MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi169 chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017740	ATTATA	2	12	1795	1806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017740	AAACAC	2	12	16132	16143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017740	TAGACT	2	12	40345	40356	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017740	TCTTTG	2	12	46675	46686	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017740	TGAAAT	2	12	47175	47186	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017740	GAGCGG	2	12	47354	47365	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017740	AGCGGG	2	12	59251	59262	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017740	AGTAAT	2	12	66801	66812	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017740	GTTTTA	2	12	124092	124103	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017740	TAAAAA	2	12	160244	160255	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017740	ATTCTT	2	12	178116	178127	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017740	CTCTTT	2	12	224717	224728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017740	AGCTTG	2	12	227144	227155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017740	TCTTGC	2	12	229050	229061	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017740	GTTATT	2	12	230387	230398	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017740	TTTTTA	2	12	231727	231738	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017740	TTAGAA	2	12	240263	240274	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017740	TATAAT	2	12	243454	243465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017740	ATTTTA	2	12	279764	279775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017740	GATTTA	2	12	355871	355882	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017740	ATTACA	2	12	408885	408896	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017740	TTTATT	2	12	411997	412008	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017740	AAAATA	2	12	465861	465872	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017740	TAAAAA	2	12	479780	479791	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017740	AAAATC	2	12	487405	487416	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017740	TATTTT	2	12	504753	504764	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017740	TTGTAA	2	12	550981	550992	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017740	TTTAAA	2	12	576419	576430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017740	TTAAAG	2	12	580678	580689	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017740	TTAGGG	2	12	590145	590156	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017740	ATTTTA	2	12	609255	609266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017740	AAAATC	2	12	616348	616359	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017740	CAAAGC	2	12	644655	644666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017740	AAGAGC	2	12	675055	675066	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017740	CTAAAG	2	12	703296	703307	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017740	AAGAAA	2	12	716682	716693	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017740	AATGAG	2	12	716718	716729	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017740	AAAAAT	2	12	724556	724567	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017740	TAAAAT	2	12	756736	756747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017740	CTAATC	2	12	774603	774614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017740	CGGCTT	2	12	786388	786399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017740	CTCAAT	2	12	806033	806044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017740	ATAAAA	2	12	856003	856014	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017740	TTATTT	2	12	914845	914856	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017740	AAAAAG	2	12	933985	933996	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017740	AAAGTG	2	12	953643	953654	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017740	TTGACT	2	12	954670	954681	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017740	ATTATA	2	12	954921	954932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017740	TAAAAT	2	12	954946	954957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017740	ATTGAA	2	12	962323	962334	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017740	TCAAAT	2	12	989066	989077	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017740	TATCCT	2	12	1005882	1005893	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017740	TTTTCT	2	12	1012855	1012866	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017740	TCTTTT	2	12	1014317	1014328	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017740	GCGCGA	2	12	1014330	1014341	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017740	GCTGAA	2	12	1024910	1024921	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017740	GCTTAG	2	12	1039637	1039648	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017740	TTATAC	2	12	1041241	1041252	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017740	CTAAAA	2	12	1048426	1048437	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017740	ATGCCA	2	12	1120842	1120853	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017740	AACGCT	2	12	1170958	1170969	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017740	ACCCTA	2	12	1219005	1219016	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017740	TTGATA	2	12	1220107	1220118	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017740	TTGTAT	2	12	1222865	1222876	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017740	GTTAAA	2	12	1245743	1245754	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017740	TCATTT	2	12	1262102	1262113	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017740	AAACTT	2	12	1262125	1262136	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017740	ACCCTA	2	12	1266661	1266672	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017740	ATTTTT	2	12	1293445	1293456	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017740	AATAAA	2	12	1311433	1311444	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017740	TAAAAA	2	12	1321528	1321539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017740	ATCCTA	2	12	1404297	1404308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017740	TCTAAA	2	12	1404803	1404814	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017740	CTTTAG	2	12	1405305	1405316	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017740	TTGATA	2	12	1405421	1405432	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017740	AGTTTT	2	12	1405909	1405920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017740	TTATAC	2	12	1409119	1409130	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017740	AGCGGG	2	12	1416345	1416356	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017740	TGTTTA	2	12	1418610	1418621	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017740	AAAGAC	2	12	1419506	1419517	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017740	GTTTTA	2	12	1426300	1426311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017740	TAAAAA	2	12	1427137	1427148	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017740	CTAAGT	2	12	1437066	1437077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017740	AAACAA	2	12	1439354	1439365	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017740	TCTTTT	2	12	1518098	1518109	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017740	CCTCTT	2	12	1519247	1519258	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017740	CTTTTT	2	12	1520357	1520368	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.