MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis D12 chromosome

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017621	TAAAGC	2	12	14206	14217	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017621	TGGAAG	2	12	21718	21729	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017621	TGGAAG	2	12	31957	31968	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017621	GTGGAT	2	12	32304	32315	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017621	CATTTT	2	12	56187	56198	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017621	AGCTCT	2	12	57338	57349	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017621	ACGGAG	2	12	57481	57492	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017621	GAAAAA	2	12	82347	82358	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017621	TGGAAG	2	12	94797	94808	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017621	TTCGGG	2	12	95730	95741	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017621	TTTGTT	2	12	115232	115243	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017621	TAAGAT	2	12	142644	142655	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017621	TTAACA	2	12	155783	155794	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017621	ACTAAG	2	12	164567	164578	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017621	GTTATA	2	12	167920	167931	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017621	ATCCCT	2	12	173274	173285	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017621	TGATTT	2	12	190683	190694	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017621	ATCTGC	2	12	208990	209001	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017621	AAAATT	2	12	210940	210951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017621	AAAGTC	2	12	211746	211757	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017621	AAAATC	2	12	218110	218121	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017621	GAGTGG	2	12	218145	218156	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017621	TGACGG	2	12	221757	221768	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017621	CTCCAG	2	12	259532	259543	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017621	TAGAAA	2	12	292086	292097	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017621	TAGCCG	2	12	292125	292136	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017621	CTTTTT	2	12	309500	309511	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017621	GCGACA	2	12	341071	341082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017621	TGGAAG	2	12	345890	345901	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017621	ATCTGC	2	12	370589	370600	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017621	TCTTTT	2	12	390120	390131	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017621	TGGAAG	2	12	432888	432899	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017621	GTGATA	2	12	435246	435257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017621	ATTGTA	2	12	438666	438677	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017621	TTAGTA	2	12	447078	447089	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017621	AAAATC	2	12	484804	484815	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017621	ATCTGC	2	12	484857	484868	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017621	ACCTAT	2	12	493284	493295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017621	AAGCGT	2	12	501118	501129	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017621	TTTGAA	2	12	509946	509957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017621	GAGAAG	2	12	531111	531122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017621	TCCTTT	2	12	539718	539729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017621	ATTCCA	2	12	553878	553889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017621	TAGAAC	2	12	590343	590354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017621	AAAATC	2	12	632861	632872	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017621	GATTCG	2	12	643618	643629	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017621	CGAATA	2	12	647326	647337	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017621	CAGGTG	2	12	671316	671327	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017621	CAGGTA	2	12	673533	673544	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017621	AGAAAA	2	12	676754	676765	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017621	ATGTAA	2	12	692640	692651	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017621	AAAATC	2	12	698728	698739	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017621	AAAATC	2	12	708234	708245	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017621	CGAATA	2	12	725235	725246	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017621	AAAATC	2	12	754201	754212	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017621	CTTTAT	2	12	811695	811706	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017621	TGATTA	2	12	815874	815885	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017621	AAGAAA	2	12	829885	829896	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017621	TTTGAT	2	12	862469	862480	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017621	TGTCCC	2	12	877667	877678	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017621	TGTTTT	2	12	900565	900576	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017621	TTATAT	2	12	919493	919504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017621	ATCGGT	2	12	931872	931883	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017621	GATTTA	2	12	933197	933208	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017621	TAAAAA	2	12	941323	941334	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017621	TACGAT	2	12	996791	996802	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017621	CGAATA	2	12	1012431	1012442	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017621	CCCGAA	2	12	1066352	1066363	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017621	TGCAAG	2	12	1066740	1066751	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017621	GCTCTG	2	12	1137664	1137675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017621	AGAATA	2	12	1149196	1149207	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017621	AAAATC	2	12	1152009	1152020	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017621	GCAGAT	2	12	1152033	1152044	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017621	TGATTT	2	12	1152080	1152091	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017621	TGGTAT	2	12	1204153	1204164	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017621	GGAACT	2	12	1205297	1205308	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017621	ATATTT	2	12	1206448	1206459	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017621	ATCACT	2	12	1236042	1236053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017621	ATTTTT	2	12	1266164	1266175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017621	CGAATA	2	12	1271721	1271732	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017621	TTTCCT	2	12	1277065	1277076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017621	TTTTAA	2	12	1281776	1281787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017621	TTAATT	2	12	1285812	1285823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017621	AATATA	2	12	1290047	1290058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017621	TATTCA	2	12	1290645	1290656	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017621	CATTGA	2	12	1292136	1292147	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017621	CCGTCA	2	12	1317899	1317910	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017621	CACGAA	2	12	1355030	1355041	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017621	GGAAAA	2	12	1380595	1380606	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017621	TTTCTA	2	12	1389872	1389883	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017621	ATTTAT	2	12	1401160	1401171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017621	GTGATA	2	12	1412708	1412719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017621	ATCAGA	2	12	1466880	1466891	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017621	GCAGAT	2	12	1466901	1466912	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017621	TATCAA	2	12	1489034	1489045	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017621	TAAAAA	2	12	1494115	1494126	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017621	ATAAAA	2	12	1552467	1552478	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017621	ATTTTT	2	12	1601600	1601611	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017621	TTTATG	2	12	1623087	1623098	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017621	AAAATC	2	12	1629481	1629492	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017621	GCAGAT	2	12	1629505	1629516	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017621	TAAAAA	2	12	1653598	1653609	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017621	TGATTT	2	12	1655356	1655367	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017621	TCCCAG	2	12	1671782	1671793	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017621	TTTATA	2	12	1710242	1710253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017621	ATTTTT	2	12	1895285	1895296	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017621	TCTATT	2	12	1909365	1909376	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017621	CTCCAC	2	12	1937322	1937333	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_017621	ACAAAA	2	12	1999092	1999103	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017621	TAAAAA	2	12	2011874	2011885	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017621	TAAAAA	2	12	2053499	2053510	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017621	TAGTGT	2	12	2061407	2061418	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017621	AAAATC	2	12	2078470	2078481	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017621	TAAGAT	2	12	2078511	2078522	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017621	TTTTAT	2	12	2079912	2079923	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017621	TTTATA	2	12	2087216	2087227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017621	ATTTTT	2	12	2093805	2093816	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017621	AGAATA	2	12	2182080	2182091	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.