45140	45147	25 %	0 %	25 %	50 %	389848493
96	NC_017942	GACG	2	8	45252	45259	25 %	0 %	50 %	25 %	389848493
97	NC_017942	GGCG	2	8	45722	45729	0 %	0 %	75 %	25 %	389848494
98	NC_017942	ACTA	2	8	46507	46514	50 %	25 %	0 %	25 %	389848494
99	NC_017942	ATGG	2	8	46561	46568	25 %	25 %	50 %	0 %	389848495
100	NC_017942	CGAA	2	8	47051	47058	50 %	0 %	25 %	25 %	389848495
101	NC_017942	CGAC	2	8	47474	47481	25 %	0 %	25 %	50 %	389848495
102	NC_017942	CGAC	2	8	47564	47571	25 %	0 %	25 %	50 %	389848495
103	NC_017942	GCGA	2	8	47767	47774	25 %	0 %	50 %	25 %	389848495
104	NC_017942	CCTG	2	8	47991	47998	0 %	25 %	25 %	50 %	389848495
105	NC_017942	GCGG	2	8	48277	48284	0 %	0 %	75 %	25 %	389848496
106	NC_017942	GACG	2	8	48539	48546	25 %	0 %	50 %	25 %	389848496
107	NC_017942	TGGC	2	8	48564	48571	0 %	25 %	50 %	25 %	389848496
108	NC_017942	GCCG	2	8	49318	49325	0 %	0 %	50 %	50 %	389848497
109	NC_017942	TCGC	2	8	49784	49791	0 %	25 %	25 %	50 %	389848497
110	NC_017942	TCGG	2	8	49800	49807	0 %	25 %	50 %	25 %	389848497
111	NC_017942	GACC	2	8	51000	51007	25 %	0 %	25 %	50 %	389848498
112	NC_017942	GGAC	2	8	52315	52322	25 %	0 %	50 %	25 %	389848500
113	NC_017942	CTGG	2	8	52346	52353	0 %	25 %	50 %	25 %	389848500
114	NC_017942	CGAG	2	8	52514	52521	25 %	0 %	50 %	25 %	389848500
115	NC_017942	TCGG	2	8	53166	53173	0 %	25 %	50 %	25 %	389848501
116	NC_017942	CGCC	2	8	53336	53343	0 %	0 %	25 %	75 %	389848501
117	NC_017942	AAGA	2	8	53785	53792	75 %	0 %	25 %	0 %	389848502
118	NC_017942	ATCG	2	8	53808	53815	25 %	25 %	25 %	25 %	389848502
119	NC_017942	GCGA	2	8	54025	54032	25 %	0 %	50 %	25 %	389848502
120	NC_017942	TCGT	2	8	54481	54488	0 %	50 %	25 %	25 %	389848502
121	NC_017942	GGAC	2	8	54585	54592	25 %	0 %	50 %	25 %	389848502
122	NC_017942	GGCC	2	8	55163	55170	0 %	0 %	50 %	50 %	389848503
123	NC_017942	AGGT	2	8	55384	55391	25 %	25 %	50 %	0 %	389848503
124	NC_017942	GGTA	2	8	55570	55577	25 %	25 %	50 %	0 %	389848503
125	NC_017942	TTTC	2	8	57081	57088	0 %	75 %	0 %	25 %	389848503
126	NC_017942	GTTG	2	8	57092	57099	0 %	50 %	50 %	0 %	389848503
127	NC_017942	GTTT	2	8	57303	57310	0 %	75 %	25 %	0 %	389848503
128	NC_017942	GGAA	2	8	57826	57833	50 %	0 %	50 %	0 %	389848503
129	NC_017942	CTGG	2	8	59167	59174	0 %	25 %	50 %	25 %	389848505
130	NC_017942	TTGC	2	8	60149	60156	0 %	50 %	25 %	25 %	389848506
131	NC_017942	TGGG	2	8	61008	61015	0 %	25 %	75 %	0 %	389848507
132	NC_017942	GAAT	2	8	61459	61466	50 %	25 %	25 %	0 %	389848508
133	NC_017942	TTGG	2	8	61840	61847	0 %	50 %	50 %	0 %	389848509
134	NC_017942	GCCC	2	8	62001	62008	0 %	0 %	25 %	75 %	389848509
135	NC_017942	CCCG	2	8	62303	62310	0 %	0 %	25 %	75 %	389848510
136	NC_017942	TCAA	2	8	62364	62371	50 %	25 %	0 %	25 %	389848510
137	NC_017942	AGCG	2	8	63618	63625	25 %	0 %	50 %	25 %	389848511
138	NC_017942	GGAC	2	8	63805	63812	25 %	0 %	50 %	25 %	389848511
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276	NC_017942	ACTC	2	8	121062	121069	25 %	25 %	0 %	50 %	389848582
277	NC_017942	AGCC	2	8	121459	121466	25 %	0 %	25 %	50 %	389848582
278	NC_017942	CGGT	2	8	121602	121609	0 %	25 %	50 %	25 %	389848582
279	NC_017942	CTGG	2	8	122194	122201	0 %	25 %	50 %	25 %	389848582
280	NC_017942	TTGA	2	8	123379	123386	25 %	50 %	25 %	0 %	389848583
281	NC_017942	GACC	2	8	123424	123431	25 %	0 %	25 %	50 %	389848583
282	NC_017942	CTGA	2	8	125045	125052	25 %	25 %	25 %	25 %	389848584
283	NC_017942	CGCC	2	8	127791	127798	0 %	0 %	25 %	75 %	389848586

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.