MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Streptococcus thermophilus MN-ZLW-002 chromosome

Total Repeats: 740

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017927	TAGCTG	2	12	598	609	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387908809
2	NC_017927	AAAGAT	2	12	3770	3781	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	387908812
3	NC_017927	TGCCTA	2	12	7811	7822	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387908814
4	NC_017927	CGAACA	2	12	9077	9088	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387908816
5	NC_017927	ATTATC	2	12	10248	10259	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	387908818
6	NC_017927	AACTAA	2	12	12185	12196	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	387908820
7	NC_017927	AAAGTC	2	12	12790	12801	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387908821
8	NC_017927	TGTCGG	2	12	13463	13474	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387908821
9	NC_017927	GAACTC	2	12	15530	15541	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387908823
10	NC_017927	ACGTAA	2	12	16416	16427	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387908824
11	NC_017927	GAAGTG	2	12	22475	22486	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017927	ACTAAT	2	12	22505	22516	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017927	CATCAG	2	12	26995	27006	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387908831
14	NC_017927	GCTATT	2	12	30452	30463	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387908834
15	NC_017927	TTTGCT	2	12	34174	34185	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387908839
16	NC_017927	CTTGCA	2	12	36473	36484	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387908839
17	NC_017927	CCATTG	2	12	41008	41019	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387908843
18	NC_017927	CGAAAC	2	12	44596	44607	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387908847
19	NC_017927	TGGATT	2	12	48684	48695	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387908851
20	NC_017927	CTGTTG	2	12	51818	51829	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387908855
21	NC_017927	CCAACA	2	12	52207	52218	50 %	0 %	0 %	50 %	387908855
22	NC_017927	TTGAAG	2	12	58540	58551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387908861
23	NC_017927	ATGGTT	2	12	59215	59226	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387908861
24	NC_017927	TGATAG	2	12	59642	59653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387908861
25	NC_017927	TTTCTG	2	12	61076	61087	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387908863
26	NC_017927	ACCAAT	2	12	62151	62162	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387908865
27	NC_017927	TATGGA	2	12	62868	62879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387908865
28	NC_017927	GAAGTG	2	12	70212	70223	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017927	ACTAAT	2	12	70242	70253	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017927	TTCGGG	2	12	71128	71139	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017927	TTTATA	2	12	78166	78177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017927	GCAAAA	2	12	80063	80074	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017927	CAGCTG	2	12	82411	82422	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387908876
34	NC_017927	CTGGTG	2	12	82626	82637	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387908877
35	NC_017927	ATTAAG	2	12	90084	90095	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387908881
36	NC_017927	TAAAGT	2	12	99343	99354	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387908892
37	NC_017927	GCACAA	2	12	101936	101947	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387908896
38	NC_017927	TGGAAA	2	12	102766	102777	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387908897
39	NC_017927	CATATG	2	12	107705	107716	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387908899
40	NC_017927	TAAAAA	2	12	112955	112966	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017927	TATTAA	2	12	113243	113254	50 %	50 %	0 %	0 %	387908906
42	NC_017927	TTGAGC	2	12	113847	113858	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387908906
43	NC_017927	TTTTTC	2	12	115689	115700	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387908909
44	NC_017927	GTCATG	2	12	125817	125828	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387908919
45	NC_017927	TCCAAC	2	12	128132	128143	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017927	GAAGTG	2	12	133565	133576	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017927	ACTAAT	2	12	133595	133606	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017927	TTAAGT	2	12	134585	134596	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017927	GCCAAA	2	12	135908	135919	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387908923
50	NC_017927	AAGGAG	2	12	135930	135941	50 %	0 %	50 %	0 %	387908923
51	NC_017927	GCTCAA	2	12	135998	136009	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387908923
52	NC_017927	AAAAGC	2	12	136957	136968	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	387908924
53	NC_017927	GATTCC	2	12	137529	137540	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387908924
54	NC_017927	ATTGAA	2	12	138340	138351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387908926
55	NC_017927	TACAGC	2	12	139538	139549	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017927	ATTTAT	2	12	140781	140792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017927	GACCTT	2	12	144857	144868	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387908932
58	NC_017927	GCTGAT	2	12	145682	145693	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387908932
59	NC_017927	CACCGT	2	12	146030	146041	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387908932
60	NC_017927	ACCTCT	2	12	150770	150781	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	387908940
61	NC_017927	AAATCC	2	12	153328	153339	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387908943
62	NC_017927	AGCTGA	2	12	154055	154066	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387908943
63	NC_017927	CAAATA	2	12	155269	155280	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017927	TCAGAA	2	12	156564	156575	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387908947
65	NC_017927	GGTTTT	2	12	160686	160697	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387908951
66	NC_017927	GAATTG	2	12	160939	160950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387908951
67	NC_017927	GTTGGT	2	12	161085	161096	0 %	50 %	50 %	0 %	387908951
68	NC_017927	CCTGAA	2	12	164210	164221	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387908956
69	NC_017927	TACAGA	2	12	173969	173980	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387908965
70	NC_017927	TTGTGG	2	12	184835	184846	0 %	50 %	50 %	0 %	387908984
71	NC_017927	CAAAAA	2	12	185589	185600	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017927	CATGTT	2	12	187786	187797	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387908988
73	NC_017927	GTTGCT	2	12	189412	189423	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387908990
74	NC_017927	ATCGGT	2	12	190144	190155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387908991
75	NC_017927	ATATGA	2	12	192284	192295	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387908993
76	NC_017927	GCCGTC	2	12	192347	192358	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387908993
77	NC_017927	TTGGTT	2	12	193864	193875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387908995
78	NC_017927	ACAAGG	2	12	195008	195019	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387908996
79	NC_017927	ATTCCA	2	12	195415	195426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387908996
80	NC_017927	GGTACA	2	12	199806	199817	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387908998
81	NC_017927	TCTTGG	2	12	200485	200496	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387908999
82	NC_017927	TATAAA	2	12	204856	204867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387909007
83	NC_017927	GAAAGA	2	12	206519	206530	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017927	GCTGAT	2	12	209235	209246	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387909013
85	NC_017927	CCAATC	2	12	215454	215465	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	387909019
86	NC_017927	CGAAAT	2	12	216485	216496	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387909019
87	NC_017927	ATCGAA	2	12	218514	218525	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387909022
88	NC_017927	CATGCC	2	12	219499	219510	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387909023
89	NC_017927	ACTTTT	2	12	224239	224250	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387909027
90	NC_017927	GTAGAA	4	24	224634	224657	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387909028
91	NC_017927	TTGACG	2	12	224857	224868	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387909028
92	NC_017927	TACCAT	2	12	226660	226671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387909028
93	NC_017927	GAATGA	2	12	232606	232617	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387909034
94	NC_017927	GTTTAC	2	12	232683	232694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387909034
95	NC_017927	TTTTGA	2	12	233398	233409	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387909034
96	NC_017927	GGCTTT	2	12	236312	236323	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387909036
97	NC_017927	TCAAAT	2	12	240491	240502	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387909039
98	NC_017927	TGTTGC	2	12	243821	243832	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387909044
99	NC_017927	CTTTAT	2	12	251808	251819	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387909056
100	NC_017927	TCAGCG	2	12	259502	259513	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387909065
101	NC_017927	TTGGTT	2	12	264912	264923	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387909073
102	NC_017927	ATGGTT	2	12	267540	267551	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387909077
103	NC_017927	TAAGTT	2	12	275815	275826	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	387909086
104	NC_017927	CCAAGT	2	12	275911	275922	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909086
105	NC_017927	CAGCAT	2	12	277790	277801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909087
106	NC_017927	GGTATC	2	12	279781	279792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387909088
107	NC_017927	GAGCTA	2	12	281046	281057	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387909089
108	NC_017927	GATTTT	3	18	286263	286280	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387909096
109	NC_017927	CAATTG	2	12	289140	289151	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387909099
110	NC_017927	TCCAGC	2	12	296832	296843	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387909105
111	NC_017927	TTTTTG	2	12	297012	297023	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	387909105
112	NC_017927	TTAACT	2	12	299512	299523	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	387909108
113	NC_017927	CAGATG	2	12	299553	299564	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387909108
114	NC_017927	GGTACA	2	12	300008	300019	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387909108
115	NC_017927	CAAGCT	2	12	301548	301559	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909110
116	NC_017927	GCCATC	2	12	304149	304160	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387909112
117	NC_017927	CGTAAA	2	12	304350	304361	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387909112
118	NC_017927	AGATAA	2	12	307338	307349	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017927	ATGATA	2	12	307417	307428	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017927	CTGCAA	2	12	311103	311114	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909124
121	NC_017927	GGAATT	2	12	311343	311354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387909124
122	NC_017927	TTGCGA	2	12	315267	315278	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387909128
123	NC_017927	GGGATT	2	12	315454	315465	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	387909128
124	NC_017927	ATTTTT	2	12	316332	316343	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017927	ACGGTG	2	12	316636	316647	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387909129
126	NC_017927	CTAAGA	2	12	317599	317610	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387909131
127	NC_017927	GATATT	2	12	317739	317750	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	387909131
128	NC_017927	ATGTTT	2	12	319766	319777	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387909133
129	NC_017927	GCAGAA	2	12	321412	321423	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387909136
130	NC_017927	TAACCG	2	12	321450	321461	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909136
131	NC_017927	TAAAGG	2	12	322941	322952	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387909136
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140	NC_017927	ACTAAT	2	12	350835	350846	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017927	TTTCTT	2	12	351598	351609	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_017927	TGAGGC	2	12	351748	351759	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387909165
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145	NC_017927	TTCTAG	2	12	354103	354114	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387909168
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147	NC_017927	ATTGGT	2	12	356800	356811	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387909170
148	NC_017927	GGTGCA	2	12	363155	363166	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387909177
149	NC_017927	TTTGGT	2	12	366271	366282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387909180
150	NC_017927	ATATCC	2	12	370965	370976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017927	ATCAAT	2	12	375243	375254	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387909191
152	NC_017927	GTTTTT	2	12	376428	376439	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017927	TGACAA	2	12	383248	383259	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_017927	AAAAGG	2	12	392094	392105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017927	ATAAAG	2	12	398746	398757	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	387909212
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159	NC_017927	GCATCA	2	12	418208	418219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909232
160	NC_017927	CATCAG	2	12	418995	419006	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909232
161	NC_017927	ATGGGG	2	12	421426	421437	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017927	TCAAGC	2	12	421893	421904	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_017927	AGCTGA	2	12	466317	466328	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387909279
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200	NC_017927	ATTTTT	2	12	487244	487255	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_017927	TTTGAT	2	12	490461	490472	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387909306
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226	NC_017927	TTCGGG	2	12	562117	562128	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
227	NC_017927	GATACT	2	12	562648	562659	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387909377
228	NC_017927	CAAGGA	2	12	565617	565628	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387909379
229	NC_017927	TACCAG	2	12	569503	569514	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387909385
230	NC_017927	TTCTTT	2	12	570008	570019	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387909385
231	NC_017927	CTGCAG	2	12	570343	570354	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387909385
232	NC_017927	GAGGAA	2	12	575142	575153	50 %	0 %	50 %	0 %	387909390
233	NC_017927	AAAGGA	2	12	577372	577383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387909392
234	NC_017927	TCTTGT	2	12	579574	579585	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387909395
235	NC_017927	ATTGCC	2	12	580206	580217	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387909396
236	NC_017927	TGGTTT	2	12	590952	590963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387909409
237	NC_017927	GCTAAG	2	12	592114	592125	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387909409
238	NC_017927	TACAAT	2	12	592708	592719	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387909409
239	NC_017927	ACTGGT	2	12	594832	594843	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387909411
240	NC_017927	ATTTGA	2	12	595625	595636	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
241	NC_017927	ATACCA	2	12	595881	595892	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387909413
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243	NC_017927	CTTAGA	2	12	598683	598694	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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260	NC_017927	TGCTGG	2	12	649603	649614	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	387909467
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456	NC_017927	ATGCTG	2	12	1195646	1195657	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387910035
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462	NC_017927	TTAAAG	2	12	1199836	1199847	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
463	NC_017927	AAATCA	2	12	1201202	1201213	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	387910039
464	NC_017927	TTTTCC	2	12	1206734	1206745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387910047
465	NC_017927	AGCTTG	2	12	1209434	1209445	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387910051
466	NC_017927	TTCTCT	2	12	1210436	1210447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387910053
467	NC_017927	TGGAAA	2	12	1214424	1214435	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387910057
468	NC_017927	CTAATA	2	12	1216215	1216226	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387910059
469	NC_017927	GTACTG	2	12	1223306	1223317	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387910066
470	NC_017927	AAGATT	2	12	1227961	1227972	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
471	NC_017927	AGCCAA	2	12	1228467	1228478	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387910071
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480	NC_017927	ATCAGG	2	12	1251022	1251033	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387910097
481	NC_017927	TATCAA	2	12	1256968	1256979	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387910102
482	NC_017927	TTATCG	2	12	1258720	1258731	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
483	NC_017927	ATCAAA	2	12	1262962	1262973	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	387910111
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489	NC_017927	AATTGT	2	12	1286068	1286079	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
490	NC_017927	CCAATG	2	12	1288162	1288173	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387910128
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492	NC_017927	TCAGGT	2	12	1289625	1289636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387910128
493	NC_017927	CCTTTA	2	12	1294165	1294176	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	387910133
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495	NC_017927	AGAACT	2	12	1296932	1296943	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387910136
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498	NC_017927	GTCCCA	2	12	1302510	1302521	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387910140
499	NC_017927	GCAGCT	2	12	1306537	1306548	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387910143
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