MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methylophaga sp. JAM1 chromosome

Total Repeats: 256

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017857	CTTAT	2	10	23019	23028	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017857	AAAAC	2	10	25345	25354	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017857	TAGTG	2	10	81940	81949	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017857	TGCCG	2	10	109350	109359	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017857	TGTTT	2	10	171465	171474	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017857	TAAAA	2	10	207734	207743	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017857	TTGAA	2	10	227587	227596	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017857	TAAAC	2	10	228707	228716	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017857	GAGTT	2	10	236576	236585	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017857	CCTTG	2	10	238063	238072	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017857	GCGGA	2	10	274798	274807	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017857	AAGCA	2	10	305737	305746	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017857	ATGCT	2	10	307444	307453	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017857	TTATT	2	10	308580	308589	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017857	TTTGT	2	10	319217	319226	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017857	GGGCG	2	10	351379	351388	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017857	CGTAA	2	10	361271	361280	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017857	TTTTA	2	10	364231	364240	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017857	TATTC	2	10	369050	369059	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017857	TAACT	2	10	374533	374542	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017857	TCTTT	2	10	387292	387301	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017857	CCTCC	2	10	449126	449135	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_017857	TTTTA	2	10	449340	449349	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017857	CAGCC	2	10	461227	461236	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_017857	ACTTT	2	10	466975	466984	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017857	ATGAA	2	10	470709	470718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017857	ATCAA	2	10	470778	470787	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017857	TGCCA	2	10	471137	471146	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017857	ATTAA	2	10	474847	474856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017857	ACGGT	2	10	478676	478685	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017857	AAATG	2	10	481283	481292	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017857	CATCT	2	10	501559	501568	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017857	TGACC	2	10	501764	501773	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017857	CATCG	2	10	503798	503807	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017857	AAACA	2	10	544446	544455	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017857	ATTTT	2	10	589296	589305	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017857	CTTTT	2	10	594276	594285	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017857	AAAGG	2	10	596610	596619	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017857	TGCGT	2	10	597510	597519	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017857	CTTCA	2	10	597742	597751	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017857	AAAAG	2	10	599372	599381	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017857	GGACA	2	10	600002	600011	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017857	GTTAT	2	10	604540	604549	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017857	TTTAC	2	10	606467	606476	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017857	ATGGT	2	10	627116	627125	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017857	AAATA	2	10	634551	634560	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017857	TAGCT	2	10	642115	642124	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017857	AGTGG	2	10	657708	657717	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017857	TTGCT	2	10	672953	672962	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017857	AGTTG	2	10	697094	697103	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017857	ATAAG	2	10	702191	702200	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017857	GAAGA	2	10	703884	703893	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017857	AAAAG	2	10	714837	714846	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017857	TTTCT	2	10	715648	715657	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017857	GAAAA	2	10	722978	722987	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017857	ATTAA	2	10	730558	730567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017857	TTTTG	2	10	734128	734137	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017857	ATTCC	2	10	734382	734391	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017857	TTAGC	2	10	742471	742480	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017857	GTAAG	2	10	742494	742503	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017857	ATCTT	2	10	781175	781184	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017857	TATGT	2	10	800971	800980	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017857	GGTTG	2	10	807008	807017	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017857	ATTAA	2	10	822819	822828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017857	GGGCT	2	10	844860	844869	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017857	CTTTT	2	10	854845	854854	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017857	CCCTG	2	10	860397	860406	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_017857	TTACG	2	10	878907	878916	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017857	TTAAT	2	10	887412	887421	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017857	TGAAA	2	10	921644	921653	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017857	GAATT	2	10	928694	928703	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017857	GGTTA	2	10	931946	931955	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017857	AGCTA	2	10	935199	935208	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017857	CTGCA	2	10	948320	948329	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017857	AGTTA	2	10	954837	954846	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017857	AATTT	2	10	962719	962728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017857	ATTTG	2	10	975051	975060	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017857	TTTCT	2	10	979197	979206	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017857	AATGC	2	10	992951	992960	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017857	TGCAG	2	10	1006010	1006019	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017857	GCAAA	2	10	1048656	1048665	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017857	TAACT	2	10	1060267	1060276	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017857	ATATC	2	10	1068519	1068528	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017857	AATTT	2	10	1073075	1073084	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017857	CGCAG	2	10	1109925	1109934	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017857	TTATC	2	10	1113162	1113171	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017857	AGTTA	2	10	1121175	1121184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017857	GTTAA	2	10	1132983	1132992	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017857	TCATG	2	10	1137758	1137767	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017857	ATGAG	2	10	1137960	1137969	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017857	GGCTT	2	10	1153874	1153883	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017857	TAAAA	2	10	1156353	1156362	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017857	CTGAA	2	10	1166100	1166109	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017857	AAAAT	2	10	1167986	1167995	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017857	GAAGT	2	10	1168303	1168312	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017857	ATTGC	2	10	1197110	1197119	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017857	ACATC	2	10	1219070	1219079	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017857	GCTGC	2	10	1256556	1256565	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017857	CGTTA	2	10	1300973	1300982	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017857	CTTGT	2	10	1323240	1323249	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017857	ATCGC	2	10	1339088	1339097	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017857	GCAAT	2	10	1344030	1344039	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017857	TCTAT	2	10	1375175	1375184	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017857	TTTTA	2	10	1378703	1378712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017857	TAAAA	2	10	1391237	1391246	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017857	AAGAG	2	10	1396092	1396101	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017857	CATGA	2	10	1396164	1396173	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017857	AATGA	2	10	1396229	1396238	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017857	TTTGA	2	10	1406150	1406159	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017857	GAGGT	2	10	1407058	1407067	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017857	CTTTT	2	10	1407725	1407734	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017857	AACTT	2	10	1431530	1431539	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017857	AGTCA	2	10	1470626	1470635	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017857	AACAT	2	10	1489365	1489374	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017857	AATTT	2	10	1503915	1503924	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017857	GTTTT	2	10	1509277	1509286	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017857	AGCTT	2	10	1510844	1510853	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017857	TTTAA	2	10	1511579	1511588	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017857	TAAAA	2	10	1515741	1515750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017857	CGAAT	2	10	1550404	1550413	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017857	TTCGC	2	10	1592691	1592700	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017857	TTTAT	2	10	1596086	1596095	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017857	TTTGC	2	10	1597312	1597321	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017857	TACGC	2	10	1607885	1607894	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017857	GGTTG	2	10	1616426	1616435	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017857	TAGCG	2	10	1616531	1616540	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017857	GTTGA	2	10	1618823	1618832	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017857	CAAGG	2	10	1639186	1639195	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017857	AAATG	2	10	1649179	1649188	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017857	AATAA	2	10	1654323	1654332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017857	AAAAT	2	10	1678771	1678780	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017857	ATGAT	2	10	1712974	1712983	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017857	ATGTT	2	10	1726578	1726587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017857	CCTAT	2	10	1743545	1743554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017857	CTTTG	2	10	1746606	1746615	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017857	TTTCT	2	10	1773314	1773323	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017857	ATTTG	2	10	1777712	1777721	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017857	GAATG	2	10	1778988	1778997	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017857	TGCTA	2	10	1786230	1786239	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017857	AATTT	2	10	1796921	1796930	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017857	TATTT	2	10	1804905	1804914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017857	AAAGC	2	10	1808214	1808223	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017857	TTGAA	2	10	1808344	1808353	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017857	ATTTA	2	10	1824490	1824499	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_017857	TTGTT	2	10	3134102	3134111	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
254	NC_017857	TTTAC	2	10	3134899	3134908	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
255	NC_017857	GGGTT	2	10	3135232	3135241	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
256	NC_017857	CACGA	2	10	3135952	3135961	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.