MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA2

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017807	GCAC	2	8	274	281	25 %	0 %	25 %	50 %	386844948
2	NC_017807	TTTG	2	8	1098	1105	0 %	75 %	25 %	0 %	386844949
3	NC_017807	GCGA	2	8	1665	1672	25 %	0 %	50 %	25 %	386844950
4	NC_017807	TCCC	2	8	1987	1994	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_017807	TAAA	2	8	2725	2732	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017807	ATTT	2	8	3348	3355	25 %	75 %	0 %	0 %	386844952
7	NC_017807	GCTG	2	8	3735	3742	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017807	CTCC	2	8	4158	4165	0 %	25 %	0 %	75 %	386844953
9	NC_017807	GGCG	2	8	4517	4524	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017807	ACGC	2	8	4537	4544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017807	ATTA	2	8	4997	5004	50 %	50 %	0 %	0 %	386844954
12	NC_017807	GAAG	2	8	5355	5362	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017807	GAAA	2	8	5382	5389	75 %	0 %	25 %	0 %	386844956
14	NC_017807	AGCC	2	8	6368	6375	25 %	0 %	25 %	50 %	386844957
15	NC_017807	TGAT	2	8	7862	7869	25 %	50 %	25 %	0 %	386844958
16	NC_017807	ATGA	2	8	8832	8839	50 %	25 %	25 %	0 %	386844960
17	NC_017807	GAGC	2	8	9336	9343	25 %	0 %	50 %	25 %	386844962
18	NC_017807	TCCT	2	8	10023	10030	0 %	50 %	0 %	50 %	386844963
19	NC_017807	GCAG	2	8	10352	10359	25 %	0 %	50 %	25 %	386844963
20	NC_017807	GCGG	2	8	11090	11097	0 %	0 %	75 %	25 %	386844964
21	NC_017807	ACCT	2	8	13017	13024	25 %	25 %	0 %	50 %	386844964
22	NC_017807	GAAA	2	8	13088	13095	75 %	0 %	25 %	0 %	386844964
23	NC_017807	TTCC	2	8	13136	13143	0 %	50 %	0 %	50 %	386844964
24	NC_017807	GAAA	2	8	13328	13335	75 %	0 %	25 %	0 %	386844964
25	NC_017807	TGAA	2	8	13352	13359	50 %	25 %	25 %	0 %	386844964
26	NC_017807	CAGG	2	8	13383	13390	25 %	0 %	50 %	25 %	386844965
27	NC_017807	AGCC	2	8	13653	13660	25 %	0 %	25 %	50 %	386844965
28	NC_017807	CTGC	2	8	13802	13809	0 %	25 %	25 %	50 %	386844966
29	NC_017807	AAAG	2	8	14657	14664	75 %	0 %	25 %	0 %	386844967
30	NC_017807	TCGG	2	8	14738	14745	0 %	25 %	50 %	25 %	386844968
31	NC_017807	GCCC	2	8	14934	14941	0 %	0 %	25 %	75 %	386844968
32	NC_017807	TCAC	2	8	15114	15121	25 %	25 %	0 %	50 %	386844969
33	NC_017807	TCCG	2	8	15278	15285	0 %	25 %	25 %	50 %	386844969
34	NC_017807	GCGG	2	8	15368	15375	0 %	0 %	75 %	25 %	386844969
35	NC_017807	CGGG	2	8	15530	15537	0 %	0 %	75 %	25 %	386844969
36	NC_017807	GGGA	2	8	16377	16384	25 %	0 %	75 %	0 %	386844970
37	NC_017807	GCAG	2	8	16687	16694	25 %	0 %	50 %	25 %	386844971
38	NC_017807	AAGA	2	8	17039	17046	75 %	0 %	25 %	0 %	386844971
39	NC_017807	GCCC	2	8	17107	17114	0 %	0 %	25 %	75 %	386844971
40	NC_017807	TCTG	2	8	17973	17980	0 %	50 %	25 %	25 %	386844972
41	NC_017807	TGCC	2	8	19106	19113	0 %	25 %	25 %	50 %	386844973
42	NC_017807	GGAC	2	8	19405	19412	25 %	0 %	50 %	25 %	386844973
43	NC_017807	GCTG	2	8	20378	20385	0 %	25 %	50 %	25 %	386844975
44	NC_017807	AACG	2	8	21311	21318	50 %	0 %	25 %	25 %	386844977
45	NC_017807	GGCT	2	8	21683	21690	0 %	25 %	50 %	25 %	386844978
46	NC_017807	CAGC	2	8	21714	21721	25 %	0 %	25 %	50 %	386844978
47	NC_017807	TCAG	2	8	21744	21751	25 %	25 %	25 %	25 %	386844978
48	NC_017807	GGCG	2	8	21772	21779	0 %	0 %	75 %	25 %	386844978
49	NC_017807	CAGT	2	8	23001	23008	25 %	25 %	25 %	25 %	386844979
50	NC_017807	CTGG	2	8	23398	23405	0 %	25 %	50 %	25 %	386844980
51	NC_017807	GTGG	2	8	25193	25200	0 %	25 %	75 %	0 %	386844980
52	NC_017807	ACTG	2	8	25217	25224	25 %	25 %	25 %	25 %	386844980
53	NC_017807	ACTC	2	8	25262	25269	25 %	25 %	0 %	50 %	386844980
54	NC_017807	ACGG	2	8	25681	25688	25 %	0 %	50 %	25 %	386844980
55	NC_017807	GGAG	2	8	26206	26213	25 %	0 %	75 %	0 %	386844980
56	NC_017807	AAAC	2	8	26402	26409	75 %	0 %	0 %	25 %	386844980
57	NC_017807	TTAT	2	8	26638	26645	25 %	75 %	0 %	0 %	386844981
58	NC_017807	GATG	2	8	26752	26759	25 %	25 %	50 %	0 %	386844981
59	NC_017807	AAAG	2	8	26883	26890	75 %	0 %	25 %	0 %	386844981
60	NC_017807	CAGC	2	8	27072	27079	25 %	0 %	25 %	50 %	386844981
61	NC_017807	TGCC	2	8	27190	27197	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017807	ACTA	2	8	27707	27714	50 %	25 %	0 %	25 %	386844982
63	NC_017807	GGTG	2	8	28394	28401	0 %	25 %	75 %	0 %	386844983
64	NC_017807	GCTG	2	8	29783	29790	0 %	25 %	50 %	25 %	386844984
65	NC_017807	CCGA	2	8	29891	29898	25 %	0 %	25 %	50 %	386844984
66	NC_017807	GAAC	2	8	30417	30424	50 %	0 %	25 %	25 %	386844984
67	NC_017807	GTCA	2	8	30512	30519	25 %	25 %	25 %	25 %	386844984
68	NC_017807	ACCC	2	8	30890	30897	25 %	0 %	0 %	75 %	386844984
69	NC_017807	GGCC	2	8	30933	30940	0 %	0 %	50 %	50 %	386844984
70	NC_017807	GCAC	2	8	32118	32125	25 %	0 %	25 %	50 %	386844985
71	NC_017807	CTGT	2	8	32841	32848	0 %	50 %	25 %	25 %	386844985
72	NC_017807	GAAG	2	8	32873	32880	50 %	0 %	50 %	0 %	386844985
73	NC_017807	CGGG	2	8	33609	33616	0 %	0 %	75 %	25 %	386844985
74	NC_017807	CGAC	2	8	33931	33938	25 %	0 %	25 %	50 %	386844985
75	NC_017807	GGGC	2	8	34416	34423	0 %	0 %	75 %	25 %	386844985
76	NC_017807	TGAT	2	8	34822	34829	25 %	50 %	25 %	0 %	386844985
77	NC_017807	AATA	2	8	35265	35272	75 %	25 %	0 %	0 %	386844985
78	NC_017807	GCAG	2	8	35594	35601	25 %	0 %	50 %	25 %	386844985
79	NC_017807	TGGA	2	8	35898	35905	25 %	25 %	50 %	0 %	386844985
80	NC_017807	ACCT	2	8	36033	36040	25 %	25 %	0 %	50 %	386844985
81	NC_017807	CCGG	2	8	36349	36356	0 %	0 %	50 %	50 %	386844985
82	NC_017807	GGCG	2	8	36386	36393	0 %	0 %	75 %	25 %	386844985
83	NC_017807	AGAA	2	8	36964	36971	75 %	0 %	25 %	0 %	386844985
84	NC_017807	TCGC	2	8	37089	37096	0 %	25 %	25 %	50 %	386844986
85	NC_017807	GTGC	2	8	38066	38073	0 %	25 %	50 %	25 %	386844987
86	NC_017807	CATG	2	8	38527	38534	25 %	25 %	25 %	25 %	386844988
87	NC_017807	CGCT	2	8	38599	38606	0 %	25 %	25 %	50 %	386844988
88	NC_017807	CCTT	2	8	39019	39026	0 %	50 %	0 %	50 %	386844989
89	NC_017807	AAAG	2	8	40109	40116	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017807	GCAA	2	8	40890	40897	50 %	0 %	25 %	25 %	386844990
91	NC_017807	TTCA	2	8	40952	40959	25 %	50 %	0 %	25 %	386844990
92	NC_017807	TTTA	2	8	41252	41259	25 %	75 %	0 %	0 %	386844990
93	NC_017807	AATT	2	8	41291	41298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017807	CTGG	2	8	41498	41505	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017807	GAGC	2	8	41727	41734	25 %	0 %	50 %	25 %	386844991
96	NC_017807	GTAT	2	8	42174	42181	25 %	50 %	25 %	0 %	386844991
97	NC_017807	GGCT	2	8	42977	42984	0 %	25 %	50 %	25 %	386844992
98	NC_017807	GCAT	2	8	43062	43069	25 %	25 %	25 %	25 %	386844992
99	NC_017807	CCAG	2	8	43201	43208	25 %	0 %	25 %	50 %	386844992
100	NC_017807	GCTC	2	8	43288	43295	0 %	25 %	25 %	50 %	386844992
101	NC_017807	ATTG	2	8	43394	43401	25 %	50 %	25 %	0 %	386844992
102	NC_017807	GGAA	2	8	43899	43906	50 %	0 %	50 %	0 %	386844992
103	NC_017807	TCCC	2	8	44129	44136	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_017807	CCTT	2	8	44254	44261	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017807	AATT	2	8	44583	44590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017807	ACTC	2	8	45482	45489	25 %	25 %	0 %	50 %	386844993
107	NC_017807	CAAA	2	8	45631	45638	75 %	0 %	0 %	25 %	386844993
108	NC_017807	AAGT	2	8	45821	45828	50 %	25 %	25 %	0 %	386844994
109	NC_017807	CCTT	2	8	45946	45953	0 %	50 %	0 %	50 %	386844994
110	NC_017807	AATC	2	8	46170	46177	50 %	25 %	0 %	25 %	386844994
111	NC_017807	CAGA	2	8	46782	46789	50 %	0 %	25 %	25 %	386844995
112	NC_017807	CGCT	2	8	46846	46853	0 %	25 %	25 %	50 %	386844995
113	NC_017807	ACCC	2	8	47461	47468	25 %	0 %	0 %	75 %	386844995

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.