MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pSLT_SL1344

Total Repeats: 232

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017720	CACG	2	8	281	288	25 %	0 %	25 %	50 %	386730660
2	NC_017720	ACTG	2	8	367	374	25 %	25 %	25 %	25 %	386730660
3	NC_017720	CAGC	2	8	452	459	25 %	0 %	25 %	50 %	386730660
4	NC_017720	AGGC	2	8	829	836	25 %	0 %	50 %	25 %	386730661
5	NC_017720	CTGC	2	8	1710	1717	0 %	25 %	25 %	50 %	386730662
6	NC_017720	CCAG	2	8	1913	1920	25 %	0 %	25 %	50 %	386730662
7	NC_017720	CGGC	2	8	2177	2184	0 %	0 %	50 %	50 %	386730662
8	NC_017720	GGTC	2	8	3583	3590	0 %	25 %	50 %	25 %	386730662
9	NC_017720	CTGA	2	8	4009	4016	25 %	25 %	25 %	25 %	386730662
10	NC_017720	CCAG	2	8	4743	4750	25 %	0 %	25 %	50 %	386730662
11	NC_017720	GACA	2	8	5485	5492	50 %	0 %	25 %	25 %	386730662
12	NC_017720	CCGC	2	8	5760	5767	0 %	0 %	25 %	75 %	386730662
13	NC_017720	GTCC	2	8	6270	6277	0 %	25 %	25 %	50 %	386730662
14	NC_017720	TCAG	2	8	6347	6354	25 %	25 %	25 %	25 %	386730662
15	NC_017720	GCCG	2	8	6861	6868	0 %	0 %	50 %	50 %	386730663
16	NC_017720	GAAA	2	8	7125	7132	75 %	0 %	25 %	0 %	386730663
17	NC_017720	GTTT	2	8	7151	7158	0 %	75 %	25 %	0 %	386730663
18	NC_017720	GCCG	2	8	7187	7194	0 %	0 %	50 %	50 %	386730663
19	NC_017720	CACG	2	8	7275	7282	25 %	0 %	25 %	50 %	386730663
20	NC_017720	GTGG	2	8	7332	7339	0 %	25 %	75 %	0 %	386730663
21	NC_017720	CAGC	2	8	8390	8397	25 %	0 %	25 %	50 %	386730664
22	NC_017720	AGGT	2	8	8577	8584	25 %	25 %	50 %	0 %	386730664
23	NC_017720	TTGA	2	8	8601	8608	25 %	50 %	25 %	0 %	386730664
24	NC_017720	GTCC	2	8	8685	8692	0 %	25 %	25 %	50 %	386730664
25	NC_017720	CTTC	2	8	8713	8720	0 %	50 %	0 %	50 %	386730664
26	NC_017720	AGCC	2	8	8918	8925	25 %	0 %	25 %	50 %	386730664
27	NC_017720	ACTG	2	8	8951	8958	25 %	25 %	25 %	25 %	386730664
28	NC_017720	TTAA	2	8	9315	9322	50 %	50 %	0 %	0 %	386730664
29	NC_017720	CTGA	2	8	9464	9471	25 %	25 %	25 %	25 %	386730664
30	NC_017720	CCGT	2	8	10487	10494	0 %	25 %	25 %	50 %	386730665
31	NC_017720	AATA	2	8	11027	11034	75 %	25 %	0 %	0 %	386730666
32	NC_017720	TATT	2	8	11289	11296	25 %	75 %	0 %	0 %	386730667
33	NC_017720	CTGG	2	8	11996	12003	0 %	25 %	50 %	25 %	386730667
34	NC_017720	CAAT	2	8	12045	12052	50 %	25 %	0 %	25 %	386730667
35	NC_017720	CTGC	2	8	12391	12398	0 %	25 %	25 %	50 %	386730667
36	NC_017720	ATAC	2	8	12928	12935	50 %	25 %	0 %	25 %	386730667
37	NC_017720	CTGG	2	8	13202	13209	0 %	25 %	50 %	25 %	386730667
38	NC_017720	CTGG	2	8	13214	13221	0 %	25 %	50 %	25 %	386730667
39	NC_017720	TCAT	2	8	14168	14175	25 %	50 %	0 %	25 %	386730668
40	NC_017720	CGGT	2	8	14585	14592	0 %	25 %	50 %	25 %	386730668
41	NC_017720	GGCA	2	8	14599	14606	25 %	0 %	50 %	25 %	386730668
42	NC_017720	GCCC	2	8	14790	14797	0 %	0 %	25 %	75 %	386730668
43	NC_017720	ATCC	2	8	15419	15426	25 %	25 %	0 %	50 %	386730669
44	NC_017720	GTCC	2	8	15595	15602	0 %	25 %	25 %	50 %	386730669
45	NC_017720	ACGC	2	8	15992	15999	25 %	0 %	25 %	50 %	386730670
46	NC_017720	ACGG	2	8	16502	16509	25 %	0 %	50 %	25 %	386730671
47	NC_017720	CAGC	2	8	16742	16749	25 %	0 %	25 %	50 %	386730671
48	NC_017720	GCCT	2	8	17419	17426	0 %	25 %	25 %	50 %	386730673
49	NC_017720	GCAG	2	8	18086	18093	25 %	0 %	50 %	25 %	386730673
50	NC_017720	TTCC	2	8	18242	18249	0 %	50 %	0 %	50 %	386730673
51	NC_017720	CCAC	2	8	18332	18339	25 %	0 %	0 %	75 %	386730673
52	NC_017720	CCTT	2	8	18891	18898	0 %	50 %	0 %	50 %	386730673
53	NC_017720	CCTG	2	8	19732	19739	0 %	25 %	25 %	50 %	386730674
54	NC_017720	ATAA	2	8	20342	20349	75 %	25 %	0 %	0 %	386730675
55	NC_017720	TCCA	2	8	20432	20439	25 %	25 %	0 %	50 %	386730675
56	NC_017720	GTCC	2	8	21112	21119	0 %	25 %	25 %	50 %	386730676
57	NC_017720	CGTC	2	8	21348	21355	0 %	25 %	25 %	50 %	386730676
58	NC_017720	AGGG	2	8	23329	23336	25 %	0 %	75 %	0 %	386730679
59	NC_017720	GCCC	2	8	23793	23800	0 %	0 %	25 %	75 %	386730679
60	NC_017720	CCGC	2	8	23963	23970	0 %	0 %	25 %	75 %	386730679
61	NC_017720	CTTC	2	8	23984	23991	0 %	50 %	0 %	50 %	386730679
62	NC_017720	GCAG	2	8	24026	24033	25 %	0 %	50 %	25 %	386730679
63	NC_017720	CTTC	2	8	24233	24240	0 %	50 %	0 %	50 %	386730679
64	NC_017720	ACGG	2	8	24244	24251	25 %	0 %	50 %	25 %	386730679
65	NC_017720	CCTG	2	8	24521	24528	0 %	25 %	25 %	50 %	386730679
66	NC_017720	GGAT	3	12	24601	24612	25 %	25 %	50 %	0 %	386730679
67	NC_017720	TTCC	2	8	24821	24828	0 %	50 %	0 %	50 %	386730679
68	NC_017720	GCTG	2	8	24953	24960	0 %	25 %	50 %	25 %	386730679
69	NC_017720	TCAT	2	8	25090	25097	25 %	50 %	0 %	25 %	386730679
70	NC_017720	TGCC	2	8	26131	26138	0 %	25 %	25 %	50 %	386730681
71	NC_017720	TTAA	2	8	26477	26484	50 %	50 %	0 %	0 %	386730682
72	NC_017720	ACGG	2	8	26502	26509	25 %	0 %	50 %	25 %	386730682
73	NC_017720	GTTC	2	8	26924	26931	0 %	50 %	25 %	25 %	386730682
74	NC_017720	CAGA	2	8	27039	27046	50 %	0 %	25 %	25 %	386730683
75	NC_017720	CAGC	2	8	27734	27741	25 %	0 %	25 %	50 %	386730684
76	NC_017720	GTAC	2	8	28378	28385	25 %	25 %	25 %	25 %	386730685
77	NC_017720	AGGG	2	8	28594	28601	25 %	0 %	75 %	0 %	386730685
78	NC_017720	CCAG	2	8	29171	29178	25 %	0 %	25 %	50 %	386730685
79	NC_017720	GCTG	2	8	29287	29294	0 %	25 %	50 %	25 %	386730686
80	NC_017720	CAGA	2	8	29425	29432	50 %	0 %	25 %	25 %	386730686
81	NC_017720	CCGG	2	8	29433	29440	0 %	0 %	50 %	50 %	386730686
82	NC_017720	GGCA	2	8	29483	29490	25 %	0 %	50 %	25 %	386730686
83	NC_017720	CGGA	2	8	29637	29644	25 %	0 %	50 %	25 %	386730686
84	NC_017720	CCAG	2	8	29981	29988	25 %	0 %	25 %	50 %	386730687
85	NC_017720	ACAG	2	8	30735	30742	50 %	0 %	25 %	25 %	386730688
86	NC_017720	AATT	2	8	30750	30757	50 %	50 %	0 %	0 %	386730688
87	NC_017720	TGGT	2	8	30787	30794	0 %	50 %	50 %	0 %	386730688
88	NC_017720	TTAA	2	8	31574	31581	50 %	50 %	0 %	0 %	386730690
89	NC_017720	TGAA	2	8	31659	31666	50 %	25 %	25 %	0 %	386730691
90	NC_017720	GTTC	2	8	31818	31825	0 %	50 %	25 %	25 %	386730691
91	NC_017720	AAAT	2	8	31897	31904	75 %	25 %	0 %	0 %	386730691
92	NC_017720	TATT	2	8	32216	32223	25 %	75 %	0 %	0 %	386730691
93	NC_017720	TTCT	2	8	32244	32251	0 %	75 %	0 %	25 %	386730691
94	NC_017720	TCTG	2	8	32651	32658	0 %	50 %	25 %	25 %	386730692
95	NC_017720	CTGT	2	8	33274	33281	0 %	50 %	25 %	25 %	386730693
96	NC_017720	GGAA	2	8	33383	33390	50 %	0 %	50 %	0 %	386730693
97	NC_017720	CCTG	2	8	33524	33531	0 %	25 %	25 %	50 %	386730693
98	NC_017720	CCCG	2	8	33718	33725	0 %	0 %	25 %	75 %	386730693
99	NC_017720	GGGC	2	8	35994	36001	0 %	0 %	75 %	25 %	386730694
100	NC_017720	GGCT	2	8	36064	36071	0 %	25 %	50 %	25 %	386730694
101	NC_017720	AGCG	2	8	36861	36868	25 %	0 %	50 %	25 %	386730696
102	NC_017720	CCAC	2	8	37697	37704	25 %	0 %	0 %	75 %	386730696
103	NC_017720	CAGC	2	8	38000	38007	25 %	0 %	25 %	50 %	386730696
104	NC_017720	AGCC	2	8	38025	38032	25 %	0 %	25 %	50 %	386730696
105	NC_017720	AGGG	2	8	38319	38326	25 %	0 %	75 %	0 %	386730696
106	NC_017720	CAGG	2	8	38845	38852	25 %	0 %	50 %	25 %	386730697
107	NC_017720	TGTC	2	8	38875	38882	0 %	50 %	25 %	25 %	386730697
108	NC_017720	TGGC	2	8	39098	39105	0 %	25 %	50 %	25 %	386730698
109	NC_017720	CCTG	2	8	39322	39329	0 %	25 %	25 %	50 %	386730698
110	NC_017720	GACC	2	8	39418	39425	25 %	0 %	25 %	50 %	386730698
111	NC_017720	CTTT	2	8	40390	40397	0 %	75 %	0 %	25 %	386730699
112	NC_017720	GCGA	2	8	41357	41364	25 %	0 %	50 %	25 %	386730701
113	NC_017720	CAGC	2	8	41550	41557	25 %	0 %	25 %	50 %	386730701
114	NC_017720	GAAG	2	8	41837	41844	50 %	0 %	50 %	0 %	386730702
115	NC_017720	GATG	2	8	41899	41906	25 %	25 %	50 %	0 %	386730702
116	NC_017720	CGGC	2	8	41962	41969	0 %	0 %	50 %	50 %	386730702
117	NC_017720	GTCC	2	8	42363	42370	0 %	25 %	25 %	50 %	386730703
118	NC_017720	GCCA	2	8	42791	42798	25 %	0 %	25 %	50 %	386730703
119	NC_017720	GCCC	2	8	43096	43103	0 %	0 %	25 %	75 %	386730704
120	NC_017720	GGTC	2	8	44273	44280	0 %	25 %	50 %	25 %	386730706
121	NC_017720	GCCA	2	8	45233	45240	25 %	0 %	25 %	50 %	386730708
122	NC_017720	GCCG	2	8	46152	46159	0 %	0 %	50 %	50 %	386730709
123	NC_017720	GAAA	2	8	46251	46258	75 %	0 %	25 %	0 %	386730709
124	NC_017720	CGTT	2	8	46865	46872	0 %	50 %	25 %	25 %	386730710
125	NC_017720	GACC	2	8	46906	46913	25 %	0 %	25 %	50 %	386730710
126	NC_017720	AACG	2	8	46999	47006	50 %	0 %	25 %	25 %	386730710
127	NC_017720	GGCA	2	8	47281	47288	25 %	0 %	50 %	25 %	386730710
128	NC_017720	AGGC	2	8	47515	47522	25 %	0 %	50 %	25 %	386730710
129	NC_017720	TTTG	2	8	47567	47574	0 %	75 %	25 %	0 %	386730710
130	NC_017720	GAGC	2	8	47597	47604	25 %	0 %	50 %	25 %	386730710
131	NC_017720	TTGA	2	8	48330	48337	25 %	50 %	25 %	0 %	386730711
132	NC_017720	GTCA	2	8	48747	48754	25 %	25 %	25 %	25 %	386730711
133	NC_017720	TCGA	2	8	49128	49135	25 %	25 %	25 %	25 %	386730712
134	NC_017720	GGCT	2	8	49153	49160	0 %	25 %	50 %	25 %	386730712
135	NC_017720	TACA	2	8	49681	49688	50 %	25 %	0 %	25 %	386730712
136	NC_017720	GCTG	2	8	50844	50851	0 %	25 %	50 %	25 %	386730713
137	NC_017720	GCAG	2	8	51091	51098	25 %	0 %	50 %	25 %	386730713
138	NC_017720	CTGA	2	8	51344	51351	25 %	25 %	25 %	25 %	386730713
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.