MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli 042 plasmid pAA

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017627	ACCAT	2	10	3159	3168	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_017627	ATTAT	2	10	3495	3504	40 %	60 %	0 %	0 %	387604873
3	NC_017627	TTTTA	2	10	5320	5329	20 %	80 %	0 %	0 %	387604874
4	NC_017627	AGAAA	2	10	5389	5398	80 %	0 %	20 %	0 %	387604874
5	NC_017627	ATATA	2	10	6171	6180	60 %	40 %	0 %	0 %	387604875
6	NC_017627	TAAAA	2	10	9693	9702	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017627	AAGCG	2	10	14198	14207	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017627	GGCCA	2	10	14798	14807	20 %	0 %	40 %	40 %	387604885
9	NC_017627	CACTG	2	10	15321	15330	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017627	AAATG	2	10	15674	15683	60 %	20 %	20 %	0 %	387604886
11	NC_017627	TCTGG	2	10	16000	16009	0 %	40 %	40 %	20 %	387604886
12	NC_017627	TTCAC	2	10	16057	16066	20 %	40 %	0 %	40 %	387604886
13	NC_017627	TCGCA	2	10	18825	18834	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017627	CTGAA	2	10	20229	20238	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017627	CATCA	2	10	22632	22641	40 %	20 %	0 %	40 %	387604892
16	NC_017627	CCCTC	2	10	22711	22720	0 %	20 %	0 %	80 %	387604892
17	NC_017627	CCCGG	2	10	23293	23302	0 %	0 %	40 %	60 %	387604893
18	NC_017627	CCAGC	2	10	24322	24331	20 %	0 %	20 %	60 %	387604893
19	NC_017627	CTGCC	2	10	24463	24472	0 %	20 %	20 %	60 %	387604893
20	NC_017627	GCCCA	2	10	26467	26476	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_017627	TAAAA	2	10	26712	26721	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017627	TAATA	2	10	28213	28222	60 %	40 %	0 %	0 %	387604896
23	NC_017627	GTCTC	2	10	30251	30260	0 %	40 %	20 %	40 %	387604896
24	NC_017627	TCAGT	2	10	32805	32814	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017627	TCCCA	2	10	35260	35269	20 %	20 %	0 %	60 %	387604900
26	NC_017627	GCCCA	2	10	36378	36387	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_017627	CGCTG	2	10	39856	39865	0 %	20 %	40 %	40 %	387604903
28	NC_017627	TGTTT	2	10	41859	41868	0 %	80 %	20 %	0 %	387604906
29	NC_017627	TGGTG	2	10	42526	42535	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017627	TGGAC	2	10	43348	43357	20 %	20 %	40 %	20 %	387604908
31	NC_017627	TCCGG	2	10	47501	47510	0 %	20 %	40 %	40 %	387604912
32	NC_017627	ACATC	2	10	47977	47986	40 %	20 %	0 %	40 %	387604912
33	NC_017627	CGTTC	2	10	48449	48458	0 %	40 %	20 %	40 %	387604913
34	NC_017627	CAGAC	2	10	49478	49487	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017627	GACCA	2	10	51806	51815	40 %	0 %	20 %	40 %	387604916
36	NC_017627	CGTGT	2	10	51863	51872	0 %	40 %	40 %	20 %	387604916
37	NC_017627	CAGGT	2	10	52145	52154	20 %	20 %	40 %	20 %	387604917
38	NC_017627	ACGGC	2	10	52683	52692	20 %	0 %	40 %	40 %	387604917
39	NC_017627	CCGGT	2	10	52754	52763	0 %	20 %	40 %	40 %	387604917
40	NC_017627	CGCTG	2	10	54013	54022	0 %	20 %	40 %	40 %	387604917
41	NC_017627	AGGTC	2	10	56932	56941	20 %	20 %	40 %	20 %	387604917
42	NC_017627	CAGCA	2	10	58501	58510	40 %	0 %	20 %	40 %	387604918
43	NC_017627	CCGTG	2	10	58953	58962	0 %	20 %	40 %	40 %	387604918
44	NC_017627	CACTG	2	10	62845	62854	20 %	20 %	20 %	40 %	387604922
45	NC_017627	CCCAG	2	10	64446	64455	20 %	0 %	20 %	60 %	387604922
46	NC_017627	AGAAA	2	10	67837	67846	80 %	0 %	20 %	0 %	387604928
47	NC_017627	AAATC	2	10	67915	67924	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017627	AACAA	2	10	68777	68786	80 %	0 %	0 %	20 %	387604930
49	NC_017627	GCACT	2	10	70400	70409	20 %	20 %	20 %	40 %	387604931
50	NC_017627	AAAAT	2	10	71618	71627	80 %	20 %	0 %	0 %	387604933
51	NC_017627	GGACT	2	10	72068	72077	20 %	20 %	40 %	20 %	387604934
52	NC_017627	CAGAA	2	10	72131	72140	60 %	0 %	20 %	20 %	387604934
53	NC_017627	CGGTA	2	10	74250	74259	20 %	20 %	40 %	20 %	387604937
54	NC_017627	TCAGA	2	10	75708	75717	40 %	20 %	20 %	20 %	387604937
55	NC_017627	AACTG	2	10	77079	77088	40 %	20 %	20 %	20 %	387604939
56	NC_017627	CATTT	2	10	77887	77896	20 %	60 %	0 %	20 %	387604941
57	NC_017627	TGGTG	2	10	78162	78171	0 %	40 %	60 %	0 %	387604941
58	NC_017627	CACGG	2	10	79824	79833	20 %	0 %	40 %	40 %	387604943
59	NC_017627	CGCTT	2	10	80672	80681	0 %	40 %	20 %	40 %	387604944
60	NC_017627	GAATC	2	10	83425	83434	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017627	ATCAC	2	10	83472	83481	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017627	GTGAT	2	10	86417	86426	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017627	GAATG	2	10	87590	87599	40 %	20 %	40 %	0 %	387604956
64	NC_017627	TCTGC	2	10	87648	87657	0 %	40 %	20 %	40 %	387604956
65	NC_017627	TCAGT	2	10	88478	88487	20 %	40 %	20 %	20 %	387604957
66	NC_017627	CGGCG	2	10	92809	92818	0 %	0 %	60 %	40 %	387604962
67	NC_017627	CCCGG	2	10	94069	94078	0 %	0 %	40 %	60 %	387604963
68	NC_017627	CATAA	2	10	95437	95446	60 %	20 %	0 %	20 %	387604968
69	NC_017627	CTTCC	2	10	95517	95526	0 %	40 %	0 %	60 %	387604968
70	NC_017627	ACAGT	2	10	96191	96200	40 %	20 %	20 %	20 %	387604969
71	NC_017627	ACGGT	2	10	96429	96438	20 %	20 %	40 %	20 %	387604970
72	NC_017627	GTGCC	2	10	96719	96728	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017627	ACCTT	2	10	96892	96901	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017627	GGCAC	2	10	96935	96944	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017627	GACGG	2	10	97187	97196	20 %	0 %	60 %	20 %	387604971
76	NC_017627	CAGAC	2	10	97222	97231	40 %	0 %	20 %	40 %	387604971
77	NC_017627	CCAGC	2	10	98853	98862	20 %	0 %	20 %	60 %	387604974
78	NC_017627	CCCGT	2	10	99499	99508	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_017627	GCCGC	2	10	99550	99559	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
80	NC_017627	ACCCA	2	10	99636	99645	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_017627	CCTTT	2	10	100908	100917	0 %	60 %	0 %	40 %	387604976
82	NC_017627	ATAAA	2	10	101177	101186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017627	TTCCT	2	10	103845	103854	0 %	60 %	0 %	40 %	387604979
84	NC_017627	CAGTT	2	10	105274	105283	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017627	ATTTC	2	10	105632	105641	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.