MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli W plasmid pRK1

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017665	CCTCT	2	10	568	577	0 %	40 %	0 %	60 %	386707623
2	NC_017665	GTTAC	2	10	2628	2637	20 %	40 %	20 %	20 %	386707627
3	NC_017665	GAGCA	2	10	3269	3278	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017665	TTTAT	2	10	3758	3767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017665	ATGAC	2	10	6232	6241	40 %	20 %	20 %	20 %	386707633
6	NC_017665	ATCGT	2	10	6799	6808	20 %	40 %	20 %	20 %	386707633
7	NC_017665	CAGGG	2	10	12432	12441	20 %	0 %	60 %	20 %	386707636
8	NC_017665	ATAGA	2	10	14405	14414	60 %	20 %	20 %	0 %	386707637
9	NC_017665	CATAA	2	10	18530	18539	60 %	20 %	0 %	20 %	386707642
10	NC_017665	TGAGC	2	10	18540	18549	20 %	20 %	40 %	20 %	386707642
11	NC_017665	GTCTG	2	10	19583	19592	0 %	40 %	40 %	20 %	386707643
12	NC_017665	TCTTT	2	10	22804	22813	0 %	80 %	0 %	20 %	386707646
13	NC_017665	ACCGG	2	10	26433	26442	20 %	0 %	40 %	40 %	386707650
14	NC_017665	CCAGT	2	10	35055	35064	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017665	GACAG	2	10	35597	35606	40 %	0 %	40 %	20 %	386707659
16	NC_017665	AAAGG	2	10	37526	37535	60 %	0 %	40 %	0 %	386707661
17	NC_017665	GAAAA	2	10	38571	38580	80 %	0 %	20 %	0 %	386707662
18	NC_017665	CTATA	2	10	43062	43071	40 %	40 %	0 %	20 %	386707666
19	NC_017665	TGACA	2	10	44494	44503	40 %	20 %	20 %	20 %	386707669
20	NC_017665	ATCAC	2	10	47077	47086	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017665	GTTGT	2	10	47467	47476	0 %	60 %	40 %	0 %	386707671
22	NC_017665	ACTGA	2	10	47664	47673	40 %	20 %	20 %	20 %	386707672
23	NC_017665	TCCAG	2	10	49494	49503	20 %	20 %	20 %	40 %	386707673
24	NC_017665	GCTGT	2	10	51786	51795	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017665	TGGTG	2	10	52348	52357	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017665	GAAAA	2	10	53374	53383	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017665	TTGAA	2	10	54341	54350	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017665	GCCCG	2	10	54355	54364	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017665	CAGCA	2	10	55415	55424	40 %	0 %	20 %	40 %	386707679
30	NC_017665	GCTTC	2	10	55466	55475	0 %	40 %	20 %	40 %	386707679
31	NC_017665	TATGG	2	10	55814	55823	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017665	ATTTT	2	10	56379	56388	20 %	80 %	0 %	0 %	386707680
33	NC_017665	GAAGA	2	10	56440	56449	60 %	0 %	40 %	0 %	386707680
34	NC_017665	GCAGC	2	10	57595	57604	20 %	0 %	40 %	40 %	386707681
35	NC_017665	GCCGC	2	10	58175	58184	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_017665	TCTTT	2	10	61085	61094	0 %	80 %	0 %	20 %	386707687
37	NC_017665	ATTCC	2	10	64672	64681	20 %	40 %	0 %	40 %	386707689
38	NC_017665	TCTTT	2	10	66080	66089	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017665	GTAAA	2	10	66730	66739	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017665	GAATG	2	10	68736	68745	40 %	20 %	40 %	0 %	386707692
41	NC_017665	GCAGA	2	10	70507	70516	40 %	0 %	40 %	20 %	386707693
42	NC_017665	TTTAT	2	10	71276	71285	20 %	80 %	0 %	0 %	386707695
43	NC_017665	TGACC	2	10	71469	71478	20 %	20 %	20 %	40 %	386707695
44	NC_017665	CGTTA	2	10	73342	73351	20 %	40 %	20 %	20 %	386707697
45	NC_017665	TAACT	2	10	74317	74326	40 %	40 %	0 %	20 %	386707697
46	NC_017665	TATAA	2	10	74336	74345	60 %	40 %	0 %	0 %	386707697
47	NC_017665	CATAA	2	10	75366	75375	60 %	20 %	0 %	20 %	386707698
48	NC_017665	AATGC	2	10	76190	76199	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017665	TTTCC	2	10	76238	76247	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017665	GCATG	2	10	76888	76897	20 %	20 %	40 %	20 %	386707702
51	NC_017665	GCCAG	2	10	78874	78883	20 %	0 %	40 %	40 %	386707704
52	NC_017665	TGGAG	2	10	81126	81135	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017665	TGTCA	2	10	82545	82554	20 %	40 %	20 %	20 %	386707707
54	NC_017665	CAGCA	2	10	84168	84177	40 %	0 %	20 %	40 %	386707710
55	NC_017665	TGGGA	2	10	85830	85839	20 %	20 %	60 %	0 %	386707712
56	NC_017665	CTTTC	2	10	86455	86464	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017665	CAGAG	2	10	88060	88069	40 %	0 %	40 %	20 %	386707715
58	NC_017665	AGACC	2	10	88091	88100	40 %	0 %	20 %	40 %	386707715
59	NC_017665	GTTCA	2	10	88267	88276	20 %	40 %	20 %	20 %	386707716
60	NC_017665	CGTAC	2	10	88730	88739	20 %	20 %	20 %	40 %	386707716
61	NC_017665	CGCGG	2	10	91500	91509	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017665	ACGGG	2	10	91551	91560	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017665	GCTGG	2	10	92196	92205	0 %	20 %	60 %	20 %	386707720
64	NC_017665	CCGCC	2	10	93869	93878	0 %	0 %	20 %	80 %	386707723
65	NC_017665	GGCAC	2	10	94333	94342	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017665	ACCGT	2	10	94622	94631	20 %	20 %	20 %	40 %	386707724
67	NC_017665	TGTAC	2	10	94857	94866	20 %	40 %	20 %	20 %	386707725
68	NC_017665	CCGGC	2	10	95564	95573	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_017665	CCGCC	2	10	99085	99094	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
70	NC_017665	ACTGA	2	10	99133	99142	40 %	20 %	20 %	20 %	386707729
71	NC_017665	CTGGT	2	10	100061	100070	0 %	40 %	40 %	20 %	386707730
72	NC_017665	GGCAC	2	10	101282	101291	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017665	TGACC	2	10	101410	101419	20 %	20 %	20 %	40 %	386707733

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.