MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter cinaedi PAGU611 plasmid pHci1

Total Repeats: 267

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017762	TTA	2	6	253	258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829696
2	NC_017762	ACT	2	6	271	276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829696
3	NC_017762	TCA	2	6	298	303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829696
4	NC_017762	TCT	2	6	304	309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829696
5	NC_017762	TTG	3	9	387	395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829696
6	NC_017762	ATT	2	6	513	518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829696
7	NC_017762	TTC	2	6	519	524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829696
8	NC_017762	AGA	2	6	631	636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386829696
9	NC_017762	TAT	2	6	707	712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829696
10	NC_017762	ATT	2	6	897	902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829696
11	NC_017762	TCA	2	6	1039	1044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829696
12	NC_017762	TTG	2	6	1057	1062	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829696
13	NC_017762	GAT	2	6	1084	1089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829696
14	NC_017762	TAT	2	6	1112	1117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829696
15	NC_017762	ACA	2	6	1124	1129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386829696
16	NC_017762	ATC	3	9	1134	1142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829696
17	NC_017762	ACT	2	6	1152	1157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829696
18	NC_017762	TCC	2	6	1257	1262	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829697
19	NC_017762	ATA	2	6	1357	1362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829697
20	NC_017762	TAA	2	6	1405	1410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829697
21	NC_017762	ATT	2	6	1449	1454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829697
22	NC_017762	GCT	2	6	1489	1494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386829697
23	NC_017762	CCA	2	6	1592	1597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386829697
24	NC_017762	CTC	2	6	1609	1614	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829697
25	NC_017762	ACA	2	6	1713	1718	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386829697
26	NC_017762	TTG	2	6	1747	1752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829697
27	NC_017762	TGA	2	6	1957	1962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829698
28	NC_017762	TTA	2	6	2096	2101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829698
29	NC_017762	ATA	2	6	2447	2452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829699
30	NC_017762	AAT	2	6	2630	2635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829699
31	NC_017762	AAT	2	6	2637	2642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829699
32	NC_017762	TTC	2	6	2656	2661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829699
33	NC_017762	TCA	3	9	2694	2702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829699
34	NC_017762	TAT	2	6	2734	2739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829699
35	NC_017762	TGA	2	6	2769	2774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829699
36	NC_017762	ATT	2	6	2894	2899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829699
37	NC_017762	CTT	2	6	2914	2919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829699
38	NC_017762	TCA	2	6	3091	3096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829700
39	NC_017762	AAT	2	6	3108	3113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829700
40	NC_017762	ATC	2	6	3150	3155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829700
41	NC_017762	AAG	2	6	3242	3247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386829700
42	NC_017762	AAT	2	6	3293	3298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829700
43	NC_017762	CAT	2	6	3541	3546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829701
44	NC_017762	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829701
45	NC_017762	TAA	2	6	3787	3792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829701
46	NC_017762	GTA	2	6	3953	3958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829702
47	NC_017762	CTA	2	6	3971	3976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829702
48	NC_017762	ATT	2	6	4036	4041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829702
49	NC_017762	TCA	2	6	4058	4063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829702
50	NC_017762	TCC	2	6	4216	4221	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829702
51	NC_017762	ATC	2	6	4363	4368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829702
52	NC_017762	TAT	2	6	4393	4398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829702
53	NC_017762	CTG	2	6	4404	4409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386829702
54	NC_017762	CTA	2	6	4455	4460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829702
55	NC_017762	CTT	2	6	4476	4481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829702
56	NC_017762	TCA	2	6	4490	4495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829702
57	NC_017762	TCC	2	6	4620	4625	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829703
58	NC_017762	AGA	2	6	4703	4708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386829703
59	NC_017762	TAT	2	6	4724	4729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829703
60	NC_017762	CTC	2	6	4736	4741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829703
61	NC_017762	TTC	2	6	4850	4855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829703
62	NC_017762	ATC	2	6	4889	4894	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829703
63	NC_017762	CTA	2	6	4912	4917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829703
64	NC_017762	TCA	2	6	4938	4943	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829703
65	NC_017762	AAT	2	6	4955	4960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829703
66	NC_017762	ATC	2	6	4997	5002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829703
67	NC_017762	AAG	2	6	5089	5094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386829703
68	NC_017762	AAT	2	6	5140	5145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829703
69	NC_017762	ATT	2	6	5477	5482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829704
70	NC_017762	ATA	2	6	5503	5508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829704
71	NC_017762	AAT	2	6	5568	5573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829704
72	NC_017762	ACT	2	6	5656	5661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829704
73	NC_017762	AAT	2	6	5718	5723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829705
74	NC_017762	CTT	2	6	5755	5760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829705
75	NC_017762	AAT	2	6	5773	5778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829705
76	NC_017762	TAT	2	6	5905	5910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829705
77	NC_017762	ATT	2	6	6006	6011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829706
78	NC_017762	AAT	2	6	6086	6091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829706
79	NC_017762	ATA	2	6	6115	6120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829706
80	NC_017762	TCA	2	6	6234	6239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829706
81	NC_017762	TCT	2	6	6314	6319	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829706
82	NC_017762	CAT	2	6	6358	6363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829706
83	NC_017762	AAC	2	6	6416	6421	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386829706
84	NC_017762	TTC	2	6	6621	6626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829707
85	NC_017762	CAT	2	6	6731	6736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829707
86	NC_017762	CAA	2	6	6840	6845	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386829707
87	NC_017762	TAC	2	6	6890	6895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829707
88	NC_017762	CTA	2	6	6953	6958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829707
89	NC_017762	ATA	2	6	7005	7010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829707
90	NC_017762	ATA	2	6	7044	7049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829707
91	NC_017762	CAC	2	6	7079	7084	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386829707
92	NC_017762	ACC	2	6	7239	7244	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386829707
93	NC_017762	TGT	2	6	7282	7287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829707
94	NC_017762	TAG	2	6	7421	7426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829707
95	NC_017762	CTT	2	6	7556	7561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829707
96	NC_017762	ATT	2	6	7719	7724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829707
97	NC_017762	ATT	2	6	7837	7842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829707
98	NC_017762	CTA	2	6	7864	7869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829708
99	NC_017762	GTT	2	6	7895	7900	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829708
100	NC_017762	ATA	2	6	8135	8140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829708
101	NC_017762	GTA	2	6	8142	8147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829708
102	NC_017762	CTG	2	6	8170	8175	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386829708
103	NC_017762	TCA	2	6	8205	8210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829708
104	NC_017762	TGT	2	6	8298	8303	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829709
105	NC_017762	CCA	2	6	8390	8395	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386829709
106	NC_017762	AAT	2	6	8422	8427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829709
107	NC_017762	CCT	2	6	8454	8459	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829709
108	NC_017762	ATT	2	6	8611	8616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829709
109	NC_017762	TAA	2	6	8637	8642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829709
110	NC_017762	AGC	2	6	8677	8682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386829709
111	NC_017762	CAT	2	6	8721	8726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829709
112	NC_017762	ACC	2	6	8734	8739	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386829709
113	NC_017762	TAA	2	6	8747	8752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829709
114	NC_017762	ATG	2	6	8895	8900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829709
115	NC_017762	GTT	2	6	8907	8912	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829709
116	NC_017762	CAT	3	9	8961	8969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829709
117	NC_017762	TCT	2	6	9008	9013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829709
118	NC_017762	TCT	2	6	9017	9022	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829709
119	NC_017762	CCT	2	6	9027	9032	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386829709
120	NC_017762	TTG	2	6	9196	9201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829709
121	NC_017762	TAT	2	6	9265	9270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829709
122	NC_017762	TAG	2	6	9339	9344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829709
123	NC_017762	CTT	2	6	9474	9479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386829709
124	NC_017762	ATT	2	6	9706	9711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829709
125	NC_017762	ATC	2	6	9970	9975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829709
126	NC_017762	ATT	2	6	10051	10056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829709
127	NC_017762	TTA	2	6	10136	10141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829709
128	NC_017762	TAC	2	6	10153	10158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829709
129	NC_017762	GAA	2	6	10247	10252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386829709
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131	NC_017762	TTG	2	6	10436	10441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829709
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255	NC_017762	ATT	2	6	21813	21818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829722
256	NC_017762	TCA	2	6	21904	21909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829722
257	NC_017762	ATC	2	6	21984	21989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829722
258	NC_017762	ATG	2	6	22073	22078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386829722
259	NC_017762	TTG	2	6	22103	22108	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386829722
260	NC_017762	AAT	2	6	22379	22384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829723
261	NC_017762	ATA	2	6	22497	22502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829723
262	NC_017762	TAA	2	6	22540	22545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829723
263	NC_017762	ATC	2	6	22605	22610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386829723
264	NC_017762	ATA	3	9	22853	22861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829724
265	NC_017762	TTA	2	6	22882	22887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386829724
266	NC_017762	ATA	2	6	22901	22906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829724
267	NC_017762	TAA	2	6	22929	22934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386829724

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.