MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi417 chromosome

Total Repeats: 235

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017739	GAAAC	2	10	4645	4654	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017739	TAAAA	2	10	5249	5258	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017739	ATAAA	2	10	5268	5277	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017739	GCTTT	2	10	11399	11408	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017739	ATACC	2	10	23001	23010	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017739	ATTAT	2	10	53220	53229	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017739	TTAAA	2	10	53274	53283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017739	ACAAA	2	10	53304	53313	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017739	AAAGA	2	10	53885	53894	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017739	TATCC	2	10	56711	56720	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017739	ATTGG	2	10	59285	59294	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017739	CTACT	2	10	59368	59377	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017739	CAATA	2	10	59507	59516	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017739	AAGAT	2	10	59941	59950	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017739	TTTTA	2	10	70280	70289	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017739	TTACA	2	10	72165	72174	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017739	ATAAG	2	10	86465	86474	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017739	TAAAA	2	10	86537	86546	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017739	GGCTT	2	10	90953	90962	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017739	AATTT	2	10	95644	95653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017739	CAAAA	2	10	102335	102344	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017739	TTTAT	2	10	104813	104822	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017739	TTAAT	2	10	111190	111199	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017739	CAATC	2	10	120429	120438	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017739	TAATA	2	10	139608	139617	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017739	CAAAT	2	10	152342	152351	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017739	AACAA	2	10	159605	159614	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017739	TTTAA	2	10	176675	176684	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017739	AGAGG	2	10	183183	183192	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017739	TTGTT	2	10	199890	199899	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017739	AAACA	2	10	200937	200946	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017739	AAAAC	2	10	219650	219659	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017739	TAAAA	2	10	233214	233223	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017739	AAATT	2	10	244080	244089	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017739	CAATC	2	10	253116	253125	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017739	AAATA	2	10	271963	271972	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017739	GTTTT	2	10	277577	277586	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017739	TAAAA	2	10	298768	298777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017739	ACGGG	2	10	299474	299483	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017739	TTATA	2	10	318876	318885	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017739	AAGTT	2	10	325747	325756	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017739	AAAAC	2	10	354672	354681	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017739	AATCA	2	10	399659	399668	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017739	AAAGG	2	10	412391	412400	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017739	TTAAT	2	10	414002	414011	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017739	CCTTG	2	10	418806	418815	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017739	ATAAA	2	10	424205	424214	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017739	AAAAT	2	10	424238	424247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017739	GTTTT	2	10	432292	432301	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017739	AAAGC	2	10	437373	437382	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017739	TAACA	2	10	444965	444974	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017739	ATTGA	2	10	446324	446333	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017739	AATAA	2	10	446354	446363	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017739	TAAAA	2	10	446448	446457	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017739	AAAAT	2	10	451099	451108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017739	TATCC	2	10	461364	461373	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017739	TCAAA	2	10	464647	464656	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017739	AGTTT	2	10	468524	468533	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017739	ATTTT	2	10	469790	469799	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017739	TAACT	2	10	472865	472874	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017739	AGGCT	2	10	481172	481181	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017739	TTTAT	2	10	486363	486372	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017739	TAAAA	2	10	486648	486657	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017739	ATTTA	2	10	511972	511981	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017739	GCATT	2	10	528260	528269	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017739	TTTCT	2	10	528298	528307	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017739	ATTTT	2	10	534670	534679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017739	TTGTA	2	10	538718	538727	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017739	AACGA	2	10	552738	552747	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017739	TAAGG	2	10	574327	574336	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017739	ATTTT	2	10	574554	574563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017739	TTTAA	2	10	606478	606487	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017739	TTGCG	2	10	621567	621576	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017739	ATCTT	2	10	622542	622551	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017739	TTTAA	2	10	630044	630053	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017739	CTTAT	2	10	676203	676212	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017739	ATTAA	2	10	679440	679449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017739	AAAAC	2	10	682625	682634	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017739	AGGAA	2	10	684792	684801	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017739	TTCTA	2	10	693171	693180	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017739	AAGAT	2	10	703885	703894	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017739	ATCAA	2	10	706824	706833	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017739	ATTAA	2	10	709263	709272	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017739	ACCAC	2	10	715447	715456	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017739	TTGAT	2	10	718873	718882	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017739	TGCTT	2	10	720208	720217	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017739	TCTTT	2	10	750346	750355	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017739	AAACC	2	10	757019	757028	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017739	TATAA	2	10	772526	772535	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017739	TTTTA	2	10	777074	777083	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017739	TTTGT	2	10	782949	782958	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017739	ATAAA	2	10	823412	823421	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017739	TGAAA	2	10	837097	837106	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017739	TTTTA	2	10	840254	840263	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017739	TTTAA	2	10	859412	859421	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017739	ATTTT	2	10	864130	864139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017739	CTAAA	2	10	869777	869786	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017739	TATAA	2	10	872234	872243	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017739	GAAAG	2	10	875378	875387	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017739	AAATC	2	10	886663	886672	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017739	TCAAG	2	10	924169	924178	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017739	AAGAA	2	10	935182	935191	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017739	AATGC	2	10	935221	935230	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017739	GTTTG	2	10	935279	935288	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017739	ATTTT	2	10	1004653	1004662	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017739	TTCAA	2	10	1006164	1006173	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017739	CTCAT	2	10	1006394	1006403	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017739	TCACT	2	10	1007873	1007882	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017739	TACTT	2	10	1008176	1008185	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017739	TAAAT	2	10	1008537	1008546	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017739	TTAAA	2	10	1008553	1008562	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017739	TTAAA	2	10	1008570	1008579	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017739	TTAAA	2	10	1008587	1008596	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017739	TTAAA	2	10	1008604	1008613	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017739	TTAAA	2	10	1008701	1008710	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017739	CAATA	2	10	1023118	1023127	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017739	AAAAT	2	10	1032082	1032091	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017739	AATTG	2	10	1049461	1049470	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017739	ATAAA	2	10	1053523	1053532	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017739	TAAAA	2	10	1064529	1064538	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017739	TGAAA	2	10	1078330	1078339	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017739	TATCT	2	10	1091607	1091616	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017739	AAATC	2	10	1093714	1093723	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017739	AAAAC	2	10	1098558	1098567	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017739	CCGCT	2	10	1102722	1102731	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_017739	ATTTT	2	10	1108210	1108219	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017739	AAAAC	2	10	1109331	1109340	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017739	TTCAT	2	10	1109611	1109620	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017739	AAAAT	2	10	1111981	1111990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017739	GATTT	2	10	1128185	1128194	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017739	AATTT	2	10	1128221	1128230	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017739	AAAAC	2	10	1128927	1128936	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017739	CACGA	2	10	1129651	1129660	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017739	TTACC	2	10	1130449	1130458	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017739	TTAAA	2	10	1138876	1138885	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017739	AAAAG	2	10	1140467	1140476	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017739	ATTAT	2	10	1157588	1157597	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017739	ATCAA	2	10	1157816	1157825	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017739	CAAAA	2	10	1158053	1158062	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017739	TGTAG	2	10	1164375	1164384	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017739	TTAAA	2	10	1164440	1164449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017739	GCTTT	2	10	1167641	1167650	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017739	TTAAA	2	10	1170264	1170273	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017739	TTGTT	2	10	1170431	1170440	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017739	CATAG	2	10	1171557	1171566	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017739	TTGCT	2	10	1172998	1173007	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017739	CAATT	2	10	1177167	1177176	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.