MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Aggregatibacter actinomycetemcomitans D7S-1 chromosome

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017846	CGTTA	2	10	17692	17701	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017846	TTGTA	2	10	19169	19178	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017846	ATCAA	2	10	25557	25566	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017846	TTTTG	2	10	28379	28388	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017846	CAATT	2	10	28514	28523	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017846	ACACC	2	10	47540	47549	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_017846	TCCTT	2	10	68416	68425	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017846	TTTAA	2	10	68531	68540	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017846	TTTTC	2	10	82035	82044	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017846	CTCTA	2	10	89174	89183	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017846	TTTTA	2	10	89264	89273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017846	CACTA	2	10	103700	103709	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017846	AGAAA	2	10	103712	103721	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017846	GAAAT	2	10	111441	111450	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017846	TTCTA	2	10	116126	116135	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017846	ATTTA	2	10	127262	127271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017846	ATCAA	2	10	147890	147899	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017846	AATTA	2	10	150013	150022	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017846	AATTA	2	10	150081	150090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017846	GTTAG	2	10	150333	150342	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017846	ATAAA	2	10	155488	155497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017846	ATAAA	2	10	155524	155533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017846	TCACT	2	10	181445	181454	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017846	AAAAG	2	10	191489	191498	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017846	AAATA	2	10	216219	216228	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017846	GCATA	2	10	238049	238058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017846	AAATA	2	10	240533	240542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017846	GAAAA	2	10	251388	251397	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017846	AATTC	2	10	255375	255384	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017846	ATAAA	2	10	255385	255394	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017846	TAATT	2	10	259191	259200	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017846	ATATT	2	10	259794	259803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017846	AAAAT	2	10	271939	271948	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017846	AAAAC	2	10	277611	277620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017846	ATGTA	2	10	285085	285094	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017846	CCTTA	2	10	285540	285549	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017846	AATTA	2	10	285710	285719	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017846	ATACA	2	10	288062	288071	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017846	AGTAT	2	10	289300	289309	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017846	AGTTA	2	10	289449	289458	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017846	TGAAT	2	10	298218	298227	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017846	ATAAA	2	10	301372	301381	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017846	AGCAA	2	10	315448	315457	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017846	CATAA	2	10	325311	325320	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017846	TTTAT	2	10	329020	329029	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017846	ATTTT	2	10	332431	332440	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017846	CAAGG	2	10	336765	336774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017846	CAAAA	2	10	346366	346375	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017846	TGATT	2	10	347996	348005	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017846	GAAAC	2	10	362955	362964	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017846	CTTCC	2	10	364212	364221	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_017846	TTTAA	2	10	364319	364328	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017846	CTAAC	2	10	365854	365863	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017846	CGACT	2	10	366308	366317	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017846	TCGGT	2	10	366683	366692	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017846	TTAAA	2	10	367506	367515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017846	CTCAT	2	10	369293	369302	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017846	TTCAA	2	10	369517	369526	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017846	TTTAA	2	10	396605	396614	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017846	TAAAT	2	10	419709	419718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017846	ATCTT	2	10	421233	421242	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017846	TTTGA	2	10	421295	421304	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017846	TTTAA	2	10	438159	438168	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017846	ATAAA	2	10	442704	442713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017846	GTTTT	2	10	444792	444801	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017846	GCAAA	2	10	448218	448227	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017846	AAAAG	2	10	454120	454129	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017846	CTAAA	2	10	456227	456236	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017846	ATTGC	2	10	468667	468676	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017846	TAAAA	2	10	471221	471230	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017846	CATAA	2	10	472283	472292	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017846	AATAA	2	10	479170	479179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017846	TTATT	2	10	479283	479292	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017846	GCAAA	2	10	483151	483160	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017846	ATTTA	2	10	492530	492539	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017846	ATTTT	2	10	492547	492556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017846	GCTCC	2	10	500623	500632	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_017846	CACCT	2	10	504172	504181	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_017846	CTAAA	2	10	504368	504377	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017846	TAAAA	2	10	505099	505108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017846	TCAAA	2	10	505500	505509	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017846	CTAAT	2	10	523135	523144	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017846	CTTTT	2	10	528829	528838	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017846	ATTTT	2	10	533637	533646	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017846	AAAAT	3	15	536542	536556	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017846	ATTTT	2	10	536566	536575	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017846	AAATT	2	10	536576	536585	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017846	ATAAA	2	10	545499	545508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017846	TTAAG	2	10	551463	551472	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017846	ATTTT	2	10	554191	554200	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017846	TAAAA	2	10	554272	554281	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017846	TTAAA	2	10	561519	561528	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017846	GCGCC	2	10	564720	564729	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
94	NC_017846	TGATG	2	10	571872	571881	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017846	AATAA	2	10	575695	575704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017846	AACCA	2	10	601235	601244	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017846	ATTTA	2	10	601415	601424	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017846	GTATT	2	10	602164	602173	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017846	CCTTA	2	10	617786	617795	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017846	ATAAA	2	10	623507	623516	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017846	AAAAT	2	10	627254	627263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017846	TAAGA	2	10	627326	627335	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017846	ATAAA	2	10	630753	630762	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017846	AAATA	3	15	636423	636437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017846	AATTT	2	10	657443	657452	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017846	ATGCA	2	10	657515	657524	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017846	TAAAA	2	10	658083	658092	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017846	ATGTA	2	10	658144	658153	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017846	TAAAT	2	10	661351	661360	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017846	AGGAA	2	10	680887	680896	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017846	TTAAC	2	10	686997	687006	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017846	ACAGG	2	10	692116	692125	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017846	AGAAA	2	10	694076	694085	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017846	GAATG	2	10	705205	705214	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017846	TGCCA	2	10	705447	705456	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017846	ACGCA	2	10	706097	706106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017846	GTTTG	2	10	706192	706201	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017846	CAAAT	2	10	706433	706442	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017846	TGCAG	2	10	711305	711314	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017846	TTTTC	2	10	711380	711389	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017846	TGGCT	2	10	741443	741452	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017846	CTTCC	2	10	741782	741791	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_017846	TTTAA	2	10	741889	741898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017846	CTAAC	2	10	743424	743433	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017846	CGACT	2	10	743878	743887	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017846	TCGGT	2	10	744253	744262	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017846	TTAAA	2	10	745076	745085	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017846	CTCAT	2	10	746675	746684	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017846	TTCAA	2	10	746899	746908	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017846	CGTAG	2	10	759034	759043	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017846	TTAAA	2	10	762556	762565	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017846	ATAAA	2	10	770846	770855	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017846	TAAAT	2	10	771159	771168	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017846	GAAAA	2	10	771192	771201	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017846	GGTAT	2	10	773388	773397	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017846	GGACG	2	10	784251	784260	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017846	AAATT	2	10	784403	784412	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017846	GCTTG	2	10	797647	797656	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017846	TGAAT	2	10	802760	802769	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017846	CTTTT	2	10	812851	812860	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017846	CTTTC	2	10	812879	812888	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017846	AACGC	2	10	830442	830451	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017846	TAAAA	2	10	850135	850144	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017846	GAAAA	2	10	851615	851624	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017846	AGTTT	2	10	867774	867783	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017846	TGTTA	2	10	873598	873607	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017846	TCGCT	2	10	907107	907116	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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343	NC_017846	TAGAG	2	10	2240747	2240756	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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349	NC_017846	TTTAT	2	10	2306060	2306069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.