MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA2

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017773	GCTTT	2	10	554	563	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017773	GAGAA	2	10	2676	2685	60 %	0 %	40 %	0 %	386845000
3	NC_017773	GGCGG	2	10	3120	3129	0 %	0 %	80 %	20 %	386845001
4	NC_017773	AAATA	2	10	4118	4127	80 %	20 %	0 %	0 %	386845001
5	NC_017773	CGTTA	2	10	5464	5473	20 %	40 %	20 %	20 %	386845002
6	NC_017773	ATGTT	2	10	7325	7334	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017773	GCTAT	2	10	11468	11477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017773	ATTCT	2	10	12065	12074	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017773	CAGTG	2	10	12097	12106	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017773	GTTAT	2	10	13617	13626	20 %	60 %	20 %	0 %	386845012
11	NC_017773	CGTCT	2	10	15055	15064	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017773	TGCTT	2	10	15717	15726	0 %	60 %	20 %	20 %	386845014
13	NC_017773	GGAGT	2	10	16849	16858	20 %	20 %	60 %	0 %	386845015
14	NC_017773	TTGCA	2	10	17345	17354	20 %	40 %	20 %	20 %	386845015
15	NC_017773	CCGAA	2	10	18444	18453	40 %	0 %	20 %	40 %	386845015
16	NC_017773	TTTTA	2	10	20873	20882	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017773	CTGGA	2	10	21181	21190	20 %	20 %	40 %	20 %	386845017
18	NC_017773	CAGGG	2	10	21325	21334	20 %	0 %	60 %	20 %	386845017
19	NC_017773	ATTAA	2	10	21707	21716	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017773	AGGCA	2	10	23077	23086	40 %	0 %	40 %	20 %	386845019
21	NC_017773	TGCAG	2	10	23738	23747	20 %	20 %	40 %	20 %	386845020
22	NC_017773	GGCGA	2	10	30117	30126	20 %	0 %	60 %	20 %	386845027
23	NC_017773	CTGGC	2	10	31967	31976	0 %	20 %	40 %	40 %	386845029
24	NC_017773	CGATC	2	10	34328	34337	20 %	20 %	20 %	40 %	386845031
25	NC_017773	GAACA	2	10	36389	36398	60 %	0 %	20 %	20 %	386845033
26	NC_017773	CTGGC	2	10	37264	37273	0 %	20 %	40 %	40 %	386845034
27	NC_017773	GGCCG	2	10	40046	40055	0 %	0 %	60 %	40 %	386845037
28	NC_017773	CTGGG	2	10	41128	41137	0 %	20 %	60 %	20 %	386845039
29	NC_017773	ATCTG	2	10	42802	42811	20 %	40 %	20 %	20 %	386845040
30	NC_017773	CCGGT	2	10	43729	43738	0 %	20 %	40 %	40 %	386845041
31	NC_017773	CTGCG	2	10	43941	43950	0 %	20 %	40 %	40 %	386845041
32	NC_017773	CCCGT	2	10	44952	44961	0 %	20 %	20 %	60 %	386845042
33	NC_017773	GTGTC	2	10	45122	45131	0 %	40 %	40 %	20 %	386845042
34	NC_017773	GATGC	2	10	47874	47883	20 %	20 %	40 %	20 %	386845044
35	NC_017773	GCCCA	2	10	48625	48634	20 %	0 %	20 %	60 %	386845045
36	NC_017773	GCCTT	2	10	50227	50236	0 %	40 %	20 %	40 %	386845046
37	NC_017773	CAGGA	2	10	50379	50388	40 %	0 %	40 %	20 %	386845046
38	NC_017773	GCTTG	2	10	53533	53542	0 %	40 %	40 %	20 %	386845048
39	NC_017773	TAATG	2	10	55413	55422	40 %	40 %	20 %	0 %	386845049
40	NC_017773	AAAAT	2	10	59356	59365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017773	TGTTT	2	10	64921	64930	0 %	80 %	20 %	0 %	386845060
42	NC_017773	CTGGC	2	10	65964	65973	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017773	CGCAT	2	10	68991	69000	20 %	20 %	20 %	40 %	386845062
44	NC_017773	ATTAT	2	10	73046	73055	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017773	TCTAT	2	10	74044	74053	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.