MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis A7 chromosome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017622	TGGAAG	2	12	21763	21774	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017622	TTCGGG	2	12	23369	23380	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017622	AGTCTA	2	12	52555	52566	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017622	TGGAAG	2	12	92871	92882	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017622	TTCGGG	2	12	93608	93619	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017622	ACTTTG	2	12	110659	110670	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017622	TAAGAT	2	12	137410	137421	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017622	ACTAAG	2	12	151231	151242	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017622	GGCGGG	2	12	151799	151810	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017622	GTTATA	2	12	154725	154736	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017622	ATTTTT	2	12	173672	173683	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017622	TGATTT	2	12	185059	185070	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017622	ATCTGC	2	12	217362	217373	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017622	AAAATT	2	12	218891	218902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017622	AACAGA	2	12	232343	232354	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017622	TTTTTC	2	12	256364	256375	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017622	CAAAAA	2	12	260752	260763	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017622	TAGAAA	2	12	288603	288614	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017622	TAGCCG	2	12	288642	288653	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017622	GAAGAT	2	12	303430	303441	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017622	TAAAAA	2	12	326154	326165	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017622	TGGAAG	2	12	333419	333430	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017622	GATTGA	2	12	345775	345786	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017622	ATCTGC	2	12	356345	356356	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017622	TCTTTT	2	12	384609	384620	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017622	TAGCAG	2	12	390700	390711	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017622	AAACTA	2	12	413571	413582	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017622	TGGAAG	2	12	427238	427249	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017622	CAAAAT	2	12	428736	428747	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017622	ATTGTA	2	12	431104	431115	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017622	TAAAAA	2	12	447261	447272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017622	TGTATT	2	12	451082	451093	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017622	AAATAC	2	12	461787	461798	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017622	AAGCAG	2	12	462959	462970	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017622	AAAATC	2	12	486997	487008	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017622	ATCTGC	2	12	487045	487056	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017622	ACCTAT	2	12	496377	496388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017622	AATATA	2	12	532044	532055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017622	TAGAAA	2	12	543128	543139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017622	TTTTCC	2	12	550983	550994	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017622	TGGAGT	2	12	581527	581538	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017622	AAGGAA	2	12	595800	595811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017622	GTTTTT	2	12	606644	606655	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017622	ATTTTT	2	12	623168	623179	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017622	CTTGCA	2	12	757948	757959	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017622	TTCGGG	2	12	758336	758347	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017622	CTCATT	2	12	793719	793730	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017622	GAATAT	2	12	795202	795213	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017622	TGACAA	2	12	839744	839755	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017622	TGACAA	2	12	839818	839829	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017622	TGATTT	2	12	854917	854928	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017622	TTTATT	2	12	855193	855204	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017622	AAGGCA	2	12	872253	872264	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017622	ATAAAG	2	12	1023658	1023669	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017622	CCAGCA	2	12	1037049	1037060	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017622	GGGTCA	2	12	1037773	1037784	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017622	TGATTT	2	12	1080912	1080923	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017622	AACATT	2	12	1113144	1113155	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017622	GCAGAT	2	12	1136175	1136186	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017622	TGATTT	2	12	1136222	1136233	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017622	TGATTT	2	12	1140650	1140661	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017622	AAATAT	2	12	1143152	1143163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017622	GCAGAT	2	12	1150028	1150039	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017622	TGATTT	2	12	1150075	1150086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017622	TTACAT	2	12	1156257	1156268	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017622	TACCTG	2	12	1175366	1175377	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017622	CACCTG	2	12	1176331	1176342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017622	CACCTG	2	12	1176696	1176707	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017622	CACCTG	2	12	1176996	1177007	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017622	CGAATC	2	12	1204167	1204178	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017622	TGATTT	2	12	1214828	1214839	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017622	AAAATC	2	12	1273251	1273262	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017622	TCCTTC	2	12	1308256	1308267	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017622	CTTTAA	2	12	1310251	1310262	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017622	CATCCC	2	12	1337279	1337290	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_017622	ATCAGA	2	12	1356353	1356364	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017622	GCAGAT	2	12	1356374	1356385	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017622	CCATCG	2	12	1368009	1368020	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_017622	TATCAA	2	12	1380059	1380070	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017622	TAAAAA	2	12	1387545	1387556	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017622	ATAAAA	2	12	1454501	1454512	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017622	AACACT	2	12	1490062	1490073	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017622	GTCAAT	2	12	1496365	1496376	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017622	ATTTAT	2	12	1516589	1516600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017622	TGATTT	2	12	1523017	1523028	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017622	AAAATC	2	12	1532988	1532999	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017622	CAAAAT	2	12	1533634	1533645	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017622	ATAAAA	2	12	1539071	1539082	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017622	TGATTT	2	12	1540839	1540850	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017622	TCCCAG	2	12	1557158	1557169	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017622	TGATTT	2	12	1602147	1602158	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017622	AAAATC	2	12	1639556	1639567	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017622	GCAATC	2	12	1720134	1720145	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017622	AATAGA	2	12	1740589	1740600	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017622	AAGAAA	2	12	1790506	1790517	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017622	CTCCAC	2	12	1816679	1816690	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017622	GAAAGC	2	12	1824442	1824453	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017622	TAGAAA	2	12	1828069	1828080	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017622	TGATTT	2	12	1846792	1846803	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017622	TTTATT	2	12	1875642	1875653	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017622	TAGTGT	2	12	1915953	1915964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017622	TAAGAT	2	12	1931862	1931873	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017622	TTTTAT	2	12	1933263	1933274	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017622	GCAGAT	2	12	1942451	1942462	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017622	TTGGAT	2	12	1946946	1946957	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017622	ATTTAT	2	12	1958832	1958843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017622	ATTTTT	2	12	1961880	1961891	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017622	TCATTT	2	12	1964805	1964816	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017622	CTTTCT	2	12	1969759	1969770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017622	AAAATC	2	12	1994534	1994545	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017622	GTATTA	2	12	2003428	2003439	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.