MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Methylophaga sp. JAM7 plasmid unnamed

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017858	TCCT	2	8	45	52	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017858	TTGT	2	8	312	319	0 %	75 %	25 %	0 %	387128926
3	NC_017858	CTTG	2	8	678	685	0 %	50 %	25 %	25 %	387128927
4	NC_017858	CAGC	2	8	1297	1304	25 %	0 %	25 %	50 %	387128927
5	NC_017858	GCCC	2	8	2342	2349	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NC_017858	GTTC	2	8	2911	2918	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017858	CAAA	2	8	3073	3080	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017858	GGGA	2	8	3277	3284	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017858	GGCT	2	8	3646	3653	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017858	CAAC	2	8	3766	3773	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017858	CCCT	2	8	3819	3826	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_017858	GCTC	2	8	4647	4654	0 %	25 %	25 %	50 %	387128930
13	NC_017858	GTTT	2	8	4677	4684	0 %	75 %	25 %	0 %	387128930
14	NC_017858	CTTT	2	8	4860	4867	0 %	75 %	0 %	25 %	387128930
15	NC_017858	GTTG	2	8	4948	4955	0 %	50 %	50 %	0 %	387128930
16	NC_017858	AATC	2	8	5238	5245	50 %	25 %	0 %	25 %	387128931
17	NC_017858	GTCC	2	8	5398	5405	0 %	25 %	25 %	50 %	387128931
18	NC_017858	CTTG	2	8	5409	5416	0 %	50 %	25 %	25 %	387128931
19	NC_017858	GAAC	2	8	5705	5712	50 %	0 %	25 %	25 %	387128932
20	NC_017858	TCCC	2	8	6043	6050	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_017858	AAAG	2	8	6321	6328	75 %	0 %	25 %	0 %	387128933
22	NC_017858	AAGC	2	8	6526	6533	50 %	0 %	25 %	25 %	387128933
23	NC_017858	ACTC	2	8	7269	7276	25 %	25 %	0 %	50 %	387128934
24	NC_017858	TCCA	3	12	7278	7289	25 %	25 %	0 %	50 %	387128934
25	NC_017858	ACTG	2	8	7617	7624	25 %	25 %	25 %	25 %	387128934
26	NC_017858	GCTG	2	8	8128	8135	0 %	25 %	50 %	25 %	387128936
27	NC_017858	GCTG	2	8	8697	8704	0 %	25 %	50 %	25 %	387128936
28	NC_017858	CGCC	2	8	9750	9757	0 %	0 %	25 %	75 %	387128936
29	NC_017858	CGTG	2	8	11289	11296	0 %	25 %	50 %	25 %	387128937
30	NC_017858	CCGC	2	8	11668	11675	0 %	0 %	25 %	75 %	387128938
31	NC_017858	ACCG	2	8	11778	11785	25 %	0 %	25 %	50 %	387128938
32	NC_017858	ACGC	2	8	12302	12309	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017858	TTTG	2	8	12823	12830	0 %	75 %	25 %	0 %	387128940
34	NC_017858	GCAG	2	8	12919	12926	25 %	0 %	50 %	25 %	387128940
35	NC_017858	ATTG	2	8	13759	13766	25 %	50 %	25 %	0 %	387128940
36	NC_017858	ATCA	2	8	14956	14963	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017858	AGCC	2	8	15154	15161	25 %	0 %	25 %	50 %	387128942
38	NC_017858	GCCA	2	8	15198	15205	25 %	0 %	25 %	50 %	387128943
39	NC_017858	CTGG	2	8	15234	15241	0 %	25 %	50 %	25 %	387128943
40	NC_017858	AATT	2	8	15557	15564	50 %	50 %	0 %	0 %	387128943
41	NC_017858	TAGT	2	8	16526	16533	25 %	50 %	25 %	0 %	387128944
42	NC_017858	TTTA	2	8	16611	16618	25 %	75 %	0 %	0 %	387128944
43	NC_017858	AACG	2	8	16624	16631	50 %	0 %	25 %	25 %	387128944
44	NC_017858	AAAT	2	8	18315	18322	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017858	TCTG	2	8	18545	18552	0 %	50 %	25 %	25 %	387128945
46	NC_017858	CTGG	2	8	18872	18879	0 %	25 %	50 %	25 %	387128946
47	NC_017858	GAAA	2	8	19068	19075	75 %	0 %	25 %	0 %	387128946
48	NC_017858	GGCA	2	8	19215	19222	25 %	0 %	50 %	25 %	387128946
49	NC_017858	GGCT	2	8	19455	19462	0 %	25 %	50 %	25 %	387128946
50	NC_017858	CTGC	2	8	20290	20297	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017858	GCCC	2	8	21524	21531	0 %	0 %	25 %	75 %	387128949
52	NC_017858	TTGC	2	8	21905	21912	0 %	50 %	25 %	25 %	387128949
53	NC_017858	TCAT	2	8	22047	22054	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017858	GGCT	2	8	22297	22304	0 %	25 %	50 %	25 %	387128951
55	NC_017858	GAAA	2	8	22837	22844	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017858	TAAA	2	8	23033	23040	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017858	ACCG	2	8	23089	23096	25 %	0 %	25 %	50 %	387128953
58	NC_017858	TATT	2	8	23103	23110	25 %	75 %	0 %	0 %	387128953
59	NC_017858	TCCG	2	8	23115	23122	0 %	25 %	25 %	50 %	387128953
60	NC_017858	GACC	2	8	23720	23727	25 %	0 %	25 %	50 %	387128955
61	NC_017858	AAAG	2	8	24675	24682	75 %	0 %	25 %	0 %	387128956
62	NC_017858	CTCA	2	8	24874	24881	25 %	25 %	0 %	50 %	387128957
63	NC_017858	CTGA	2	8	26500	26507	25 %	25 %	25 %	25 %	387128959
64	NC_017858	GGTC	2	8	26634	26641	0 %	25 %	50 %	25 %	387128959
65	NC_017858	GTCA	2	8	27174	27181	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017858	CCTT	2	8	27234	27241	0 %	50 %	0 %	50 %	387128960
67	NC_017858	AAGA	2	8	27622	27629	75 %	0 %	25 %	0 %	387128961
68	NC_017858	TTTG	2	8	28540	28547	0 %	75 %	25 %	0 %	387128962
69	NC_017858	CCTT	2	8	29169	29176	0 %	50 %	0 %	50 %	387128962
70	NC_017858	GGCA	2	8	29348	29355	25 %	0 %	50 %	25 %	387128962
71	NC_017858	TGCT	2	8	29370	29377	0 %	50 %	25 %	25 %	387128962
72	NC_017858	GCTC	2	8	29580	29587	0 %	25 %	25 %	50 %	387128962
73	NC_017858	GTTC	2	8	30072	30079	0 %	50 %	25 %	25 %	387128962
74	NC_017858	GTTG	2	8	30688	30695	0 %	50 %	50 %	0 %	387128962
75	NC_017858	GTCG	2	8	31121	31128	0 %	25 %	50 %	25 %	387128962
76	NC_017858	TCCA	2	8	31343	31350	25 %	25 %	0 %	50 %	387128962
77	NC_017858	CTTG	2	8	32184	32191	0 %	50 %	25 %	25 %	387128964
78	NC_017858	TTGC	2	8	32329	32336	0 %	50 %	25 %	25 %	387128964
79	NC_017858	CAGC	2	8	32940	32947	25 %	0 %	25 %	50 %	387128964
80	NC_017858	GTGA	2	8	33179	33186	25 %	25 %	50 %	0 %	387128964
81	NC_017858	AATA	2	8	33973	33980	75 %	25 %	0 %	0 %	387128964
82	NC_017858	TCCC	2	8	33994	34001	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_017858	GCGA	2	8	34045	34052	25 %	0 %	50 %	25 %	387128965
84	NC_017858	TTGC	2	8	34654	34661	0 %	50 %	25 %	25 %	387128966
85	NC_017858	AACC	2	8	35418	35425	50 %	0 %	0 %	50 %	387128966
86	NC_017858	TCCA	2	8	35468	35475	25 %	25 %	0 %	50 %	387128966
87	NC_017858	TGAT	2	8	36272	36279	25 %	50 %	25 %	0 %	387128966
88	NC_017858	GGAC	2	8	36351	36358	25 %	0 %	50 %	25 %	387128966
89	NC_017858	TCCT	2	8	36452	36459	0 %	50 %	0 %	50 %	387128967
90	NC_017858	ACGG	2	8	37416	37423	25 %	0 %	50 %	25 %	387128967
91	NC_017858	TCCT	2	8	37810	37817	0 %	50 %	0 %	50 %	387128967
92	NC_017858	CGCC	2	8	38223	38230	0 %	0 %	25 %	75 %	387128967
93	NC_017858	GACC	2	8	38997	39004	25 %	0 %	25 %	50 %	387128968
94	NC_017858	GCCC	2	8	39031	39038	0 %	0 %	25 %	75 %	387128968
95	NC_017858	CTCA	2	8	39127	39134	25 %	25 %	0 %	50 %	387128968
96	NC_017858	CAGG	2	8	39486	39493	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017858	GCAA	2	8	40032	40039	50 %	0 %	25 %	25 %	387128970
98	NC_017858	CAGC	2	8	40183	40190	25 %	0 %	25 %	50 %	387128970
99	NC_017858	TCGT	2	8	40224	40231	0 %	50 %	25 %	25 %	387128970
100	NC_017858	ACAA	2	8	40467	40474	75 %	0 %	0 %	25 %	387128970
101	NC_017858	CAGC	2	8	41298	41305	25 %	0 %	25 %	50 %	387128972
102	NC_017858	AGCG	2	8	41400	41407	25 %	0 %	50 %	25 %	387128972
103	NC_017858	GCCT	2	8	41421	41428	0 %	25 %	25 %	50 %	387128972
104	NC_017858	ACAT	2	8	41588	41595	50 %	25 %	0 %	25 %	387128972
105	NC_017858	TTCT	2	8	41790	41797	0 %	75 %	0 %	25 %	387128972
106	NC_017858	GTTC	2	8	42399	42406	0 %	50 %	25 %	25 %	387128972
107	NC_017858	GGTC	2	8	42810	42817	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017858	CCGC	2	8	43582	43589	0 %	0 %	25 %	75 %	387128974
109	NC_017858	GGGT	2	8	44111	44118	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017858	CTTT	2	8	44353	44360	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017858	GCGG	2	8	44976	44983	0 %	0 %	75 %	25 %	387128976
112	NC_017858	CGTC	2	8	45600	45607	0 %	25 %	25 %	50 %	387128977
113	NC_017858	TTGC	2	8	45969	45976	0 %	50 %	25 %	25 %	387128977
114	NC_017858	CTCG	2	8	46224	46231	0 %	25 %	25 %	50 %	387128978
115	NC_017858	AAGT	2	8	46590	46597	50 %	25 %	25 %	0 %	387128979
116	NC_017858	GAAA	2	8	46687	46694	75 %	0 %	25 %	0 %	387128979
117	NC_017858	TCCT	2	8	47037	47044	0 %	50 %	0 %	50 %	387128980
118	NC_017858	GTCG	2	8	47220	47227	0 %	25 %	50 %	25 %	387128980
119	NC_017858	TCCT	2	8	47417	47424	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_017858	TTGT	2	8	47684	47691	0 %	75 %	25 %	0 %	387128981

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.