MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_1

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017653	GAAAA	2	10	797	806	80 %	0 %	20 %	0 %	387504723
2	NC_017653	CCTGG	2	10	1284	1293	0 %	20 %	40 %	40 %	387504723
3	NC_017653	AGATA	2	10	3082	3091	60 %	20 %	20 %	0 %	387504725
4	NC_017653	CCTTC	2	10	4224	4233	0 %	40 %	0 %	60 %	387504726
5	NC_017653	TACGA	2	10	4483	4492	40 %	20 %	20 %	20 %	387504727
6	NC_017653	CTTTT	2	10	5886	5895	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017653	TATCA	2	10	7519	7528	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017653	TAATA	2	10	7590	7599	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017653	CTGTG	2	10	9494	9503	0 %	40 %	40 %	20 %	387504732
10	NC_017653	CATTT	2	10	11075	11084	20 %	60 %	0 %	20 %	387504732
11	NC_017653	TGGAT	2	10	13704	13713	20 %	40 %	40 %	0 %	387504732
12	NC_017653	TTATT	2	10	19234	19243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017653	CATGA	2	10	29401	29410	40 %	20 %	20 %	20 %	387504748
14	NC_017653	AGCGT	2	10	33023	33032	20 %	20 %	40 %	20 %	387504754
15	NC_017653	CGGAA	2	10	35658	35667	40 %	0 %	40 %	20 %	387504756
16	NC_017653	TACCG	2	10	36926	36935	20 %	20 %	20 %	40 %	387504757
17	NC_017653	GCCAG	2	10	38347	38356	20 %	0 %	40 %	40 %	387504759
18	NC_017653	GACGC	2	10	40063	40072	20 %	0 %	40 %	40 %	387504759
19	NC_017653	CGCAT	2	10	41950	41959	20 %	20 %	20 %	40 %	387504760
20	NC_017653	GATAT	2	10	43342	43351	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017653	CAGAA	2	10	46026	46035	60 %	0 %	20 %	20 %	387504766
22	NC_017653	ACGCC	2	10	51484	51493	20 %	0 %	20 %	60 %	387504773
23	NC_017653	ACAGC	2	10	51558	51567	40 %	0 %	20 %	40 %	387504773
24	NC_017653	CCAAG	2	10	51718	51727	40 %	0 %	20 %	40 %	387504773
25	NC_017653	TTGAA	2	10	52511	52520	40 %	40 %	20 %	0 %	387504773
26	NC_017653	AGCAC	2	10	52837	52846	40 %	0 %	20 %	40 %	387504774
27	NC_017653	CTGAA	2	10	52857	52866	40 %	20 %	20 %	20 %	387504774
28	NC_017653	ATTTT	2	10	54759	54768	20 %	80 %	0 %	0 %	387504775
29	NC_017653	TGCTG	2	10	55075	55084	0 %	40 %	40 %	20 %	387504775
30	NC_017653	CTCGA	2	10	55430	55439	20 %	20 %	20 %	40 %	387504775
31	NC_017653	CAACA	2	10	65751	65760	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017653	GGCTT	2	10	65784	65793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017653	GTTGC	2	10	66015	66024	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017653	GTCAT	2	10	71229	71238	20 %	40 %	20 %	20 %	387504792
35	NC_017653	CAGTA	2	10	71633	71642	40 %	20 %	20 %	20 %	387504792
36	NC_017653	GGTTC	2	10	73044	73053	0 %	40 %	40 %	20 %	387504794
37	NC_017653	AATGA	2	10	79465	79474	60 %	20 %	20 %	0 %	387504804
38	NC_017653	AAGCG	2	10	79656	79665	40 %	0 %	40 %	20 %	387504804
39	NC_017653	AAGAT	2	10	80804	80813	60 %	20 %	20 %	0 %	387504805
40	NC_017653	CAGAA	2	10	81806	81815	60 %	0 %	20 %	20 %	387504807
41	NC_017653	GCAGG	2	10	82309	82318	20 %	0 %	60 %	20 %	387504808
42	NC_017653	CGACA	2	10	82640	82649	40 %	0 %	20 %	40 %	387504809
43	NC_017653	GTGAT	2	10	83920	83929	20 %	40 %	40 %	0 %	387504811
44	NC_017653	CGCGC	2	10	88742	88751	0 %	0 %	40 %	60 %	387504822

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.