MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pCol1B9_SL1344

Total Repeats: 229

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017718	TCTT	2	8	311	318	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017718	GTCG	2	8	791	798	0 %	25 %	50 %	25 %	386730551
3	NC_017718	TCCG	2	8	810	817	0 %	25 %	25 %	50 %	386730551
4	NC_017718	CTGC	2	8	1328	1335	0 %	25 %	25 %	50 %	386730551
5	NC_017718	GCTG	2	8	1462	1469	0 %	25 %	50 %	25 %	386730551
6	NC_017718	CAAA	2	8	1670	1677	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017718	ATCA	2	8	2236	2243	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017718	GCCA	2	8	2688	2695	25 %	0 %	25 %	50 %	386730553
9	NC_017718	CAGC	2	8	2776	2783	25 %	0 %	25 %	50 %	386730553
10	NC_017718	GCTG	2	8	3200	3207	0 %	25 %	50 %	25 %	386730554
11	NC_017718	GGCA	2	8	3262	3269	25 %	0 %	50 %	25 %	386730554
12	NC_017718	GACC	2	8	3513	3520	25 %	0 %	25 %	50 %	386730554
13	NC_017718	CTGG	2	8	3596	3603	0 %	25 %	50 %	25 %	386730554
14	NC_017718	GCTG	2	8	3632	3639	0 %	25 %	50 %	25 %	386730554
15	NC_017718	GGCA	2	8	3721	3728	25 %	0 %	50 %	25 %	386730554
16	NC_017718	ATGT	2	8	3911	3918	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017718	GTTG	2	8	4608	4615	0 %	50 %	50 %	0 %	386730556
18	NC_017718	ATTT	2	8	4695	4702	25 %	75 %	0 %	0 %	386730556
19	NC_017718	CCCG	2	8	5306	5313	0 %	0 %	25 %	75 %	386730558
20	NC_017718	GAAA	2	8	5449	5456	75 %	0 %	25 %	0 %	386730558
21	NC_017718	GGGA	2	8	6084	6091	25 %	0 %	75 %	0 %	386730559
22	NC_017718	CTGG	2	8	6125	6132	0 %	25 %	50 %	25 %	386730559
23	NC_017718	GGCT	2	8	6325	6332	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017718	ATAA	2	8	6531	6538	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017718	TACT	2	8	6629	6636	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017718	AAAG	2	8	7702	7709	75 %	0 %	25 %	0 %	386730560
27	NC_017718	GCAG	2	8	8704	8711	25 %	0 %	50 %	25 %	386730561
28	NC_017718	TGCT	2	8	8901	8908	0 %	50 %	25 %	25 %	386730561
29	NC_017718	AAAT	2	8	9627	9634	75 %	25 %	0 %	0 %	386730561
30	NC_017718	CGGC	2	8	11366	11373	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017718	CAGC	2	8	11422	11429	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017718	CAGC	2	8	11556	11563	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017718	CATT	2	8	11690	11697	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017718	CATC	2	8	11864	11871	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017718	CTCC	2	8	12081	12088	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
36	NC_017718	TGAG	2	8	12698	12705	25 %	25 %	50 %	0 %	386730563
37	NC_017718	AGGG	2	8	12737	12744	25 %	0 %	75 %	0 %	386730563
38	NC_017718	CAGC	2	8	13246	13253	25 %	0 %	25 %	50 %	386730564
39	NC_017718	CAGG	2	8	13308	13315	25 %	0 %	50 %	25 %	386730564
40	NC_017718	TCGC	2	8	13840	13847	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017718	GGTA	2	8	14648	14655	25 %	25 %	50 %	0 %	386730566
42	NC_017718	AAAC	2	8	15084	15091	75 %	0 %	0 %	25 %	386730567
43	NC_017718	GATC	2	8	15752	15759	25 %	25 %	25 %	25 %	386730568
44	NC_017718	ATAA	2	8	16239	16246	75 %	25 %	0 %	0 %	386730568
45	NC_017718	GCTG	2	8	17742	17749	0 %	25 %	50 %	25 %	386730571
46	NC_017718	TTCA	2	8	18155	18162	25 %	50 %	0 %	25 %	386730571
47	NC_017718	TGGC	2	8	18277	18284	0 %	25 %	50 %	25 %	386730571
48	NC_017718	CGGG	2	8	18435	18442	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017718	CCGG	2	8	18549	18556	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_017718	GCAG	2	8	19319	19326	25 %	0 %	50 %	25 %	386730572
51	NC_017718	ATGA	2	8	19568	19575	50 %	25 %	25 %	0 %	386730573
52	NC_017718	CAGT	2	8	20462	20469	25 %	25 %	25 %	25 %	386730575
53	NC_017718	TGGC	2	8	20532	20539	0 %	25 %	50 %	25 %	386730575
54	NC_017718	TGGC	2	8	20841	20848	0 %	25 %	50 %	25 %	386730575
55	NC_017718	GTCT	2	8	21445	21452	0 %	50 %	25 %	25 %	386730577
56	NC_017718	ACGG	2	8	21828	21835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017718	GGCA	2	8	22161	22168	25 %	0 %	50 %	25 %	386730578
58	NC_017718	TCAG	2	8	23233	23240	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017718	TAAG	2	8	24062	24069	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017718	AAGC	2	8	24164	24171	50 %	0 %	25 %	25 %	386730580
61	NC_017718	CCTG	2	8	24366	24373	0 %	25 %	25 %	50 %	386730580
62	NC_017718	GAAC	2	8	25137	25144	50 %	0 %	25 %	25 %	386730580
63	NC_017718	GAAG	2	8	25602	25609	50 %	0 %	50 %	0 %	386730580
64	NC_017718	TCAG	2	8	25703	25710	25 %	25 %	25 %	25 %	386730580
65	NC_017718	CTGG	2	8	26012	26019	0 %	25 %	50 %	25 %	386730580
66	NC_017718	CAGA	2	8	26038	26045	50 %	0 %	25 %	25 %	386730580
67	NC_017718	TCAC	2	8	26234	26241	25 %	25 %	0 %	50 %	386730581
68	NC_017718	CTTT	2	8	26698	26705	0 %	75 %	0 %	25 %	386730582
69	NC_017718	TGGC	2	8	26802	26809	0 %	25 %	50 %	25 %	386730582
70	NC_017718	CCGT	2	8	26889	26896	0 %	25 %	25 %	50 %	386730582
71	NC_017718	CTCC	2	8	27043	27050	0 %	25 %	0 %	75 %	386730582
72	NC_017718	GCCT	2	8	28911	28918	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017718	CTAT	2	8	30083	30090	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017718	CTGG	2	8	30847	30854	0 %	25 %	50 %	25 %	386730588
75	NC_017718	GCTG	2	8	31126	31133	0 %	25 %	50 %	25 %	386730588
76	NC_017718	TCAC	2	8	31350	31357	25 %	25 %	0 %	50 %	386730588
77	NC_017718	ATAA	2	8	31954	31961	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017718	TACA	2	8	32219	32226	50 %	25 %	0 %	25 %	386730589
79	NC_017718	TGAT	2	8	32918	32925	25 %	50 %	25 %	0 %	386730590
80	NC_017718	CCTG	2	8	33431	33438	0 %	25 %	25 %	50 %	386730591
81	NC_017718	GTGA	2	8	33969	33976	25 %	25 %	50 %	0 %	386730592
82	NC_017718	TGTT	2	8	34198	34205	0 %	75 %	25 %	0 %	386730592
83	NC_017718	TTCG	2	8	34353	34360	0 %	50 %	25 %	25 %	386730593
84	NC_017718	GGCA	2	8	34625	34632	25 %	0 %	50 %	25 %	386730593
85	NC_017718	TGCC	2	8	34887	34894	0 %	25 %	25 %	50 %	386730593
86	NC_017718	GATG	2	8	35160	35167	25 %	25 %	50 %	0 %	386730593
87	NC_017718	AAAG	2	8	35761	35768	75 %	0 %	25 %	0 %	386730593
88	NC_017718	TTTG	2	8	36024	36031	0 %	75 %	25 %	0 %	386730593
89	NC_017718	GCTG	2	8	36066	36073	0 %	25 %	50 %	25 %	386730593
90	NC_017718	ACAA	2	8	36791	36798	75 %	0 %	0 %	25 %	386730593
91	NC_017718	GAAG	2	8	36901	36908	50 %	0 %	50 %	0 %	386730593
92	NC_017718	GGTT	2	8	37074	37081	0 %	50 %	50 %	0 %	386730594
93	NC_017718	TCAA	2	8	37667	37674	50 %	25 %	0 %	25 %	386730594
94	NC_017718	CGGT	2	8	39636	39643	0 %	25 %	50 %	25 %	386730595
95	NC_017718	CAGG	2	8	39741	39748	25 %	0 %	50 %	25 %	386730595
96	NC_017718	GTTC	2	8	39768	39775	0 %	50 %	25 %	25 %	386730595
97	NC_017718	GCAG	2	8	40156	40163	25 %	0 %	50 %	25 %	386730595
98	NC_017718	ATCA	2	8	40208	40215	50 %	25 %	0 %	25 %	386730595
99	NC_017718	ATTT	2	8	41677	41684	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017718	ATCA	2	8	41837	41844	50 %	25 %	0 %	25 %	386730597
101	NC_017718	TGGT	2	8	42473	42480	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017718	GTGG	2	8	42597	42604	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017718	TTCT	2	8	42871	42878	0 %	75 %	0 %	25 %	386730599
104	NC_017718	TAAT	2	8	43259	43266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017718	AATG	2	8	43286	43293	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017718	GCTG	2	8	43295	43302	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017718	TGTC	2	8	43416	43423	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017718	AGTG	2	8	43587	43594	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017718	GATT	2	8	43617	43624	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017718	GGAG	2	8	43892	43899	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017718	GATA	2	8	44178	44185	50 %	25 %	25 %	0 %	386730600
112	NC_017718	TTGT	2	8	44295	44302	0 %	75 %	25 %	0 %	386730600
113	NC_017718	AAAG	2	8	44470	44477	75 %	0 %	25 %	0 %	386730600
114	NC_017718	CCTT	2	8	44499	44506	0 %	50 %	0 %	50 %	386730600
115	NC_017718	CTAT	2	8	44587	44594	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017718	AATA	2	8	44726	44733	75 %	25 %	0 %	0 %	386730601
117	NC_017718	AGGT	2	8	44810	44817	25 %	25 %	50 %	0 %	386730601
118	NC_017718	AATG	2	8	45173	45180	50 %	25 %	25 %	0 %	386730601
119	NC_017718	GGTA	2	8	45189	45196	25 %	25 %	50 %	0 %	386730601
120	NC_017718	CAGC	2	8	45706	45713	25 %	0 %	25 %	50 %	386730601
121	NC_017718	ACCC	2	8	45768	45775	25 %	0 %	0 %	75 %	386730601
122	NC_017718	GGCT	2	8	46099	46106	0 %	25 %	50 %	25 %	386730601
123	NC_017718	TTAA	2	8	46842	46849	50 %	50 %	0 %	0 %	386730601
124	NC_017718	GCCA	2	8	46933	46940	25 %	0 %	25 %	50 %	386730602
125	NC_017718	TGGC	2	8	47235	47242	0 %	25 %	50 %	25 %	386730602
126	NC_017718	ATGG	2	8	47418	47425	25 %	25 %	50 %	0 %	386730602
127	NC_017718	TGAT	2	8	47521	47528	25 %	50 %	25 %	0 %	386730603
128	NC_017718	TGAT	2	8	48514	48521	25 %	50 %	25 %	0 %	386730603
129	NC_017718	GCCC	2	8	49360	49367	0 %	0 %	25 %	75 %	386730605
130	NC_017718	GCCT	2	8	50019	50026	0 %	25 %	25 %	50 %	386730605
131	NC_017718	CAGA	2	8	50930	50937	50 %	0 %	25 %	25 %	386730605
132	NC_017718	CCGC	2	8	51419	51426	0 %	0 %	25 %	75 %	386730605
133	NC_017718	GCTG	2	8	51527	51534	0 %	25 %	50 %	25 %	386730605
134	NC_017718	CAGG	2	8	51543	51550	25 %	0 %	50 %	25 %	386730605
135	NC_017718	TCTG	2	8	51584	51591	0 %	50 %	25 %	25 %	386730605
136	NC_017718	GCCA	2	8	51839	51846	25 %	0 %	25 %	50 %	386730605
137	NC_017718	CTGT	2	8	52210	52217	0 %	50 %	25 %	25 %	386730605
138	NC_017718	ATCA	2	8	52421	52428	50 %	25 %	0 %	25 %	386730606
139	NC_017718	ATGA	2	8	52444	52451	50 %	25 %	25 %	0 %	386730606
140	NC_017718	TGGA	2	8	52688	52695	25 %	25 %	50 %	0 %	386730606
141	NC_017718	CAGA	2	8	52886	52893	50 %	0 %	25 %	25 %	386730606
142	NC_017718	GATA	2	8	53545	53552	50 %	25 %	25 %	0 %	386730608
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144	NC_017718	CGAT	2	8	53956	53963	25 %	25 %	25 %	25 %	386730609
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.