MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium animalis subsp. animalis ATCC 25527 chromosome

Total Repeats: 282

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017834	GAACG	2	10	1932	1941	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017834	TTCGA	2	10	17006	17015	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017834	ACCGA	2	10	17664	17673	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017834	TCTGT	2	10	21264	21273	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017834	GCCGT	2	10	25543	25552	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017834	GAGAA	2	10	26746	26755	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017834	GAGAA	2	10	31912	31921	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017834	ACTTG	2	10	36808	36817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017834	TTCAC	2	10	45319	45328	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017834	GTGCT	2	10	52711	52720	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017834	GGGTT	2	10	71156	71165	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017834	TGGTG	2	10	71283	71292	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017834	TTGTA	2	10	79882	79891	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017834	ATACA	2	10	92879	92888	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017834	AGGAG	2	10	95129	95138	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017834	CGCCC	2	10	108615	108624	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
17	NC_017834	AGGAA	2	10	109878	109887	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017834	TGTTT	2	10	113766	113775	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017834	CCGTG	2	10	113892	113901	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017834	GCAAA	2	10	114190	114199	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017834	GTGCG	2	10	121513	121522	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017834	AGGTG	2	10	126631	126640	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017834	TGGAT	2	10	136871	136880	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017834	TGAGG	2	10	138138	138147	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017834	TCTCA	2	10	144156	144165	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017834	TCTCA	2	10	147071	147080	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017834	TGGCA	2	10	147478	147487	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017834	CTCGC	2	10	147489	147498	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017834	AACAG	2	10	147641	147650	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017834	ATGAG	2	10	152054	152063	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017834	CAGGC	2	10	153429	153438	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017834	GTGCG	2	10	170938	170947	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017834	GTGCC	2	10	172802	172811	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017834	GGAGG	2	10	177000	177009	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017834	CTCAT	2	10	181737	181746	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017834	TGAGA	2	10	184125	184134	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017834	TGAGA	2	10	184281	184290	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017834	TGAGG	2	10	184541	184550	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017834	GCGCC	2	10	204978	204987	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_017834	GAAGT	2	10	205024	205033	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017834	CGAGG	2	10	212418	212427	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017834	TTGTT	2	10	220146	220155	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017834	GCGAC	2	10	220218	220227	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017834	CATGG	2	10	225836	225845	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017834	ATGCA	2	10	232569	232578	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017834	GTGTG	2	10	254179	254188	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017834	CAATA	2	10	260297	260306	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017834	TGCGT	2	10	262851	262860	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017834	GTTGG	2	10	269277	269286	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017834	GTCGC	2	10	279298	279307	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017834	CATGC	3	15	279625	279639	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017834	CTCCC	2	10	281427	281436	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
53	NC_017834	GTAGT	2	10	284397	284406	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017834	GCAAG	2	10	292573	292582	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017834	ATGAG	2	10	292770	292779	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017834	AAGGA	2	10	292868	292877	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017834	TGTAG	2	10	295111	295120	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017834	GAAGG	2	10	308655	308664	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017834	CGTTC	2	10	311136	311145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017834	AGCGT	2	10	315887	315896	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017834	GGCGC	2	10	325039	325048	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017834	GCTCG	2	10	325131	325140	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017834	CTGGT	2	10	341224	341233	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017834	AGAGA	2	10	342987	342996	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017834	GATGA	2	10	354736	354745	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017834	CTGGG	2	10	354763	354772	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017834	AGGGG	2	10	367240	367249	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017834	ACCAG	2	10	368658	368667	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017834	CTGGC	2	10	384316	384325	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017834	CCGGC	2	10	385758	385767	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_017834	AACGA	2	10	405170	405179	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017834	ACGGC	2	10	420129	420138	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017834	CGTCT	2	10	424853	424862	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017834	TTCGC	2	10	428394	428403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017834	GGCGG	2	10	428498	428507	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017834	CCCGC	2	10	428556	428565	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
77	NC_017834	TGGGG	2	10	429893	429902	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017834	CGTGG	2	10	444392	444401	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017834	CTGTC	2	10	444549	444558	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017834	GATGG	2	10	447516	447525	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017834	AGGTG	2	10	448577	448586	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017834	TCGCT	2	10	472960	472969	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017834	ATTCG	2	10	473050	473059	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017834	GCACG	2	10	474865	474874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017834	CGGTC	2	10	481952	481961	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017834	AGCAA	2	10	499120	499129	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017834	TGTGT	2	10	507758	507767	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017834	CGTTG	2	10	519765	519774	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017834	CGAAT	2	10	521589	521598	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017834	GGAAG	2	10	552042	552051	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017834	CCGCG	2	10	559437	559446	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017834	GGAGG	2	10	563763	563772	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017834	TCGCG	2	10	565420	565429	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017834	GCAAT	2	10	568955	568964	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017834	TCGTC	2	10	569519	569528	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017834	TCGAT	2	10	570437	570446	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017834	GAAAG	2	10	577042	577051	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017834	AGGAA	2	10	581944	581953	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017834	GGAAT	2	10	597964	597973	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017834	AGCGT	2	10	614739	614748	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017834	ATGTG	2	10	616552	616561	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017834	CTTTC	2	10	624065	624074	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017834	AGCGT	2	10	648803	648812	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017834	TTGGC	2	10	653061	653070	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017834	CACAA	2	10	661109	661118	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017834	CGGGG	2	10	661177	661186	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017834	TGCCA	2	10	661368	661377	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017834	ATGGC	2	10	665060	665069	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017834	AAATG	2	10	673781	673790	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017834	GCCAT	2	10	675703	675712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017834	AATGG	2	10	685127	685136	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017834	TTGGA	2	10	691796	691805	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017834	GGCAA	2	10	692175	692184	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017834	CCAAC	2	10	730344	730353	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_017834	CGAAA	2	10	734247	734256	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017834	CACAA	2	10	738311	738320	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017834	GGAAT	2	10	739841	739850	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017834	TGCAC	2	10	741351	741360	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017834	TTTTG	2	10	751506	751515	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017834	ATGGA	2	10	760996	761005	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017834	CTGTT	2	10	777291	777300	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017834	TGCGT	2	10	779187	779196	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017834	CGCGG	2	10	789497	789506	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017834	CATTG	2	10	794447	794456	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017834	TCGGA	2	10	811045	811054	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017834	TGCCA	2	10	834694	834703	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017834	GGCCG	2	10	848857	848866	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017834	CTGCG	2	10	864481	864490	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017834	CATGG	2	10	886219	886228	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017834	CATGG	2	10	886340	886349	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017834	ATACA	2	10	897200	897209	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017834	AACAC	2	10	897223	897232	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017834	CTAAA	2	10	899766	899775	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017834	TGTCA	2	10	936562	936571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017834	TTTTC	2	10	942109	942118	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017834	GTTCA	2	10	963089	963098	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017834	CGTGT	2	10	965175	965184	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017834	GTTGC	2	10	974291	974300	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017834	TCCCC	2	10	978966	978975	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
140	NC_017834	TTGCC	2	10	986495	986504	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017834	GATGG	2	10	1000618	1000627	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017834	GAGTG	2	10	1010035	1010044	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017834	CATTT	2	10	1012976	1012985	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017834	GTGTG	2	10	1014475	1014484	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017834	GACAG	2	10	1025796	1025805	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017834	CCCTT	2	10	1050182	1050191	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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280	NC_017834	AAGGA	2	10	1909248	1909257	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
281	NC_017834	CCGAG	2	10	1910406	1910415	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
282	NC_017834	CCCAC	2	10	1928615	1928624	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.