MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methylophaga sp. JAM1 chromosome

Total Repeats: 966

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_017857	GTAGAG	2	12	1658801	1658812	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387127502
502	NC_017857	ATGGAG	2	12	1659879	1659890	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387127503
503	NC_017857	GTGAAG	2	12	1661169	1661180	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387127504
504	NC_017857	AACCCA	2	12	1668092	1668103	50 %	0 %	0 %	50 %	387127511
505	NC_017857	TACTGG	2	12	1672228	1672239	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127516
506	NC_017857	CTGGAA	2	12	1673851	1673862	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387127517
507	NC_017857	AAAGCC	2	12	1675529	1675540	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387127518
508	NC_017857	GTTCAA	2	12	1680163	1680174	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387127524
509	NC_017857	GTAAAA	2	12	1680450	1680461	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	387127524
510	NC_017857	ATTGTT	2	12	1686173	1686184	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387127529
511	NC_017857	CTGGAG	2	12	1686921	1686932	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387127529
512	NC_017857	CGTGAA	2	12	1687455	1687466	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387127529
513	NC_017857	GCATTG	2	12	1687656	1687667	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127529
514	NC_017857	CAGTTC	2	12	1688804	1688815	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387127530
515	NC_017857	TTTGGC	2	12	1691828	1691839	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387127535
516	NC_017857	CAGCAA	2	12	1702527	1702538	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387127548
517	NC_017857	GGCATT	2	12	1702625	1702636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127548
518	NC_017857	TTTTAT	2	12	1712599	1712610	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	387127560
519	NC_017857	TGAAGT	2	12	1718035	1718046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387127570
520	NC_017857	GGGATA	2	12	1722810	1722821	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387127574
521	NC_017857	CCGATA	2	12	1723059	1723070	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387127574
522	NC_017857	TTATGG	2	12	1725117	1725128	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387127576
523	NC_017857	GCGCGG	2	12	1728709	1728720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387127580
524	NC_017857	TAAAGC	2	12	1730965	1730976	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387127582
525	NC_017857	CTTTCA	2	12	1733658	1733669	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	387127584
526	NC_017857	AAGCCA	2	12	1733738	1733749	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387127585
527	NC_017857	AAAGAT	2	12	1737051	1737062	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	387127589
528	NC_017857	TGAGTA	2	12	1737379	1737390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387127589
529	NC_017857	ATTTCA	2	12	1738717	1738728	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	387127591
530	NC_017857	ATCACC	2	12	1745653	1745664	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	387127597
531	NC_017857	CCGAAA	2	12	1749603	1749614	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387127603
532	NC_017857	CTTGGA	2	12	1751174	1751185	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127603
533	NC_017857	GTTGGG	2	12	1752191	1752202	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387127604
534	NC_017857	CATATT	2	12	1760281	1760292	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	387127610
535	NC_017857	TGGTGA	2	12	1761813	1761824	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	387127612
536	NC_017857	TTTGCC	2	12	1763011	1763022	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	387127613
537	NC_017857	CTGATT	2	12	1765848	1765859	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387127616
538	NC_017857	ACTGAT	2	12	1777069	1777080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387127627
539	NC_017857	CTTTTT	2	12	1780733	1780744	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387127631
540	NC_017857	TGGCCA	2	12	1791306	1791317	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387127641
541	NC_017857	AGTCAG	2	12	1794934	1794945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387127645
542	NC_017857	CGATGT	2	12	1795823	1795834	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127646
543	NC_017857	TTAGTT	2	12	1798542	1798553	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387127647
544	NC_017857	AATATA	2	12	1798584	1798595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387127647
545	NC_017857	ATTGAA	2	12	1808822	1808833	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387127658
546	NC_017857	TTATGG	2	12	1810596	1810607	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387127659
547	NC_017857	GGGAGA	2	12	1811443	1811454	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387127661
548	NC_017857	TGAGAA	2	12	1814309	1814320	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387127663
549	NC_017857	CACCTT	2	12	1822350	1822361	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	387127669
550	NC_017857	GTTCTT	2	12	1822758	1822769	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387127669
551	NC_017857	GGCAAA	2	12	1823993	1824004	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387127670
552	NC_017857	TACCTA	2	12	1826303	1826314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387127672
553	NC_017857	CAGAAT	2	12	1834521	1834532	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387127682
554	NC_017857	TCTTGT	2	12	1835407	1835418	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387127683
555	NC_017857	ACTTCA	2	12	1837550	1837561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387127685
556	NC_017857	GGCACC	2	12	1837892	1837903	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387127685
557	NC_017857	AAATTG	2	12	1842388	1842399	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387127690
558	NC_017857	CTATGT	2	12	1842997	1843008	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387127691
559	NC_017857	TCGGGA	2	12	1845208	1845219	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387127691
560	NC_017857	CAAGCT	2	12	1845334	1845345	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387127691
561	NC_017857	CAGGAA	2	12	1853414	1853425	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387127699
562	NC_017857	TTTGGA	2	12	1854459	1854470	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387127700
563	NC_017857	CTCATG	2	12	1854848	1854859	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387127700
564	NC_017857	AGTGGC	2	12	1858808	1858819	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387127702
565	NC_017857	ACCGAA	2	12	1860196	1860207	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387127703
566	NC_017857	GGAGAA	2	12	1863069	1863080	50 %	0 %	50 %	0 %	387127705
567	NC_017857	GATGAC	2	12	1863438	1863449	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387127705
568	NC_017857	TATGAC	2	12	1863630	1863641	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387127705
569	NC_017857	CATTGG	2	12	1863946	1863957	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127705
570	NC_017857	AGGTGA	2	12	1864346	1864357	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387127705
571	NC_017857	AATTTC	2	12	1865780	1865791	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	387127705
572	NC_017857	TGGAGG	2	12	1867646	1867657	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	387127705
573	NC_017857	AGTGAT	2	12	1867677	1867688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387127705
574	NC_017857	TGGGGA	2	12	1868288	1868299	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	387127705
575	NC_017857	TTACTG	2	12	1868911	1868922	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387127705
576	NC_017857	TAATTT	2	12	1869644	1869655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387127705
577	NC_017857	TGGTAA	2	12	1870154	1870165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387127705
578	NC_017857	ATTGAA	2	12	1877606	1877617	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387127710
579	NC_017857	ATTTTT	2	12	1880317	1880328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	387127712
580	NC_017857	GAATTT	2	12	1882235	1882246	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	387127713
581	NC_017857	ATGAAT	2	12	1889417	1889428	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387127718
582	NC_017857	ACACTA	2	12	1889605	1889616	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387127718
583	NC_017857	GCAACA	2	12	1891591	1891602	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387127720
584	NC_017857	AACGGC	2	12	1895555	1895566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387127722
585	NC_017857	GTTATT	2	12	1898956	1898967	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387127724
586	NC_017857	CTGGCA	2	12	1902132	1902143	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387127726
587	NC_017857	GCTTTT	2	12	1903433	1903444	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387127727
588	NC_017857	ACCCAA	2	12	1906337	1906348	50 %	0 %	0 %	50 %	387127729
589	NC_017857	GATGTT	2	12	1908017	1908028	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387127729
590	NC_017857	AAAACC	2	12	1909331	1909342	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387127729
591	NC_017857	AAATAA	2	12	1916839	1916850	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	387127736
592	NC_017857	TGGCGG	2	12	1920057	1920068	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	387127740
593	NC_017857	GCTTCA	2	12	1929558	1929569	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387127749
594	NC_017857	GAGCCG	2	12	1931762	1931773	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	387127750
595	NC_017857	TCAGGT	2	12	1935835	1935846	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127752
596	NC_017857	CGATAT	2	12	1935964	1935975	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387127752
597	NC_017857	AAATTA	2	12	1936142	1936153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387127752
598	NC_017857	ATTGCA	2	12	1936966	1936977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387127752
599	NC_017857	TGATGT	2	12	1937515	1937526	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387127752
600	NC_017857	GCACAG	2	12	1937760	1937771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387127752
601	NC_017857	TGCAGG	2	12	1939650	1939661	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387127755
602	NC_017857	AGGGGT	2	12	1945349	1945360	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	387127759
603	NC_017857	ATTGAA	2	12	1948313	1948324	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387127762
604	NC_017857	TACTTT	2	12	1951025	1951036	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387127766
605	NC_017857	GATCCT	2	12	1952133	1952144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387127767
606	NC_017857	TTTCAG	2	12	1955672	1955683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387127770
607	NC_017857	ACGCAG	2	12	1955852	1955863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387127770
608	NC_017857	CATAAC	2	12	1958083	1958094	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387127771
609	NC_017857	GCATTG	2	12	1958097	1958108	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127771
610	NC_017857	CATTGG	2	12	1959148	1959159	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127772
611	NC_017857	TCACCG	2	12	1960355	1960366	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387127775
612	NC_017857	CTTCAC	2	12	1961546	1961557	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	387127775
613	NC_017857	TCCAAC	2	12	1962325	1962336	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	387127775
614	NC_017857	CGCCAG	2	12	1965881	1965892	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387127778
615	NC_017857	TGCTGA	2	12	1967705	1967716	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127781
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620	NC_017857	TGATAT	2	12	1977115	1977126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	387127788
621	NC_017857	GTGTTA	2	12	1978121	1978132	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	387127788
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631	NC_017857	GCATCA	2	12	1999542	1999553	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387127810
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693	NC_017857	TATCGG	2	12	2203146	2203157	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387127999
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701	NC_017857	CCGGCT	2	12	2216707	2216718	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387128010
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706	NC_017857	ATGTCG	2	12	2241302	2241313	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387128034
707	NC_017857	GACTCT	2	12	2247870	2247881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387128041
708	NC_017857	GGTGAA	2	12	2250431	2250442	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	387128043
709	NC_017857	TGCCAG	2	12	2253422	2253433	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128045
710	NC_017857	TCAACA	2	12	2257932	2257943	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387128051
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712	NC_017857	AGCTGA	2	12	2259838	2259849	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387128052
713	NC_017857	CGATTT	2	12	2260676	2260687	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387128052
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715	NC_017857	TCCGGA	2	12	2266679	2266690	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128058
716	NC_017857	GCAATT	2	12	2267105	2267116	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387128058
717	NC_017857	GACTGG	2	12	2270001	2270012	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387128060
718	NC_017857	AACATC	2	12	2280571	2280582	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387128068
719	NC_017857	ATGCCG	2	12	2281941	2281952	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128070
720	NC_017857	TCCAAA	2	12	2287780	2287791	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387128074
721	NC_017857	CCTGAA	2	12	2291856	2291867	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387128077
722	NC_017857	TAACCA	2	12	2293196	2293207	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	387128078
723	NC_017857	CTTCGG	43	258	2294131	2294388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387128079
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731	NC_017857	TTATCT	2	12	2313927	2313938	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387128093
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744	NC_017857	TCTTCA	2	12	2365706	2365717	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	387128142
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820	NC_017857	GGTTCA	2	12	2626377	2626388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387128407
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824	NC_017857	TTAAAG	2	12	2633207	2633218	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387128412
825	NC_017857	AAGCAC	2	12	2637016	2637027	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	387128414
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827	NC_017857	ATTACC	2	12	2654830	2654841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387128441
828	NC_017857	TTTATA	2	12	2655070	2655081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387128441
829	NC_017857	TATGCA	2	12	2664979	2664990	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387128448
830	NC_017857	AAACTG	2	12	2666794	2666805	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387128449
831	NC_017857	CATTGG	2	12	2669298	2669309	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387128451
832	NC_017857	TCCCAG	2	12	2681813	2681824	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387128459
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835	NC_017857	TGCTTA	2	12	2695201	2695212	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387128471
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843	NC_017857	CATTGT	2	12	2720111	2720122	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387128497
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845	NC_017857	CGATGC	2	12	2722551	2722562	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128501
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854	NC_017857	GCTGAT	2	12	2758803	2758814	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387128540
855	NC_017857	TACCGG	2	12	2761014	2761025	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128540
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857	NC_017857	ACGGAA	2	12	2764094	2764105	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387128541
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936	NC_017857	TGGTTT	2	12	3013083	3013094	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387128794
937	NC_017857	GGTTCA	2	12	3013315	3013326	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387128794
938	NC_017857	CATGCC	2	12	3014937	3014948	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387128794
939	NC_017857	AGGATC	2	12	3027483	3027494	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	387128805
940	NC_017857	AGCCTG	2	12	3029755	3029766	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128807
941	NC_017857	TGTTCC	2	12	3036314	3036325	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	387128817
942	NC_017857	GCCAAT	2	12	3047639	3047650	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	387128831
943	NC_017857	CCGGTA	2	12	3051337	3051348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387128834
944	NC_017857	GCCATT	2	12	3052778	3052789	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387128836
945	NC_017857	TTAATT	2	12	3052991	3053002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387128836
946	NC_017857	CATCTT	2	12	3053398	3053409	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	387128837
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951	NC_017857	TTGCTG	2	12	3066168	3066179	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387128850
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954	NC_017857	GTATTT	2	12	3072111	3072122	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387128856
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963	NC_017857	ATCAGA	2	12	3102121	3102132	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	387128889
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965	NC_017857	GCACCG	2	12	3104453	3104464	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387128892
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