MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi417 chromosome

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017739	AAACAC	2	12	16121	16132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017739	TAGACT	3	18	40342	40359	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017739	AGATAA	2	12	53982	53993	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017739	AAAATC	2	12	54299	54310	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017739	GATGTG	2	12	56002	56013	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017739	GAAAAA	2	12	60399	60410	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017739	AGTAAT	2	12	70187	70198	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017739	GTTTTA	2	12	127732	127743	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017739	TAAAAA	2	12	163865	163876	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017739	ATTCTT	2	12	181731	181742	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017739	TATAAT	2	12	207722	207733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017739	ATTAAA	2	12	221159	221170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017739	ATTTTA	2	12	244040	244051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017739	ATTTCA	2	12	299114	299125	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017739	TTTATT	2	12	372432	372443	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017739	AAAATA	2	12	424175	424186	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017739	TAAAAA	2	12	438184	438195	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017739	TATTTT	2	12	463157	463168	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017739	TTTAAT	2	12	473005	473016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017739	TTTGGA	2	12	486535	486546	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017739	TTGTAA	2	12	509451	509462	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017739	TGGAAA	2	12	517316	517327	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017739	TTTAAA	2	12	534728	534739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017739	TTAAAG	2	12	538980	538991	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017739	TTAGGG	2	12	548428	548439	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017739	ATTTTA	2	12	567527	567538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017739	AAAATC	2	12	574620	574631	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017739	AAAAAC	2	12	621217	621228	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017739	AAGAGC	2	12	633240	633251	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017739	AAGAAA	2	12	673654	673665	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017739	AATGAG	2	12	673690	673701	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017739	AAAAAT	2	12	679507	679518	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017739	AGCTTG	2	12	719546	719557	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017739	TTGGCG	2	12	725087	725098	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017739	CGGCTT	2	12	737230	737241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017739	GAAAAA	2	12	837202	837213	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017739	AAAACT	2	12	837367	837378	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017739	ATTTTT	2	12	864211	864222	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017739	ATTATA	2	12	906891	906902	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017739	TAAAAT	2	12	906916	906927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017739	ATTGAA	2	12	914287	914298	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017739	TATCCT	2	12	957768	957779	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017739	TATGGG	2	12	968145	968156	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017739	GCTGAA	2	12	977145	977156	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017739	GCTTAG	2	12	1004055	1004066	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017739	CCTATA	2	12	1023525	1023536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017739	TTTTAA	2	12	1049545	1049556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017739	ATTTGA	2	12	1073745	1073756	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017739	AACGCT	2	12	1132386	1132397	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017739	TAGTAA	2	12	1148647	1148658	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017739	AGCCTG	2	12	1150060	1150071	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017739	CTCTTT	2	12	1171299	1171310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017739	AGCTTG	2	12	1173726	1173737	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017739	TCTTGC	2	12	1175632	1175643	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017739	GTTATT	2	12	1176963	1176974	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017739	TTTTTA	2	12	1178303	1178314	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017739	TTAGAA	2	12	1186840	1186851	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017739	TTGTAT	2	12	1221661	1221672	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017739	ACTTAA	2	12	1238701	1238712	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017739	AAACTT	2	12	1260993	1261004	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017739	ACCCTA	2	12	1265530	1265541	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017739	ATTTTT	2	12	1291854	1291865	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017739	AATAAA	2	12	1309842	1309853	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017739	TAAAAA	2	12	1319926	1319937	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017739	AGTTTT	2	12	1404333	1404344	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017739	CTAAAA	2	12	1414792	1414803	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017739	AGCGGG	2	12	1418487	1418498	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017739	GTTTTA	2	12	1428442	1428453	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017739	TAAAAA	2	12	1429279	1429290	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017739	ATAGGG	2	12	1442288	1442299	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017739	TTTATA	2	12	1472262	1472273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017739	CCTAAT	2	12	1549961	1549972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017739	CTTTTT	2	12	1550153	1550164	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017739	TTGGTT	2	12	1552887	1552898	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017739	CTTTAT	2	12	1587453	1587464	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017739	TTGCTA	2	12	1614433	1614444	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.