MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Escherichia coli 042 plasmid pAA

Total Repeats: 47

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017627	GCGTGC	2	12	666	677	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387604869
2	NC_017627	CTGTTT	2	12	2520	2531	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	387604871
3	NC_017627	TATTAA	2	12	8607	8618	50 %	50 %	0 %	0 %	387604878
4	NC_017627	GTCTTC	2	12	10499	10510	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017627	AGGTGC	2	12	10780	10791	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017627	GCTGAT	2	12	18598	18609	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017627	TTCCTG	2	12	28362	28373	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	387604896
8	NC_017627	TGGAAA	2	12	28642	28653	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387604896
9	NC_017627	AAAAAT	2	12	29084	29095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	387604896
10	NC_017627	ATCTTG	2	12	29151	29162	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387604896
11	NC_017627	GGGTGA	2	12	29470	29481	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	387604896
12	NC_017627	CAGTAT	2	12	29743	29754	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387604896
13	NC_017627	CCTGAC	2	12	30352	30363	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387604896
14	NC_017627	ATGCTG	2	12	31056	31067	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387604896
15	NC_017627	GTTACC	2	12	31524	31535	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387604896
16	NC_017627	GCAGAA	2	12	34453	34464	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387604898
17	NC_017627	GCTGTT	2	12	34977	34988	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387604899
18	NC_017627	AGCTAG	2	12	42669	42680	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017627	ATTTTT	2	12	43223	43234	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017627	ATCTTG	2	12	43495	43506	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387604908
21	NC_017627	TTTACG	2	12	45904	45915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	387604909
22	NC_017627	ATGCTG	2	12	46729	46740	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387604911
23	NC_017627	TCCCCA	2	12	51601	51612	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	387604916
24	NC_017627	GCCCCA	2	12	54109	54120	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	387604917
25	NC_017627	CCACAT	2	12	54415	54426	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	387604917
26	NC_017627	CTTACA	2	12	61476	61487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387604921
27	NC_017627	TAACTG	2	12	63848	63859	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	387604922
28	NC_017627	GGTCCG	2	12	63885	63896	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	387604922
29	NC_017627	TCCTTG	2	12	65362	65373	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	387604923
30	NC_017627	CCTGCC	2	12	65843	65854	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	387604923
31	NC_017627	TCATAA	2	12	66311	66322	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387604924
32	NC_017627	AACAGA	2	12	66482	66493	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	387604925
33	NC_017627	TTTCCA	2	12	75867	75878	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	387604937
34	NC_017627	CTGCCA	2	12	87460	87471	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	387604956
35	NC_017627	GGGAAG	2	12	87769	87780	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387604956
36	NC_017627	TCCGGC	2	12	89530	89541	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	387604958
37	NC_017627	CGCCAC	2	12	89781	89792	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	387604958
38	NC_017627	CCAGCG	2	12	89900	89911	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387604958
39	NC_017627	CTCATC	2	12	90794	90805	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	387604959
40	NC_017627	GGCTGA	2	12	90981	90992	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	387604960
41	NC_017627	CTGAGT	2	12	91019	91030	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387604960
42	NC_017627	GCAGTA	6	36	92047	92082	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017627	GCAGGA	8	48	92083	92130	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017627	TGCTGA	2	12	93426	93437	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387604963
45	NC_017627	TCCGGT	2	12	97632	97643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387604971
46	NC_017627	TTGTGT	2	12	106889	106900	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017627	CGCACG	2	12	107509	107520	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	387604983

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.