MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pRSF1010_SL1344

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017719	GCC	2	6	55	60	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730647
2	NC_017719	GCG	3	9	124	132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730647
3	NC_017719	AGC	2	6	291	296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730647
4	NC_017719	CGC	2	6	387	392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730647
5	NC_017719	ATG	2	6	403	408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730647
6	NC_017719	ACG	2	6	463	468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730647
7	NC_017719	GAT	2	6	478	483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730647
8	NC_017719	CAC	2	6	545	550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730647
9	NC_017719	GCG	2	6	673	678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730647
10	NC_017719	ATG	2	6	823	828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730647
11	NC_017719	TAA	4	12	854	865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386730648
12	NC_017719	AGA	2	6	954	959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730648
13	NC_017719	GCC	2	6	1157	1162	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730649
14	NC_017719	CGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730649
15	NC_017719	GGC	2	6	1254	1259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730649
16	NC_017719	GCA	2	6	1371	1376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730649
17	NC_017719	GCC	2	6	1435	1440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730649
18	NC_017719	TCG	2	6	1499	1504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730649
19	NC_017719	CAG	2	6	1519	1524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730649
20	NC_017719	GAT	2	6	1558	1563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730649
21	NC_017719	CAC	2	6	1614	1619	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
22	NC_017719	ACC	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
23	NC_017719	CCA	2	6	1788	1793	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
24	NC_017719	ATC	2	6	1813	1818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730649
25	NC_017719	TGC	2	6	1890	1895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730649
26	NC_017719	CAC	2	6	1996	2001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730649
27	NC_017719	CGG	2	6	2038	2043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
28	NC_017719	CCG	2	6	2055	2060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730650
29	NC_017719	GCC	2	6	2065	2070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730650
30	NC_017719	ACC	2	6	2074	2079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730650
31	NC_017719	GAA	2	6	2129	2134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730650
32	NC_017719	GTC	3	9	2144	2152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730650
33	NC_017719	CTG	3	9	2246	2254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730650
34	NC_017719	CAT	2	6	2267	2272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730650
35	NC_017719	CGG	2	6	2323	2328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
36	NC_017719	TTC	2	6	2378	2383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730650
37	NC_017719	GGC	3	9	2422	2430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
38	NC_017719	CGG	2	6	2434	2439	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
39	NC_017719	ATG	2	6	2472	2477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730650
40	NC_017719	CAG	2	6	2507	2512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730650
41	NC_017719	TGA	2	6	2574	2579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730650
42	NC_017719	CGG	2	6	2599	2604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
43	NC_017719	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730650
44	NC_017719	CAC	2	6	2707	2712	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730650
45	NC_017719	CCA	2	6	2743	2748	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730650
46	NC_017719	GGC	2	6	2775	2780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730650
47	NC_017719	GCT	2	6	2781	2786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730650
48	NC_017719	TTC	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730651
49	NC_017719	TCG	3	9	2933	2941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730651
50	NC_017719	CAG	2	6	3025	3030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730651
51	NC_017719	GCG	2	6	3570	3575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
52	NC_017719	TCA	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
53	NC_017719	GGC	2	6	3664	3669	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
54	NC_017719	CTG	2	6	3719	3724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
55	NC_017719	CTG	2	6	3743	3748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
56	NC_017719	CTG	2	6	3755	3760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
57	NC_017719	GCA	3	9	3805	3813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
58	NC_017719	GTG	2	6	3837	3842	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730653
59	NC_017719	GGC	2	6	3886	3891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
60	NC_017719	CGT	2	6	3913	3918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
61	NC_017719	GCG	2	6	3966	3971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
62	NC_017719	TTC	2	6	3999	4004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
63	NC_017719	GTC	2	6	4076	4081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
64	NC_017719	CGG	2	6	4111	4116	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
65	NC_017719	CGG	2	6	4183	4188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
66	NC_017719	TCA	2	6	4204	4209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
67	NC_017719	GGT	2	6	4217	4222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730653
68	NC_017719	TTC	2	6	4302	4307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
69	NC_017719	CCA	2	6	4314	4319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730653
70	NC_017719	CAG	2	6	4387	4392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
71	NC_017719	CAC	2	6	4393	4398	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730653
72	NC_017719	CAT	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
73	NC_017719	GCG	2	6	4478	4483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
74	NC_017719	CGG	2	6	4494	4499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
75	NC_017719	GCC	2	6	4535	4540	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
76	NC_017719	CCG	2	6	4569	4574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
77	NC_017719	CTG	2	6	4591	4596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
78	NC_017719	TCG	2	6	4622	4627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
79	NC_017719	TTC	2	6	4694	4699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
80	NC_017719	GAT	2	6	4751	4756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730653
81	NC_017719	CCA	2	6	4828	4833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730653
82	NC_017719	CGT	2	6	4906	4911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
83	NC_017719	TCT	2	6	4999	5004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730653
84	NC_017719	GCG	2	6	5055	5060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
85	NC_017719	ATC	2	6	5094	5099	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730653
86	NC_017719	CGC	2	6	5119	5124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
87	NC_017719	CTG	2	6	5204	5209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
88	NC_017719	CCT	2	6	5245	5250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730653
89	NC_017719	GCC	2	6	5257	5262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
90	NC_017719	GCA	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
91	NC_017719	AGT	2	6	5296	5301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730653
92	NC_017719	CGG	2	6	5302	5307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730653
93	NC_017719	CGA	2	6	5314	5319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730653
94	NC_017719	GCC	2	6	5420	5425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730653
95	NC_017719	CTG	2	6	5430	5435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
96	NC_017719	TGC	2	6	5467	5472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730653
97	NC_017719	CAA	2	6	5680	5685	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730655
98	NC_017719	GGC	2	6	5686	5691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730655
99	NC_017719	GAA	2	6	5711	5716	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730655
100	NC_017719	CAG	2	6	5765	5770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730655
101	NC_017719	TGG	2	6	5805	5810	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730655
102	NC_017719	CAG	2	6	5836	5841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730655
103	NC_017719	GGA	2	6	5851	5856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386730655
104	NC_017719	GGC	2	6	5866	5871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730655
105	NC_017719	GCC	2	6	5920	5925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730655
106	NC_017719	GGC	2	6	6515	6520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730656
107	NC_017719	GAA	2	6	6678	6683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730656
108	NC_017719	GCG	2	6	6803	6808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730656
109	NC_017719	GCC	2	6	6822	6827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730656
110	NC_017719	TGA	2	6	6836	6841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730656
111	NC_017719	AAC	2	6	6853	6858	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730656
112	NC_017719	CTC	2	6	7072	7077	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730657
113	NC_017719	GTC	2	6	7213	7218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730657
114	NC_017719	GGC	2	6	7246	7251	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730657
115	NC_017719	ATG	2	6	7316	7321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730657
116	NC_017719	ATG	2	6	7327	7332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730657
117	NC_017719	TCA	2	6	7371	7376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730657
118	NC_017719	CGC	2	6	7393	7398	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730657
119	NC_017719	ATC	2	6	7432	7437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730657
120	NC_017719	TCA	2	6	7697	7702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730657
121	NC_017719	TCT	2	6	7709	7714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730657
122	NC_017719	GGC	2	6	7838	7843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730657
123	NC_017719	CTG	2	6	8021	8026	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730658
124	NC_017719	GCC	2	6	8033	8038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730658
125	NC_017719	CCA	2	6	8078	8083	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730658
126	NC_017719	AAC	2	6	8115	8120	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730658
127	NC_017719	GCG	2	6	8189	8194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730658
128	NC_017719	AAG	2	6	8215	8220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730658
129	NC_017719	TGC	2	6	8332	8337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730658
130	NC_017719	GCC	2	6	8383	8388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730658
131	NC_017719	TCC	2	6	8434	8439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730658
132	NC_017719	TGA	2	6	8447	8452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730658
133	NC_017719	CGG	2	6	8521	8526	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730658
134	NC_017719	CAC	2	6	8561	8566	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730658

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.