MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA2

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017773	TTTC	2	8	630	637	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017773	AAAT	2	8	4174	4181	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017773	AATA	2	8	4438	4445	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017773	GCTT	2	8	5827	5834	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017773	TAAG	2	8	5860	5867	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017773	AGGG	2	8	6473	6480	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017773	ATTC	2	8	7264	7271	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017773	TGAG	2	8	8423	8430	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017773	CAGT	2	8	10630	10637	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017773	GCAA	2	8	12109	12116	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017773	TGTT	2	8	12314	12321	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017773	TTGT	2	8	12550	12557	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017773	TCGA	2	8	12814	12821	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_017773	TCCC	2	8	12824	12831	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
15	NC_017773	ACCC	2	8	15184	15191	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_017773	TATT	2	8	19292	19299	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017773	CTCC	2	8	19523	19530	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
18	NC_017773	CAAG	2	8	20784	20791	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017773	AAAT	2	8	21840	21847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017773	TGCC	2	8	21986	21993	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017773	GACT	2	8	21996	22003	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017773	GAAC	2	8	25024	25031	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017773	TGTT	3	12	27392	27403	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017773	AGTA	2	8	32666	32673	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017773	AACA	2	8	37344	37351	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017773	CTGC	2	8	41440	41447	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017773	GCAT	2	8	44805	44812	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017773	CCAG	2	8	46905	46912	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017773	ACTC	2	8	52507	52514	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017773	ATTT	2	8	55185	55192	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017773	TGAA	2	8	58652	58659	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017773	CGAA	2	8	58869	58876	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017773	TATC	2	8	59372	59379	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017773	AATA	2	8	59469	59476	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017773	AATA	2	8	65451	65458	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017773	AAGT	2	8	65469	65476	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017773	CTTC	2	8	66083	66090	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017773	ATCA	2	8	66256	66263	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017773	AATG	2	8	66282	66289	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017773	CATC	2	8	66598	66605	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017773	TCGG	2	8	71336	71343	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017773	ATAA	2	8	71890	71897	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017773	AGTA	2	8	74998	75005	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.