MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. KJ006 chromosome 1

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017920	CTATCG	2	12	6926	6937	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017920	CCGCGG	2	12	8392	8403	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017920	GGCAAG	2	12	15452	15463	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017920	TCCGTC	2	12	31855	31866	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017920	GCGGCA	2	12	38752	38763	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017920	TGCGCG	2	12	39919	39930	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017920	GTGGGC	2	12	52494	52505	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017920	CGCCGT	2	12	55282	55293	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017920	CCTTAC	2	12	55427	55438	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017920	GAATCT	2	12	74198	74209	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017920	CGATCG	2	12	89346	89357	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017920	AAATGA	2	12	95264	95275	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017920	GGCGAG	2	12	134016	134027	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017920	CACGAG	13	78	134939	135016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017920	CACGAC	6	36	135017	135052	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017920	CGAGCG	2	12	149221	149232	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017920	GCACCT	2	12	170466	170477	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017920	CGGGCG	2	12	170546	170557	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017920	GCGCGG	2	12	170766	170777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017920	CGGCGC	2	12	170975	170986	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017920	AGTTCG	2	12	171102	171113	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017920	GCCGCT	3	18	190416	190433	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017920	AATCGA	2	12	196018	196029	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017920	TGAAAC	2	12	208930	208941	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017920	CCTCAG	4	24	212272	212295	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017920	CGCGGC	2	12	223813	223824	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017920	GGCCCT	2	12	247579	247590	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017920	TCCCGT	2	12	342676	342687	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017920	CGCGAC	2	12	361356	361367	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017920	CGATTG	2	12	373920	373931	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017920	CGGTGC	2	12	376172	376183	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017920	CCGAAA	2	12	402240	402251	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017920	GCCAGG	2	12	481378	481389	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017920	GAAAAA	2	12	501730	501741	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017920	GGGCCG	2	12	503870	503881	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017920	CTGCGC	2	12	551490	551501	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_017920	CGGCCC	2	12	556508	556519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_017920	AGCAGG	2	12	581437	581448	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017920	TACGAT	2	12	612369	612380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017920	GGGGCG	2	12	633725	633736	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017920	CGGCGA	2	12	636078	636089	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017920	GATTCG	2	12	636806	636817	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017920	TCGCGA	2	12	659595	659606	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017920	GATGTT	2	12	691361	691372	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017920	AGCATC	2	12	691404	691415	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017920	CGAGCG	2	12	726844	726855	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017920	CCTTCG	2	12	732210	732221	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_017920	CGCGGC	2	12	736055	736066	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017920	ACGGCG	2	12	753253	753264	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017920	ACGACA	2	12	756542	756553	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017920	GGCGGG	2	12	760888	760899	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017920	GGGAGC	2	12	764699	764710	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017920	AAATCG	2	12	767049	767060	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017920	CGATAT	2	12	783140	783151	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017920	CTTTTT	2	12	785305	785316	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017920	GTTGAT	2	12	822774	822785	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017920	AGGGGA	2	12	897233	897244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017920	GGCGCG	2	12	903745	903756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017920	GCGCCG	2	12	962095	962106	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_017920	GCCGGT	2	12	966049	966060	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017920	CGGATG	2	12	966126	966137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017920	CGATCG	2	12	972594	972605	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017920	GAACTG	2	12	1045700	1045711	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017920	GAAAAA	2	12	1058379	1058390	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017920	TTGCGC	2	12	1062261	1062272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017920	TTTTGT	2	12	1072574	1072585	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017920	CCCGGC	2	12	1078533	1078544	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017920	CTTTTT	2	12	1094103	1094114	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017920	TCGCGC	2	12	1113971	1113982	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017920	GCGCGG	2	12	1114490	1114501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017920	GCTGCG	2	12	1121266	1121277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017920	ATGCGC	2	12	1124462	1124473	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017920	TTGGCG	2	12	1133993	1134004	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017920	ACGCCA	2	12	1134712	1134723	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017920	GCGACA	2	12	1142146	1142157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017920	CGCGAG	2	12	1147461	1147472	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017920	CACGGC	2	12	1147587	1147598	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017920	CGGTGC	2	12	1150061	1150072	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017920	GGCGCG	2	12	1166799	1166810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017920	GAAGCA	2	12	1211017	1211028	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017920	GCTGGA	2	12	1215951	1215962	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017920	GTTGCC	7	42	1220388	1220429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017920	CGCGAC	2	12	1226925	1226936	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_017920	AAAAAG	2	12	1272509	1272520	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017920	ACGCGC	2	12	1274256	1274267	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017920	CGAGAT	2	12	1276478	1276489	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017920	TGGCAA	2	12	1279402	1279413	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017920	TTGTGT	2	12	1280682	1280693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017920	CTGCGC	2	12	1285239	1285250	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017920	ACGATC	2	12	1285315	1285326	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017920	CGCATA	2	12	1290806	1290817	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017920	GCGCGG	2	12	1337112	1337123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017920	GTGCGC	2	12	1339335	1339346	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017920	CATGCG	2	12	1339580	1339591	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017920	GTCGAT	2	12	1350573	1350584	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017920	CGCTGG	2	12	1351905	1351916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017920	GATTTG	2	12	1357195	1357206	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017920	TCGCGC	2	12	1390933	1390944	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017920	CGATGC	2	12	1391507	1391518	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017920	TTGCGT	2	12	1396468	1396479	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017920	TGCTCC	2	12	1400476	1400487	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017920	CCGCGA	2	12	1420100	1420111	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017920	CGGTGT	2	12	1420830	1420841	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017920	CGGCGT	2	12	1422967	1422978	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017920	GCCGAC	2	12	1427559	1427570	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017920	GCGGGT	2	12	1518364	1518375	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017920	CCGTGC	2	12	1520013	1520024	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017920	TGCGCG	2	12	1522928	1522939	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017920	CACGGC	2	12	1534292	1534303	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017920	GCTGAT	2	12	1535772	1535783	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017920	CCGTCG	2	12	1539051	1539062	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017920	CCGTGC	2	12	1543521	1543532	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017920	CTCCCG	2	12	1593788	1593799	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_017920	GCGAGC	2	12	1611623	1611634	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017920	GCCGTC	2	12	1611823	1611834	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017920	CGCCGG	2	12	1620103	1620114	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017920	GGCCGC	2	12	1692989	1693000	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_017920	GCCGCG	2	12	1715082	1715093	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017920	GAAATC	2	12	1718503	1718514	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017920	CGCGGG	2	12	1734259	1734270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017920	GTGAAG	2	12	1764555	1764566	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017920	CCATGC	2	12	1769229	1769240	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017920	CCCGTA	2	12	1795980	1795991	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017920	ACAATT	2	12	1825255	1825266	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017920	GTTTGC	2	12	1825359	1825370	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017920	TGCGCG	2	12	1835433	1835444	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017920	CGGCCG	2	12	1845550	1845561	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017920	TCGCGA	2	12	1848696	1848707	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017920	ACGCGC	2	12	1877425	1877436	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017920	GCGTGC	2	12	1979400	1979411	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017920	TCGGCG	2	12	1988213	1988224	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017920	GCCGAG	2	12	1988232	1988243	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017920	ATCGCC	2	12	2012292	2012303	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_017920	TTCCAA	2	12	2099026	2099037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017920	ATGTGG	2	12	2117099	2117110	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017920	CACGCG	2	12	2131807	2131818	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017920	CGGAGG	2	12	2133043	2133054	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017920	GCGGCC	2	12	2167542	2167553	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017920	GTTGGT	2	12	2194833	2194844	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017920	GCCGCG	2	12	2201835	2201846	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017920	CGTGCG	2	12	2251311	2251322	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017920	GCGCGT	2	12	2254094	2254105	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017920	TTCCCG	2	12	2277317	2277328	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017920	TCCGCC	2	12	2284726	2284737	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_017920	CGGCCG	2	12	2292775	2292786	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
146	NC_017920	CGCGAA	2	12	2311538	2311549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017920	GCGCCC	2	12	2315384	2315395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_017920	CGGCCG	2	12	2406592	2406603	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_017920	GCGCCG	2	12	2411280	2411291	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_017920	GCCCGC	2	12	2420876	2420887	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_017920	CTTCGG	2	12	2425981	2425992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017920	CGTACG	2	12	2443931	2443942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017920	CGCATC	2	12	2478706	2478717	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
154	NC_017920	CGAAGC	2	12	2487179	2487190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017920	GCCGGC	2	12	2530228	2530239	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
156	NC_017920	GTTGCC	2	12	2536233	2536244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_017920	GCCCCG	2	12	2536464	2536475	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_017920	GGCCGC	2	12	2542437	2542448	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
159	NC_017920	ACTGCG	2	12	2558240	2558251	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_017920	ACCGTC	2	12	2558276	2558287	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
161	NC_017920	GCAACT	2	12	2558309	2558320	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_017920	CAACCG	2	12	2558322	2558333	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
163	NC_017920	CGGAAC	2	12	2576713	2576724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_017920	ACGGCC	2	12	2578778	2578789	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
165	NC_017920	CCCTTT	2	12	2592316	2592327	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_017920	ATGGAT	2	12	2601487	2601498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017920	ACGGCA	2	12	2630378	2630389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_017920	TGCAGT	2	12	2641482	2641493	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_017920	CCGCTC	3	18	2651790	2651807	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
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172	NC_017920	CCAAGA	3	18	2664181	2664198	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_017920	GACTGG	3	18	2664209	2664226	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
174	NC_017920	CAAAAA	2	12	2664341	2664352	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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182	NC_017920	GGCTCT	2	12	2836154	2836165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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184	NC_017920	CCCACA	2	12	2850289	2850300	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
185	NC_017920	ATCGGC	2	12	2855189	2855200	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_017920	ACGCGC	2	12	2859438	2859449	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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188	NC_017920	CTACGA	2	12	2897773	2897784	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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201	NC_017920	CCCAGT	2	12	3075814	3075825	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
202	NC_017920	TGCAAG	2	12	3115343	3115354	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.