MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter cinaedi PAGU611

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017761	TTTAA	2	10	1363	1372	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017761	GTAGT	2	10	1410	1419	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017761	TTGCT	2	10	22223	22232	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017761	TTCTC	2	10	25202	25211	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017761	AGCAT	2	10	33392	33401	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017761	TCAAA	2	10	33547	33556	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017761	ATTTG	2	10	36774	36783	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017761	TACAA	2	10	38468	38477	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017761	AAAAC	2	10	40027	40036	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017761	ATTTG	2	10	59538	59547	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017761	TAAAA	2	10	59574	59583	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017761	CTTGT	2	10	62762	62771	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017761	TTGCT	2	10	62889	62898	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017761	TTGGA	2	10	93685	93694	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017761	TGCAA	2	10	102246	102255	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017761	TAAAA	2	10	145668	145677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017761	ACTTT	2	10	148269	148278	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017761	TCTCT	2	10	154479	154488	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017761	AGTTA	2	10	154755	154764	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017761	AGTCA	2	10	155664	155673	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017761	TCGTG	2	10	156147	156156	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017761	TATTG	2	10	157290	157299	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017761	TTCTA	2	10	158734	158743	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017761	AGATG	2	10	159354	159363	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017761	TTGAA	2	10	159586	159595	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017761	GTTTA	2	10	161051	161060	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017761	GTTTG	2	10	161728	161737	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017761	TTTTA	2	10	161756	161765	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017761	AAAAT	2	10	198815	198824	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017761	TTTAT	2	10	212239	212248	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017761	ACAAA	2	10	215515	215524	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017761	CTTTT	2	10	219843	219852	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017761	TCCGC	2	10	221924	221933	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017761	ACAAT	2	10	222297	222306	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017761	AATTT	2	10	224114	224123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017761	TTTTG	2	10	227403	227412	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017761	CGTGG	2	10	230833	230842	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017761	AGTGT	2	10	234862	234871	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017761	AGAGT	2	10	242890	242899	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017761	ATATA	2	10	243900	243909	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017761	CAAAA	2	10	244036	244045	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017761	TGTTT	2	10	246129	246138	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017761	TTTTG	2	10	247400	247409	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017761	TGCAA	2	10	249565	249574	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017761	TGATT	2	10	250900	250909	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017761	TACAT	2	10	266447	266456	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017761	TAAAA	2	10	273332	273341	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017761	CAAGT	2	10	298912	298921	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017761	TTTTA	2	10	302292	302301	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017761	TTAAT	2	10	312338	312347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017761	CTTTC	2	10	329716	329725	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017761	ATTCC	2	10	373777	373786	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017761	GAGAA	2	10	375449	375458	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017761	TGCTT	2	10	379861	379870	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017761	ATTTT	2	10	392753	392762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017761	TTTAT	2	10	395645	395654	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017761	TCTAC	2	10	426522	426531	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017761	GACAA	2	10	446159	446168	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017761	CTTTC	2	10	466436	466445	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017761	ACACA	2	10	468388	468397	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017761	AGTGT	2	10	484376	484385	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017761	GTTGG	2	10	488415	488424	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017761	TTGTG	2	10	500218	500227	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017761	TTTGC	2	10	509228	509237	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017761	TTTTA	2	10	509244	509253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017761	TGGGG	2	10	538165	538174	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017761	TCTCT	2	10	538338	538347	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017761	AGTTA	2	10	538614	538623	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017761	AGTCA	2	10	539523	539532	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017761	TCGTG	2	10	540006	540015	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017761	TATTG	2	10	541149	541158	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017761	TTCTA	2	10	542593	542602	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017761	AGATG	2	10	543212	543221	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017761	TTGAA	2	10	543444	543453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017761	GTTTA	2	10	544909	544918	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017761	TACTT	2	10	593673	593682	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017761	TTTAT	2	10	610772	610781	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017761	AGGCT	2	10	612539	612548	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017761	TGATT	2	10	615045	615054	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017761	TCAAA	2	10	648024	648033	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017761	ATTTA	2	10	659630	659639	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017761	CTGTT	2	10	662752	662761	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017761	ATTTG	2	10	664503	664512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017761	AGAGT	2	10	668697	668706	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017761	GCTTT	2	10	702707	702716	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017761	TTAAT	2	10	703748	703757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017761	TAAAA	2	10	733312	733321	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017761	TTGCT	2	10	737700	737709	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017761	GCTAG	2	10	741804	741813	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017761	GCTTA	2	10	751521	751530	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017761	AAGTC	2	10	760403	760412	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017761	AACTT	2	10	775115	775124	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017761	TAATT	2	10	775127	775136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017761	AGTTA	2	10	787381	787390	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017761	GTATT	2	10	799651	799660	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017761	TTATA	2	10	807697	807706	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017761	TTTTA	2	10	808384	808393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017761	ATGAA	2	10	826316	826325	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017761	TTAAA	2	10	840470	840479	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017761	ATCAA	2	10	840483	840492	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017761	ATTGA	2	10	848632	848641	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017761	GAAAA	2	10	852423	852432	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017761	CTTGC	2	10	855984	855993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017761	AAATT	2	10	856051	856060	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017761	GGAGT	2	10	870616	870625	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017761	ATGGA	2	10	873805	873814	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017761	TGGGT	2	10	874234	874243	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017761	GGGCA	2	10	877500	877509	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017761	TTTTA	2	10	888573	888582	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017761	AAAGT	2	10	906112	906121	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017761	TGTGT	2	10	906181	906190	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017761	CACCG	2	10	919203	919212	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_017761	AATCT	2	10	930303	930312	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017761	TTCTA	2	10	934901	934910	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017761	AGGGG	2	10	947419	947428	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017761	TAAAA	2	10	964662	964671	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017761	ATTCT	2	10	968733	968742	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017761	AAAAT	2	10	975782	975791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017761	TTGTT	2	10	976594	976603	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017761	CTTAT	2	10	994796	994805	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017761	CATTT	2	10	994840	994849	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017761	ATTCT	2	10	1008029	1008038	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017761	TTTGT	2	10	1029917	1029926	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017761	AGCCT	2	10	1030030	1030039	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017761	AAATT	2	10	1039527	1039536	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017761	AGTGC	2	10	1053252	1053261	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017761	AAATA	2	10	1058533	1058542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017761	TAAAA	2	10	1072936	1072945	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017761	CAAAA	2	10	1096143	1096152	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017761	TTTCC	2	10	1099816	1099825	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017761	ACCTA	2	10	1107874	1107883	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017761	TAAAA	2	10	1110072	1110081	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017761	TTAAC	2	10	1117996	1118005	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017761	CTTAG	2	10	1124754	1124763	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017761	GCTCC	2	10	1128138	1128147	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_017761	CCTAC	2	10	1131401	1131410	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
137	NC_017761	AATAA	2	10	1133818	1133827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017761	CAAAG	2	10	1158525	1158534	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017761	CAAAG	2	10	1174002	1174011	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017761	AAAAT	2	10	1196612	1196621	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017761	TTATT	2	10	1201150	1201159	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017761	TCAAA	2	10	1216581	1216590	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017761	TGAGA	2	10	1233349	1233358	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017761	ATCTC	2	10	1236597	1236606	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017761	TTTTG	2	10	1293435	1293444	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017761	ATCCT	2	10	1305684	1305693	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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175	NC_017761	AAAAT	2	10	1542983	1542992	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_017761	CATCT	2	10	1748507	1748516	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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238	NC_017761	AAATT	2	10	2057900	2057909	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
239	NC_017761	ATTTT	2	10	2075323	2075332	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.