MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi112 chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017741	AAACAC	2	12	18040	18051	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017741	AGAAAA	2	12	54332	54343	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017741	GATGTG	2	12	56352	56363	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017741	GAAAAA	2	12	60749	60760	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017741	AGTAAT	2	12	70533	70544	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017741	TACAAA	2	12	87878	87889	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017741	GTTTTA	2	12	125554	125565	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017741	TAAAAA	2	12	161435	161446	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017741	TCAAAA	2	12	190766	190777	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017741	TTTTTG	2	12	202869	202880	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017741	TATAAT	2	12	218235	218246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017741	ATTAAA	2	12	231668	231679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017741	ACAATA	2	12	244646	244657	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017741	ATTTAT	2	12	266090	266101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017741	CACAAG	2	12	269237	269248	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017741	AGCTCA	2	12	272626	272637	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017741	AAACCA	2	12	275327	275338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017741	GATTAG	2	12	278031	278042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017741	TTTGAG	2	12	278161	278172	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017741	CTTTTT	2	12	278610	278621	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017741	GCTTTA	2	12	278642	278653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017741	TGTTTT	2	12	279449	279460	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017741	TATCGC	2	12	280413	280424	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017741	ATTTTA	2	12	303107	303118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017741	GATTTA	2	12	377223	377234	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017741	TTTGTG	2	12	394884	394895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017741	TTTGGC	2	12	414142	414153	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017741	TTTTCT	2	12	415013	415024	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017741	AAAAGT	2	12	444280	444291	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017741	AAAATA	2	12	488386	488397	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017741	GTAAAA	2	12	502307	502318	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017741	ATTTTT	2	12	513726	513737	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017741	TATTTT	2	12	524152	524163	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017741	AGTTTT	2	12	559652	559663	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017741	CACCCA	2	12	654000	654011	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017741	TAGGAT	2	12	665576	665587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017741	AAAGAA	2	12	666216	666227	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017741	TGAAGA	2	12	666428	666439	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017741	TTCAAA	2	12	667205	667216	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017741	ATTGTT	2	12	692801	692812	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017741	CTCATT	2	12	718737	718748	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017741	TCAATA	2	12	725992	726003	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017741	CTAACA	2	12	726272	726283	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017741	TTTGAT	2	12	820155	820166	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017741	TTAAAA	2	12	827239	827250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017741	TTAAAA	2	12	856986	856997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017741	TTTAAA	2	12	859999	860010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017741	CGCTCA	2	12	912205	912216	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017741	ATTAAA	2	12	923839	923850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017741	AAAACA	2	12	930170	930181	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017741	TTTCAT	2	12	952161	952172	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017741	ATTATA	2	12	968254	968265	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017741	TAAAAT	2	12	968279	968290	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017741	ATTGAA	2	12	975650	975661	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017741	TATCCT	2	12	1014816	1014827	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017741	TCTTTT	2	12	1024353	1024364	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017741	GCGCGA	2	12	1024366	1024377	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017741	TTATAC	2	12	1045307	1045318	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017741	GCAACA	2	12	1064310	1064321	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017741	TTTTAA	2	12	1089623	1089634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017741	TGAGCG	2	12	1098417	1098428	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017741	AAAACA	2	12	1141130	1141141	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017741	TGAGAA	2	12	1165729	1165740	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017741	TACTGC	2	12	1167357	1167368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017741	TTGTAT	2	12	1223797	1223808	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017741	ACTTAA	2	12	1240844	1240855	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017741	GTTAAA	2	12	1246728	1246739	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017741	TCATTT	2	12	1263073	1263084	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017741	AAACTT	2	12	1263096	1263107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017741	TTTTAG	2	12	1263452	1263463	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017741	CTTATA	2	12	1277930	1277941	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017741	ATTTTT	2	12	1297601	1297612	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017741	TAAAAA	2	12	1326463	1326474	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017741	TCTCTT	2	12	1359319	1359330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017741	AGTTTT	2	12	1410894	1410905	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017741	TTCTAA	2	12	1412863	1412874	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017741	AGAGCG	2	12	1416476	1416487	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017741	TAAAAA	2	12	1421402	1421413	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017741	TTTTAA	2	12	1435050	1435061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017741	CACAGC	2	12	1436404	1436415	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017741	TTATAC	2	12	1452545	1452556	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017741	AGCGGG	2	12	1459770	1459781	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017741	GTTTTA	2	12	1469969	1469980	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017741	TAAAAA	2	12	1470806	1470817	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017741	GCATTA	2	12	1483079	1483090	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017741	ATCAGC	2	12	1585463	1585474	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017741	ATTGCT	2	12	1612225	1612236	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.