MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 chromosome

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017941	TCGGAC	2	12	8527	8538	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017941	CGGTCG	2	12	50037	50048	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017941	CCGAGA	2	12	82124	82135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017941	GTTTCG	2	12	111959	111970	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017941	TTTCAC	2	12	118085	118096	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017941	CGACGG	2	12	133415	133426	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017941	CGACGG	2	12	133438	133449	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017941	ATCAAT	2	12	202047	202058	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017941	TTCGGG	2	12	208882	208893	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017941	AGGGGC	2	12	238601	238612	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017941	CGCTGG	2	12	241192	241203	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017941	GCGGAT	2	12	247521	247532	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017941	ACCCAC	2	12	293684	293695	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_017941	CGAAGG	2	12	300503	300514	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017941	CACACC	2	12	330438	330449	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_017941	TTCTGG	2	12	387688	387699	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017941	TACCAC	2	12	388385	388396	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017941	AAGTCT	2	12	392919	392930	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017941	ACCGAC	2	12	410976	410987	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017941	GCTCAC	2	12	438575	438586	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017941	GAAAGT	2	12	445803	445814	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017941	GGCAGC	2	12	469843	469854	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017941	GTTTAG	2	12	486412	486423	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017941	GTCTTC	2	12	493507	493518	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017941	GTCGCC	2	12	522322	522333	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017941	CGAGTG	2	12	527972	527983	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017941	CATTCA	2	12	567522	567533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017941	CGCTCG	2	12	579617	579628	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017941	TTTCAC	2	12	581864	581875	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017941	GTTATA	2	12	587900	587911	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017941	CACTCG	2	12	590515	590526	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017941	GTCTCA	2	12	595528	595539	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017941	GTCTCA	2	12	595564	595575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017941	GTCTCA	2	12	595600	595611	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017941	CCCAGT	2	12	622359	622370	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017941	GCCGAA	2	12	624849	624860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017941	CCGAGA	2	12	643940	643951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017941	CCGTCT	2	12	709589	709600	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017941	GTGTCC	2	12	716273	716284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017941	TGAGTC	2	12	827983	827994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017941	AAGTCA	2	12	880243	880254	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017941	TGACCA	2	12	900744	900755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017941	CCGATA	2	12	915071	915082	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017941	TTGCGG	2	12	918291	918302	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017941	CTGTCG	2	12	979689	979700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017941	CATCGC	2	12	980702	980713	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_017941	GAGAGG	2	12	995324	995335	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017941	ACCGGG	2	12	1002137	1002148	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017941	ATCGCA	2	12	1014690	1014701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017941	TCGAAC	2	12	1024184	1024195	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017941	CCGCGA	2	12	1062163	1062174	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017941	GCTTAT	2	12	1095075	1095086	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017941	TCGAAA	2	12	1100835	1100846	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017941	GCGCGT	2	12	1151605	1151616	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017941	TTTTCA	2	12	1179246	1179257	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017941	TCCCGC	2	12	1216384	1216395	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_017941	ACCGCC	2	12	1225764	1225775	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_017941	ATATTT	2	12	1264163	1264174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017941	CGCTTA	2	12	1316213	1316224	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017941	ATTGGA	2	12	1360131	1360142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017941	GGCGAC	2	12	1372628	1372639	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017941	TAGCAG	2	12	1378111	1378122	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017941	ACGTGT	2	12	1395419	1395430	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017941	CCTCGG	2	12	1410149	1410160	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017941	ATTATC	2	12	1432197	1432208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017941	CGAATA	2	12	1480545	1480556	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017941	ACATTG	2	12	1497164	1497175	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017941	GTTCGA	2	12	1539075	1539086	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017941	GGAGCA	2	12	1545019	1545030	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017941	GCGGCC	2	12	1578796	1578807	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017941	ACCGCG	2	12	1610800	1610811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017941	CCGAGT	2	12	1637453	1637464	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017941	CGCGAG	2	12	1637920	1637931	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017941	GGCGGA	2	12	1661828	1661839	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017941	AGTTCG	2	12	1665367	1665378	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017941	TCCGAC	2	12	1756191	1756202	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017941	CATTCT	2	12	1770537	1770548	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017941	TGGTTC	2	12	1780464	1780475	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017941	AGTGAA	2	12	1798161	1798172	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017941	GTGGTT	2	12	1807817	1807828	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017941	GGACGC	2	12	1831520	1831531	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017941	ATTCAT	2	12	1845540	1845551	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017941	CGAGGA	2	12	1870475	1870486	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017941	GGTAGA	2	12	1870519	1870530	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017941	GTCTCG	2	12	1873281	1873292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017941	CGTCTT	2	12	1899400	1899411	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017941	GACGCT	2	12	1905162	1905173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017941	TGAGCG	2	12	1927203	1927214	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017941	GCCATC	2	12	1934729	1934740	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017941	AGCGGG	2	12	1941717	1941728	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017941	CGTCTG	2	12	1975258	1975269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017941	AGCGGG	2	12	1978043	1978054	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017941	GGACTC	2	12	2004559	2004570	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017941	CCCACA	2	12	2004800	2004811	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017941	CTCCCT	2	12	2004822	2004833	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_017941	GCGTCG	2	12	2011695	2011706	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017941	AGTGAA	2	12	2012209	2012220	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017941	CGATAG	2	12	2022489	2022500	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017941	TGGACG	2	12	2041826	2041837	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017941	CACAGA	2	12	2042098	2042109	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017941	TTCCCA	2	12	2052146	2052157	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017941	TTCGAC	2	12	2060325	2060336	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017941	TACGTA	2	12	2060736	2060747	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017941	GTCAAA	2	12	2081335	2081346	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017941	CCTGCA	2	12	2122576	2122587	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017941	AGTGCC	2	12	2146333	2146344	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017941	CGCACC	2	12	2170496	2170507	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_017941	CGGTGG	2	12	2209806	2209817	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017941	TCGGCG	2	12	2213417	2213428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017941	GCTCCT	2	12	2230469	2230480	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017941	ACTGCC	2	12	2281689	2281700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017941	GGTATC	2	12	2294704	2294715	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017941	AGTACG	2	12	2365466	2365477	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017941	CGAAGC	2	12	2370030	2370041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017941	AGTTCG	2	12	2385813	2385824	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017941	GCGCTC	2	12	2395357	2395368	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017941	AGGTGT	2	12	2396604	2396615	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017941	TGGTGT	2	12	2406502	2406513	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017941	TGCCGC	2	12	2429569	2429580	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_017941	CAACTG	2	12	2451699	2451710	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017941	ATGAGT	2	12	2483263	2483274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017941	GACGGC	2	12	2523815	2523826	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017941	CACTTT	2	12	2537983	2537994	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017941	CATGAG	2	12	2573963	2573974	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017941	GGGAGA	2	12	2595459	2595470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017941	AGACAG	2	12	2625527	2625538	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017941	CGAACC	2	12	2671474	2671485	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017941	GGCTGC	2	12	2708638	2708649	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017941	TTCACT	2	12	2720114	2720125	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017941	GTCGTT	2	12	2733715	2733726	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017941	GTGAGC	2	12	2743361	2743372	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017941	AACCCC	2	12	2743578	2743589	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_017941	CGGTTT	2	12	2759540	2759551	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017941	ACGGAC	2	12	2808827	2808838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017941	GTTGCG	2	12	2832513	2832524	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017941	TGAACG	2	12	2842329	2842340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017941	AGTGAA	2	12	2859981	2859992	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017941	CCGGTG	2	12	2883828	2883839	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017941	TCCCAC	2	12	2895647	2895658	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_017941	GATCGA	2	12	2916078	2916089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017941	TGAGGA	2	12	2920393	2920404	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017941	CACCCC	2	12	2947699	2947710	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.