MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Prevotella intermedia 17 chromosome chromosome I

Total Repeats: 432

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017860	AAGGA	2	10	4297	4306	60 %	0 %	40 %	0 %	387131620
2	NC_017860	TCGCT	2	10	6952	6961	0 %	40 %	20 %	40 %	387131622
3	NC_017860	CTCAA	2	10	7116	7125	40 %	20 %	0 %	40 %	387131622
4	NC_017860	AAAAT	2	10	8124	8133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017860	AAAAT	2	10	8515	8524	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017860	GCAAG	2	10	16100	16109	40 %	0 %	40 %	20 %	387131626
7	NC_017860	TGGCG	2	10	16445	16454	0 %	20 %	60 %	20 %	387131627
8	NC_017860	AAATA	2	10	17035	17044	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017860	TGCAA	2	10	18259	18268	40 %	20 %	20 %	20 %	387131630
10	NC_017860	AGAAA	2	10	18940	18949	80 %	0 %	20 %	0 %	387131631
11	NC_017860	AAAGA	2	10	19379	19388	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017860	GAAAG	2	10	19558	19567	60 %	0 %	40 %	0 %	387131632
13	NC_017860	GGTAA	2	10	20910	20919	40 %	20 %	40 %	0 %	387131633
14	NC_017860	TGTCT	2	10	21951	21960	0 %	60 %	20 %	20 %	387131633
15	NC_017860	GCTGA	2	10	21999	22008	20 %	20 %	40 %	20 %	387131633
16	NC_017860	GTTCC	2	10	24121	24130	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017860	CCTTG	2	10	24916	24925	0 %	40 %	20 %	40 %	387131636
18	NC_017860	ACGGT	2	10	25245	25254	20 %	20 %	40 %	20 %	387131636
19	NC_017860	TTGGT	2	10	26228	26237	0 %	60 %	40 %	0 %	387131638
20	NC_017860	ACCGA	2	10	28503	28512	40 %	0 %	20 %	40 %	387131639
21	NC_017860	CTGCA	2	10	31072	31081	20 %	20 %	20 %	40 %	387131641
22	NC_017860	CGAAG	2	10	32221	32230	40 %	0 %	40 %	20 %	387131643
23	NC_017860	TCTTT	2	10	32712	32721	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017860	CGACT	2	10	36805	36814	20 %	20 %	20 %	40 %	387131645
25	NC_017860	AGCCA	2	10	38796	38805	40 %	0 %	20 %	40 %	387131648
26	NC_017860	CAAGC	2	10	39426	39435	40 %	0 %	20 %	40 %	387131648
27	NC_017860	CCTGT	2	10	43341	43350	0 %	40 %	20 %	40 %	387131650
28	NC_017860	AAACG	2	10	44553	44562	60 %	0 %	20 %	20 %	387131650
29	NC_017860	TTTCC	2	10	46386	46395	0 %	60 %	0 %	40 %	387131650
30	NC_017860	TGCAA	2	10	48201	48210	40 %	20 %	20 %	20 %	387131651
31	NC_017860	TATAA	2	10	48584	48593	60 %	40 %	0 %	0 %	387131651
32	NC_017860	ACCTT	2	10	49436	49445	20 %	40 %	0 %	40 %	387131652
33	NC_017860	ACTTC	2	10	49867	49876	20 %	40 %	0 %	40 %	387131652
34	NC_017860	TCACC	2	10	53401	53410	20 %	20 %	0 %	60 %	387131653
35	NC_017860	AGTAT	2	10	54127	54136	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017860	TGGAA	2	10	55750	55759	40 %	20 %	40 %	0 %	387131655
37	NC_017860	TCAGT	2	10	58600	58609	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017860	TTGCA	2	10	58735	58744	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017860	TCACT	2	10	59992	60001	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017860	GCAGA	2	10	60011	60020	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017860	CCCTT	2	10	60361	60370	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_017860	TGTTC	2	10	61365	61374	0 %	60 %	20 %	20 %	387131658
43	NC_017860	GGAAC	2	10	61743	61752	40 %	0 %	40 %	20 %	387131658
44	NC_017860	TACTA	2	10	68472	68481	40 %	40 %	0 %	20 %	387131664
45	NC_017860	TTCCT	2	10	70198	70207	0 %	60 %	0 %	40 %	387131666
46	NC_017860	AAGCC	2	10	71030	71039	40 %	0 %	20 %	40 %	387131667
47	NC_017860	CAACT	2	10	71470	71479	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017860	TATAT	2	10	71624	71633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017860	TTTTC	2	10	72545	72554	0 %	80 %	0 %	20 %	387131668
50	NC_017860	GTTTG	2	10	73270	73279	0 %	60 %	40 %	0 %	387131669
51	NC_017860	GTCGT	2	10	74909	74918	0 %	40 %	40 %	20 %	387131671
52	NC_017860	TGTGT	2	10	75611	75620	0 %	60 %	40 %	0 %	387131673
53	NC_017860	ATTGT	2	10	77485	77494	20 %	60 %	20 %	0 %	387131675
54	NC_017860	CATAC	2	10	78013	78022	40 %	20 %	0 %	40 %	387131675
55	NC_017860	TAACT	2	10	82979	82988	40 %	40 %	0 %	20 %	387131679
56	NC_017860	AACGA	2	10	83630	83639	60 %	0 %	20 %	20 %	387131680
57	NC_017860	TTGCT	2	10	84279	84288	0 %	60 %	20 %	20 %	387131680
58	NC_017860	TAAGG	2	10	86067	86076	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017860	TGCAA	2	10	86285	86294	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017860	CTTTG	2	10	87169	87178	0 %	60 %	20 %	20 %	387131683
61	NC_017860	CAGCG	2	10	88391	88400	20 %	0 %	40 %	40 %	387131684
62	NC_017860	AAAGG	2	10	88518	88527	60 %	0 %	40 %	0 %	387131684
63	NC_017860	TATTC	2	10	88589	88598	20 %	60 %	0 %	20 %	387131684
64	NC_017860	ACAAT	2	10	90167	90176	60 %	20 %	0 %	20 %	387131685
65	NC_017860	CTTAC	2	10	92004	92013	20 %	40 %	0 %	40 %	387131687
66	NC_017860	AACAA	2	10	93169	93178	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017860	TGGGG	2	10	93262	93271	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017860	TATAA	2	10	93357	93366	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017860	TTTGC	2	10	94286	94295	0 %	60 %	20 %	20 %	387131689
70	NC_017860	AGCGC	2	10	97220	97229	20 %	0 %	40 %	40 %	387131689
71	NC_017860	CAAAA	2	10	101609	101618	80 %	0 %	0 %	20 %	387131693
72	NC_017860	TTTGT	2	10	104384	104393	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017860	TGCAA	2	10	104452	104461	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017860	AAAAG	2	10	107348	107357	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017860	TAGAA	2	10	107724	107733	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017860	GGCAA	2	10	107852	107861	40 %	0 %	40 %	20 %	387131698
77	NC_017860	CGGTG	2	10	109093	109102	0 %	20 %	60 %	20 %	387131699
78	NC_017860	TGAAC	2	10	109723	109732	40 %	20 %	20 %	20 %	387131699
79	NC_017860	GAAAA	2	10	113764	113773	80 %	0 %	20 %	0 %	387131700
80	NC_017860	GATAC	2	10	117900	117909	40 %	20 %	20 %	20 %	387131703
81	NC_017860	TTTAC	2	10	119657	119666	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017860	TTATA	2	10	120846	120855	40 %	60 %	0 %	0 %	387131706
83	NC_017860	AACAA	2	10	122006	122015	80 %	0 %	0 %	20 %	387131708
84	NC_017860	CAAAA	2	10	122786	122795	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017860	AGGAG	2	10	123386	123395	40 %	0 %	60 %	0 %	387131709
86	NC_017860	GTTCG	2	10	123814	123823	0 %	40 %	40 %	20 %	387131709
87	NC_017860	CGTAG	2	10	124374	124383	20 %	20 %	40 %	20 %	387131709
88	NC_017860	TTGGT	2	10	127648	127657	0 %	60 %	40 %	0 %	387131714
89	NC_017860	TGCTT	2	10	128322	128331	0 %	60 %	20 %	20 %	387131715
90	NC_017860	ACTCC	2	10	128905	128914	20 %	20 %	0 %	60 %	387131715
91	NC_017860	TTTCT	2	10	130544	130553	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017860	TACCA	2	10	132326	132335	40 %	20 %	0 %	40 %	387131718
93	NC_017860	GCCCA	2	10	132336	132345	20 %	0 %	20 %	60 %	387131718
94	NC_017860	CTTTT	2	10	132359	132368	0 %	80 %	0 %	20 %	387131718
95	NC_017860	TTTGT	2	10	132717	132726	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017860	GTATC	2	10	134503	134512	20 %	40 %	20 %	20 %	387131720
97	NC_017860	ATGCA	2	10	136425	136434	40 %	20 %	20 %	20 %	387131722
98	NC_017860	AATGC	2	10	137325	137334	40 %	20 %	20 %	20 %	387131722
99	NC_017860	TCATC	2	10	137674	137683	20 %	40 %	0 %	40 %	387131722
100	NC_017860	TACTT	2	10	137867	137876	20 %	60 %	0 %	20 %	387131722
101	NC_017860	GCAGA	2	10	139859	139868	40 %	0 %	40 %	20 %	387131723
102	NC_017860	GTATG	2	10	140450	140459	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017860	ATACA	2	10	140544	140553	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017860	ATGCT	2	10	143073	143082	20 %	40 %	20 %	20 %	387131725
105	NC_017860	AACAA	2	10	144865	144874	80 %	0 %	0 %	20 %	387131727
106	NC_017860	GAAGA	2	10	145246	145255	60 %	0 %	40 %	0 %	387131727
107	NC_017860	CGAAA	2	10	146618	146627	60 %	0 %	20 %	20 %	387131729
108	NC_017860	TTGGT	2	10	146646	146655	0 %	60 %	40 %	0 %	387131729
109	NC_017860	GGTTG	2	10	147989	147998	0 %	40 %	60 %	0 %	387131732
110	NC_017860	TGCCG	2	10	149414	149423	0 %	20 %	40 %	40 %	387131733
111	NC_017860	AAAGC	2	10	150196	150205	60 %	0 %	20 %	20 %	387131734
112	NC_017860	AGATA	2	10	151182	151191	60 %	20 %	20 %	0 %	387131735
113	NC_017860	TAGGA	2	10	151899	151908	40 %	20 %	40 %	0 %	387131735
114	NC_017860	AAAGC	2	10	152589	152598	60 %	0 %	20 %	20 %	387131737
115	NC_017860	CTTTC	2	10	153309	153318	0 %	60 %	0 %	40 %	387131739
116	NC_017860	GTTGT	2	10	154011	154020	0 %	60 %	40 %	0 %	387131739
117	NC_017860	TGCGT	2	10	156088	156097	0 %	40 %	40 %	20 %	387131741
118	NC_017860	AATTT	2	10	157540	157549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017860	GGCTT	2	10	159408	159417	0 %	40 %	40 %	20 %	387131745
120	NC_017860	TGGAA	2	10	160003	160012	40 %	20 %	40 %	0 %	387131745
121	NC_017860	AAAAG	2	10	160448	160457	80 %	0 %	20 %	0 %	387131746
122	NC_017860	TGGAA	2	10	160507	160516	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017860	GCACA	2	10	167826	167835	40 %	0 %	20 %	40 %	387131755
124	NC_017860	CAAGA	2	10	168150	168159	60 %	0 %	20 %	20 %	387131755
125	NC_017860	GAGCA	2	10	169613	169622	40 %	0 %	40 %	20 %	387131756
126	NC_017860	CTATG	2	10	170493	170502	20 %	40 %	20 %	20 %	387131756
127	NC_017860	ATACA	2	10	172925	172934	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017860	GAACT	2	10	174257	174266	40 %	20 %	20 %	20 %	387131760
129	NC_017860	GAAAA	2	10	177413	177422	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017860	ATAAG	2	10	177470	177479	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017860	TGAAC	2	10	179637	179646	40 %	20 %	20 %	20 %	387131764
132	NC_017860	TTGAT	2	10	181597	181606	20 %	60 %	20 %	0 %	387131766
133	NC_017860	GTGCT	2	10	183274	183283	0 %	40 %	40 %	20 %	387131767
134	NC_017860	CGCCA	2	10	183379	183388	20 %	0 %	20 %	60 %	387131767
135	NC_017860	AAGGT	2	10	183476	183485	40 %	20 %	40 %	0 %	387131767
136	NC_017860	CTTCT	2	10	185618	185627	0 %	60 %	0 %	40 %	387131769
137	NC_017860	TCGTT	2	10	187018	187027	0 %	60 %	20 %	20 %	387131769
138	NC_017860	TACAA	2	10	187688	187697	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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266	NC_017860	TAAAA	2	10	333045	333054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_017860	ACTTC	2	10	336117	336126	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
270	NC_017860	CAAGA	2	10	336369	336378	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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406	NC_017860	TTCAA	2	10	544431	544440	40 %	40 %	0 %	20 %	387132054
407	NC_017860	TATAA	2	10	549799	549808	60 %	40 %	0 %	0 %	387132059
408	NC_017860	CTTGC	2	10	550406	550415	0 %	40 %	20 %	40 %	387132059
409	NC_017860	TCGCT	2	10	556689	556698	0 %	40 %	20 %	40 %	387132065
410	NC_017860	TCGCC	2	10	558171	558180	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
411	NC_017860	TTGCA	2	10	559824	559833	20 %	40 %	20 %	20 %	387132069
412	NC_017860	TGCAA	2	10	560050	560059	40 %	20 %	20 %	20 %	387132069
413	NC_017860	TGCAA	2	10	560072	560081	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
414	NC_017860	TTGTA	2	10	560522	560531	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
415	NC_017860	AGGCA	2	10	560633	560642	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
416	NC_017860	GCACG	2	10	561388	561397	20 %	0 %	40 %	40 %	387132070
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418	NC_017860	AAGAA	2	10	562016	562025	80 %	0 %	20 %	0 %	387132071
419	NC_017860	TGCCT	2	10	563291	563300	0 %	40 %	20 %	40 %	387132073
420	NC_017860	ATTAT	2	10	563426	563435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
421	NC_017860	AGCCA	2	10	564813	564822	40 %	0 %	20 %	40 %	387132075
422	NC_017860	TTTCA	2	10	567768	567777	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
423	NC_017860	CTTTT	2	10	567877	567886	0 %	80 %	0 %	20 %	387132078
424	NC_017860	AAATA	2	10	569691	569700	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
425	NC_017860	AGCGA	2	10	569865	569874	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
426	NC_017860	GCTGC	2	10	570641	570650	0 %	20 %	40 %	40 %	387132080
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428	NC_017860	AACGC	2	10	573546	573555	40 %	0 %	20 %	40 %	387132083
429	NC_017860	TAAAT	2	10	575909	575918	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
430	NC_017860	TGCAA	2	10	577455	577464	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
431	NC_017860	TAAAA	2	10	577747	577756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_017860	GTTCA	2	10	578500	578509	20 %	40 %	20 %	20 %	387132088

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.