MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C plasmid pO83_CORR

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017659	TGCGC	2	10	3918	3927	0 %	20 %	40 %	40 %	387615192
2	NC_017659	GTCAC	2	10	5479	5488	20 %	20 %	20 %	40 %	387615192
3	NC_017659	CTGTT	2	10	6224	6233	0 %	60 %	20 %	20 %	387615192
4	NC_017659	GTTGA	2	10	8556	8565	20 %	40 %	40 %	0 %	387615193
5	NC_017659	CAACC	2	10	11773	11782	40 %	0 %	0 %	60 %	387615195
6	NC_017659	TCATT	2	10	13511	13520	20 %	60 %	0 %	20 %	387615197
7	NC_017659	TTTGC	2	10	14522	14531	0 %	60 %	20 %	20 %	387615198
8	NC_017659	TTATC	2	10	15341	15350	20 %	60 %	0 %	20 %	387615200
9	NC_017659	TAAAA	2	10	18599	18608	80 %	20 %	0 %	0 %	387615204
10	NC_017659	CTGGA	2	10	21842	21851	20 %	20 %	40 %	20 %	387615208
11	NC_017659	ACACC	2	10	21990	21999	40 %	0 %	0 %	60 %	387615208
12	NC_017659	GCTGC	2	10	22288	22297	0 %	20 %	40 %	40 %	387615208
13	NC_017659	CGTTC	2	10	27729	27738	0 %	40 %	20 %	40 %	387615214
14	NC_017659	TGTGC	2	10	27885	27894	0 %	40 %	40 %	20 %	387615214
15	NC_017659	TATTT	2	10	28489	28498	20 %	80 %	0 %	0 %	387615214
16	NC_017659	GAAAA	2	10	31614	31623	80 %	0 %	20 %	0 %	387615217
17	NC_017659	ATGCG	2	10	32730	32739	20 %	20 %	40 %	20 %	387615218
18	NC_017659	ACCCG	2	10	34412	34421	20 %	0 %	20 %	60 %	387615220
19	NC_017659	CCCAG	2	10	34842	34851	20 %	0 %	20 %	60 %	387615221
20	NC_017659	GCGCG	2	10	35389	35398	0 %	0 %	60 %	40 %	387615221
21	NC_017659	AAAGG	2	10	38859	38868	60 %	0 %	40 %	0 %	387615224
22	NC_017659	GCTTC	2	10	39600	39609	0 %	40 %	20 %	40 %	387615225
23	NC_017659	TCCCC	2	10	39960	39969	0 %	20 %	0 %	80 %	387615226
24	NC_017659	TGCCC	2	10	40018	40027	0 %	20 %	20 %	60 %	387615226
25	NC_017659	CGCGC	2	10	41588	41597	0 %	0 %	40 %	60 %	387615227
26	NC_017659	CGCCC	2	10	42887	42896	0 %	0 %	20 %	80 %	387615228
27	NC_017659	GGCCT	2	10	45298	45307	0 %	20 %	40 %	40 %	387615232
28	NC_017659	GAGCA	2	10	45487	45496	40 %	0 %	40 %	20 %	387615232
29	NC_017659	TGCTC	2	10	48033	48042	0 %	40 %	20 %	40 %	387615235
30	NC_017659	AGGCC	2	10	48222	48231	20 %	0 %	40 %	40 %	387615235
31	NC_017659	GACGT	2	10	49170	49179	20 %	20 %	40 %	20 %	387615236
32	NC_017659	GCTGG	2	10	49835	49844	0 %	20 %	60 %	20 %	387615236
33	NC_017659	GCCTT	2	10	51848	51857	0 %	40 %	20 %	40 %	387615238
34	NC_017659	GGGAG	2	10	52080	52089	20 %	0 %	80 %	0 %	387615239
35	NC_017659	GTTCG	2	10	53715	53724	0 %	40 %	40 %	20 %	387615240
36	NC_017659	ATTTT	2	10	55623	55632	20 %	80 %	0 %	0 %	387615243
37	NC_017659	CAGCG	2	10	56215	56224	20 %	0 %	40 %	40 %	387615244
38	NC_017659	GGGAT	2	10	56358	56367	20 %	20 %	60 %	0 %	387615244
39	NC_017659	TGCCA	2	10	58205	58214	20 %	20 %	20 %	40 %	387615246
40	NC_017659	CATAT	2	10	62351	62360	40 %	40 %	0 %	20 %	387615250
41	NC_017659	AAATA	2	10	65532	65541	80 %	20 %	0 %	0 %	387615254
42	NC_017659	GCCGA	2	10	66836	66845	20 %	0 %	40 %	40 %	387615255
43	NC_017659	GCTGC	2	10	70304	70313	0 %	20 %	40 %	40 %	387615259
44	NC_017659	TGGCG	2	10	71695	71704	0 %	20 %	60 %	20 %	387615260
45	NC_017659	GTCCG	2	10	72350	72359	0 %	20 %	40 %	40 %	387615261
46	NC_017659	AGGCC	2	10	72412	72421	20 %	0 %	40 %	40 %	387615261
47	NC_017659	GGCCG	2	10	72485	72494	0 %	0 %	60 %	40 %	387615261
48	NC_017659	GCGCC	2	10	73243	73252	0 %	0 %	40 %	60 %	387615263
49	NC_017659	GATGA	2	10	78339	78348	40 %	20 %	40 %	0 %	387615270
50	NC_017659	ATTTT	2	10	78514	78523	20 %	80 %	0 %	0 %	387615270
51	NC_017659	CGTTC	2	10	82512	82521	0 %	40 %	20 %	40 %	387615276
52	NC_017659	GACCA	2	10	82962	82971	40 %	0 %	20 %	40 %	387615276
53	NC_017659	CGTGT	2	10	83019	83028	0 %	40 %	40 %	20 %	387615276
54	NC_017659	CAGGT	2	10	83301	83310	20 %	20 %	40 %	20 %	387615277
55	NC_017659	ACGGC	2	10	83839	83848	20 %	0 %	40 %	40 %	387615277
56	NC_017659	CCGGT	2	10	83910	83919	0 %	20 %	40 %	40 %	387615277
57	NC_017659	CGCTG	2	10	85169	85178	0 %	20 %	40 %	40 %	387615277
58	NC_017659	AGGTC	2	10	88088	88097	20 %	20 %	40 %	20 %	387615277
59	NC_017659	CAGCA	2	10	90175	90184	40 %	0 %	20 %	40 %	387615280
60	NC_017659	CACTG	2	10	93776	93785	20 %	20 %	20 %	40 %	387615283
61	NC_017659	CCCAG	2	10	95377	95386	20 %	0 %	20 %	60 %	387615283
62	NC_017659	CCGGG	2	10	96429	96438	0 %	0 %	60 %	40 %	387615284
63	NC_017659	TGTCC	2	10	96528	96537	0 %	40 %	20 %	40 %	387615284
64	NC_017659	CACGG	2	10	96945	96954	20 %	0 %	40 %	40 %	387615285
65	NC_017659	CGCTT	2	10	97793	97802	0 %	40 %	20 %	40 %	387615286
66	NC_017659	CCCTG	2	10	99110	99119	0 %	20 %	20 %	60 %	387615289
67	NC_017659	GAATG	2	10	104695	104704	40 %	20 %	40 %	0 %	387615299
68	NC_017659	TCTGC	2	10	104753	104762	0 %	40 %	20 %	40 %	387615299
69	NC_017659	TCAGT	2	10	105583	105592	20 %	40 %	20 %	20 %	387615300
70	NC_017659	GGCAC	2	10	107130	107139	20 %	0 %	40 %	40 %	387615304
71	NC_017659	GAAGG	2	10	109676	109685	40 %	0 %	60 %	0 %	387615306
72	NC_017659	CCAGC	2	10	112237	112246	20 %	0 %	20 %	60 %	387615309
73	NC_017659	CCCTG	2	10	114276	114285	0 %	20 %	20 %	60 %	387615310
74	NC_017659	CGCAG	2	10	116768	116777	20 %	0 %	40 %	40 %	387615311
75	NC_017659	TTCGC	2	10	118125	118134	0 %	40 %	20 %	40 %	387615313
76	NC_017659	GAGAA	2	10	123219	123228	60 %	0 %	40 %	0 %	387615317
77	NC_017659	ATCAC	2	10	125018	125027	40 %	20 %	0 %	40 %	387615319
78	NC_017659	ATTTC	2	10	132551	132560	20 %	60 %	0 %	20 %	387615327
79	NC_017659	GGCAG	2	10	134431	134440	20 %	0 %	60 %	20 %	387615329
80	NC_017659	TAATA	2	10	134771	134780	60 %	40 %	0 %	0 %	387615330
81	NC_017659	TCCAG	2	10	135362	135371	20 %	20 %	20 %	40 %	387615330
82	NC_017659	TTTCC	2	10	140686	140695	0 %	60 %	0 %	40 %	387615337
83	NC_017659	CAGTG	2	10	144499	144508	20 %	20 %	40 %	20 %	387615341

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.