MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis 5008 plasmid pSHJG1

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017766	AGCTCA	2	12	1183	1194	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386835837
2	NC_017766	CGGAGG	2	12	1402	1413	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386835837
3	NC_017766	CGAGGA	2	12	2003	2014	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386835837
4	NC_017766	TCACCC	2	12	2692	2703	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386835837
5	NC_017766	GACGCC	2	12	4442	4453	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386835841
6	NC_017766	GCCTTC	2	12	5228	5239	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386835842
7	NC_017766	AGCGCG	2	12	5417	5428	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835842
8	NC_017766	CAGGAC	2	12	5515	5526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386835842
9	NC_017766	TCGATC	2	12	5720	5731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386835842
10	NC_017766	GGGGTG	2	12	6188	6199	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386835842
11	NC_017766	GATGCT	2	12	8866	8877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386835845
12	NC_017766	GGCCGG	2	12	11390	11401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386835849
13	NC_017766	CGGGGC	2	12	11405	11416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386835849
14	NC_017766	TGACGC	2	12	12228	12239	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386835851
15	NC_017766	CTACGC	2	12	13755	13766	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386835851
16	NC_017766	ACGCTC	2	12	15792	15803	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386835854
17	NC_017766	GTGATG	2	12	31049	31060	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386835877
18	NC_017766	CGTCGA	2	12	33143	33154	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386835880
19	NC_017766	GTCGGC	2	12	34919	34930	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835883
20	NC_017766	GGCGTC	2	12	35912	35923	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835884
21	NC_017766	GCCGGT	2	12	39765	39776	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835888
22	NC_017766	CCCGCG	2	12	40516	40527	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835889
23	NC_017766	CGCTTT	2	12	42286	42297	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386835891
24	NC_017766	GCCTTG	2	12	44610	44621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386835893
25	NC_017766	GCAGCC	2	12	47604	47615	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386835896
26	NC_017766	GCACCG	2	12	48102	48113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386835896
27	NC_017766	CCGCCA	2	12	48879	48890	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386835896
28	NC_017766	ACCTTG	2	12	51546	51557	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386835897
29	NC_017766	CCCGCG	2	12	57237	57248	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835902
30	NC_017766	CCCGCG	2	12	57299	57310	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835902
31	NC_017766	CCCGCG	2	12	57360	57371	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835902
32	NC_017766	CCCGCG	2	12	57421	57432	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835902
33	NC_017766	CCCGCG	2	12	57543	57554	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835902
34	NC_017766	GCGCTC	2	12	59691	59702	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386835903
35	NC_017766	AGGTGA	2	12	60544	60555	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386835903
36	NC_017766	CAGCAC	2	12	61368	61379	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386835903
37	NC_017766	AGGTCG	2	12	64857	64868	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386835908
38	NC_017766	CCGCGC	2	12	67963	67974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835912
39	NC_017766	GCGGCC	2	12	69633	69644	0 %	0 %	50 %	50 %	386835915
40	NC_017766	CCCGGC	2	12	70340	70351	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835918
41	NC_017766	GAGCCT	2	12	70367	70378	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386835918
42	NC_017766	ACGCGG	2	12	70984	70995	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835918
43	NC_017766	GCCCGC	2	12	71325	71336	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835918
44	NC_017766	GCACGG	2	12	72151	72162	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835918
45	NC_017766	GGTCGC	2	12	75319	75330	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835921
46	NC_017766	GACGGC	2	12	78093	78104	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835923
47	NC_017766	GGACCA	2	12	80297	80308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386835927
48	NC_017766	GTCGAC	2	12	80316	80327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386835927
49	NC_017766	CAAGCA	2	12	82472	82483	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386835930
50	NC_017766	ACCGCC	2	12	84178	84189	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386835930
51	NC_017766	GCCCCG	2	12	95190	95201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835943
52	NC_017766	CGGCCG	3	18	95743	95760	0 %	0 %	50 %	50 %	386835944
53	NC_017766	TGGCGG	2	12	96934	96945	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386835946
54	NC_017766	GACCAG	2	12	98377	98388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386835949
55	NC_017766	GCTGCC	2	12	99813	99824	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386835952
56	NC_017766	AAGGCC	2	12	101020	101031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386835955
57	NC_017766	CCCGCC	2	12	101119	101130	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386835955
58	NC_017766	GACACA	2	12	101607	101618	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386835956
59	NC_017766	GCATCC	2	12	101713	101724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386835956
60	NC_017766	CTGCCC	2	12	102978	102989	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386835958
61	NC_017766	CCTGCC	2	12	104063	104074	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386835960
62	NC_017766	GGCGTT	2	12	108387	108398	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386835965
63	NC_017766	TGTCGC	2	12	108752	108763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386835965
64	NC_017766	GCGCAG	2	12	108834	108845	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835965
65	NC_017766	GTAGGT	2	12	109005	109016	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386835965
66	NC_017766	GCCGGT	2	12	109905	109916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835965
67	NC_017766	AGTCGT	2	12	110927	110938	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386835965
68	NC_017766	CCACTG	2	12	111500	111511	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386835965
69	NC_017766	AGGAGA	2	12	111998	112009	50 %	0 %	50 %	0 %	386835965
70	NC_017766	GTAGTT	2	12	112734	112745	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386835965
71	NC_017766	TCGGTG	2	12	113200	113211	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386835965
72	NC_017766	TCACCC	2	12	113719	113730	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386835965
73	NC_017766	GACGCC	2	12	114100	114111	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386835965
74	NC_017766	CGGCGT	2	12	115393	115404	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835966
75	NC_017766	GGGTGA	2	12	115775	115786	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386835966
76	NC_017766	CACCGA	2	12	116294	116305	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386835966
77	NC_017766	AACTAC	2	12	116760	116771	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386835966
78	NC_017766	TCTCCT	2	12	117496	117507	0 %	50 %	0 %	50 %	386835966
79	NC_017766	GCAGTG	2	12	117993	118004	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386835966
80	NC_017766	TACGAC	2	12	118566	118577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386835966
81	NC_017766	CACCGG	2	12	119588	119599	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386835966
82	NC_017766	CCTGCG	2	12	120659	120670	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386835966
83	NC_017766	CGGCAG	2	12	120689	120700	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835966
84	NC_017766	CGACAG	2	12	120737	120748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386835966
85	NC_017766	CAACGC	2	12	121106	121117	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386835966
86	NC_017766	GGCGTC	2	12	122098	122109	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835967
87	NC_017766	CAGTGG	2	12	125739	125750	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386835971
88	NC_017766	CCCGCG	2	12	125751	125762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386835971
89	NC_017766	GCACCG	2	12	126517	126528	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386835971
90	NC_017766	TGGGCG	2	12	132905	132916	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386835979
91	NC_017766	CGAAGC	2	12	134916	134927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386835983
92	NC_017766	GCTTCT	2	12	135285	135296	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386835983
93	NC_017766	CCGCTC	2	12	137432	137443	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386835986
94	NC_017766	CCTGGG	2	12	140547	140558	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835991
95	NC_017766	GTGCCG	4	24	142493	142516	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386835994
96	NC_017766	GCGACG	2	12	143665	143676	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386835995
97	NC_017766	GTTCTT	2	12	146696	146707	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386836000
98	NC_017766	GGTGAA	2	12	146933	146944	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386836000
99	NC_017766	CACTCG	2	12	147273	147284	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386836000
100	NC_017766	GGGCGC	2	12	148727	148738	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386836002
101	NC_017766	CCGGAG	2	12	151516	151527	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386836008
102	NC_017766	CACCGG	2	12	153674	153685	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386836011
103	NC_017766	GCCCCG	2	12	154790	154801	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386836013
104	NC_017766	CGGCCC	2	12	155593	155604	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386836015
105	NC_017766	TCCTTG	2	12	161576	161587	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386836020
106	NC_017766	TCGCCC	2	12	161654	161665	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386836020

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.