MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bi-07 chromosome

Total Repeats: 289

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017867	TCTGT	2	10	21384	21393	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017867	GCCGT	2	10	26067	26076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017867	AGAGA	2	10	28163	28172	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017867	CGGTT	2	10	28212	28221	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017867	GAAGA	2	10	31023	31032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017867	TTCAC	2	10	31435	31444	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017867	TTTTG	2	10	33987	33996	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017867	AAATC	2	10	36007	36016	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017867	GGAAG	2	10	45923	45932	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017867	GGGAA	2	10	64393	64402	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017867	TTGTA	2	10	77130	77139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017867	CGGCT	2	10	87776	87785	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017867	GAGAA	2	10	89865	89874	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017867	ATACA	2	10	91486	91495	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017867	CGCCC	2	10	107436	107445	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
16	NC_017867	AGGAA	2	10	108699	108708	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017867	TGTTT	2	10	111453	111462	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017867	GCAAA	2	10	111881	111890	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017867	GTGCG	2	10	118988	118997	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017867	AGGTG	2	10	125712	125721	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017867	GCGCC	2	10	133395	133404	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_017867	TGGGT	2	10	134515	134524	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017867	TGGAT	2	10	136779	136788	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017867	TGAGG	2	10	138045	138054	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017867	ATCTC	2	10	146938	146947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017867	CTCGC	2	10	147203	147212	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_017867	AACAG	2	10	147357	147366	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017867	ATGAG	2	10	151762	151771	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017867	TCCCG	2	10	160045	160054	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_017867	GCGAA	2	10	163882	163891	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017867	AGTGT	2	10	164379	164388	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017867	CGGCG	2	10	166540	166549	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017867	GTGCG	2	10	167677	167686	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017867	GGAGG	2	10	171907	171916	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017867	CTCAT	2	10	177634	177643	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017867	TGAGG	2	10	180060	180069	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017867	GCACC	2	10	181804	181813	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_017867	AGCCG	2	10	199085	199094	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017867	GCGCC	2	10	200561	200570	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_017867	GAAGT	2	10	200607	200616	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017867	ACGAG	2	10	209787	209796	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017867	GTGAG	2	10	216467	216476	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017867	ATGCA	2	10	221622	221631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017867	CAGCA	2	10	229273	229282	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017867	CAATA	2	10	249300	249309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017867	TGCGT	2	10	251877	251886	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017867	CGTTG	2	10	254342	254351	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017867	GTTGG	2	10	258540	258549	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017867	TGCCG	2	10	259965	259974	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017867	GGCTG	2	10	268917	268926	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017867	AGTGT	2	10	275070	275079	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017867	CGGGG	2	10	276966	276975	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017867	TGTAG	2	10	279280	279289	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017867	AGGAG	2	10	291598	291607	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017867	CGTTC	2	10	297797	297806	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017867	AGCGT	2	10	302586	302595	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017867	CCGAC	2	10	316769	316778	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_017867	CAAAT	2	10	317583	317592	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017867	GAACG	2	10	321172	321181	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017867	CGAAG	2	10	321666	321675	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017867	GGCAT	2	10	322153	322162	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017867	CCCGA	2	10	323203	323212	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_017867	TGCAG	2	10	324063	324072	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017867	AGAGA	2	10	337237	337246	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017867	ATGAG	2	10	348925	348934	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017867	CTGGG	2	10	348951	348960	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017867	AGTGT	2	10	368207	368216	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017867	ACGGC	2	10	410989	410998	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017867	TTCGC	2	10	419258	419267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017867	GGCGG	2	10	419362	419371	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017867	CCCGC	2	10	419420	419429	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
72	NC_017867	TGGGG	2	10	420759	420768	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017867	CTGTC	2	10	431146	431155	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017867	ATTCG	2	10	453175	453184	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017867	AGCAA	2	10	480199	480208	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017867	CGTTG	2	10	497043	497052	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017867	ACACG	2	10	498555	498564	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017867	CGAAT	2	10	498871	498880	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017867	GGAAG	2	10	527084	527093	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017867	CCGCG	2	10	534456	534465	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
81	NC_017867	GACCC	2	10	536144	536153	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_017867	GCAAT	2	10	544056	544065	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017867	TCGTC	2	10	544620	544629	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017867	TCGAT	2	10	545538	545547	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017867	GAGAG	2	10	546356	546365	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017867	AAGAG	2	10	549655	549664	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017867	AGGGA	2	10	552187	552196	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017867	ATCGG	2	10	564476	564485	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017867	GATGC	2	10	572888	572897	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017867	CATGC	2	10	596641	596650	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017867	CCGCA	2	10	602638	602647	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017867	CTTTC	2	10	606071	606080	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017867	CCGAA	2	10	606281	606290	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017867	GGCTG	2	10	610664	610673	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017867	ATGAC	2	10	614453	614462	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017867	AGCGT	2	10	630603	630612	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017867	ATGGC	2	10	646714	646723	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017867	CTGCA	2	10	653751	653760	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017867	AAATG	2	10	655382	655391	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017867	GGAGT	2	10	655587	655596	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017867	AATGG	2	10	666753	666762	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017867	GGCAA	2	10	673817	673826	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017867	TTTCG	2	10	675849	675858	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017867	ATTGG	2	10	680105	680114	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017867	TGGCA	2	10	680834	680843	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017867	GGGAC	2	10	686713	686722	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017867	ACATG	2	10	711917	711926	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017867	TCAAC	2	10	711934	711943	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017867	CAAAT	2	10	712335	712344	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017867	CCAAC	2	10	722061	722070	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_017867	TGGGC	2	10	724739	724748	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017867	CAGAG	2	10	726304	726313	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017867	CGAGG	2	10	726361	726370	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017867	CACAA	2	10	730026	730035	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017867	TGCAC	2	10	733061	733070	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017867	TGGAA	2	10	752706	752715	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017867	CTGTT	2	10	769000	769009	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017867	TGCGT	2	10	770914	770923	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017867	GTTCC	2	10	773037	773046	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017867	CATTG	2	10	786177	786186	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017867	TCCCC	2	10	787720	787729	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
122	NC_017867	GCATC	2	10	789175	789184	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017867	GGCGG	2	10	789220	789229	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017867	ACGGG	2	10	809000	809009	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017867	CCCGT	2	10	809059	809068	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_017867	TGGTC	2	10	833528	833537	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017867	GTTGG	2	10	833622	833631	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017867	TCGCA	2	10	838674	838683	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017867	GATTC	2	10	867705	867714	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017867	CATGG	2	10	881451	881460	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017867	CATGG	2	10	881572	881581	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017867	AACAC	2	10	892454	892463	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017867	CTAAA	2	10	894997	895006	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017867	CATGG	2	10	896702	896711	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017867	TCACA	2	10	924293	924302	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017867	GCGAA	2	10	925507	925516	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017867	ATTGG	2	10	928321	928330	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017867	TGTCA	2	10	930125	930134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017867	TTTTC	2	10	935661	935670	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017867	GTTCA	2	10	956641	956650	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017867	CGTGT	2	10	957633	957642	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017867	TCCCC	2	10	967628	967637	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
143	NC_017867	GAGTG	2	10	998697	998706	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017867	GACGA	2	10	998756	998765	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017867	GCGAC	2	10	998797	998806	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017867	TTGGA	2	10	998900	998909	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_017867	CCGAG	2	10	1916808	1916817	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
287	NC_017867	CCCAC	2	10	1934734	1934743	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
288	NC_017867	CGCAC	2	10	1935965	1935974	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
289	NC_017867	CACCG	2	10	1936021	1936030	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.