MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium animalis subsp. lactis B420 chromosome

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017866	TCTGT	2	10	21384	21393	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017866	GCCGT	2	10	26067	26076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017866	AGAGA	2	10	28163	28172	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017866	CGGTT	2	10	28212	28221	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017866	GAAGA	2	10	31023	31032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017866	TTCAC	2	10	31435	31444	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017866	TGAGT	2	10	34473	34482	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017866	AAATC	2	10	36007	36016	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017866	GGAAG	2	10	45923	45932	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017866	GGGAA	2	10	64393	64402	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017866	TTGTA	2	10	77130	77139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017866	CGGCT	2	10	87776	87785	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017866	GAGAA	2	10	89865	89874	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017866	ATACA	2	10	91486	91495	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017866	CGCCC	2	10	107436	107445	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
16	NC_017866	AGGAA	2	10	108699	108708	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017866	TGTTT	2	10	111453	111462	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017866	GCAAA	2	10	111881	111890	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017866	GTGCG	2	10	118988	118997	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017866	AGGTG	2	10	125712	125721	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017866	GCGCC	2	10	133395	133404	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_017866	TGGGT	2	10	134515	134524	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017866	TGGAT	2	10	136779	136788	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017866	TGAGG	2	10	138045	138054	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017866	TCTCA	2	10	144025	144034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017866	ATCTC	2	10	146938	146947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017866	CTCGC	2	10	147203	147212	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_017866	AACAG	2	10	147357	147366	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017866	ATGAG	2	10	151762	151771	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017866	TCCCG	2	10	160045	160054	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_017866	GCGAA	2	10	163882	163891	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017866	AGTGT	2	10	164379	164388	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017866	CGGCG	2	10	166540	166549	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017866	GTGCG	2	10	167677	167686	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017866	GGAGG	2	10	171907	171916	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017866	CTCAT	2	10	177634	177643	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017866	TGAGG	2	10	180060	180069	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017866	GCACC	2	10	181804	181813	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017866	GTTCT	2	10	191419	191428	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017866	AGCCG	2	10	199084	199093	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017866	GCGCC	2	10	200560	200569	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_017866	GAAGT	2	10	200606	200615	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017866	ACGAG	2	10	209786	209795	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017866	GTGAG	2	10	216466	216475	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017866	ATGCA	2	10	221621	221630	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017866	CAGCA	2	10	229272	229281	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017866	CAATA	2	10	249299	249308	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017866	TGCGT	2	10	251876	251885	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017866	GCGCG	2	10	252251	252260	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017866	CGTTG	2	10	254341	254350	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017866	GTTGG	2	10	258539	258548	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017866	TGCCG	2	10	259964	259973	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017866	GGCTG	2	10	268916	268925	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017866	AGTGT	2	10	275069	275078	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017866	CGGGG	2	10	276965	276974	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017866	TGTAG	2	10	279279	279288	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017866	AGGAG	2	10	291597	291606	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017866	CGTTC	2	10	297795	297804	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017866	AGCGT	2	10	302584	302593	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017866	CCGAC	2	10	316767	316776	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_017866	CAAAT	2	10	317581	317590	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017866	GAACG	2	10	321170	321179	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017866	CGAAG	2	10	321664	321673	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017866	GGCAT	2	10	322151	322160	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017866	CCCGA	2	10	323201	323210	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_017866	TGCAG	2	10	324061	324070	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017866	AGAGA	2	10	337235	337244	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017866	ATGAG	2	10	348923	348932	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017866	CTGGG	2	10	348949	348958	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017866	AGTGT	2	10	368205	368214	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017866	ACGGC	2	10	410987	410996	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017866	TTCGC	2	10	419256	419265	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017866	GGCGG	2	10	419360	419369	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017866	CCCGC	2	10	419418	419427	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
75	NC_017866	TGGGG	2	10	420757	420766	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017866	CTGTC	2	10	431144	431153	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017866	ATTCG	2	10	453173	453182	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017866	AGCAA	2	10	480197	480206	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017866	CGTTG	2	10	497041	497050	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017866	ACACG	2	10	498553	498562	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017866	CGAAT	2	10	498869	498878	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017866	GGAAG	2	10	527082	527091	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017866	CCGCG	2	10	534454	534463	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
84	NC_017866	GACCC	2	10	536142	536151	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017866	GCAAT	2	10	544054	544063	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017866	TCGTC	2	10	544618	544627	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017866	TCGAT	2	10	545536	545545	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017866	GAGAG	2	10	546354	546363	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017866	AAGAG	2	10	549653	549662	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017866	AGGGA	2	10	552185	552194	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017866	ATCGG	2	10	564474	564483	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017866	GATGC	2	10	572886	572895	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017866	CATGC	2	10	596640	596649	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017866	CCGCA	2	10	602637	602646	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_017866	CTTTC	2	10	606070	606079	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017866	CCGAA	2	10	606280	606289	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017866	GGCTG	2	10	610663	610672	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017866	ATGAC	2	10	614452	614461	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017866	AGCGT	2	10	630602	630611	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017866	ATGGC	2	10	646713	646722	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017866	CTGCA	2	10	653750	653759	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017866	AAATG	2	10	655381	655390	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017866	GGAGT	2	10	655586	655595	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017866	GCCAT	2	10	657331	657340	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017866	AATGG	2	10	666752	666761	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017866	GGCAA	2	10	673816	673825	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017866	TTTCG	2	10	675848	675857	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017866	ATTGG	2	10	680103	680112	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017866	TGGCA	2	10	680832	680841	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017866	GGGAC	2	10	686711	686720	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017866	ACATG	2	10	711914	711923	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017866	TCAAC	2	10	711931	711940	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017866	CAAAT	2	10	712332	712341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017866	CCAAC	2	10	722058	722067	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_017866	TGGGC	2	10	724736	724745	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017866	CAGAG	2	10	726301	726310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017866	CGAGG	2	10	726358	726367	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017866	CACAA	2	10	730023	730032	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017866	TGCAC	2	10	733058	733067	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017866	TGGAA	2	10	752703	752712	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017866	CTGTT	2	10	768997	769006	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017866	TGCGT	2	10	770911	770920	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017866	GTTCC	2	10	773034	773043	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017866	CATTG	2	10	786174	786183	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017866	TCCCC	2	10	787717	787726	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
126	NC_017866	GCATC	2	10	789172	789181	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017866	GGCGG	2	10	789217	789226	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017866	ACGGG	2	10	808997	809006	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017866	CCCGT	2	10	809056	809065	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017866	TGGTC	2	10	833525	833534	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017866	GTTGG	2	10	833619	833628	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017866	TCGCA	2	10	838671	838680	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017866	GATTC	2	10	867702	867711	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017866	CATGG	2	10	881448	881457	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017866	CATGG	2	10	881569	881578	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017866	AACAC	2	10	892451	892460	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017866	CTAAA	2	10	894994	895003	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017866	CATGG	2	10	896699	896708	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017866	TCACA	2	10	924290	924299	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017866	ATTGG	2	10	928318	928327	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017866	TGTCA	2	10	930122	930131	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017866	TTTTC	2	10	935658	935667	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017866	GTTCA	2	10	956638	956647	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017866	CGTGT	2	10	957630	957639	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017866	TCCCC	2	10	967625	967634	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
146	NC_017866	GAGTG	2	10	998694	998703	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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285	NC_017866	CGCAG	2	10	1891018	1891027	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
286	NC_017866	TGCCA	2	10	1897950	1897959	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_017866	CTGCA	2	10	1900744	1900753	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_017866	CCCGG	2	10	1904118	1904127	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
289	NC_017866	GCCTG	2	10	1907216	1907225	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
290	NC_017866	TGTGT	2	10	1911480	1911489	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
291	NC_017866	AAGGA	2	10	1915418	1915427	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
292	NC_017866	CCGAG	2	10	1916581	1916590	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
293	NC_017866	CCCAC	2	10	1934507	1934516	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
294	NC_017866	CGCAC	2	10	1935738	1935747	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
295	NC_017866	CACCG	2	10	1935794	1935803	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.