MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017778	TAGCTT	2	12	1500	1511	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386859045
2	NC_017778	TTTTTG	2	12	1972	1983	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386859045
3	NC_017778	ATATCA	2	12	3869	3880	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386859047
4	NC_017778	TTGACG	2	12	9847	9858	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386859051
5	NC_017778	ATTTAT	2	12	15348	15359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859055
6	NC_017778	GTTAAA	2	12	16082	16093	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386859055
7	NC_017778	TTCTGC	2	12	18264	18275	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386859057
8	NC_017778	TTTCTT	2	12	19858	19869	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386859059
9	NC_017778	CAGGAG	2	12	22457	22468	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386859061
10	NC_017778	CAGGAG	2	12	22472	22483	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386859061
11	NC_017778	CAGGAG	2	12	22487	22498	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386859061
12	NC_017778	CAGGAG	2	12	22502	22513	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386859061
13	NC_017778	AGTCAG	2	12	36302	36313	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386859069
14	NC_017778	CAAACA	2	12	38242	38253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386859070
15	NC_017778	CATCAG	2	12	42307	42318	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386859071
16	NC_017778	TTTTAC	2	12	43948	43959	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386859073
17	NC_017778	TTGCCT	2	12	45358	45369	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386859074
18	NC_017778	CTGCTT	2	12	49149	49160	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386859077
19	NC_017778	CGATAT	2	12	50164	50175	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386859078
20	NC_017778	AAAGAA	2	12	50342	50353	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386859078
21	NC_017778	AAAGAA	2	12	52336	52347	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386859079
22	NC_017778	ATTAGA	2	12	53901	53912	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386859080
23	NC_017778	AATTAG	2	12	54182	54193	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386859080
24	NC_017778	AATTAG	2	12	54278	54289	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386859080
25	NC_017778	AAAATA	2	12	54976	54987	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386859080
26	NC_017778	TAACTA	2	12	57525	57536	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386859082
27	NC_017778	CTACAA	2	12	59638	59649	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386859084
28	NC_017778	TTTGTT	2	12	62166	62177	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386859086
29	NC_017778	TAACAT	2	12	69655	69666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386859093
30	NC_017778	AAAATT	2	12	70964	70975	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859094
31	NC_017778	TGAAAC	2	12	72255	72266	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386859095
32	NC_017778	TTTTAA	2	12	76745	76756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386859099
33	NC_017778	TATCAT	2	12	78983	78994	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386859101
34	NC_017778	ATTATA	2	12	81175	81186	50 %	50 %	0 %	0 %	386859103
35	NC_017778	AATAAA	2	12	81752	81763	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386859104
36	NC_017778	TATCTC	2	12	90887	90898	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386859112
37	NC_017778	AAATTA	2	12	92101	92112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859114
38	NC_017778	CTTTAT	2	12	98788	98799	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386859118
39	NC_017778	CAGCAC	2	12	102694	102705	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386859121
40	NC_017778	TTAAAT	2	12	103158	103169	50 %	50 %	0 %	0 %	386859121
41	NC_017778	ATCAAT	2	12	104235	104246	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386859123
42	NC_017778	TATTCA	2	12	105449	105460	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386859124
43	NC_017778	ATCAAT	2	12	106389	106400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386859125
44	NC_017778	CAATCC	2	12	108454	108465	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386859127
45	NC_017778	ATTAAC	2	12	111114	111125	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386859130
46	NC_017778	AAAATC	2	12	112230	112241	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386859131
47	NC_017778	CATTTA	2	12	112277	112288	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386859131
48	NC_017778	AAATTT	2	12	112516	112527	50 %	50 %	0 %	0 %	386859131
49	NC_017778	TTGGAA	2	12	113793	113804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859134
50	NC_017778	ATATTA	2	12	116995	117006	50 %	50 %	0 %	0 %	386859139
51	NC_017778	ATTTAA	2	12	118288	118299	50 %	50 %	0 %	0 %	386859141
52	NC_017778	AAACAG	2	12	120794	120805	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386859143
53	NC_017778	ATCTTT	2	12	121107	121118	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386859143
54	NC_017778	TATGCA	2	12	128638	128649	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386859149
55	NC_017778	TTAAAA	2	12	135080	135091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386859154
56	NC_017778	ACCTTA	2	12	136362	136373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386859155
57	NC_017778	AAATTT	2	12	138784	138795	50 %	50 %	0 %	0 %	386859159
58	NC_017778	GGAACA	2	12	139788	139799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386859160
59	NC_017778	TTTTTA	2	12	147530	147541	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386859169
60	NC_017778	ATGTCT	2	12	150511	150522	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386859173
61	NC_017778	TGATAT	2	12	152373	152384	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386859175
62	NC_017778	TAGTGA	2	12	153885	153896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386859176
63	NC_017778	TTGAAA	2	12	155786	155797	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386859177
64	NC_017778	TAAAGA	2	12	156760	156771	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386859179
65	NC_017778	CTGACA	2	12	159906	159917	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386859181
66	NC_017778	TTGCTG	2	12	161175	161186	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386859181
67	NC_017778	ATGGGT	2	12	164606	164617	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386859184
68	NC_017778	TTCCTG	2	12	168819	168830	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386859187
69	NC_017778	AGATGA	2	12	170125	170136	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386859188
70	NC_017778	TCAAAA	2	12	170792	170803	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386859189
71	NC_017778	GATAAG	2	12	171814	171825	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386859190

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.