MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pSLT_SL1344

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017720	CG	3	6	42	47	0 %	0 %	50 %	50 %	386730660
2	NC_017720	TG	3	6	233	238	0 %	50 %	50 %	0 %	386730660
3	NC_017720	TC	3	6	1285	1290	0 %	50 %	0 %	50 %	386730661
4	NC_017720	TG	3	6	4280	4285	0 %	50 %	50 %	0 %	386730662
5	NC_017720	TC	3	6	4593	4598	0 %	50 %	0 %	50 %	386730662
6	NC_017720	CT	3	6	4871	4876	0 %	50 %	0 %	50 %	386730662
7	NC_017720	GC	3	6	5022	5027	0 %	0 %	50 %	50 %	386730662
8	NC_017720	CG	3	6	6052	6057	0 %	0 %	50 %	50 %	386730662
9	NC_017720	TG	3	6	6339	6344	0 %	50 %	50 %	0 %	386730662
10	NC_017720	TG	3	6	8364	8369	0 %	50 %	50 %	0 %	386730664
11	NC_017720	CG	3	6	8805	8810	0 %	0 %	50 %	50 %	386730664
12	NC_017720	CA	3	6	9182	9187	50 %	0 %	0 %	50 %	386730664
13	NC_017720	GA	3	6	9814	9819	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017720	GC	3	6	12268	12273	0 %	0 %	50 %	50 %	386730667
15	NC_017720	AG	3	6	12767	12772	50 %	0 %	50 %	0 %	386730667
16	NC_017720	GA	3	6	12817	12822	50 %	0 %	50 %	0 %	386730667
17	NC_017720	CA	3	6	13517	13522	50 %	0 %	0 %	50 %	386730667
18	NC_017720	TG	3	6	15251	15256	0 %	50 %	50 %	0 %	386730668
19	NC_017720	GT	3	6	15481	15486	0 %	50 %	50 %	0 %	386730669
20	NC_017720	GA	3	6	15920	15925	50 %	0 %	50 %	0 %	386730669
21	NC_017720	AT	3	6	16234	16239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017720	GC	3	6	17465	17470	0 %	0 %	50 %	50 %	386730673
23	NC_017720	TG	3	6	18601	18606	0 %	50 %	50 %	0 %	386730673
24	NC_017720	CT	3	6	18729	18734	0 %	50 %	0 %	50 %	386730673
25	NC_017720	GC	3	6	18833	18838	0 %	0 %	50 %	50 %	386730673
26	NC_017720	CT	3	6	20621	20626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017720	AC	3	6	21605	21610	50 %	0 %	0 %	50 %	386730676
28	NC_017720	CG	3	6	22023	22028	0 %	0 %	50 %	50 %	386730677
29	NC_017720	GC	3	6	22315	22320	0 %	0 %	50 %	50 %	386730678
30	NC_017720	CG	3	6	23022	23027	0 %	0 %	50 %	50 %	386730679
31	NC_017720	CG	3	6	24472	24477	0 %	0 %	50 %	50 %	386730679
32	NC_017720	TG	3	6	24673	24678	0 %	50 %	50 %	0 %	386730679
33	NC_017720	GC	3	6	24767	24772	0 %	0 %	50 %	50 %	386730679
34	NC_017720	AC	3	6	24973	24978	50 %	0 %	0 %	50 %	386730679
35	NC_017720	CG	3	6	24989	24994	0 %	0 %	50 %	50 %	386730679
36	NC_017720	AC	3	6	25953	25958	50 %	0 %	0 %	50 %	386730680
37	NC_017720	AC	3	6	26167	26172	50 %	0 %	0 %	50 %	386730681
38	NC_017720	GA	3	6	26629	26634	50 %	0 %	50 %	0 %	386730682
39	NC_017720	GC	3	6	26953	26958	0 %	0 %	50 %	50 %	386730682
40	NC_017720	CG	3	6	28389	28394	0 %	0 %	50 %	50 %	386730685
41	NC_017720	CA	3	6	29406	29411	50 %	0 %	0 %	50 %	386730686
42	NC_017720	AT	3	6	30214	30219	50 %	50 %	0 %	0 %	386730687
43	NC_017720	CT	3	6	31468	31473	0 %	50 %	0 %	50 %	386730690
44	NC_017720	GC	3	6	31567	31572	0 %	0 %	50 %	50 %	386730690
45	NC_017720	GA	4	8	31844	31851	50 %	0 %	50 %	0 %	386730691
46	NC_017720	GA	3	6	32575	32580	50 %	0 %	50 %	0 %	386730692
47	NC_017720	TC	3	6	32756	32761	0 %	50 %	0 %	50 %	386730692
48	NC_017720	TA	4	8	32821	32828	50 %	50 %	0 %	0 %	386730692
49	NC_017720	GA	3	6	33339	33344	50 %	0 %	50 %	0 %	386730693
50	NC_017720	AT	3	6	33785	33790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017720	TG	3	6	34440	34445	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017720	TA	3	6	34870	34875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017720	CG	3	6	35576	35581	0 %	0 %	50 %	50 %	386730694
54	NC_017720	GC	3	6	35764	35769	0 %	0 %	50 %	50 %	386730694
55	NC_017720	GC	3	6	36661	36666	0 %	0 %	50 %	50 %	386730696
56	NC_017720	CA	3	6	37259	37264	50 %	0 %	0 %	50 %	386730696
57	NC_017720	GC	3	6	37429	37434	0 %	0 %	50 %	50 %	386730696
58	NC_017720	CG	3	6	38121	38126	0 %	0 %	50 %	50 %	386730696
59	NC_017720	CT	3	6	38389	38394	0 %	50 %	0 %	50 %	386730696
60	NC_017720	GT	3	6	39300	39305	0 %	50 %	50 %	0 %	386730698
61	NC_017720	GC	3	6	39887	39892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017720	CA	3	6	40159	40164	50 %	0 %	0 %	50 %	386730699
63	NC_017720	CT	3	6	40329	40334	0 %	50 %	0 %	50 %	386730699
64	NC_017720	CG	3	6	40613	40618	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017720	GC	3	6	40997	41002	0 %	0 %	50 %	50 %	386730700
66	NC_017720	CA	3	6	42136	42141	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017720	GC	3	6	43601	43606	0 %	0 %	50 %	50 %	386730705
68	NC_017720	GC	3	6	43723	43728	0 %	0 %	50 %	50 %	386730706
69	NC_017720	AT	3	6	43789	43794	50 %	50 %	0 %	0 %	386730706
70	NC_017720	GT	4	8	43867	43874	0 %	50 %	50 %	0 %	386730706
71	NC_017720	GC	3	6	44296	44301	0 %	0 %	50 %	50 %	386730706
72	NC_017720	TA	3	6	46034	46039	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017720	CG	3	6	46601	46606	0 %	0 %	50 %	50 %	386730710
74	NC_017720	GC	3	6	46930	46935	0 %	0 %	50 %	50 %	386730710
75	NC_017720	CG	3	6	47112	47117	0 %	0 %	50 %	50 %	386730710
76	NC_017720	GA	3	6	47157	47162	50 %	0 %	50 %	0 %	386730710
77	NC_017720	TC	3	6	47859	47864	0 %	50 %	0 %	50 %	386730711
78	NC_017720	GC	3	6	47958	47963	0 %	0 %	50 %	50 %	386730711
79	NC_017720	GT	3	6	49113	49118	0 %	50 %	50 %	0 %	386730712
80	NC_017720	CA	3	6	49363	49368	50 %	0 %	0 %	50 %	386730712
81	NC_017720	TA	3	6	49882	49887	50 %	50 %	0 %	0 %	386730712
82	NC_017720	AT	3	6	50665	50670	50 %	50 %	0 %	0 %	386730713
83	NC_017720	TA	3	6	51083	51088	50 %	50 %	0 %	0 %	386730713
84	NC_017720	GA	3	6	51565	51570	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017720	GA	3	6	51892	51897	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017720	AG	3	6	52411	52416	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017720	GC	3	6	52705	52710	0 %	0 %	50 %	50 %	386730714
88	NC_017720	TG	3	6	53212	53217	0 %	50 %	50 %	0 %	386730715
89	NC_017720	GC	4	8	53344	53351	0 %	0 %	50 %	50 %	386730715
90	NC_017720	AC	3	6	55224	55229	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017720	AC	3	6	56018	56023	50 %	0 %	0 %	50 %	386730717
92	NC_017720	GT	4	8	57689	57696	0 %	50 %	50 %	0 %	386730719
93	NC_017720	AT	3	6	59310	59315	50 %	50 %	0 %	0 %	386730720
94	NC_017720	AG	3	6	61649	61654	50 %	0 %	50 %	0 %	386730722
95	NC_017720	TA	3	6	65221	65226	50 %	50 %	0 %	0 %	386730724
96	NC_017720	AT	3	6	65901	65906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017720	TA	3	6	66401	66406	50 %	50 %	0 %	0 %	386730725
98	NC_017720	AG	3	6	67038	67043	50 %	0 %	50 %	0 %	386730726
99	NC_017720	AT	3	6	67181	67186	50 %	50 %	0 %	0 %	386730726
100	NC_017720	AG	3	6	67607	67612	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017720	AT	3	6	68153	68158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017720	AT	3	6	68198	68203	50 %	50 %	0 %	0 %	386730728
103	NC_017720	GC	3	6	68784	68789	0 %	0 %	50 %	50 %	386730729
104	NC_017720	GT	3	6	69713	69718	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017720	GC	3	6	69883	69888	0 %	0 %	50 %	50 %	386730731
106	NC_017720	GC	3	6	69940	69945	0 %	0 %	50 %	50 %	386730731
107	NC_017720	CA	3	6	69966	69971	50 %	0 %	0 %	50 %	386730731
108	NC_017720	GA	3	6	69992	69997	50 %	0 %	50 %	0 %	386730731
109	NC_017720	GC	3	6	70983	70988	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017720	GC	3	6	71058	71063	0 %	0 %	50 %	50 %	386730732
111	NC_017720	GC	3	6	71897	71902	0 %	0 %	50 %	50 %	386730733
112	NC_017720	CT	3	6	72380	72385	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017720	GC	3	6	72619	72624	0 %	0 %	50 %	50 %	386730734
114	NC_017720	CA	3	6	73166	73171	50 %	0 %	0 %	50 %	386730735
115	NC_017720	GC	3	6	74141	74146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017720	CT	3	6	74671	74676	0 %	50 %	0 %	50 %	386730738
117	NC_017720	AT	3	6	74964	74969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017720	AG	3	6	76858	76863	50 %	0 %	50 %	0 %	386730740
119	NC_017720	TA	3	6	77293	77298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017720	AT	3	6	77407	77412	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017720	TA	3	6	77434	77439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017720	AT	3	6	78899	78904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017720	TA	3	6	79101	79106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017720	GT	3	6	79359	79364	0 %	50 %	50 %	0 %	386730742
125	NC_017720	GC	3	6	79568	79573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_017720	AT	3	6	79597	79602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017720	TA	3	6	79748	79753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017720	GT	3	6	82050	82055	0 %	50 %	50 %	0 %	386730744
129	NC_017720	GC	3	6	82457	82462	0 %	0 %	50 %	50 %	386730744
130	NC_017720	GC	3	6	82728	82733	0 %	0 %	50 %	50 %	386730744
131	NC_017720	GC	3	6	82800	82805	0 %	0 %	50 %	50 %	386730744
132	NC_017720	TG	4	8	83647	83654	0 %	50 %	50 %	0 %	386730746
133	NC_017720	TA	3	6	84779	84784	50 %	50 %	0 %	0 %	386730747
134	NC_017720	GC	3	6	85790	85795	0 %	0 %	50 %	50 %	386730748
135	NC_017720	TG	3	6	86360	86365	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017720	AC	3	6	87925	87930	50 %	0 %	0 %	50 %	386730751
137	NC_017720	GA	3	6	89439	89444	50 %	0 %	50 %	0 %	386730753
138	NC_017720	AC	3	6	89673	89678	50 %	0 %	0 %	50 %	386730753
139	NC_017720	AG	3	6	90738	90743	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017720	GA	3	6	90943	90948	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017720	TC	3	6	91849	91854	0 %	50 %	0 %	50 %	386730755
142	NC_017720	AC	3	6	92818	92823	50 %	0 %	0 %	50 %	386730759
143	NC_017720	GC	3	6	93598	93603	0 %	0 %	50 %	50 %	386730760

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.