MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 plasmid pCol1B9_SL1344

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017718	GA	3	6	236	241	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017718	CA	3	6	877	882	50 %	0 %	0 %	50 %	386730551
3	NC_017718	GC	3	6	1306	1311	0 %	0 %	50 %	50 %	386730551
4	NC_017718	CG	3	6	1871	1876	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017718	CA	3	6	1934	1939	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017718	CT	3	6	2175	2180	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017718	TA	3	6	2356	2361	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017718	TA	3	6	2367	2372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017718	CT	3	6	3454	3459	0 %	50 %	0 %	50 %	386730554
10	NC_017718	GA	3	6	3949	3954	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017718	GA	3	6	4744	4749	50 %	0 %	50 %	0 %	386730556
12	NC_017718	TC	4	8	4842	4849	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017718	TA	3	6	5576	5581	50 %	50 %	0 %	0 %	386730558
14	NC_017718	CA	3	6	5651	5656	50 %	0 %	0 %	50 %	386730558
15	NC_017718	AT	3	6	6500	6505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017718	TC	3	6	6506	6511	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017718	AC	3	6	8634	8639	50 %	0 %	0 %	50 %	386730561
18	NC_017718	GA	3	6	8716	8721	50 %	0 %	50 %	0 %	386730561
19	NC_017718	AG	3	6	8773	8778	50 %	0 %	50 %	0 %	386730561
20	NC_017718	AT	3	6	9680	9685	50 %	50 %	0 %	0 %	386730561
21	NC_017718	AT	3	6	10524	10529	50 %	50 %	0 %	0 %	386730562
22	NC_017718	GC	3	6	11408	11413	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017718	TG	3	6	11927	11932	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017718	TG	3	6	12003	12008	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017718	GC	3	6	13067	13072	0 %	0 %	50 %	50 %	386730564
26	NC_017718	CT	3	6	13226	13231	0 %	50 %	0 %	50 %	386730564
27	NC_017718	AT	3	6	14684	14689	50 %	50 %	0 %	0 %	386730566
28	NC_017718	GA	3	6	14802	14807	50 %	0 %	50 %	0 %	386730566
29	NC_017718	TA	3	6	15051	15056	50 %	50 %	0 %	0 %	386730567
30	NC_017718	GA	3	6	15825	15830	50 %	0 %	50 %	0 %	386730568
31	NC_017718	TA	3	6	16300	16305	50 %	50 %	0 %	0 %	386730568
32	NC_017718	TA	5	10	17128	17137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017718	CA	3	6	17161	17166	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017718	GT	3	6	17341	17346	0 %	50 %	50 %	0 %	386730570
35	NC_017718	TG	3	6	17665	17670	0 %	50 %	50 %	0 %	386730571
36	NC_017718	AC	3	6	17750	17755	50 %	0 %	0 %	50 %	386730571
37	NC_017718	TG	3	6	17955	17960	0 %	50 %	50 %	0 %	386730571
38	NC_017718	CA	3	6	19285	19290	50 %	0 %	0 %	50 %	386730572
39	NC_017718	GC	3	6	19516	19521	0 %	0 %	50 %	50 %	386730573
40	NC_017718	GC	3	6	19881	19886	0 %	0 %	50 %	50 %	386730574
41	NC_017718	GC	3	6	22104	22109	0 %	0 %	50 %	50 %	386730578
42	NC_017718	CG	3	6	22515	22520	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017718	GT	3	6	22891	22896	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017718	AG	3	6	24068	24073	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017718	CG	3	6	24082	24087	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017718	CG	3	6	24744	24749	0 %	0 %	50 %	50 %	386730580
47	NC_017718	TG	3	6	26021	26026	0 %	50 %	50 %	0 %	386730580
48	NC_017718	TC	3	6	26387	26392	0 %	50 %	0 %	50 %	386730581
49	NC_017718	GT	3	6	29236	29241	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017718	CT	3	6	30036	30041	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017718	CG	3	6	30337	30342	0 %	0 %	50 %	50 %	386730587
52	NC_017718	CA	3	6	31637	31642	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017718	GT	3	6	32127	32132	0 %	50 %	50 %	0 %	386730589
54	NC_017718	GA	3	6	32256	32261	50 %	0 %	50 %	0 %	386730589
55	NC_017718	GC	3	6	32608	32613	0 %	0 %	50 %	50 %	386730590
56	NC_017718	TC	3	6	33526	33531	0 %	50 %	0 %	50 %	386730591
57	NC_017718	TC	3	6	33745	33750	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017718	CG	3	6	33905	33910	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017718	CA	3	6	35820	35825	50 %	0 %	0 %	50 %	386730593
60	NC_017718	CA	3	6	36263	36268	50 %	0 %	0 %	50 %	386730593
61	NC_017718	GA	3	6	38306	38311	50 %	0 %	50 %	0 %	386730594
62	NC_017718	CA	3	6	38524	38529	50 %	0 %	0 %	50 %	386730594
63	NC_017718	CA	3	6	39616	39621	50 %	0 %	0 %	50 %	386730595
64	NC_017718	AG	3	6	40053	40058	50 %	0 %	50 %	0 %	386730595
65	NC_017718	CT	3	6	40840	40845	0 %	50 %	0 %	50 %	386730596
66	NC_017718	TG	3	6	41960	41965	0 %	50 %	50 %	0 %	386730597
67	NC_017718	TC	3	6	42404	42409	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017718	GA	3	6	43537	43542	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017718	TC	3	6	44321	44326	0 %	50 %	0 %	50 %	386730600
70	NC_017718	TA	4	8	45042	45049	50 %	50 %	0 %	0 %	386730601
71	NC_017718	AT	3	6	45242	45247	50 %	50 %	0 %	0 %	386730601
72	NC_017718	CT	3	6	45874	45879	0 %	50 %	0 %	50 %	386730601
73	NC_017718	TG	3	6	46281	46286	0 %	50 %	50 %	0 %	386730601
74	NC_017718	CA	3	6	46832	46837	50 %	0 %	0 %	50 %	386730601
75	NC_017718	AT	3	6	47776	47781	50 %	50 %	0 %	0 %	386730603
76	NC_017718	GT	3	6	48089	48094	0 %	50 %	50 %	0 %	386730603
77	NC_017718	AG	3	6	49701	49706	50 %	0 %	50 %	0 %	386730605
78	NC_017718	AG	3	6	50538	50543	50 %	0 %	50 %	0 %	386730605
79	NC_017718	CA	3	6	50544	50549	50 %	0 %	0 %	50 %	386730605
80	NC_017718	TG	3	6	51443	51448	0 %	50 %	50 %	0 %	386730605
81	NC_017718	AG	3	6	52141	52146	50 %	0 %	50 %	0 %	386730605
82	NC_017718	AG	3	6	52602	52607	50 %	0 %	50 %	0 %	386730606
83	NC_017718	GT	3	6	53024	53029	0 %	50 %	50 %	0 %	386730606
84	NC_017718	AT	3	6	53880	53885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017718	TG	3	6	54915	54920	0 %	50 %	50 %	0 %	386730610
86	NC_017718	AT	3	6	55814	55819	50 %	50 %	0 %	0 %	386730611
87	NC_017718	AG	3	6	57082	57087	50 %	0 %	50 %	0 %	386730612
88	NC_017718	GA	3	6	58503	58508	50 %	0 %	50 %	0 %	386730615
89	NC_017718	CT	3	6	59355	59360	0 %	50 %	0 %	50 %	386730615
90	NC_017718	CT	3	6	59415	59420	0 %	50 %	0 %	50 %	386730615
91	NC_017718	TG	3	6	59550	59555	0 %	50 %	50 %	0 %	386730615
92	NC_017718	GA	3	6	62463	62468	50 %	0 %	50 %	0 %	386730616
93	NC_017718	AT	3	6	62573	62578	50 %	50 %	0 %	0 %	386730616
94	NC_017718	AT	3	6	63384	63389	50 %	50 %	0 %	0 %	386730618
95	NC_017718	AT	3	6	63744	63749	50 %	50 %	0 %	0 %	386730618
96	NC_017718	GA	3	6	63918	63923	50 %	0 %	50 %	0 %	386730618
97	NC_017718	GA	3	6	65137	65142	50 %	0 %	50 %	0 %	386730619
98	NC_017718	GA	3	6	66740	66745	50 %	0 %	50 %	0 %	386730622
99	NC_017718	AT	3	6	68127	68132	50 %	50 %	0 %	0 %	386730623
100	NC_017718	TG	3	6	69394	69399	0 %	50 %	50 %	0 %	386730624
101	NC_017718	TG	3	6	70425	70430	0 %	50 %	50 %	0 %	386730626
102	NC_017718	TG	3	6	70560	70565	0 %	50 %	50 %	0 %	386730626
103	NC_017718	AC	3	6	71016	71021	50 %	0 %	0 %	50 %	386730628
104	NC_017718	AT	3	6	71853	71858	50 %	50 %	0 %	0 %	386730628
105	NC_017718	TA	3	6	72122	72127	50 %	50 %	0 %	0 %	386730628
106	NC_017718	AC	4	8	72438	72445	50 %	0 %	0 %	50 %	386730629
107	NC_017718	TA	3	6	72456	72461	50 %	50 %	0 %	0 %	386730629
108	NC_017718	AT	3	6	72597	72602	50 %	50 %	0 %	0 %	386730629
109	NC_017718	GT	3	6	72811	72816	0 %	50 %	50 %	0 %	386730629
110	NC_017718	TA	3	6	72910	72915	50 %	50 %	0 %	0 %	386730629
111	NC_017718	CT	3	6	73026	73031	0 %	50 %	0 %	50 %	386730630
112	NC_017718	GC	4	8	73353	73360	0 %	0 %	50 %	50 %	386730630
113	NC_017718	GA	3	6	74204	74209	50 %	0 %	50 %	0 %	386730632
114	NC_017718	AG	3	6	74991	74996	50 %	0 %	50 %	0 %	386730632
115	NC_017718	GC	3	6	76316	76321	0 %	0 %	50 %	50 %	386730633
116	NC_017718	AG	3	6	78383	78388	50 %	0 %	50 %	0 %	386730635
117	NC_017718	TC	3	6	79930	79935	0 %	50 %	0 %	50 %	386730636
118	NC_017718	CT	3	6	79982	79987	0 %	50 %	0 %	50 %	386730636
119	NC_017718	AT	3	6	80224	80229	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017718	TC	3	6	80914	80919	0 %	50 %	0 %	50 %	386730638
121	NC_017718	TA	3	6	81759	81764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017718	GA	3	6	81839	81844	50 %	0 %	50 %	0 %	386730639
123	NC_017718	CA	3	6	82451	82456	50 %	0 %	0 %	50 %	386730640
124	NC_017718	GT	3	6	83312	83317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017718	AG	3	6	83605	83610	50 %	0 %	50 %	0 %	386730642
126	NC_017718	TG	3	6	83775	83780	0 %	50 %	50 %	0 %	386730642
127	NC_017718	TA	4	8	83960	83967	50 %	50 %	0 %	0 %	386730642
128	NC_017718	TC	3	6	84736	84741	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017718	AT	3	6	85758	85763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.