MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pCol1B9_SL1344

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017718	CTGAA	2	10	2429	2438	40 %	20 %	20 %	20 %	386730552
2	NC_017718	TCTTT	2	10	6106	6115	0 %	80 %	0 %	20 %	386730559
3	NC_017718	AGAAA	2	10	9609	9618	80 %	0 %	20 %	0 %	386730561
4	NC_017718	GAAAA	2	10	12417	12426	80 %	0 %	20 %	0 %	386730563
5	NC_017718	TTATG	2	10	13969	13978	20 %	60 %	20 %	0 %	386730565
6	NC_017718	CAAAA	2	10	14318	14327	80 %	0 %	0 %	20 %	386730566
7	NC_017718	CGTTA	2	10	15764	15773	20 %	40 %	20 %	20 %	386730568
8	NC_017718	CACTG	2	10	16094	16103	20 %	20 %	20 %	40 %	386730568
9	NC_017718	CTAAA	2	10	16201	16210	60 %	20 %	0 %	20 %	386730568
10	NC_017718	GCTGG	2	10	19204	19213	0 %	20 %	60 %	20 %	386730572
11	NC_017718	CCGCC	2	10	20877	20886	0 %	0 %	20 %	80 %	386730575
12	NC_017718	GGCAC	2	10	21347	21356	20 %	0 %	40 %	40 %	386730576
13	NC_017718	ACCGT	2	10	21637	21646	20 %	20 %	20 %	40 %	386730577
14	NC_017718	TGTAC	2	10	21872	21881	20 %	40 %	20 %	20 %	386730578
15	NC_017718	CTGTC	2	10	24197	24206	0 %	40 %	20 %	40 %	386730580
16	NC_017718	ACTGA	2	10	26146	26155	40 %	20 %	20 %	20 %	386730581
17	NC_017718	CTGGT	2	10	27074	27083	0 %	40 %	40 %	20 %	386730582
18	NC_017718	ATGGG	2	10	27684	27693	20 %	20 %	60 %	0 %	386730583
19	NC_017718	GGCAC	2	10	28295	28304	20 %	0 %	40 %	40 %	386730584
20	NC_017718	TGACC	2	10	28423	28432	20 %	20 %	20 %	40 %	386730584
21	NC_017718	GTTAC	2	10	30730	30739	20 %	40 %	20 %	20 %	386730588
22	NC_017718	ATGAC	2	10	34391	34400	40 %	20 %	20 %	20 %	386730593
23	NC_017718	ATCGT	2	10	34958	34967	20 %	40 %	20 %	20 %	386730593
24	NC_017718	CAGGG	2	10	40591	40600	20 %	0 %	60 %	20 %	386730596
25	NC_017718	CATAA	2	10	46392	46401	60 %	20 %	0 %	20 %	386730601
26	NC_017718	TGAGC	2	10	46402	46411	20 %	20 %	40 %	20 %	386730601
27	NC_017718	GTCTG	2	10	47445	47454	0 %	40 %	40 %	20 %	386730602
28	NC_017718	TCTTT	2	10	50666	50675	0 %	80 %	0 %	20 %	386730605
29	NC_017718	ACCGG	2	10	54295	54304	20 %	0 %	40 %	40 %	386730609
30	NC_017718	CCAGT	2	10	62917	62926	20 %	20 %	20 %	40 %	386730617
31	NC_017718	GACAG	2	10	63459	63468	40 %	0 %	40 %	20 %	386730618
32	NC_017718	AAAGG	2	10	65388	65397	60 %	0 %	40 %	0 %	386730620
33	NC_017718	ACGCA	2	10	73968	73977	40 %	0 %	20 %	40 %	386730631
34	NC_017718	GTTGT	2	10	77192	77201	0 %	60 %	40 %	0 %	386730634
35	NC_017718	ACTGA	2	10	77389	77398	40 %	20 %	20 %	20 %	386730635
36	NC_017718	TCCAG	2	10	79219	79228	20 %	20 %	20 %	40 %	386730636
37	NC_017718	ATATA	2	10	82235	82244	60 %	40 %	0 %	0 %	386730639
38	NC_017718	CAGCA	2	10	85979	85988	40 %	0 %	20 %	40 %	386730645
39	NC_017718	GCTTC	2	10	86030	86039	0 %	40 %	20 %	40 %	386730645

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.