MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pCol1B9_SL1344

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017718	ATTTT	2	10	35	44	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017718	GAAGA	2	10	96	105	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017718	GCCGC	2	10	1832	1841	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
4	NC_017718	CTGAA	2	10	2429	2438	40 %	20 %	20 %	20 %	386730552
5	NC_017718	AAGGA	2	10	2960	2969	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017718	GCCTG	2	10	3833	3842	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017718	TCTTT	2	10	6106	6115	0 %	80 %	0 %	20 %	386730559
8	NC_017718	AGAAA	2	10	9609	9618	80 %	0 %	20 %	0 %	386730561
9	NC_017718	GAAAA	2	10	12417	12426	80 %	0 %	20 %	0 %	386730563
10	NC_017718	TTATG	2	10	13969	13978	20 %	60 %	20 %	0 %	386730565
11	NC_017718	CAAAA	2	10	14318	14327	80 %	0 %	0 %	20 %	386730566
12	NC_017718	CGTTA	2	10	15764	15773	20 %	40 %	20 %	20 %	386730568
13	NC_017718	CACTG	2	10	16094	16103	20 %	20 %	20 %	40 %	386730568
14	NC_017718	CTAAA	2	10	16201	16210	60 %	20 %	0 %	20 %	386730568
15	NC_017718	CTTTT	2	10	17114	17123	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017718	CGCGG	2	10	18507	18516	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017718	ACGGG	2	10	18559	18568	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017718	GCTGG	2	10	19204	19213	0 %	20 %	60 %	20 %	386730572
19	NC_017718	CCGCC	2	10	20877	20886	0 %	0 %	20 %	80 %	386730575
20	NC_017718	GGCAC	2	10	21347	21356	20 %	0 %	40 %	40 %	386730576
21	NC_017718	ACCGT	2	10	21637	21646	20 %	20 %	20 %	40 %	386730577
22	NC_017718	TGTAC	2	10	21872	21881	20 %	40 %	20 %	20 %	386730578
23	NC_017718	CCGGC	2	10	22579	22588	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017718	CCGCC	2	10	23796	23805	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
25	NC_017718	CTGTC	2	10	24197	24206	0 %	40 %	20 %	40 %	386730580
26	NC_017718	CCGCC	2	10	26098	26107	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
27	NC_017718	ACTGA	2	10	26146	26155	40 %	20 %	20 %	20 %	386730581
28	NC_017718	CTGGT	2	10	27074	27083	0 %	40 %	40 %	20 %	386730582
29	NC_017718	ATGGG	2	10	27684	27693	20 %	20 %	60 %	0 %	386730583
30	NC_017718	GGCAC	2	10	28295	28304	20 %	0 %	40 %	40 %	386730584
31	NC_017718	TGACC	2	10	28423	28432	20 %	20 %	20 %	40 %	386730584
32	NC_017718	GTTAC	2	10	30730	30739	20 %	40 %	20 %	20 %	386730588
33	NC_017718	GAGCA	2	10	31407	31416	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017718	TTTAT	2	10	31920	31929	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017718	ATGAC	2	10	34391	34400	40 %	20 %	20 %	20 %	386730593
36	NC_017718	ATCGT	2	10	34958	34967	20 %	40 %	20 %	20 %	386730593
37	NC_017718	CAGGG	2	10	40591	40600	20 %	0 %	60 %	20 %	386730596
38	NC_017718	TTTTG	2	10	43405	43414	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017718	CATAA	2	10	46392	46401	60 %	20 %	0 %	20 %	386730601
40	NC_017718	TGAGC	2	10	46402	46411	20 %	20 %	40 %	20 %	386730601
41	NC_017718	GTCTG	2	10	47445	47454	0 %	40 %	40 %	20 %	386730602
42	NC_017718	TCTTT	2	10	50666	50675	0 %	80 %	0 %	20 %	386730605
43	NC_017718	ACCGG	2	10	54295	54304	20 %	0 %	40 %	40 %	386730609
44	NC_017718	CCAGT	2	10	62917	62926	20 %	20 %	20 %	40 %	386730617
45	NC_017718	GACAG	2	10	63459	63468	40 %	0 %	40 %	20 %	386730618
46	NC_017718	AAAGG	2	10	65388	65397	60 %	0 %	40 %	0 %	386730620
47	NC_017718	ACGCA	2	10	73968	73977	40 %	0 %	20 %	40 %	386730631
48	NC_017718	GTTGT	2	10	77192	77201	0 %	60 %	40 %	0 %	386730634
49	NC_017718	ACTGA	2	10	77389	77398	40 %	20 %	20 %	20 %	386730635
50	NC_017718	TCCAG	2	10	79219	79228	20 %	20 %	20 %	40 %	386730636
51	NC_017718	ATATA	2	10	82235	82244	60 %	40 %	0 %	0 %	386730639
52	NC_017718	TTGAA	2	10	84905	84914	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017718	GCCCG	2	10	84919	84928	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_017718	CAGCA	2	10	85979	85988	40 %	0 %	20 %	40 %	386730645
55	NC_017718	GCTTC	2	10	86030	86039	0 %	40 %	20 %	40 %	386730645
56	NC_017718	TATGG	2	10	86378	86387	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.