MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pSLT_SL1344

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017720	ACCAGC	2	12	892	903	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386730661
2	NC_017720	CATCGT	2	12	1371	1382	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017720	CCACAT	2	12	3894	3905	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386730662
4	NC_017720	ACCGTC	2	12	4415	4426	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386730662
5	NC_017720	CCCGCT	2	12	5316	5327	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386730662
6	NC_017720	GGCTGT	2	12	7656	7667	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386730664
7	NC_017720	ACGGTT	2	12	8282	8293	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386730664
8	NC_017720	TAACTG	2	12	13233	13244	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386730667
9	NC_017720	ACCTTA	2	12	25272	25283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017720	CCACTG	2	12	25368	25379	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017720	CGGCAC	2	12	28653	28664	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386730685
12	NC_017720	GGCAGC	2	12	29142	29153	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386730685
13	NC_017720	ATAAAA	2	12	30454	30465	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386730687
14	NC_017720	TATGAA	2	12	31250	31261	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017720	AATTTT	2	12	33145	33156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017720	TGGAGT	2	12	33206	33217	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017720	AGCGCC	2	12	37960	37971	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386730696
18	NC_017720	ACTGGC	2	12	38499	38510	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386730696
19	NC_017720	GAACAG	7	42	40087	40128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017720	CCAGCG	2	12	53726	53737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386730715
21	NC_017720	AGTCCG	2	12	56320	56331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017720	GGTAAG	2	12	59341	59352	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386730720
23	NC_017720	CAGATT	2	12	62460	62471	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017720	GCGCTG	2	12	64030	64041	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386730724
25	NC_017720	CCACCG	2	12	64972	64983	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386730724
26	NC_017720	CAAAAT	2	12	65018	65029	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386730724
27	NC_017720	AATCTA	2	12	65948	65959	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017720	TGCGCC	2	12	69446	69457	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386730730
29	NC_017720	ACAGGG	2	12	70745	70756	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017720	CAGGCT	2	12	71286	71297	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386730732
31	NC_017720	GCTGTC	2	12	73708	73719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730737
32	NC_017720	CACTGT	2	12	73720	73731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386730737
33	NC_017720	AAAATT	2	12	74340	74351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017720	AACAGA	2	12	75465	75476	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386730739
35	NC_017720	GGACAA	2	12	76189	76200	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017720	TGGATA	2	12	76452	76463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730740
37	NC_017720	AATGTG	2	12	79694	79705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017720	TACCAA	2	12	84524	84535	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386730747
39	NC_017720	CGGGAG	2	12	87691	87702	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386730751
40	NC_017720	CGGGGA	2	12	87820	87831	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386730751
41	NC_017720	CGTGGT	2	12	88023	88034	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386730751
42	NC_017720	GCCGGT	2	12	88629	88640	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386730752
43	NC_017720	TGGATG	2	12	89310	89321	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386730753
44	NC_017720	TGTCAG	2	12	89623	89634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386730753
45	NC_017720	ACCACG	2	12	90141	90152	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017720	CGGATT	2	12	91866	91877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386730755

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.